MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis Ia/SotonIa1 plasmid pSotonIa1

Total Repeats: 82

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020962	AAC	2	6	851	856	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478460346
2	NC_020962	TCT	2	6	1147	1152	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478460347
3	NC_020962	TCT	2	6	1164	1169	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478460347
4	NC_020962	ATC	2	6	1194	1199	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478460347
5	NC_020962	CCA	2	6	1363	1368	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478460347
6	NC_020962	TAA	2	6	1456	1461	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478460347
7	NC_020962	TTG	2	6	1511	1516	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478460347
8	NC_020962	CCT	2	6	1566	1571	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478460347
9	NC_020962	TGC	2	6	1784	1789	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478460347
10	NC_020962	ATA	2	6	1989	1994	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478460347
11	NC_020962	TGC	2	6	2097	2102	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478460347
12	NC_020962	GTT	2	6	2274	2279	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478460348
13	NC_020962	TCA	2	6	2355	2360	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478460348
14	NC_020962	GCG	2	6	2442	2447	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	478460348
15	NC_020962	ATG	2	6	2492	2497	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478460348
16	NC_020962	GAT	2	6	2545	2550	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478460348
17	NC_020962	GAA	2	6	2569	2574	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460348
18	NC_020962	AGC	2	6	2784	2789	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478460348
19	NC_020962	TGA	2	6	2847	2852	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478460348
20	NC_020962	AGC	2	6	2892	2897	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478460348
21	NC_020962	TTG	2	6	3008	3013	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478460348
22	NC_020962	ATT	2	6	3019	3024	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478460348
23	NC_020962	AGA	2	6	3078	3083	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460348
24	NC_020962	ATT	2	6	3084	3089	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478460348
25	NC_020962	GAA	2	6	3097	3102	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460348
26	NC_020962	AGA	2	6	3198	3203	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460348
27	NC_020962	TCT	2	6	3466	3471	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478460348
28	NC_020962	TCA	2	6	3598	3603	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478460349
29	NC_020962	GAA	2	6	3637	3642	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460349
30	NC_020962	AGC	2	6	3740	3745	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478460349
31	NC_020962	GTT	2	6	3795	3800	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478460349
32	NC_020962	AAG	2	6	3934	3939	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460349
33	NC_020962	TAG	2	6	4030	4035	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478460349
34	NC_020962	GAA	2	6	4098	4103	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460349
35	NC_020962	CAG	2	6	4303	4308	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478460349
36	NC_020962	TTA	2	6	4362	4367	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478460349
37	NC_020962	AGA	2	6	4497	4502	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460349
38	NC_020962	TTC	2	6	4523	4528	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478460349
39	NC_020962	GAA	2	6	4575	4580	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460349
40	NC_020962	AAT	2	6	4621	4626	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478460349
41	NC_020962	ATA	2	6	4751	4756	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478460350
42	NC_020962	AAT	2	6	4797	4802	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478460350
43	NC_020962	ACA	2	6	4810	4815	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478460350
44	NC_020962	AAT	2	6	4873	4878	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478460350
45	NC_020962	TCA	2	6	4879	4884	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478460350
46	NC_020962	TTG	2	6	4985	4990	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478460350
47	NC_020962	TTG	2	6	5044	5049	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478460350
48	NC_020962	AAC	2	6	5059	5064	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478460350
49	NC_020962	TAA	2	6	5076	5081	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478460350
50	NC_020962	AGG	2	6	5130	5135	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478460350
51	NC_020962	CAG	2	6	5195	5200	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478460350
52	NC_020962	ATT	2	6	5203	5208	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478460350
53	NC_020962	GTT	2	6	5230	5235	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478460350
54	NC_020962	TCA	2	6	5290	5295	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478460350
55	NC_020962	TTA	2	6	5594	5599	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478460351
56	NC_020962	CAA	2	6	5734	5739	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478460351
57	NC_020962	ATT	2	6	5757	5762	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478460351
58	NC_020962	ACA	2	6	5944	5949	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478460352
59	NC_020962	TCT	2	6	6034	6039	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478460352
60	NC_020962	CAT	2	6	6158	6163	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478460352
61	NC_020962	AAC	2	6	6211	6216	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478460352
62	NC_020962	ATA	2	6	6265	6270	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478460352
63	NC_020962	AAG	2	6	6302	6307	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460352
64	NC_020962	TTG	2	6	6311	6316	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478460352
65	NC_020962	GAA	3	9	6412	6420	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460352
66	NC_020962	GAT	2	6	6451	6456	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478460352
67	NC_020962	CAA	2	6	6521	6526	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478460352
68	NC_020962	TCG	2	6	6531	6536	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478460352
69	NC_020962	TCT	2	6	6558	6563	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478460352
70	NC_020962	AGA	2	6	6567	6572	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460352
71	NC_020962	AGA	2	6	6609	6614	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460352
72	NC_020962	AAG	2	6	6759	6764	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460353
73	NC_020962	ATT	2	6	6830	6835	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478460353
74	NC_020962	GAA	2	6	6864	6869	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460353
75	NC_020962	AAG	2	6	6877	6882	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460353
76	NC_020962	CTT	2	6	6942	6947	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478460353
77	NC_020962	TCT	2	6	7047	7052	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478460353
78	NC_020962	AGA	2	6	7306	7311	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460353
79	NC_020962	CAT	2	6	7349	7354	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478460353
80	NC_020962	TCC	2	6	7374	7379	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478460353
81	NC_020962	TCT	2	6	7391	7396	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478460353
82	NC_020962	ACA	2	6	7397	7402	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478460353

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.