MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis A/7249 complete genome

Total Repeats: 111

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020944	TATTT	2	10	7628	7637	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020944	GGTGT	2	10	13899	13908	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020944	AAAGA	2	10	33685	33694	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020944	CAAAA	2	10	43237	43246	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_020944	GAAGA	2	10	48602	48611	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020944	CTATT	2	10	50181	50190	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_020944	AATTT	2	10	54537	54546	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020944	AAAAG	2	10	69512	69521	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020944	CTTGC	2	10	72455	72464	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_020944	AAAAG	2	10	77205	77214	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020944	ATCAA	2	10	78897	78906	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_020944	CTTTC	2	10	80086	80095	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
13	NC_020944	TTTGT	2	10	85634	85643	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020944	AATAA	2	10	88633	88642	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020944	TTTAA	2	10	94169	94178	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020944	CTTTT	2	10	94704	94713	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_020944	ACAAA	2	10	98249	98258	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_020944	GCTCT	2	10	114521	114530	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_020944	TTGCA	2	10	137487	137496	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_020944	AAAAG	2	10	141957	141966	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020944	TTCTA	2	10	157744	157753	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_020944	CAAAA	2	10	162202	162211	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_020944	AGAAA	2	10	183145	183154	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020944	CGATA	2	10	188515	188524	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_020944	CTAAG	2	10	204607	204616	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_020944	ATTTC	2	10	223131	223140	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_020944	CAATA	2	10	226254	226263	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_020944	TACAA	2	10	249968	249977	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_020944	TTTCA	2	10	266073	266082	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_020944	AAAGC	2	10	300905	300914	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_020944	TGTTT	2	10	303784	303793	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020944	TCAAT	2	10	323847	323856	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_020944	GCAAC	2	10	335791	335800	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
34	NC_020944	CTTGT	2	10	335851	335860	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_020944	CCTTT	2	10	336307	336316	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
36	NC_020944	AAGGC	2	10	364062	364071	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
37	NC_020944	GCTTC	2	10	366172	366181	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
38	NC_020944	AGTAG	2	10	366249	366258	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020944	TCTCT	2	10	369826	369835	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
40	NC_020944	AACAA	2	10	370209	370218	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_020944	AAAAC	2	10	370531	370540	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_020944	AAGCG	2	10	406042	406051	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
43	NC_020944	TATCT	2	10	411570	411579	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_020944	GTATA	2	10	418291	418300	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020944	AGCAA	2	10	418327	418336	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_020944	AAAAT	2	10	420176	420185	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020944	CTCTT	2	10	430237	430246	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
48	NC_020944	TAAAA	2	10	432780	432789	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020944	AGAAA	2	10	438454	438463	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020944	CTCTT	2	10	438493	438502	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
51	NC_020944	GAAGA	2	10	438503	438512	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020944	AAATT	2	10	438782	438791	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020944	AATTT	2	10	438803	438812	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020944	TAAAA	2	10	467014	467023	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020944	CAAAA	2	10	487457	487466	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_020944	AATCT	2	10	504799	504808	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_020944	CTTCT	2	10	505012	505021	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
58	NC_020944	TTTCT	2	10	510399	510408	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_020944	CCTTT	2	10	511407	511416	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
60	NC_020944	TAAAA	2	10	516428	516437	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020944	AGGAA	2	10	518412	518421	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020944	ATGAA	2	10	518436	518445	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020944	TTGGA	2	10	525876	525885	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020944	CAAAA	2	10	526642	526651	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_020944	TTTTC	2	10	538972	538981	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_020944	AAAAG	2	10	560226	560235	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020944	GAAAA	2	10	567410	567419	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020944	ATTTT	2	10	568848	568857	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020944	ATACT	2	10	574920	574929	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_020944	TCCCC	2	10	577713	577722	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
71	NC_020944	AAAGG	2	10	583876	583885	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020944	TTTCC	2	10	631492	631501	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
73	NC_020944	ATTAA	2	10	639444	639453	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020944	TCGTC	2	10	652342	652351	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
75	NC_020944	GCAAA	2	10	673909	673918	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_020944	TAAAA	2	10	687973	687982	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020944	TTTAT	2	10	699926	699935	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020944	TCATG	2	10	700121	700130	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_020944	AAAAC	2	10	704238	704247	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_020944	GAAAA	2	10	709587	709596	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020944	TTATT	2	10	716646	716655	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020944	GAAGA	2	10	739546	739555	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020944	AGAAT	2	10	762354	762363	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020944	AGGGG	2	10	762585	762594	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020944	ATTTT	2	10	781335	781344	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020944	AAAAG	2	10	783165	783174	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020944	AGGTA	2	10	786564	786573	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020944	TCCTT	2	10	787747	787756	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
89	NC_020944	CTCCA	2	10	787902	787911	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
90	NC_020944	TTTCT	2	10	807142	807151	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_020944	AGAAA	2	10	815674	815683	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020944	CTTTT	2	10	861764	861773	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_020944	AGAAA	2	10	866116	866125	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020944	CTTTT	2	10	883812	883821	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_020944	TAGAA	2	10	892306	892315	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020944	CTTTT	2	10	908346	908355	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_020944	TTTTA	2	10	909091	909100	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020944	AGAGC	2	10	911379	911388	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
99	NC_020944	AAGAG	2	10	931051	931060	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020944	GCTAG	2	10	931077	931086	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
101	NC_020944	TCGTT	2	10	939471	939480	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
102	NC_020944	TTCTT	2	10	942428	942437	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_020944	CTTCA	2	10	964317	964326	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
104	NC_020944	ATGAA	2	10	969605	969614	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020944	CTAGT	2	10	971174	971183	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_020944	TAAAA	2	10	987169	987178	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020944	ATAAA	2	10	987200	987209	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020944	CGGGG	2	10	1008605	1008614	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
109	NC_020944	TAGAA	2	10	1022066	1022075	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020944	TTTTC	2	10	1040443	1040452	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_020944	TTTTA	2	10	1044350	1044359	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.