MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L3/404/LN plasmid pL3404

Total Repeats: 84

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020957	TCT	2	6	1062	1067	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478463056
2	NC_020957	TCT	2	6	1079	1084	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478463056
3	NC_020957	ATC	2	6	1109	1114	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478463056
4	NC_020957	CCA	2	6	1278	1283	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478463056
5	NC_020957	TAA	2	6	1371	1376	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478463056
6	NC_020957	TTG	2	6	1426	1431	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478463056
7	NC_020957	CCT	2	6	1481	1486	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478463056
8	NC_020957	TGC	2	6	1699	1704	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478463056
9	NC_020957	AAG	2	6	1731	1736	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463056
10	NC_020957	ATA	2	6	1904	1909	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478463056
11	NC_020957	TGC	2	6	2012	2017	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478463056
12	NC_020957	GTT	2	6	2189	2194	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478463057
13	NC_020957	TCA	2	6	2270	2275	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478463057
14	NC_020957	GCG	2	6	2357	2362	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	478463057
15	NC_020957	ATG	2	6	2407	2412	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478463057
16	NC_020957	GAT	2	6	2460	2465	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478463057
17	NC_020957	GAA	2	6	2484	2489	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463057
18	NC_020957	TGA	2	6	2762	2767	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478463057
19	NC_020957	AGC	2	6	2807	2812	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478463057
20	NC_020957	TTG	2	6	2923	2928	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478463057
21	NC_020957	ATT	2	6	2934	2939	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478463057
22	NC_020957	AGA	2	6	2993	2998	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463057
23	NC_020957	ATT	2	6	2999	3004	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478463057
24	NC_020957	AGA	2	6	3011	3016	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463057
25	NC_020957	AGA	2	6	3113	3118	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463057
26	NC_020957	TCT	2	6	3381	3386	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478463057
27	NC_020957	TCA	2	6	3513	3518	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478463058
28	NC_020957	GAA	2	6	3552	3557	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463058
29	NC_020957	AGC	2	6	3655	3660	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478463058
30	NC_020957	GTT	2	6	3710	3715	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478463058
31	NC_020957	AAG	2	6	3849	3854	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463058
32	NC_020957	TAG	2	6	3945	3950	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478463058
33	NC_020957	GAA	2	6	4013	4018	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463058
34	NC_020957	CAG	2	6	4218	4223	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478463058
35	NC_020957	AGA	2	6	4412	4417	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463058
36	NC_020957	TTC	2	6	4438	4443	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478463058
37	NC_020957	GAA	2	6	4490	4495	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463058
38	NC_020957	ATA	2	6	4666	4671	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478463059
39	NC_020957	AAT	2	6	4712	4717	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478463059
40	NC_020957	ACA	2	6	4725	4730	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478463059
41	NC_020957	AAT	2	6	4788	4793	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478463059
42	NC_020957	TGG	2	6	4880	4885	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478463059
43	NC_020957	TTG	2	6	4900	4905	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478463059
44	NC_020957	TTG	2	6	4959	4964	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478463059
45	NC_020957	AAC	2	6	4974	4979	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478463059
46	NC_020957	TAA	2	6	4991	4996	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478463059
47	NC_020957	AGG	2	6	5045	5050	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478463059
48	NC_020957	CAG	2	6	5110	5115	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478463059
49	NC_020957	ATT	2	6	5118	5123	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478463059
50	NC_020957	GGC	2	6	5139	5144	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	478463059
51	NC_020957	GTT	2	6	5145	5150	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478463059
52	NC_020957	TCA	2	6	5205	5210	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478463059
53	NC_020957	ATT	2	6	5244	5249	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478463059
54	NC_020957	TTA	2	6	5509	5514	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478463060
55	NC_020957	CAA	2	6	5649	5654	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478463060
56	NC_020957	ATT	2	6	5672	5677	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478463060
57	NC_020957	GGA	2	6	5844	5849	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478463061
58	NC_020957	ACA	2	6	5859	5864	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478463061
59	NC_020957	TCT	2	6	5949	5954	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478463061
60	NC_020957	CAT	2	6	6073	6078	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478463061
61	NC_020957	AAC	2	6	6126	6131	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478463061
62	NC_020957	ATA	2	6	6180	6185	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478463061
63	NC_020957	AAG	2	6	6217	6222	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463061
64	NC_020957	TTG	2	6	6226	6231	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478463061
65	NC_020957	GAA	3	9	6327	6335	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463061
66	NC_020957	GAT	2	6	6366	6371	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478463061
67	NC_020957	CAA	2	6	6436	6441	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478463061
68	NC_020957	TCG	2	6	6446	6451	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478463061
69	NC_020957	TCT	2	6	6473	6478	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478463061
70	NC_020957	AGA	2	6	6482	6487	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463061
71	NC_020957	AGA	2	6	6524	6529	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463061
72	NC_020957	CTT	2	6	6660	6665	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478463062
73	NC_020957	AAG	2	6	6674	6679	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463062
74	NC_020957	ATT	2	6	6745	6750	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478463062
75	NC_020957	GAA	2	6	6779	6784	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463062
76	NC_020957	AAG	2	6	6792	6797	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463062
77	NC_020957	CTT	2	6	6857	6862	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478463062
78	NC_020957	CAA	2	6	6918	6923	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478463062
79	NC_020957	TCT	2	6	6962	6967	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478463062
80	NC_020957	AGA	2	6	7221	7226	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463062
81	NC_020957	CAT	2	6	7264	7269	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478463062
82	NC_020957	TCC	2	6	7289	7294	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478463062
83	NC_020957	TCT	2	6	7306	7311	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478463062
84	NC_020957	ACA	2	6	7312	7317	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478463062

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.