MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/8200/07 complete genome

Total Repeats: 281

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020945	GAAGGA	2	12	1357	1368	50 %	0 %	50 %	0 %	478470270
2	NC_020945	AAAGCT	2	12	5538	5549	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478470274
3	NC_020945	TAGCAA	2	12	11428	11439	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478470280
4	NC_020945	AAAGCT	2	12	11559	11570	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478470280
5	NC_020945	TAGTGA	2	12	12705	12716	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478470281
6	NC_020945	ATATAC	2	12	16572	16583	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478470284
7	NC_020945	GTTCCT	2	12	19990	20001	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478470287
8	NC_020945	CTTTTT	2	12	22144	22155	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478470289
9	NC_020945	GTGAGG	2	12	26074	26085	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478470290
10	NC_020945	GGATTT	2	12	36551	36562	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478470302
11	NC_020945	AATTAG	2	12	37971	37982	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478470303
12	NC_020945	TTCCTG	2	12	38270	38281	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478470303
13	NC_020945	TTTTGA	2	12	45507	45518	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478470309
14	NC_020945	TGAACG	2	12	52917	52928	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478470316
15	NC_020945	GTGATT	2	12	52936	52947	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478470316
16	NC_020945	GGTTCA	2	12	55706	55717	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478470318
17	NC_020945	GAAAAG	2	12	56962	56973	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478470319
18	NC_020945	AGTTGT	2	12	58167	58178	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478470320
19	NC_020945	AGTTGT	2	12	58311	58322	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478470320
20	NC_020945	TCTTGT	2	12	59220	59231	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478470320
21	NC_020945	TCCTAA	2	12	60033	60044	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478470321
22	NC_020945	GTTCTT	2	12	63947	63958	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478470323
23	NC_020945	CTATTT	2	12	72257	72268	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478470330
24	NC_020945	ACTCTT	2	12	73386	73397	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478470331
25	NC_020945	TTTCTG	2	12	73936	73947	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478470332
26	NC_020945	GATCAT	2	12	74066	74077	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478470332
27	NC_020945	TAGTAC	2	12	77060	77071	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478470333
28	NC_020945	GGTTTA	2	12	80713	80724	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478470336
29	NC_020945	GTCTGT	2	12	83757	83768	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478470339
30	NC_020945	TTCTGA	2	12	89371	89382	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478470343
31	NC_020945	AAAAGA	2	12	94435	94446	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478470348
32	NC_020945	AGCTGT	2	12	96528	96539	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478470349
33	NC_020945	TCTTTT	2	12	97193	97204	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478470351
34	NC_020945	GGGGCT	2	12	98141	98152	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	478470351
35	NC_020945	TTTGAG	2	12	100341	100352	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478470353
36	NC_020945	TCAGAA	2	12	106982	106993	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478470358
37	NC_020945	CATAAC	2	12	110026	110037	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478470361
38	NC_020945	TGTTCT	2	12	112793	112804	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478470363
39	NC_020945	ACTTCG	2	12	116086	116097	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478470365
40	NC_020945	TTGCCA	2	12	119627	119638	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478470370
41	NC_020945	TTGGTA	2	12	121241	121252	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478470372
42	NC_020945	AGGATC	2	12	121620	121631	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478470372
43	NC_020945	AAGGGT	2	12	123427	123438	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478470373
44	NC_020945	GGGTTT	2	12	124390	124401	0 %	50 %	50 %	0 %	478470374
45	NC_020945	TTGCAT	2	12	124672	124683	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478470374
46	NC_020945	AAGAGA	2	12	125041	125052	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478470374
47	NC_020945	TTAAAA	2	12	133976	133987	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478470381
48	NC_020945	AGGTTG	2	12	135218	135229	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	478470382
49	NC_020945	GAGTTA	2	12	140266	140277	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478470391
50	NC_020945	TGGAAA	2	12	142819	142830	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478470394
51	NC_020945	TGGAAT	2	12	143694	143705	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478470395
52	NC_020945	ATGGTT	2	12	143938	143949	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478470395
53	NC_020945	TGCTCT	2	12	146130	146141	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478470398
54	NC_020945	GAAAGG	2	12	149868	149879	50 %	0 %	50 %	0 %	478470400
55	NC_020945	GCTTTG	2	12	150111	150122	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478470400
56	NC_020945	TGTGCG	2	12	154234	154245	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	478470404
57	NC_020945	CCTCAT	2	12	155532	155543	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478470405
58	NC_020945	TGGAGA	2	12	156990	157001	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478470407
59	NC_020945	CTCCAT	2	12	158359	158370	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478470408
60	NC_020945	TCCTTG	2	12	158955	158966	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478470409
61	NC_020945	AACAGC	2	12	161592	161603	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478470412
62	NC_020945	TAAAAA	2	12	174021	174032	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478470418
63	NC_020945	AAAAAG	2	12	174188	174199	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478470419
64	NC_020945	ATTTGC	2	12	189310	189321	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478470432
65	NC_020945	AAACAT	2	12	190404	190415	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478470434
66	NC_020945	AGCAAC	2	12	190739	190750	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478470434
67	NC_020945	TCTGGA	2	12	196010	196021	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478470440
68	NC_020945	CTGGAT	2	12	211601	211612	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478470453
69	NC_020945	GAAATA	2	12	211924	211935	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478470453
70	NC_020945	GATGCA	2	12	218817	218828	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478470460
71	NC_020945	ACTCCA	2	12	219707	219718	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478470461
72	NC_020945	CTGCTT	2	12	219939	219950	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478470461
73	NC_020945	ATTGCT	2	12	223248	223259	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478470464
74	NC_020945	TCCTAG	2	12	223538	223549	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478470464
75	NC_020945	GCAACG	2	12	224026	224037	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478470465
76	NC_020945	CTTAGC	2	12	226658	226669	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478470467
77	NC_020945	TTCCTT	2	12	233490	233501	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478470472
78	NC_020945	TCTCCT	2	12	236371	236382	0 %	50 %	0 %	50 %	478470473
79	NC_020945	CCTGCA	2	12	252346	252357	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478470492
80	NC_020945	ACCTTT	2	12	257541	257552	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478470497
81	NC_020945	TCATAA	2	12	265387	265398	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478470504
82	NC_020945	AAGTGT	2	12	266113	266124	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478470504
83	NC_020945	ATCTAA	2	12	269389	269400	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478470507
84	NC_020945	TGGAAT	2	12	271587	271598	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478470509
85	NC_020945	GGAACA	2	12	275474	275485	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	478470511
86	NC_020945	CACGCG	2	12	277847	277858	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	478470513
87	NC_020945	TTTCTT	2	12	278026	278037	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478470513
88	NC_020945	CTCCTA	2	12	282188	282199	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478470516
89	NC_020945	GCAATG	2	12	288307	288318	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478470522
90	NC_020945	CGACAT	2	12	288980	288991	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478470523
91	NC_020945	CCCTTA	2	12	290434	290445	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478470525
92	NC_020945	AAAATA	2	12	292532	292543	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478470527
93	NC_020945	ACCACT	2	12	294887	294898	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478470529
94	NC_020945	CATTGC	2	12	298133	298144	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478470532
95	NC_020945	CCAAAA	2	12	299312	299323	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478470533
96	NC_020945	TCTTTT	2	12	301197	301208	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478470535
97	NC_020945	CAAGAC	2	12	302288	302299	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478470536
98	NC_020945	AGCTTA	2	12	303568	303579	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478470538
99	NC_020945	CAAAGA	2	12	308953	308964	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478470543
100	NC_020945	ATGGCT	2	12	309569	309580	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478470544
101	NC_020945	TACAAA	2	12	313759	313770	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478470547
102	NC_020945	TTAATT	2	12	315438	315449	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478470549
103	NC_020945	AAAACA	2	12	318923	318934	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	478470551
104	NC_020945	CAGGAC	2	12	340898	340909	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478470570
105	NC_020945	ATTCAA	2	12	345875	345886	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478470575
106	NC_020945	AGACCG	2	12	345949	345960	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478470575
107	NC_020945	TTCTTA	2	12	357852	357863	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478470583
108	NC_020945	CAGCCT	2	12	369929	369940	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478470596
109	NC_020945	ATGCTA	2	12	373846	373857	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478470598
110	NC_020945	CAATAG	2	12	380452	380463	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478470601
111	NC_020945	ACTGAA	2	12	380593	380604	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478470601
112	NC_020945	CTGCAC	2	12	380786	380797	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478470601
113	NC_020945	TCCATA	2	12	391145	391156	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478470610
114	NC_020945	TTAGGT	2	12	392496	392507	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478470612
115	NC_020945	AGGGAA	2	12	393822	393833	50 %	0 %	50 %	0 %	478470613
116	NC_020945	CTGAAG	2	12	394657	394668	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478470614
117	NC_020945	TAATCT	2	12	400077	400088	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	478470617
118	NC_020945	GAACAA	2	12	400579	400590	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478470618
119	NC_020945	CTAAAG	2	12	400962	400973	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478470619
120	NC_020945	CCTTTC	2	12	402126	402137	0 %	50 %	0 %	50 %	478470620
121	NC_020945	TTTTAA	2	12	405990	406001	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478470622
122	NC_020945	ACATGC	2	12	411667	411678	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478470630
123	NC_020945	GGCTCT	2	12	412402	412413	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478470631
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125	NC_020945	CCCCCA	2	12	415330	415341	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	478470633
126	NC_020945	TTCCTC	2	12	419395	419406	0 %	50 %	0 %	50 %	478470637
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129	NC_020945	TGATAA	2	12	425461	425472	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478470642
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131	NC_020945	TTCTCC	2	12	439870	439881	0 %	50 %	0 %	50 %	478470656
132	NC_020945	ATGAAG	2	12	448921	448932	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478470664
133	NC_020945	TAACTC	2	12	449438	449449	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478470664
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136	NC_020945	CCAATA	2	12	457766	457777	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478470669
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138	NC_020945	TATTGG	2	12	464206	464217	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478470677
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140	NC_020945	TCTTCA	2	12	476979	476990	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478470682
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145	NC_020945	TGAGTA	2	12	492558	492569	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478470695
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180	NC_020945	CTGCTC	2	12	597521	597532	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	478470806
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185	NC_020945	ACTGTA	2	12	616086	616097	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478470822
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215	NC_020945	ATGCAA	2	12	761617	761628	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478470944
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219	NC_020945	ATGAAG	2	12	780723	780734	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478470959
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221	NC_020945	CCCTGA	2	12	789503	789514	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478470967
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223	NC_020945	AAGCTC	2	12	792664	792675	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478470970
224	NC_020945	TTTCTT	2	12	795527	795538	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478470972
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226	NC_020945	GAAATT	2	12	800331	800342	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478470977
227	NC_020945	TAGCCT	2	12	803960	803971	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478470978
228	NC_020945	CACCTA	2	12	818522	818533	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478470988
229	NC_020945	AAGAGG	2	12	824402	824413	50 %	0 %	50 %	0 %	478470992
230	NC_020945	GAAAGG	2	12	829279	829290	50 %	0 %	50 %	0 %	478470997
231	NC_020945	AGCTTC	2	12	830733	830744	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478470998
232	NC_020945	ATCACA	2	12	834837	834848	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478471003
233	NC_020945	GATCCG	2	12	839446	839457	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	478471007
234	NC_020945	TTATGC	2	12	846396	846407	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478471013
235	NC_020945	ATGGGG	2	12	849430	849441	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478471016
236	NC_020945	AAAGAA	2	12	849909	849920	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478471016
237	NC_020945	GGCTAG	2	12	850292	850303	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	478471016
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240	NC_020945	GACCTG	2	12	863200	863211	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	478471022
241	NC_020945	GAAGAG	2	12	883665	883676	50 %	0 %	50 %	0 %	478471032
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.