MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis A/7249 complete genome

Total Repeats: 290

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020944	GAAGGA	2	12	1354	1365	50 %	0 %	50 %	0 %	478465762
2	NC_020944	AAAGCT	2	12	5535	5546	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478465766
3	NC_020944	TAGCAA	2	12	11422	11433	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478465772
4	NC_020944	AAAGCT	2	12	11553	11564	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478465772
5	NC_020944	TAGTGA	2	12	12698	12709	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478465773
6	NC_020944	GTTCCT	2	12	19983	19994	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478465779
7	NC_020944	CTTTTT	2	12	22137	22148	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478465781
8	NC_020944	GTGAGG	2	12	26067	26078	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478465782
9	NC_020944	GGATTT	2	12	36543	36554	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478465794
10	NC_020944	AATTAG	2	12	37964	37975	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478465795
11	NC_020944	TTCCTG	2	12	38263	38274	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478465795
12	NC_020944	TTTTGA	2	12	45571	45582	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478465801
13	NC_020944	TGAACG	2	12	52810	52821	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478465808
14	NC_020944	GTGATT	2	12	52829	52840	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478465808
15	NC_020944	GATCTG	2	12	55462	55473	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478465810
16	NC_020944	GGTTCA	2	12	55599	55610	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478465810
17	NC_020944	CTGGAG	2	12	56652	56663	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	478465811
18	NC_020944	GAAAAG	2	12	56846	56857	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478465811
19	NC_020944	GGTTCA	2	12	57098	57109	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478465811
20	NC_020944	CCAAGA	2	12	58100	58111	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478465812
21	NC_020944	AGTTGT	2	12	58206	58217	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478465812
22	NC_020944	TCTTGT	2	12	59127	59138	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478465812
23	NC_020944	TGAAAA	2	12	59599	59610	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478465813
24	NC_020944	TCCTAA	2	12	59938	59949	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478465813
25	NC_020944	GTTCTT	2	12	63852	63863	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478465815
26	NC_020944	CTATTT	2	12	72174	72185	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478465823
27	NC_020944	ACTCTT	2	12	73303	73314	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478465824
28	NC_020944	TTTCTG	2	12	73853	73864	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478465825
29	NC_020944	GATCAT	2	12	73983	73994	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478465825
30	NC_020944	TAGTAC	2	12	76977	76988	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478465826
31	NC_020944	GGTTTA	2	12	80622	80633	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478465829
32	NC_020944	GTCTGT	2	12	83666	83677	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478465832
33	NC_020944	TTCTGA	2	12	89280	89291	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478465836
34	NC_020944	AAAAGA	2	12	94343	94354	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478465841
35	NC_020944	AGCTGT	2	12	96436	96447	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478465842
36	NC_020944	TCTTTT	2	12	97101	97112	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478465844
37	NC_020944	GGGGCT	2	12	98049	98060	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	478465844
38	NC_020944	GAACAT	2	12	99980	99991	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478465845
39	NC_020944	TTTGAG	2	12	100252	100263	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478465846
40	NC_020944	TCAGAA	2	12	106893	106904	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478465851
41	NC_020944	CATAAC	2	12	109937	109948	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478465854
42	NC_020944	TGTTCT	2	12	112701	112712	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478465856
43	NC_020944	ACTTCG	2	12	115985	115996	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478465858
44	NC_020944	TTGCCA	2	12	119525	119536	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478465863
45	NC_020944	TTGGTA	2	12	121065	121076	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478465865
46	NC_020944	AAGGGT	2	12	123251	123262	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478465867
47	NC_020944	GGGTTT	2	12	124214	124225	0 %	50 %	50 %	0 %	478465868
48	NC_020944	TTGCAT	2	12	124496	124507	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478465868
49	NC_020944	AAGAGA	2	12	124865	124876	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478465868
50	NC_020944	TTAAAA	2	12	133799	133810	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478465874
51	NC_020944	AGGTTG	2	12	135041	135052	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	478465875
52	NC_020944	GAGTTA	2	12	140076	140087	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478465884
53	NC_020944	TGGAAA	2	12	142629	142640	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478465887
54	NC_020944	TGGAAT	2	12	143504	143515	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478465888
55	NC_020944	ATGGTT	2	12	143748	143759	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478465888
56	NC_020944	TGCTCT	2	12	145939	145950	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478465891
57	NC_020944	GAAAGG	2	12	149677	149688	50 %	0 %	50 %	0 %	478465893
58	NC_020944	GCTTTG	2	12	149920	149931	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478465893
59	NC_020944	TGTGCG	2	12	154043	154054	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	478465897
60	NC_020944	CCTCAT	2	12	155341	155352	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478465898
61	NC_020944	TGGAGA	2	12	156799	156810	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478465900
62	NC_020944	CTCCAT	2	12	158169	158180	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478465901
63	NC_020944	TCCTTG	2	12	158765	158776	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478465902
64	NC_020944	AAGTTT	2	12	158850	158861	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	478465902
65	NC_020944	TAAGGC	2	12	159017	159028	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478465902
66	NC_020944	AACAGC	2	12	161402	161413	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478465905
67	NC_020944	AAAAAG	2	12	173989	174000	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478465912
68	NC_020944	ACTTCT	2	12	190323	190334	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478465927
69	NC_020944	GGATAT	2	12	190946	190957	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478465927
70	NC_020944	GAATGC	2	12	192473	192484	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478465928
71	NC_020944	ATTTGC	2	12	193960	193971	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478465931
72	NC_020944	AAACAT	2	12	195050	195061	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478465934
73	NC_020944	AGCAAC	2	12	195385	195396	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478465934
74	NC_020944	TTGCCT	2	12	198097	198108	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478465939
75	NC_020944	TCTGGA	2	12	201347	201358	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478465943
76	NC_020944	CTGGAT	2	12	216937	216948	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478465956
77	NC_020944	GAAATA	2	12	217260	217271	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478465956
78	NC_020944	GATGCA	2	12	224149	224160	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478465963
79	NC_020944	ACTCCA	2	12	225039	225050	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478465964
80	NC_020944	CTGCTT	2	12	225271	225282	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478465964
81	NC_020944	ATTGCT	2	12	228580	228591	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478465967
82	NC_020944	TCCTAG	2	12	228870	228881	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478465967
83	NC_020944	GCAACG	2	12	229358	229369	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478465968
84	NC_020944	CTTAGC	2	12	231991	232002	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478465970
85	NC_020944	TTCCTT	2	12	238823	238834	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478465975
86	NC_020944	TCTCCT	2	12	241704	241715	0 %	50 %	0 %	50 %	478465976
87	NC_020944	AAACCA	2	12	242279	242290	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478465977
88	NC_020944	CCTGCA	2	12	257657	257668	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478465995
89	NC_020944	ACCTTT	2	12	262852	262863	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478466000
90	NC_020944	TCATAA	2	12	270699	270710	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478466007
91	NC_020944	AAGTGT	2	12	271425	271436	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478466007
92	NC_020944	ATCTAA	2	12	274703	274714	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478466010
93	NC_020944	TGGAAT	2	12	276901	276912	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478466012
94	NC_020944	GGAACA	2	12	280788	280799	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	478466014
95	NC_020944	CACGCG	2	12	283161	283172	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	478466016
96	NC_020944	TTTCTT	2	12	283340	283351	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478466016
97	NC_020944	CTCCTA	2	12	287502	287513	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478466019
98	NC_020944	GCAATG	2	12	293621	293632	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478466025
99	NC_020944	CGACAT	2	12	294297	294308	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478466026
100	NC_020944	CCCTTA	2	12	295751	295762	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478466028
101	NC_020944	AAAATA	2	12	297849	297860	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478466030
102	NC_020944	ACCACT	2	12	300204	300215	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478466032
103	NC_020944	CATTGC	2	12	303450	303461	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478466035
104	NC_020944	CCAAAA	2	12	304629	304640	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478466036
105	NC_020944	TCTTTT	2	12	306514	306525	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478466038
106	NC_020944	CAAGAC	2	12	307605	307616	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478466039
107	NC_020944	AGCTTA	2	12	308886	308897	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478466041
108	NC_020944	CAAAGA	2	12	314258	314269	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478466046
109	NC_020944	ATGGCT	2	12	314874	314885	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478466047
110	NC_020944	TACAAA	2	12	319064	319075	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478466050
111	NC_020944	TTAATT	2	12	320743	320754	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478466052
112	NC_020944	AAAACA	2	12	324228	324239	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	478466054
113	NC_020944	CAGAAC	2	12	346195	346206	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478466073
114	NC_020944	ATTCAA	2	12	351172	351183	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478466078
115	NC_020944	TTCTTA	2	12	363149	363160	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478466086
116	NC_020944	CAGCCT	2	12	375231	375242	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478466099
117	NC_020944	AGCTGA	2	12	375281	375292	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478466099
118	NC_020944	ATGCTA	2	12	379148	379159	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478466101
119	NC_020944	CAATAG	2	12	385754	385765	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478466104
120	NC_020944	ACTGAA	2	12	385895	385906	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478466104
121	NC_020944	CTGCAC	2	12	386088	386099	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478466104
122	NC_020944	TCCATA	2	12	396446	396457	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478466113
123	NC_020944	TTAGGT	2	12	397804	397815	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478466115
124	NC_020944	AGGGAA	2	12	399130	399141	50 %	0 %	50 %	0 %	478466116
125	NC_020944	CTGAAG	2	12	399965	399976	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478466117
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128	NC_020944	CTAAAG	2	12	406259	406270	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478466122
129	NC_020944	CCTTTC	2	12	407423	407434	0 %	50 %	0 %	50 %	478466123
130	NC_020944	TTTTAA	2	12	411287	411298	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478466125
131	NC_020944	ACATGC	2	12	416966	416977	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478466133
132	NC_020944	GGCTCT	2	12	417701	417712	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478466134
133	NC_020944	ATCTTG	2	12	419295	419306	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478466135
134	NC_020944	CCCCCA	2	12	420629	420640	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	478466136
135	NC_020944	TTCCTC	2	12	424694	424705	0 %	50 %	0 %	50 %	478466140
136	NC_020944	CTCTAC	2	12	427942	427953	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478466142
137	NC_020944	ACATCA	2	12	428587	428598	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478466143
138	NC_020944	CGGAAT	2	12	428849	428860	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478466144
139	NC_020944	TGATAA	2	12	430752	430763	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478466147
140	NC_020944	AGCTAA	2	12	433126	433137	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478466150
141	NC_020944	TTCTCC	2	12	445162	445173	0 %	50 %	0 %	50 %	478466161
142	NC_020944	ATGAAG	2	12	454212	454223	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478466169
143	NC_020944	TAACTC	2	12	454729	454740	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478466169
144	NC_020944	ATCCGC	2	12	455654	455665	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478466169
145	NC_020944	CTAAAG	2	12	458072	458083	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478466170
146	NC_020944	CCAATA	2	12	463057	463068	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478466174
147	NC_020944	ATCGGC	2	12	468904	468915	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	478466182
148	NC_020944	TATTGG	2	12	469497	469508	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478466182
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151	NC_020944	CTACAA	2	12	486081	486092	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478466187
152	NC_020944	CCAATC	2	12	490549	490560	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478466191
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155	NC_020944	TGAGTA	2	12	497884	497895	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478466200
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192	NC_020944	CTGCTC	2	12	603151	603162	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	478466311
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220	NC_020944	GAAAGA	2	12	708876	708887	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478466401
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222	NC_020944	TATCCA	2	12	724165	724176	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478466414
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227	NC_020944	GGAAGA	2	12	764977	764988	50 %	0 %	50 %	0 %	478466445
228	NC_020944	ATGCAA	2	12	767289	767300	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478466449
229	NC_020944	GAGAAA	2	12	767518	767529	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478466449
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231	NC_020944	TTTCCA	2	12	779783	779794	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478466460
232	NC_020944	ATGAAG	2	12	786392	786403	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478466463
233	NC_020944	ATTAGG	2	12	792177	792188	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478466468
234	NC_020944	TAAACC	2	12	793016	793027	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478466469
235	NC_020944	AGAATT	2	12	798074	798085	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478466474
236	NC_020944	AAGCTC	2	12	798313	798324	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478466474
237	NC_020944	TTTCTT	2	12	801178	801189	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478466476
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239	NC_020944	GAAATT	2	12	805981	805992	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478466481
240	NC_020944	AGCTAC	2	12	828139	828150	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478466494
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243	NC_020944	AGCTTC	2	12	836340	836351	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478466502
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250	NC_020944	GAGAAA	2	12	855935	855946	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478466520
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.