MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis A/7249 complete genome

Total Repeats: 338

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020944	AAGG	2	8	1903	1910	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020944	GGAG	2	8	6900	6907	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020944	TATG	2	8	7549	7556	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020944	ATTT	2	8	7690	7697	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020944	TTTG	2	8	7782	7789	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020944	TATT	2	8	9904	9911	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020944	AGAA	2	8	11796	11803	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020944	AAGG	2	8	14031	14038	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020944	CAAA	2	8	16665	16672	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_020944	CGCT	2	8	21861	21868	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
11	NC_020944	TTAA	2	8	21882	21889	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020944	GTTA	2	8	21919	21926	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020944	GATC	2	8	21974	21981	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NC_020944	ATTG	2	8	28531	28538	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020944	TGTT	2	8	44408	44415	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020944	AATA	2	8	44647	44654	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020944	AAGT	2	8	48569	48576	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020944	TATT	2	8	52661	52668	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020944	GTTT	2	8	54521	54528	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020944	TGTT	2	8	54529	54536	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020944	TAAT	2	8	54573	54580	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020944	CAGA	2	8	61256	61263	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NC_020944	ACAA	2	8	67900	67907	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
24	NC_020944	AAGG	2	8	67998	68005	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020944	TCCA	2	8	68748	68755	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
26	NC_020944	GATA	2	8	72479	72486	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020944	TCTA	2	8	77138	77145	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
28	NC_020944	ATTC	2	8	80110	80117	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_020944	GGTT	2	8	80260	80267	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020944	GTTT	2	8	88566	88573	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020944	TTTA	2	8	88589	88596	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020944	GTTT	2	8	88601	88608	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020944	GTTT	2	8	88652	88659	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020944	AACA	2	8	88665	88672	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_020944	GAAT	2	8	90919	90926	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020944	AAGT	2	8	90951	90958	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020944	AAAT	2	8	94196	94203	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020944	CATT	2	8	94843	94850	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_020944	TATT	2	8	98226	98233	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020944	AAGA	2	8	107212	107219	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020944	CTGG	2	8	120913	120920	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
42	NC_020944	TTCC	2	8	123036	123043	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
43	NC_020944	GTTT	2	8	135412	135419	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020944	ATCT	2	8	152116	152123	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
45	NC_020944	GCTG	2	8	152155	152162	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
46	NC_020944	TGTT	2	8	157731	157738	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020944	AAAG	2	8	158574	158581	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020944	TTTA	2	8	158583	158590	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020944	TAAT	2	8	158700	158707	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020944	TAAT	2	8	159536	159543	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020944	GCTT	2	8	162172	162179	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
52	NC_020944	CTTC	2	8	166243	166250	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
53	NC_020944	TTAG	2	8	170651	170658	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020944	AAAC	2	8	172398	172405	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_020944	GTAT	2	8	173580	173587	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020944	GGAA	2	8	178766	178773	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020944	TTCC	2	8	181601	181608	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
58	NC_020944	TCTA	2	8	181669	181676	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
59	NC_020944	AATT	2	8	181803	181810	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020944	AAGA	2	8	183166	183173	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020944	AAAC	2	8	188597	188604	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
62	NC_020944	GGAC	2	8	188956	188963	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
63	NC_020944	ATGC	2	8	194736	194743	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
64	NC_020944	CTTT	2	8	194877	194884	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_020944	ATTT	2	8	198324	198331	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020944	ACGA	2	8	204441	204448	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
67	NC_020944	CCTT	2	8	217861	217868	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
68	NC_020944	CTAT	2	8	221585	221592	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
69	NC_020944	GCAA	2	8	221828	221835	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_020944	AATT	2	8	223164	223171	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020944	CTTG	2	8	223513	223520	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
72	NC_020944	AAAC	2	8	227243	227250	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_020944	TCCT	2	8	229868	229875	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_020944	AAAT	2	8	245485	245492	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020944	AAGA	2	8	245504	245511	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020944	TTTC	2	8	248105	248112	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_020944	TAAA	2	8	248939	248946	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020944	AATA	2	8	252598	252605	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020944	CCAA	2	8	256177	256184	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
80	NC_020944	AAAC	2	8	256775	256782	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_020944	TAAA	2	8	266183	266190	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020944	CAAA	2	8	269118	269125	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_020944	ATTT	2	8	275631	275638	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020944	GTTT	2	8	281473	281480	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020944	AAAG	2	8	281508	281515	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020944	TGCC	2	8	281996	282003	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
87	NC_020944	GGGA	2	8	285844	285851	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020944	TAAA	2	8	286986	286993	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020944	GATA	2	8	288647	288654	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020944	AATC	2	8	293772	293779	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
91	NC_020944	ACAA	2	8	299542	299549	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
92	NC_020944	GCTT	2	8	300872	300879	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
93	NC_020944	CCCT	2	8	301439	301446	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
94	NC_020944	ACTA	2	8	303688	303695	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_020944	TAAA	2	8	303911	303918	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020944	TCCA	2	8	307070	307077	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
97	NC_020944	TCCC	2	8	307272	307279	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
98	NC_020944	ATTG	2	8	308457	308464	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020944	AATA	2	8	319833	319840	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020944	TAAA	2	8	319854	319861	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_020944	CAGA	2	8	319862	319869	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
102	NC_020944	AATA	2	8	319929	319936	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020944	CAAT	2	8	329534	329541	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
104	NC_020944	GCTA	2	8	330224	330231	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
105	NC_020944	TTAA	2	8	335567	335574	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020944	CAGT	2	8	335913	335920	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
107	NC_020944	CAAG	2	8	342099	342106	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_020944	TTTA	2	8	365606	365613	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020944	CAAA	2	8	365900	365907	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
110	NC_020944	TAGT	2	8	366210	366217	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
111	NC_020944	TATG	2	8	369596	369603	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_020944	GCTT	2	8	370268	370275	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_020944	TAAA	2	8	370546	370553	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020944	AAAT	2	8	371466	371473	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_020944	CCTT	2	8	371488	371495	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
116	NC_020944	ATCT	2	8	371521	371528	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
117	NC_020944	TAAA	2	8	383300	383307	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020944	TTTA	2	8	393267	393274	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020944	GATT	2	8	394026	394033	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020944	AATT	2	8	394075	394082	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020944	ATAA	2	8	394135	394142	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020944	TTAT	2	8	397468	397475	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020944	GCAA	2	8	397521	397528	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
124	NC_020944	TCAT	2	8	406807	406814	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
125	NC_020944	CAAA	2	8	408943	408950	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
126	NC_020944	ATTT	2	8	418362	418369	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020944	AGAA	2	8	418372	418379	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
128	NC_020944	ATTA	2	8	420161	420168	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_020944	TTCT	2	8	430216	430223	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
130	NC_020944	AACT	2	8	432448	432455	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
131	NC_020944	CAAA	2	8	432796	432803	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
132	NC_020944	ACTC	2	8	437487	437494	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
133	NC_020944	AAAC	2	8	442519	442526	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
134	NC_020944	AAAT	2	8	442661	442668	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_020944	TAAC	2	8	445227	445234	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_020944	AATT	2	8	450091	450098	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_020944	AAAC	2	8	450104	450111	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_020944	CTTC	2	8	450246	450253	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
139	NC_020944	TTTA	2	8	455831	455838	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_020944	TTCT	2	8	455909	455916	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
141	NC_020944	TAAT	2	8	455923	455930	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_020944	GCAA	2	8	459577	459584	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
143	NC_020944	CTTT	2	8	467126	467133	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
144	NC_020944	TTCT	2	8	468567	468574	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_020944	CAAA	2	8	468592	468599	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
146	NC_020944	AGAA	2	8	487658	487665	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
147	NC_020944	AACA	2	8	491255	491262	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
148	NC_020944	TAAA	2	8	491318	491325	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_020944	ATTT	2	8	504846	504853	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_020944	TATT	2	8	505762	505769	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_020944	TTTG	2	8	510856	510863	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
152	NC_020944	TAAT	2	8	510969	510976	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.