MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis F/SotonF3 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 14084

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020964	AGG	2	6	18	23	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478473868
2	NC_020964	TAA	3	9	93	101	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478473868
3	NC_020964	GTA	2	6	137	142	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478473868
4	NC_020964	AGT	2	6	168	173	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478473868
5	NC_020964	CAA	2	6	338	343	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478473868
6	NC_020964	AGT	2	6	364	369	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478473868
7	NC_020964	GTG	2	6	380	385	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478473868
8	NC_020964	CAG	2	6	416	421	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478473868
9	NC_020964	GCC	2	6	604	609	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	478473868
10	NC_020964	TGC	2	6	663	668	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478473868
11	NC_020964	ATT	2	6	675	680	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478473868
12	NC_020964	CGA	2	6	697	702	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478473868
13	NC_020964	TAT	2	6	839	844	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478473868
14	NC_020964	GAA	2	6	886	891	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473868
15	NC_020964	AGA	2	6	915	920	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473868
16	NC_020964	AGA	2	6	969	974	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473868
17	NC_020964	CAA	2	6	1042	1047	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478473868
18	NC_020964	TTG	2	6	1185	1190	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478473868
19	NC_020964	CTC	2	6	1214	1219	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478473868
20	NC_020964	GAT	2	6	1276	1281	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478473868
21	NC_020964	GAT	2	6	1330	1335	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478473868
22	NC_020964	ATG	2	6	1393	1398	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478473868
23	NC_020964	CCT	2	6	1552	1557	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478473868
24	NC_020964	CTT	2	6	1613	1618	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478473868
25	NC_020964	CAG	2	6	1678	1683	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478473868
26	NC_020964	TGA	2	6	1739	1744	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478473868
27	NC_020964	AAG	2	6	1820	1825	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020964	TGG	2	6	1836	1841	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020964	CTT	2	6	1843	1848	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_020964	ATG	2	6	1936	1941	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478473869
31	NC_020964	GTG	2	6	1942	1947	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478473869
32	NC_020964	TCC	2	6	1951	1956	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478473869
33	NC_020964	AGC	2	6	1965	1970	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478473869
34	NC_020964	AGC	2	6	1992	1997	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478473869
35	NC_020964	AAG	2	6	2003	2008	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473869
36	NC_020964	TAC	2	6	2041	2046	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478473869
37	NC_020964	GCT	2	6	2051	2056	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478473869
38	NC_020964	AAC	2	6	2149	2154	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478473869
39	NC_020964	AGA	2	6	2161	2166	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473869
40	NC_020964	TAA	2	6	2251	2256	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020964	AGA	2	6	2417	2422	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473870
42	NC_020964	ATC	2	6	2424	2429	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478473870
43	NC_020964	TGC	2	6	2444	2449	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478473870
44	NC_020964	CAT	2	6	2568	2573	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478473870
45	NC_020964	AGA	2	6	2597	2602	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473870
46	NC_020964	AAG	2	6	2626	2631	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473870
47	NC_020964	GGA	2	6	2661	2666	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478473870
48	NC_020964	ATC	2	6	2790	2795	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478473871
49	NC_020964	ATA	2	6	2940	2945	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478473871
50	NC_020964	AAC	2	6	2965	2970	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478473871
51	NC_020964	GGT	2	6	3019	3024	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478473871
52	NC_020964	AAT	2	6	3125	3130	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478473871
53	NC_020964	TTC	2	6	3160	3165	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478473871
54	NC_020964	GCA	2	6	3179	3184	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478473871
55	NC_020964	GGA	2	6	3227	3232	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478473871
56	NC_020964	CAG	2	6	3246	3251	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478473871
57	NC_020964	GTT	2	6	3263	3268	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478473871
58	NC_020964	GGT	2	6	3355	3360	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478473871
59	NC_020964	AAG	2	6	3513	3518	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473871
60	NC_020964	ATT	2	6	3575	3580	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478473871
61	NC_020964	TTG	2	6	3627	3632	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478473871
62	NC_020964	AAG	2	6	3738	3743	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473871
63	NC_020964	AAG	2	6	3753	3758	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473871
64	NC_020964	CAG	2	6	3795	3800	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478473871
65	NC_020964	GCT	2	6	3866	3871	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478473871
66	NC_020964	AAG	2	6	4032	4037	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473871
67	NC_020964	CAG	2	6	4082	4087	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478473871
68	NC_020964	GGA	2	6	4169	4174	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478473871
69	NC_020964	AAT	2	6	4179	4184	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478473871
70	NC_020964	ATT	2	6	4259	4264	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478473872
71	NC_020964	TGA	2	6	4289	4294	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478473872
72	NC_020964	GTA	2	6	4521	4526	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478473872
73	NC_020964	AGA	2	6	4568	4573	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473872
74	NC_020964	GAA	2	6	4752	4757	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473872
75	NC_020964	CGT	2	6	4884	4889	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478473872
76	NC_020964	GTT	2	6	4935	4940	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478473872
77	NC_020964	TGA	2	6	5072	5077	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478473872
78	NC_020964	TTG	2	6	5167	5172	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478473872
79	NC_020964	TTC	2	6	5308	5313	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478473872
80	NC_020964	TCT	2	6	5400	5405	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478473872
81	NC_020964	AGA	2	6	5420	5425	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473872
82	NC_020964	GTT	2	6	5447	5452	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478473872
83	NC_020964	GGT	2	6	5495	5500	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478473872
84	NC_020964	CTC	2	6	5599	5604	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478473872
85	NC_020964	AGC	2	6	5630	5635	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478473872
86	NC_020964	GCA	2	6	5655	5660	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_020964	AGA	2	6	5682	5687	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020964	ATT	2	6	5747	5752	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478473873
89	NC_020964	TCT	2	6	5765	5770	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478473873
90	NC_020964	GCT	2	6	5811	5816	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478473873
91	NC_020964	GAT	2	6	5846	5851	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478473873
92	NC_020964	ACG	2	6	5884	5889	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478473873
93	NC_020964	GAA	2	6	5908	5913	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473873
94	NC_020964	AGA	3	9	5985	5993	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473873
95	NC_020964	GCT	2	6	5994	5999	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478473873
96	NC_020964	AGA	2	6	6003	6008	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473873
97	NC_020964	TGG	2	6	6039	6044	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478473873
98	NC_020964	AGA	3	9	6057	6065	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473873
99	NC_020964	GGA	2	6	6066	6071	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478473873
100	NC_020964	TCA	2	6	6251	6256	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478473873
101	NC_020964	GGA	2	6	6288	6293	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478473873
102	NC_020964	CTT	2	6	6348	6353	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478473873
103	NC_020964	CTG	2	6	6354	6359	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478473873
104	NC_020964	CAG	2	6	6509	6514	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478473873
105	NC_020964	GCA	2	6	6547	6552	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478473873
106	NC_020964	CTT	2	6	6960	6965	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_020964	AGG	2	6	7038	7043	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478473874
108	NC_020964	GAA	2	6	7082	7087	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473874
109	NC_020964	GCA	2	6	7346	7351	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478473874
110	NC_020964	AAG	2	6	7387	7392	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473874
111	NC_020964	TGC	2	6	7420	7425	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478473874
112	NC_020964	TTA	2	6	7752	7757	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_020964	GAA	2	6	7801	7806	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020964	ATG	2	6	7837	7842	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_020964	TCG	2	6	7914	7919	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478473875
116	NC_020964	TCC	2	6	7957	7962	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478473875
117	NC_020964	GTT	2	6	8065	8070	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478473875
118	NC_020964	TTA	2	6	8435	8440	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478473875
119	NC_020964	TTC	2	6	8758	8763	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478473875
120	NC_020964	GAA	2	6	8902	8907	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473876
121	NC_020964	ACC	2	6	9030	9035	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478473876
122	NC_020964	CTT	2	6	9083	9088	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478473876
123	NC_020964	GAG	2	6	9163	9168	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478473876
124	NC_020964	ATA	2	6	9180	9185	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478473876
125	NC_020964	AGG	2	6	9204	9209	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478473876
126	NC_020964	GAA	2	6	9384	9389	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473876
127	NC_020964	CAG	2	6	9400	9405	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478473876
128	NC_020964	TGT	2	6	9471	9476	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478473876
129	NC_020964	GAG	2	6	9486	9491	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478473876
130	NC_020964	TAC	2	6	9554	9559	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478473876
131	NC_020964	GTT	2	6	9658	9663	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478473876
132	NC_020964	AAG	2	6	9682	9687	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473876
133	NC_020964	GAG	2	6	9708	9713	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478473876
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252	NC_020964	AAT	3	9	19039	19047	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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258	NC_020964	TGT	2	6	19525	19530	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478473885
259	NC_020964	GAA	2	6	19603	19608	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473885
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263	NC_020964	AAG	2	6	19842	19847	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473885
264	NC_020964	AGA	2	6	19969	19974	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473885
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272	NC_020964	CTT	3	9	20493	20501	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
273	NC_020964	TAA	2	6	20535	20540	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478473886
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280	NC_020964	GGA	2	6	21212	21217	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
281	NC_020964	AGA	3	9	21252	21260	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
282	NC_020964	TGG	2	6	21471	21476	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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287	NC_020964	AAT	2	6	22021	22026	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
288	NC_020964	TGT	2	6	22224	22229	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478473887
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