MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis A/7249 complete genome

Total Repeats: 329

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020944	GAAGGA	2	12	1354	1365	50 %	0 %	50 %	0 %	478465762
2	NC_020944	AAAGCT	2	12	5535	5546	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478465766
3	NC_020944	CAAAAA	2	12	6846	6857	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_020944	TAGCAA	2	12	11422	11433	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478465772
5	NC_020944	AAAGCT	2	12	11553	11564	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478465772
6	NC_020944	TAGTGA	2	12	12698	12709	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478465773
7	NC_020944	GTTCCT	2	12	19983	19994	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478465779
8	NC_020944	CTTTTT	2	12	22137	22148	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478465781
9	NC_020944	GTGAGG	2	12	26067	26078	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478465782
10	NC_020944	GGATTT	2	12	36543	36554	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478465794
11	NC_020944	AATTAG	2	12	37964	37975	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478465795
12	NC_020944	TTCCTG	2	12	38263	38274	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478465795
13	NC_020944	TTTTGA	2	12	45571	45582	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478465801
14	NC_020944	TGAACG	2	12	52810	52821	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478465808
15	NC_020944	GTGATT	2	12	52829	52840	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478465808
16	NC_020944	GATCTG	2	12	55462	55473	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478465810
17	NC_020944	GGTTCA	2	12	55599	55610	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478465810
18	NC_020944	CTGGAG	2	12	56652	56663	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	478465811
19	NC_020944	GAAAAG	2	12	56846	56857	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478465811
20	NC_020944	GGTTCA	2	12	57098	57109	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478465811
21	NC_020944	CCAAGA	2	12	58100	58111	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478465812
22	NC_020944	AGTTGT	2	12	58206	58217	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478465812
23	NC_020944	TCTTGT	2	12	59127	59138	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478465812
24	NC_020944	TGAAAA	2	12	59599	59610	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478465813
25	NC_020944	TCCTAA	2	12	59938	59949	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478465813
26	NC_020944	AAAAAT	2	12	61433	61444	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020944	GTTCTT	2	12	63852	63863	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478465815
28	NC_020944	CTATTT	2	12	72174	72185	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478465823
29	NC_020944	ACTCTT	2	12	73303	73314	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478465824
30	NC_020944	TTTCTG	2	12	73853	73864	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478465825
31	NC_020944	GATCAT	2	12	73983	73994	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478465825
32	NC_020944	TAGTAC	2	12	76977	76988	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478465826
33	NC_020944	ATCTAG	2	12	77156	77167	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_020944	GGTTTA	2	12	80622	80633	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478465829
35	NC_020944	GTCTGT	2	12	83666	83677	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478465832
36	NC_020944	TTCTGA	2	12	89280	89291	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478465836
37	NC_020944	AAAAGA	2	12	94343	94354	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478465841
38	NC_020944	AGCTGT	2	12	96436	96447	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478465842
39	NC_020944	TCTTTT	2	12	97101	97112	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478465844
40	NC_020944	GGGGCT	2	12	98049	98060	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	478465844
41	NC_020944	GAACAT	2	12	99980	99991	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478465845
42	NC_020944	TTTGAG	2	12	100252	100263	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478465846
43	NC_020944	TCAGAA	2	12	106893	106904	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478465851
44	NC_020944	CATAAC	2	12	109937	109948	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478465854
45	NC_020944	TGTTCT	2	12	112701	112712	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478465856
46	NC_020944	ACTTCG	2	12	115985	115996	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478465858
47	NC_020944	TTTTAG	2	12	116420	116431	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020944	TTGCCA	2	12	119525	119536	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478465863
49	NC_020944	TAAAAA	2	12	121017	121028	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020944	TTGGTA	2	12	121065	121076	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478465865
51	NC_020944	AGGATC	2	12	121444	121455	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_020944	AAGGGT	2	12	123251	123262	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478465867
53	NC_020944	GGGTTT	2	12	124214	124225	0 %	50 %	50 %	0 %	478465868
54	NC_020944	TTGCAT	2	12	124496	124507	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478465868
55	NC_020944	AAGAGA	2	12	124865	124876	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478465868
56	NC_020944	TTAAAA	2	12	133799	133810	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478465874
57	NC_020944	AGGTTG	2	12	135041	135052	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	478465875
58	NC_020944	GAGTTA	2	12	140076	140087	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478465884
59	NC_020944	TGGAAA	2	12	142629	142640	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478465887
60	NC_020944	TGGAAT	2	12	143504	143515	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478465888
61	NC_020944	ATGGTT	2	12	143748	143759	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478465888
62	NC_020944	TGCTCT	2	12	145939	145950	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478465891
63	NC_020944	GAAAGG	2	12	149677	149688	50 %	0 %	50 %	0 %	478465893
64	NC_020944	GCTTTG	2	12	149920	149931	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478465893
65	NC_020944	TGTGCG	2	12	154043	154054	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	478465897
66	NC_020944	CCTCAT	2	12	155341	155352	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478465898
67	NC_020944	TGGAGA	2	12	156799	156810	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478465900
68	NC_020944	CTCCAT	2	12	158169	158180	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478465901
69	NC_020944	TCCTTG	2	12	158765	158776	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478465902
70	NC_020944	AAGTTT	2	12	158850	158861	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	478465902
71	NC_020944	TAAGGC	2	12	159017	159028	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478465902
72	NC_020944	AACAGC	2	12	161402	161413	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478465905
73	NC_020944	AAAAAG	2	12	173989	174000	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478465912
74	NC_020944	AGAAAA	2	12	183208	183219	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020944	ACTTCT	2	12	190323	190334	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478465927
76	NC_020944	GGATAT	2	12	190946	190957	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478465927
77	NC_020944	GAATGC	2	12	192473	192484	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478465928
78	NC_020944	ATTTGC	2	12	193960	193971	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478465931
79	NC_020944	AAACAT	2	12	195050	195061	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478465934
80	NC_020944	AGCAAC	2	12	195385	195396	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478465934
81	NC_020944	TATGAA	2	12	196978	196989	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020944	TTGCCT	2	12	198097	198108	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478465939
83	NC_020944	TCTGGA	2	12	201347	201358	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478465943
84	NC_020944	CTGGAT	2	12	216937	216948	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478465956
85	NC_020944	GAAATA	2	12	217260	217271	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478465956
86	NC_020944	TTTTAC	2	12	222987	222998	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_020944	GATGCA	2	12	224149	224160	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478465963
88	NC_020944	ACTCCA	2	12	225039	225050	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478465964
89	NC_020944	CTGCTT	2	12	225271	225282	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478465964
90	NC_020944	ATTGCT	2	12	228580	228591	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478465967
91	NC_020944	TCCTAG	2	12	228870	228881	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478465967
92	NC_020944	GCAACG	2	12	229358	229369	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478465968
93	NC_020944	CTTAGC	2	12	231991	232002	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478465970
94	NC_020944	TTCCTT	2	12	238823	238834	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478465975
95	NC_020944	TCTCCT	2	12	241704	241715	0 %	50 %	0 %	50 %	478465976
96	NC_020944	AAACCA	2	12	242279	242290	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478465977
97	NC_020944	AACCCT	2	12	256701	256712	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
98	NC_020944	TTTTTA	2	12	257497	257508	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020944	CCTGCA	2	12	257657	257668	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478465995
100	NC_020944	ACCTTT	2	12	262852	262863	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478466000
101	NC_020944	TCATAA	2	12	270699	270710	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478466007
102	NC_020944	AAGTGT	2	12	271425	271436	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478466007
103	NC_020944	AGGAGA	2	12	272598	272609	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020944	ATCTAA	2	12	274703	274714	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478466010
105	NC_020944	TGGAAT	2	12	276901	276912	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478466012
106	NC_020944	GGAACA	2	12	280788	280799	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	478466014
107	NC_020944	ATATTA	2	12	281496	281507	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020944	CACGCG	2	12	283161	283172	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	478466016
109	NC_020944	TTTCTT	2	12	283340	283351	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478466016
110	NC_020944	CTCCTA	2	12	287502	287513	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478466019
111	NC_020944	GCAATG	2	12	293621	293632	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478466025
112	NC_020944	CGACAT	2	12	294297	294308	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478466026
113	NC_020944	CCCTTA	2	12	295751	295762	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478466028
114	NC_020944	AAAATA	2	12	297849	297860	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478466030
115	NC_020944	ACCACT	2	12	300204	300215	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478466032
116	NC_020944	CATTGC	2	12	303450	303461	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478466035
117	NC_020944	CCAAAA	2	12	304629	304640	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478466036
118	NC_020944	TCTTTT	2	12	306514	306525	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478466038
119	NC_020944	CAAGAC	2	12	307605	307616	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478466039
120	NC_020944	AGCTTA	2	12	308886	308897	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478466041
121	NC_020944	CAAAGA	2	12	314258	314269	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478466046
122	NC_020944	ATGGCT	2	12	314874	314885	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478466047
123	NC_020944	TACAAA	2	12	319064	319075	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478466050
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127	NC_020944	CAGAAC	2	12	346195	346206	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478466073
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173	NC_020944	AAGAAA	2	12	504867	504878	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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220	NC_020944	TCTTTT	2	12	620027	620038	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
221	NC_020944	ACTGTA	2	12	621719	621730	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478466327
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223	NC_020944	CCTTAG	2	12	625821	625832	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478466332
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230	NC_020944	ATCTTG	2	12	645428	645439	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478466350
231	NC_020944	TTAAAT	2	12	648199	648210	50 %	50 %	0 %	0 %	478466352
232	NC_020944	TTATTT	2	12	651238	651249	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
233	NC_020944	GCTTCT	2	12	652588	652599	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478466356
234	NC_020944	TAGGAG	2	12	653555	653566	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478466356
235	NC_020944	CACAGG	2	12	655548	655559	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478466358
236	NC_020944	TTCTAT	2	12	669377	669388	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478466367
237	NC_020944	AGAAAG	2	12	671699	671710	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478466368
238	NC_020944	CATATT	2	12	683574	683585	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	478466380
239	NC_020944	AGCTGG	2	12	689749	689760	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	478466388
240	NC_020944	GCATCA	2	12	691591	691602	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478466389
241	NC_020944	ATCAAT	2	12	695916	695927	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478466393
242	NC_020944	CCGCAA	2	12	700796	700807	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	478466398
243	NC_020944	AAATGC	2	12	706758	706769	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478466400
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246	NC_020944	TATCCA	2	12	724165	724176	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478466414
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248	NC_020944	TCTGCA	2	12	747712	747723	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
249	NC_020944	TGTGAT	2	12	748355	748366	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478466430
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252	NC_020944	GGGAAG	2	12	761312	761323	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478466443
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254	NC_020944	ATGCAA	2	12	767289	767300	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478466449
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259	NC_020944	ATTAGG	2	12	792177	792188	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478466468
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266	NC_020944	GAAATT	2	12	805981	805992	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478466481
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268	NC_020944	ATTTTT	2	12	810875	810886	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
269	NC_020944	AGCTAC	2	12	828139	828150	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478466494
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272	NC_020944	AGCTTC	2	12	836340	836351	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478466502
273	NC_020944	TTTTTA	2	12	837313	837324	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
274	NC_020944	ATCACA	2	12	840445	840456	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478466507
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282	NC_020944	CCGGAG	2	12	859194	859205	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
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287	NC_020944	TAAGGA	2	12	880324	880335	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
288	NC_020944	CCGGAG	2	12	881242	881253	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
289	NC_020944	TTTTCT	2	12	891648	891659	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478466537
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320	NC_020944	GCAATA	2	12	1010199	1010210	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478466639
321	NC_020944	CTTTAT	2	12	1013467	1013478	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478466641
322	NC_020944	AGCTGG	2	12	1013895	1013906	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	478466641
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324	NC_020944	GAAAAA	2	12	1031010	1031021	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478466654
325	NC_020944	TTTCTT	2	12	1031674	1031685	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478466655
326	NC_020944	GTAATA	2	12	1038022	1038033	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478466657
327	NC_020944	ACCATC	2	12	1038767	1038778	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478466657
328	NC_020944	ATTTTT	2	12	1040752	1040763	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
329	NC_020944	TAAAAT	2	12	1044334	1044345	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.