MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis D/SotonD5 plasmid pSotonD5

Total Repeats: 85

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020958	AAC	2	6	850	855	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478455824
2	NC_020958	TCT	2	6	1146	1151	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478455825
3	NC_020958	TCT	2	6	1163	1168	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478455825
4	NC_020958	ATC	2	6	1193	1198	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478455825
5	NC_020958	CCA	2	6	1362	1367	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478455825
6	NC_020958	TAA	2	6	1455	1460	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478455825
7	NC_020958	TTG	2	6	1510	1515	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478455825
8	NC_020958	CCT	2	6	1565	1570	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478455825
9	NC_020958	TGC	2	6	1783	1788	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478455825
10	NC_020958	AAG	2	6	1815	1820	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455825
11	NC_020958	ATA	2	6	1988	1993	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478455825
12	NC_020958	TGC	2	6	2096	2101	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478455825
13	NC_020958	GTT	2	6	2273	2278	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478455826
14	NC_020958	CAT	2	6	2355	2360	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478455826
15	NC_020958	GCG	2	6	2441	2446	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	478455826
16	NC_020958	ATG	2	6	2491	2496	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455826
17	NC_020958	GAT	2	6	2544	2549	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455826
18	NC_020958	GAA	2	6	2568	2573	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455826
19	NC_020958	AGC	2	6	2783	2788	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478455826
20	NC_020958	TGA	2	6	2846	2851	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455826
21	NC_020958	AGC	2	6	2891	2896	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478455826
22	NC_020958	TTG	2	6	3007	3012	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478455826
23	NC_020958	TTG	2	6	3019	3024	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478455826
24	NC_020958	AGA	2	6	3077	3082	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455826
25	NC_020958	ATT	2	6	3083	3088	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478455826
26	NC_020958	GAA	2	6	3096	3101	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455826
27	NC_020958	AGA	2	6	3197	3202	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455826
28	NC_020958	TCT	2	6	3465	3470	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478455826
29	NC_020958	TCA	2	6	3597	3602	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478455827
30	NC_020958	GAA	2	6	3636	3641	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455827
31	NC_020958	AGC	2	6	3739	3744	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478455827
32	NC_020958	GTT	2	6	3794	3799	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478455827
33	NC_020958	AAG	2	6	3933	3938	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455827
34	NC_020958	TAG	2	6	4029	4034	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455827
35	NC_020958	GAA	2	6	4097	4102	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455827
36	NC_020958	CAG	2	6	4302	4307	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478455827
37	NC_020958	TTA	2	6	4361	4366	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478455827
38	NC_020958	AGA	2	6	4496	4501	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455827
39	NC_020958	TTC	2	6	4522	4527	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478455827
40	NC_020958	GAA	2	6	4574	4579	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455827
41	NC_020958	ATA	2	6	4741	4746	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478455828
42	NC_020958	AAT	2	6	4787	4792	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478455828
43	NC_020958	AAT	2	6	4863	4868	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478455828
44	NC_020958	TCA	2	6	4869	4874	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478455828
45	NC_020958	TTG	2	6	4975	4980	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478455828
46	NC_020958	TTG	2	6	5034	5039	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478455828
47	NC_020958	AAC	2	6	5049	5054	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478455828
48	NC_020958	TAA	2	6	5066	5071	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478455828
49	NC_020958	AGG	2	6	5120	5125	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478455828
50	NC_020958	CAG	2	6	5185	5190	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478455828
51	NC_020958	ATT	2	6	5193	5198	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478455828
52	NC_020958	GGC	2	6	5214	5219	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	478455828
53	NC_020958	GTT	2	6	5220	5225	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478455828
54	NC_020958	TCA	2	6	5280	5285	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478455828
55	NC_020958	CAA	2	6	5341	5346	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478455828
56	NC_020958	TTA	2	6	5584	5589	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478455829
57	NC_020958	CAA	2	6	5724	5729	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478455829
58	NC_020958	ATT	2	6	5747	5752	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478455829
59	NC_020958	GGA	2	6	5919	5924	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478455830
60	NC_020958	ACA	2	6	5934	5939	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478455830
61	NC_020958	TCT	2	6	6024	6029	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478455830
62	NC_020958	CAT	2	6	6148	6153	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478455830
63	NC_020958	AAC	2	6	6201	6206	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478455830
64	NC_020958	ATA	2	6	6255	6260	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478455830
65	NC_020958	AAG	2	6	6292	6297	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455830
66	NC_020958	TTG	2	6	6301	6306	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478455830
67	NC_020958	GAA	3	9	6402	6410	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455830
68	NC_020958	GAT	2	6	6441	6446	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455830
69	NC_020958	CAA	2	6	6511	6516	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478455830
70	NC_020958	TCG	2	6	6521	6526	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478455830
71	NC_020958	TCT	2	6	6548	6553	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478455830
72	NC_020958	AGA	2	6	6557	6562	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455830
73	NC_020958	AGA	2	6	6599	6604	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455830
74	NC_020958	AAG	2	6	6749	6754	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455831
75	NC_020958	ATT	2	6	6820	6825	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478455831
76	NC_020958	GAA	2	6	6854	6859	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455831
77	NC_020958	AAG	2	6	6867	6872	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455831
78	NC_020958	CTT	2	6	6932	6937	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478455831
79	NC_020958	CAA	2	6	6993	6998	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478455831
80	NC_020958	TCT	2	6	7037	7042	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478455831
81	NC_020958	AGA	2	6	7296	7301	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455831
82	NC_020958	CAT	2	6	7339	7344	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478455831
83	NC_020958	TCC	2	6	7364	7369	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478455831
84	NC_020958	TCT	2	6	7381	7386	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478455831
85	NC_020958	ACA	2	6	7387	7392	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478455831

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.