MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis D/SotonD6 plasmid pSotonD6

Total Repeats: 93

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020959	TGG	2	6	12	17	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020959	TGG	2	6	34	39	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020959	TGG	2	6	56	61	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020959	TGG	2	6	78	83	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020959	AAC	2	6	851	856	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478459445
6	NC_020959	TCT	2	6	1147	1152	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478459446
7	NC_020959	TCT	2	6	1164	1169	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478459446
8	NC_020959	ATC	2	6	1194	1199	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478459446
9	NC_020959	CCA	2	6	1363	1368	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478459446
10	NC_020959	TAA	2	6	1456	1461	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478459446
11	NC_020959	TTG	2	6	1511	1516	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478459446
12	NC_020959	CCT	2	6	1566	1571	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478459446
13	NC_020959	TGC	2	6	1784	1789	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478459446
14	NC_020959	AAG	2	6	1816	1821	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478459446
15	NC_020959	ATA	2	6	1989	1994	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478459446
16	NC_020959	TGC	2	6	2097	2102	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478459446
17	NC_020959	AAT	2	6	2173	2178	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020959	GTT	2	6	2182	2187	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020959	GTT	2	6	2274	2279	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478459447
20	NC_020959	CAT	2	6	2356	2361	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478459447
21	NC_020959	GCG	2	6	2442	2447	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	478459447
22	NC_020959	ATG	2	6	2492	2497	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478459447
23	NC_020959	GAT	2	6	2545	2550	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478459447
24	NC_020959	GAA	2	6	2569	2574	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478459447
25	NC_020959	AGC	2	6	2784	2789	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478459447
26	NC_020959	TGA	2	6	2847	2852	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478459447
27	NC_020959	AGC	2	6	2892	2897	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478459447
28	NC_020959	TTG	2	6	3008	3013	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478459447
29	NC_020959	TTG	2	6	3020	3025	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478459447
30	NC_020959	AGA	2	6	3078	3083	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478459447
31	NC_020959	ATT	2	6	3084	3089	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478459447
32	NC_020959	GAA	2	6	3097	3102	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478459447
33	NC_020959	AGA	2	6	3198	3203	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478459447
34	NC_020959	TCT	2	6	3466	3471	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478459447
35	NC_020959	TCA	2	6	3598	3603	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478459448
36	NC_020959	GAA	2	6	3637	3642	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478459448
37	NC_020959	AGC	2	6	3740	3745	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478459448
38	NC_020959	GTT	2	6	3795	3800	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478459448
39	NC_020959	AAG	2	6	3934	3939	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478459448
40	NC_020959	TAG	2	6	4030	4035	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478459448
41	NC_020959	GAA	2	6	4098	4103	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478459448
42	NC_020959	CAG	2	6	4303	4308	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478459448
43	NC_020959	TTA	2	6	4362	4367	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478459448
44	NC_020959	AGA	2	6	4497	4502	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478459448
45	NC_020959	TTC	2	6	4523	4528	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478459448
46	NC_020959	GAA	2	6	4575	4580	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478459448
47	NC_020959	ATA	2	6	4742	4747	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478459449
48	NC_020959	AAT	2	6	4788	4793	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478459449
49	NC_020959	AAT	2	6	4864	4869	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478459449
50	NC_020959	TCA	2	6	4870	4875	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478459449
51	NC_020959	TTG	2	6	4976	4981	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478459449
52	NC_020959	TTG	2	6	5035	5040	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478459449
53	NC_020959	AAC	2	6	5050	5055	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478459449
54	NC_020959	TAA	2	6	5067	5072	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478459449
55	NC_020959	AGG	2	6	5121	5126	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478459449
56	NC_020959	CAG	2	6	5186	5191	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478459449
57	NC_020959	ATT	2	6	5194	5199	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478459449
58	NC_020959	GGC	2	6	5215	5220	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	478459449
59	NC_020959	GTT	2	6	5221	5226	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478459449
60	NC_020959	TCA	2	6	5281	5286	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478459449
61	NC_020959	CAA	2	6	5342	5347	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478459449
62	NC_020959	TTA	2	6	5585	5590	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478459450
63	NC_020959	CAA	2	6	5725	5730	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478459450
64	NC_020959	ATT	2	6	5748	5753	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478459450
65	NC_020959	GGA	2	6	5920	5925	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478459451
66	NC_020959	ACA	2	6	5935	5940	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478459451
67	NC_020959	TCT	2	6	6025	6030	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478459451
68	NC_020959	CAT	2	6	6149	6154	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478459451
69	NC_020959	AAC	2	6	6202	6207	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478459451
70	NC_020959	ATA	2	6	6256	6261	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478459451
71	NC_020959	AAG	2	6	6293	6298	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478459451
72	NC_020959	TTG	2	6	6302	6307	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478459451
73	NC_020959	GAA	3	9	6403	6411	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478459451
74	NC_020959	GAT	2	6	6442	6447	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478459451
75	NC_020959	CAA	2	6	6512	6517	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478459451
76	NC_020959	TCG	2	6	6522	6527	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478459451
77	NC_020959	TCT	2	6	6549	6554	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478459451
78	NC_020959	AGA	2	6	6558	6563	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478459451
79	NC_020959	AGA	2	6	6600	6605	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478459451
80	NC_020959	AAG	2	6	6750	6755	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478459452
81	NC_020959	ATT	2	6	6821	6826	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478459452
82	NC_020959	GAA	2	6	6855	6860	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478459452
83	NC_020959	AAG	2	6	6868	6873	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478459452
84	NC_020959	CTT	2	6	6933	6938	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478459452
85	NC_020959	CAA	2	6	6994	6999	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478459452
86	NC_020959	TCT	2	6	7038	7043	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478459452
87	NC_020959	AGA	2	6	7297	7302	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478459452
88	NC_020959	CAT	2	6	7340	7345	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478459452
89	NC_020959	TCC	2	6	7365	7370	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478459452
90	NC_020959	TCT	2	6	7382	7387	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478459452
91	NC_020959	ACA	2	6	7388	7393	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478459452
92	NC_020959	TCC	2	6	7425	7430	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
93	NC_020959	TTA	2	6	7449	7454	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.