MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis F/SotonF3 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 330

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020964	TC	3	6	2270	2275	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2	NC_020964	GA	3	6	7596	7601	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020964	AG	3	6	9951	9956	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020964	TA	3	6	11849	11854	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020964	TA	3	6	13940	13945	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020964	TA	4	8	14164	14171	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020964	AG	3	6	18116	18121	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020964	GA	3	6	18129	18134	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020964	CT	3	6	19051	19056	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_020964	AG	3	6	21117	21122	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020964	GA	3	6	21275	21280	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020964	AG	3	6	21792	21797	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020964	CT	3	6	21861	21866	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
14	NC_020964	GA	3	6	27113	27118	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020964	CT	3	6	27120	27125	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
16	NC_020964	TC	3	6	28488	28493	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
17	NC_020964	AG	3	6	28571	28576	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020964	GA	3	6	36985	36990	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020964	AT	3	6	37087	37092	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020964	CT	3	6	39354	39359	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
21	NC_020964	CT	3	6	40725	40730	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
22	NC_020964	CT	3	6	42917	42922	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
23	NC_020964	GA	5	10	43192	43201	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020964	AG	3	6	43316	43321	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020964	TC	3	6	44408	44413	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
26	NC_020964	TA	3	6	44561	44566	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020964	AG	3	6	48646	48651	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020964	TG	4	8	51994	52001	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020964	GA	3	6	56210	56215	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020964	GA	3	6	61358	61363	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020964	AG	4	8	65377	65384	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020964	TA	3	6	85806	85811	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020964	TC	3	6	91027	91032	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
34	NC_020964	GA	3	6	91159	91164	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020964	CT	3	6	93509	93514	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
36	NC_020964	TA	3	6	93675	93680	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020964	AG	3	6	93718	93723	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020964	AG	3	6	93815	93820	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020964	GA	3	6	94037	94042	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020964	TA	3	6	94653	94658	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020964	TC	3	6	100535	100540	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
42	NC_020964	AT	3	6	100586	100591	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020964	TA	3	6	107262	107267	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020964	TG	3	6	116504	116509	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020964	AG	4	8	119090	119097	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020964	GA	3	6	120912	120917	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020964	TA	3	6	123147	123152	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020964	GT	3	6	124136	124141	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020964	CT	3	6	128672	128677	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
50	NC_020964	TC	3	6	130994	130999	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
51	NC_020964	AG	3	6	131071	131076	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020964	AG	3	6	131096	131101	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020964	AG	3	6	138758	138763	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020964	GA	3	6	138821	138826	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020964	AT	3	6	143053	143058	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020964	AG	3	6	157858	157863	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020964	TC	3	6	172320	172325	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
58	NC_020964	AG	3	6	172452	172457	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020964	CT	3	6	172470	172475	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_020964	TG	3	6	178961	178966	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020964	GA	3	6	184447	184452	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020964	AT	3	6	192905	192910	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020964	AG	3	6	197375	197380	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020964	TC	3	6	200366	200371	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
65	NC_020964	CT	3	6	204124	204129	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
66	NC_020964	GA	4	8	207183	207190	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020964	CT	4	8	207231	207238	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
68	NC_020964	AG	4	8	218467	218474	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020964	CA	3	6	218526	218531	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
70	NC_020964	TA	3	6	220021	220026	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020964	CT	3	6	221663	221668	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
72	NC_020964	TC	3	6	224664	224669	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
73	NC_020964	AG	3	6	224695	224700	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020964	TC	3	6	238891	238896	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
75	NC_020964	AG	3	6	238917	238922	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020964	CA	3	6	243841	243846	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_020964	GT	3	6	244058	244063	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020964	GA	3	6	250925	250930	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020964	TG	3	6	251035	251040	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020964	AG	3	6	251837	251842	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020964	AG	3	6	251862	251867	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020964	AG	3	6	252845	252850	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020964	TA	3	6	254651	254656	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020964	TC	3	6	256967	256972	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
85	NC_020964	AG	3	6	258445	258450	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020964	TA	3	6	264805	264810	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020964	CA	3	6	266612	266617	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
88	NC_020964	TC	3	6	268512	268517	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
89	NC_020964	CT	3	6	273926	273931	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
90	NC_020964	TA	3	6	274065	274070	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020964	AT	4	8	284625	284632	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020964	CT	3	6	285477	285482	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_020964	TC	4	8	285568	285575	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
94	NC_020964	TC	3	6	287259	287264	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
95	NC_020964	TC	3	6	287316	287321	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
96	NC_020964	CT	3	6	287789	287794	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
97	NC_020964	CA	3	6	302132	302137	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
98	NC_020964	AC	3	6	302173	302178	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
99	NC_020964	GA	3	6	306863	306868	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020964	AG	3	6	316083	316088	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
101	NC_020964	CT	3	6	348061	348066	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
102	NC_020964	CT	3	6	351132	351137	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
103	NC_020964	TC	3	6	355358	355363	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
104	NC_020964	CT	3	6	359274	359279	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_020964	AC	3	6	362607	362612	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
106	NC_020964	GA	3	6	364517	364522	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020964	TC	3	6	364595	364600	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
108	NC_020964	TA	3	6	364797	364802	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020964	CT	4	8	381914	381921	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
110	NC_020964	CG	3	6	391753	391758	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
111	NC_020964	CA	3	6	392803	392808	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
112	NC_020964	TC	3	6	395350	395355	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
113	NC_020964	CT	3	6	395840	395845	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
114	NC_020964	GA	3	6	395970	395975	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
115	NC_020964	GA	3	6	396101	396106	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020964	CT	3	6	410206	410211	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
117	NC_020964	CT	3	6	411193	411198	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
118	NC_020964	CT	3	6	429921	429926	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
119	NC_020964	CT	3	6	430944	430949	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
120	NC_020964	AG	3	6	431291	431296	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020964	GA	3	6	432986	432991	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020964	AC	3	6	436986	436991	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
123	NC_020964	CT	3	6	441257	441262	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
124	NC_020964	AC	3	6	441295	441300	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
125	NC_020964	CA	3	6	443764	443769	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
126	NC_020964	CT	3	6	445164	445169	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
127	NC_020964	CT	3	6	454446	454451	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
128	NC_020964	CT	3	6	456899	456904	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
129	NC_020964	AG	3	6	460587	460592	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020964	TC	3	6	467125	467130	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
131	NC_020964	AT	3	6	467194	467199	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020964	GA	4	8	468568	468575	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
133	NC_020964	TA	3	6	468611	468616	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020964	GA	3	6	468709	468714	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
135	NC_020964	AC	3	6	486018	486023	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
136	NC_020964	GA	4	8	486063	486070	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
137	NC_020964	CA	3	6	486100	486105	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
138	NC_020964	TC	3	6	486141	486146	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
139	NC_020964	AC	3	6	490576	490581	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
140	NC_020964	AG	3	6	490737	490742	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
141	NC_020964	CT	3	6	490756	490761	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
142	NC_020964	AG	3	6	491049	491054	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
143	NC_020964	CT	3	6	494035	494040	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
144	NC_020964	CT	3	6	494553	494558	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
145	NC_020964	TG	3	6	494586	494591	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
146	NC_020964	TA	3	6	494699	494704	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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148	NC_020964	CT	4	8	503323	503330	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
149	NC_020964	CA	3	6	508426	508431	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
150	NC_020964	CT	3	6	509364	509369	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
151	NC_020964	TA	3	6	515171	515176	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_020964	AG	3	6	517069	517074	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
153	NC_020964	GA	3	6	518081	518086	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
154	NC_020964	AG	3	6	518117	518122	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.