MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis A/7249 complete genome

Total Repeats: 763

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020944	TGTGA	2	10	3875	3884	20 %	40 %	40 %	0 %	478465765
2	NC_020944	TTGAA	2	10	4231	4240	40 %	40 %	20 %	0 %	478465766
3	NC_020944	GAGAA	2	10	4525	4534	60 %	0 %	40 %	0 %	478465766
4	NC_020944	GAAAA	2	10	4962	4971	80 %	0 %	20 %	0 %	478465766
5	NC_020944	TTACA	2	10	5117	5126	40 %	40 %	0 %	20 %	478465766
6	NC_020944	GTCTT	2	10	5813	5822	0 %	60 %	20 %	20 %	478465767
7	NC_020944	TATTT	2	10	7628	7637	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020944	TGGTA	2	10	8286	8295	20 %	40 %	40 %	0 %	478465769
9	NC_020944	CGAAA	2	10	9694	9703	60 %	0 %	20 %	20 %	478465770
10	NC_020944	GGCTG	2	10	10327	10336	0 %	20 %	60 %	20 %	478465771
11	NC_020944	CCTCT	2	10	11119	11128	0 %	40 %	0 %	60 %	478465772
12	NC_020944	AAAGG	2	10	11278	11287	60 %	0 %	40 %	0 %	478465772
13	NC_020944	AAGAA	2	10	12397	12406	80 %	0 %	20 %	0 %	478465773
14	NC_020944	AAAGA	2	10	13795	13804	80 %	0 %	20 %	0 %	478465774
15	NC_020944	GGTGT	2	10	13899	13908	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020944	GATTT	2	10	15642	15651	20 %	60 %	20 %	0 %	478465776
17	NC_020944	CGTTC	2	10	16753	16762	0 %	40 %	20 %	40 %	478465777
18	NC_020944	GCTTC	2	10	17126	17135	0 %	40 %	20 %	40 %	478465777
19	NC_020944	GAAGG	2	10	17497	17506	40 %	0 %	60 %	0 %	478465777
20	NC_020944	GTTGT	2	10	20923	20932	0 %	60 %	40 %	0 %	478465780
21	NC_020944	AAGAT	2	10	22035	22044	60 %	20 %	20 %	0 %	478465781
22	NC_020944	TTTGC	2	10	22646	22655	0 %	60 %	20 %	20 %	478465781
23	NC_020944	GGAAA	2	10	24400	24409	60 %	0 %	40 %	0 %	478465781
24	NC_020944	AGAGG	2	10	26125	26134	40 %	0 %	60 %	0 %	478465782
25	NC_020944	GGAGA	2	10	27904	27913	40 %	0 %	60 %	0 %	478465783
26	NC_020944	GGATA	2	10	27930	27939	40 %	20 %	40 %	0 %	478465783
27	NC_020944	ATCCG	2	10	28655	28664	20 %	20 %	20 %	40 %	478465785
28	NC_020944	AGGGT	2	10	29173	29182	20 %	20 %	60 %	0 %	478465785
29	NC_020944	CCTAT	2	10	30213	30222	20 %	40 %	0 %	40 %	478465786
30	NC_020944	GAAGG	2	10	31012	31021	40 %	0 %	60 %	0 %	478465787
31	NC_020944	GAGCT	2	10	32052	32061	20 %	20 %	40 %	20 %	478465788
32	NC_020944	AAAGA	2	10	33685	33694	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020944	CTATT	2	10	36725	36734	20 %	60 %	0 %	20 %	478465794
34	NC_020944	TCCTA	2	10	36772	36781	20 %	40 %	0 %	40 %	478465794
35	NC_020944	ACGAT	2	10	38688	38697	40 %	20 %	20 %	20 %	478465795
36	NC_020944	TTTGA	2	10	39053	39062	20 %	60 %	20 %	0 %	478465795
37	NC_020944	AGCAA	2	10	42704	42713	60 %	0 %	20 %	20 %	478465798
38	NC_020944	CGATG	2	10	42761	42770	20 %	20 %	40 %	20 %	478465798
39	NC_020944	CAAAA	2	10	43237	43246	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_020944	TTTAT	2	10	44834	44843	20 %	80 %	0 %	0 %	478465801
41	NC_020944	CTTTC	2	10	46930	46939	0 %	60 %	0 %	40 %	478465803
42	NC_020944	AGTTT	2	10	47469	47478	20 %	60 %	20 %	0 %	478465803
43	NC_020944	GAAGA	2	10	48602	48611	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020944	CTATT	2	10	50181	50190	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_020944	CTTTT	2	10	50632	50641	0 %	80 %	0 %	20 %	478465806
46	NC_020944	CCGTA	2	10	54297	54306	20 %	20 %	20 %	40 %	478465809
47	NC_020944	AATTT	2	10	54537	54546	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020944	TTATC	2	10	55700	55709	20 %	60 %	0 %	20 %	478465810
49	NC_020944	TGAGT	2	10	55721	55730	20 %	40 %	40 %	0 %	478465810
50	NC_020944	GTTGT	2	10	56756	56765	0 %	60 %	40 %	0 %	478465811
51	NC_020944	GAGCA	2	10	60284	60293	40 %	0 %	40 %	20 %	478465813
52	NC_020944	TGTGA	2	10	62733	62742	20 %	40 %	40 %	0 %	478465815
53	NC_020944	AGTGA	2	10	64254	64263	40 %	20 %	40 %	0 %	478465816
54	NC_020944	CCTTC	2	10	64528	64537	0 %	40 %	0 %	60 %	478465816
55	NC_020944	AGGAG	2	10	66756	66765	40 %	0 %	60 %	0 %	478465818
56	NC_020944	GTTAA	2	10	66886	66895	40 %	40 %	20 %	0 %	478465818
57	NC_020944	CAAGC	2	10	69264	69273	40 %	0 %	20 %	40 %	478465821
58	NC_020944	AAAAG	2	10	69512	69521	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020944	GGAGC	2	10	70134	70143	20 %	0 %	60 %	20 %	478465822
60	NC_020944	GCGAT	2	10	70324	70333	20 %	20 %	40 %	20 %	478465822
61	NC_020944	CTCTT	2	10	70678	70687	0 %	60 %	0 %	40 %	478465822
62	NC_020944	AGGGG	2	10	71324	71333	20 %	0 %	80 %	0 %	478465822
63	NC_020944	AAGAA	2	10	71366	71375	80 %	0 %	20 %	0 %	478465822
64	NC_020944	CTTGC	2	10	72455	72464	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
65	NC_020944	ATTGG	2	10	72656	72665	20 %	40 %	40 %	0 %	478465824
66	NC_020944	GAAAA	2	10	73728	73737	80 %	0 %	20 %	0 %	478465824
67	NC_020944	TATTT	2	10	76672	76681	20 %	80 %	0 %	0 %	478465826
68	NC_020944	AAAAG	2	10	77205	77214	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020944	ATCAA	2	10	78897	78906	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_020944	CTTTC	2	10	80086	80095	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
71	NC_020944	TGTCT	2	10	80459	80468	0 %	60 %	20 %	20 %	478465829
72	NC_020944	TTACT	2	10	80966	80975	20 %	60 %	0 %	20 %	478465829
73	NC_020944	AGAAA	2	10	82356	82365	80 %	0 %	20 %	0 %	478465831
74	NC_020944	GGAAG	2	10	82869	82878	40 %	0 %	60 %	0 %	478465831
75	NC_020944	TTTGT	2	10	85634	85643	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020944	GATCC	2	10	86420	86429	20 %	20 %	20 %	40 %	478465834
77	NC_020944	AGAGC	2	10	87755	87764	40 %	0 %	40 %	20 %	478465835
78	NC_020944	AATAA	2	10	88633	88642	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020944	TTTTC	2	10	91487	91496	0 %	80 %	0 %	20 %	478465838
80	NC_020944	GGATG	2	10	91747	91756	20 %	20 %	60 %	0 %	478465839
81	NC_020944	CAACA	2	10	93286	93295	60 %	0 %	0 %	40 %	478465840
82	NC_020944	TTTAA	2	10	94169	94178	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020944	ACAGC	2	10	94330	94339	40 %	0 %	20 %	40 %	478465841
84	NC_020944	CTTTT	2	10	94704	94713	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_020944	GGAAC	2	10	95042	95051	40 %	0 %	40 %	20 %	478465842
86	NC_020944	GGATT	2	10	95942	95951	20 %	40 %	40 %	0 %	478465842
87	NC_020944	CAATC	2	10	97044	97053	40 %	20 %	0 %	40 %	478465844
88	NC_020944	TTTGC	2	10	97178	97187	0 %	60 %	20 %	20 %	478465844
89	NC_020944	ATTCA	2	10	97442	97451	40 %	40 %	0 %	20 %	478465844
90	NC_020944	GATCC	2	10	97701	97710	20 %	20 %	20 %	40 %	478465844
91	NC_020944	GTTTT	2	10	98122	98131	0 %	80 %	20 %	0 %	478465844
92	NC_020944	ACAAA	2	10	98249	98258	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_020944	AAGCT	2	10	99325	99334	40 %	20 %	20 %	20 %	478465845
94	NC_020944	AGGGG	2	10	99684	99693	20 %	0 %	80 %	0 %	478465845
95	NC_020944	ATAGC	2	10	100382	100391	40 %	20 %	20 %	20 %	478465846
96	NC_020944	TTCCC	2	10	100986	100995	0 %	40 %	0 %	60 %	478465847
97	NC_020944	AGCGA	2	10	103310	103319	40 %	0 %	40 %	20 %	478465849
98	NC_020944	TTTCT	2	10	103668	103677	0 %	80 %	0 %	20 %	478465849
99	NC_020944	CTTCT	2	10	103722	103731	0 %	60 %	0 %	40 %	478465849
100	NC_020944	ACAGG	2	10	104071	104080	40 %	0 %	40 %	20 %	478465850
101	NC_020944	ATCAT	2	10	104874	104883	40 %	40 %	0 %	20 %	478465850
102	NC_020944	GGCAT	2	10	105582	105591	20 %	20 %	40 %	20 %	478465850
103	NC_020944	AAAGC	2	10	109308	109317	60 %	0 %	20 %	20 %	478465853
104	NC_020944	GCATT	2	10	110468	110477	20 %	40 %	20 %	20 %	478465855
105	NC_020944	GCTCT	2	10	114521	114530	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
106	NC_020944	TGTTT	2	10	115145	115154	0 %	80 %	20 %	0 %	478465858
107	NC_020944	CATGT	2	10	115523	115532	20 %	40 %	20 %	20 %	478465858
108	NC_020944	TATCG	2	10	116227	116236	20 %	40 %	20 %	20 %	478465858
109	NC_020944	TTTCT	2	10	116743	116752	0 %	80 %	0 %	20 %	478465859
110	NC_020944	AAAGA	2	10	118989	118998	80 %	0 %	20 %	0 %	478465862
111	NC_020944	GCTTC	2	10	122979	122988	0 %	40 %	20 %	40 %	478465866
112	NC_020944	TACAA	2	10	126768	126777	60 %	20 %	0 %	20 %	478465870
113	NC_020944	ATCCA	2	10	129173	129182	40 %	20 %	0 %	40 %	478465873
114	NC_020944	GAAGA	2	10	130723	130732	60 %	0 %	40 %	0 %	478465873
115	NC_020944	AAAAG	2	10	132636	132645	80 %	0 %	20 %	0 %	478465874
116	NC_020944	GATTC	2	10	132967	132976	20 %	40 %	20 %	20 %	478465874
117	NC_020944	GGATA	2	10	135573	135582	40 %	20 %	40 %	0 %	478465876
118	NC_020944	ATTGG	2	10	136238	136247	20 %	40 %	40 %	0 %	478465877
119	NC_020944	ATTGT	2	10	136271	136280	20 %	60 %	20 %	0 %	478465877
120	NC_020944	TGTTT	2	10	136697	136706	0 %	80 %	20 %	0 %	478465878
121	NC_020944	TTGCA	2	10	137487	137496	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
122	NC_020944	TCCAG	2	10	140441	140450	20 %	20 %	20 %	40 %	478465884
123	NC_020944	GTACA	2	10	141172	141181	40 %	20 %	20 %	20 %	478465885
124	NC_020944	TAGAT	2	10	141545	141554	40 %	40 %	20 %	0 %	478465885
125	NC_020944	AAAAG	2	10	141957	141966	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_020944	AAAAC	2	10	142437	142446	80 %	0 %	0 %	20 %	478465886
127	NC_020944	TGCTA	2	10	143523	143532	20 %	40 %	20 %	20 %	478465888
128	NC_020944	GGAGC	2	10	143570	143579	20 %	0 %	60 %	20 %	478465888
129	NC_020944	CTGGG	2	10	144984	144993	0 %	20 %	60 %	20 %	478465890
130	NC_020944	GTTTT	2	10	145731	145740	0 %	80 %	20 %	0 %	478465891
131	NC_020944	GAACC	2	10	149465	149474	40 %	0 %	20 %	40 %	478465892
132	NC_020944	ATTCT	2	10	152962	152971	20 %	60 %	0 %	20 %	478465896
133	NC_020944	CTGTG	2	10	153166	153175	0 %	40 %	40 %	20 %	478465896
134	NC_020944	TTCTT	2	10	155639	155648	0 %	80 %	0 %	20 %	478465899
135	NC_020944	TTCTA	2	10	157744	157753	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_020944	AGGAA	2	10	160199	160208	60 %	0 %	40 %	0 %	478465903
137	NC_020944	CAAAA	2	10	162202	162211	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_020944	AGAGA	2	10	163430	163439	60 %	0 %	40 %	0 %	478465906
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140	NC_020944	CAAAA	2	10	167365	167374	80 %	0 %	0 %	20 %	478465908
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