MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis D/SotonD5 complete genome

Total Repeats: 294

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020943	GAAGGA	2	12	1360	1371	50 %	0 %	50 %	0 %	478454932
2	NC_020943	TATGGA	2	12	1413	1424	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454932
3	NC_020943	AAAGCT	2	12	5541	5552	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478454936
4	NC_020943	TAGCAA	2	12	11428	11439	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478454942
5	NC_020943	AAAGCT	2	12	11559	11570	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478454942
6	NC_020943	TAGTGA	2	12	12705	12716	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454943
7	NC_020943	GTTCCT	2	12	19990	20001	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478454949
8	NC_020943	CTTTTT	2	12	22144	22155	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478454951
9	NC_020943	GTGAGG	2	12	26074	26085	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478454952
10	NC_020943	GGATTT	2	12	36551	36562	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478454964
11	NC_020943	AATTAG	2	12	37972	37983	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478454965
12	NC_020943	TTCCTG	2	12	38271	38282	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478454965
13	NC_020943	TTTTGA	2	12	45579	45590	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478454971
14	NC_020943	TGAACG	2	12	52712	52723	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478454978
15	NC_020943	GTGATT	2	12	52731	52742	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478454978
16	NC_020943	GATCTG	2	12	55364	55375	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478454980
17	NC_020943	GTGTAA	2	12	55412	55423	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454980
18	NC_020943	GGTTCA	2	12	55501	55512	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478454980
19	NC_020943	CTGGAG	2	12	56410	56421	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	478454981
20	NC_020943	GAAAAG	2	12	56604	56615	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454981
21	NC_020943	AGTTGT	2	12	57973	57984	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478454982
22	NC_020943	TCTTGT	2	12	58891	58902	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478454982
23	NC_020943	TGAAAA	2	12	59363	59374	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478454983
24	NC_020943	TCCTAA	2	12	59702	59713	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478454983
25	NC_020943	GTTCTT	2	12	63622	63633	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478454985
26	NC_020943	CTATTT	2	12	71944	71955	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478454992
27	NC_020943	ACTCTT	2	12	73073	73084	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478454993
28	NC_020943	TTTCTG	2	12	73623	73634	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478454994
29	NC_020943	GATCAT	2	12	73753	73764	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478454994
30	NC_020943	TAGTAC	2	12	76747	76758	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478454995
31	NC_020943	GGTTTA	2	12	80397	80408	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478454998
32	NC_020943	TTTAGT	2	12	82170	82181	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478455000
33	NC_020943	GTCTGT	2	12	83441	83452	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478455001
34	NC_020943	TTCTGA	2	12	89055	89066	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478455005
35	NC_020943	AAAAGA	2	12	94119	94130	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478455011
36	NC_020943	AGCTGT	2	12	96212	96223	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478455012
37	NC_020943	TCTTTT	2	12	96877	96888	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478455014
38	NC_020943	GGGGCT	2	12	97825	97836	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	478455014
39	NC_020943	TTTGAG	2	12	100029	100040	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478455016
40	NC_020943	TCAGAA	2	12	106670	106681	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478455021
41	NC_020943	CATAAC	2	12	109714	109725	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478455024
42	NC_020943	TGTTCT	2	12	112478	112489	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478455026
43	NC_020943	ACTTCG	2	12	115762	115773	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478455028
44	NC_020943	TTGCCA	2	12	119301	119312	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478455033
45	NC_020943	TTGGTA	2	12	120841	120852	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478455035
46	NC_020943	AGGATC	2	12	121220	121231	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478455035
47	NC_020943	AAGGGT	2	12	123027	123038	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478455036
48	NC_020943	GGGTTT	2	12	123990	124001	0 %	50 %	50 %	0 %	478455037
49	NC_020943	TTGCAT	2	12	124272	124283	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478455037
50	NC_020943	AAGAGA	2	12	124641	124652	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455037
51	NC_020943	TTAAAA	2	12	133574	133585	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478455043
52	NC_020943	AGGTTG	2	12	134816	134827	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	478455044
53	NC_020943	CTGTTT	2	12	135511	135522	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478455045
54	NC_020943	GAGTTA	2	12	139866	139877	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455053
55	NC_020943	TGGAAA	2	12	142419	142430	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478455056
56	NC_020943	TGGAAT	2	12	143294	143305	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455057
57	NC_020943	ATGGTT	2	12	143538	143549	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478455057
58	NC_020943	TGCTCT	2	12	145730	145741	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478455060
59	NC_020943	GAAAGG	2	12	149468	149479	50 %	0 %	50 %	0 %	478455062
60	NC_020943	GCTTTG	2	12	149711	149722	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478455062
61	NC_020943	TGTGCG	2	12	153833	153844	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	478455066
62	NC_020943	CCTCAT	2	12	155131	155142	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478455067
63	NC_020943	TGGAGA	2	12	156589	156600	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478455069
64	NC_020943	CTCCAT	2	12	157959	157970	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478455070
65	NC_020943	TCCTTG	2	12	158555	158566	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478455071
66	NC_020943	AAGTTT	2	12	158640	158651	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	478455071
67	NC_020943	AACAGC	2	12	161192	161203	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478455074
68	NC_020943	AAAAAG	2	12	173779	173790	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478455081
69	NC_020943	ACTTCT	2	12	189517	189528	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478455094
70	NC_020943	ATTTGC	2	12	192210	192221	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478455095
71	NC_020943	AAACAT	2	12	193300	193311	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478455098
72	NC_020943	AGCAAC	2	12	193635	193646	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478455098
73	NC_020943	TTGCCT	2	12	196349	196360	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478455102
74	NC_020943	TCTGGA	2	12	199599	199610	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478455106
75	NC_020943	CTGGAT	2	12	215190	215201	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478455119
76	NC_020943	GAAATA	2	12	215513	215524	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478455119
77	NC_020943	GATGCA	2	12	222404	222415	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478455126
78	NC_020943	ACTCCA	2	12	223294	223305	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478455127
79	NC_020943	CTGCTT	2	12	223526	223537	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478455127
80	NC_020943	ATTGCT	2	12	226835	226846	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478455130
81	NC_020943	TCCTAG	2	12	227125	227136	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478455130
82	NC_020943	GCAACG	2	12	227613	227624	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478455131
83	NC_020943	CTTAGC	2	12	230246	230257	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478455133
84	NC_020943	TTCCTT	2	12	237078	237089	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478455138
85	NC_020943	TCTCCT	2	12	239959	239970	0 %	50 %	0 %	50 %	478455139
86	NC_020943	AAACCA	2	12	240534	240545	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478455140
87	NC_020943	CCTGCA	2	12	255916	255927	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478455158
88	NC_020943	ACCTTT	2	12	261111	261122	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478455163
89	NC_020943	TCATAA	2	12	268958	268969	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478455170
90	NC_020943	AAGTGT	2	12	269684	269695	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455170
91	NC_020943	ATCTAA	2	12	272962	272973	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478455173
92	NC_020943	TGGAAT	2	12	275160	275171	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455175
93	NC_020943	GGAACA	2	12	279047	279058	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	478455177
94	NC_020943	CACGCG	2	12	281420	281431	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	478455179
95	NC_020943	TTTCTT	2	12	281599	281610	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478455179
96	NC_020943	CTCCTA	2	12	285761	285772	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478455182
97	NC_020943	GCAATG	2	12	291880	291891	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478455188
98	NC_020943	CGACAT	2	12	292557	292568	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478455189
99	NC_020943	CCCTTA	2	12	294011	294022	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478455191
100	NC_020943	AAAATA	2	12	296109	296120	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478455193
101	NC_020943	ACCACT	2	12	298464	298475	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478455195
102	NC_020943	CATTGC	2	12	301710	301721	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478455198
103	NC_020943	CCAAAA	2	12	302889	302900	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478455199
104	NC_020943	TCTTTT	2	12	304774	304785	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478455201
105	NC_020943	CAAGAC	2	12	305865	305876	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478455202
106	NC_020943	AGCTTA	2	12	307146	307157	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478455204
107	NC_020943	CAAAGA	2	12	312518	312529	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478455209
108	NC_020943	ATGGCT	2	12	313134	313145	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478455210
109	NC_020943	TACAAA	2	12	317324	317335	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478455213
110	NC_020943	TTAATT	2	12	319003	319014	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478455215
111	NC_020943	AAAACA	2	12	322490	322501	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	478455217
112	NC_020943	CAGAAC	2	12	344475	344486	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478455236
113	NC_020943	ATTCAA	2	12	349452	349463	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478455241
114	NC_020943	TTCTTA	2	12	361429	361440	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478455249
115	NC_020943	CAGCCT	2	12	373400	373411	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478455263
116	NC_020943	AGCTGA	2	12	373450	373461	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478455263
117	NC_020943	ATGCTA	2	12	377317	377328	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478455265
118	NC_020943	CAATAG	2	12	383923	383934	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478455268
119	NC_020943	ACTGAA	2	12	384064	384075	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478455268
120	NC_020943	CTGCAC	2	12	384257	384268	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478455268
121	NC_020943	TCCATA	2	12	394615	394626	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478455277
122	NC_020943	TTAGGT	2	12	395973	395984	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478455279
123	NC_020943	AGGGAA	2	12	397299	397310	50 %	0 %	50 %	0 %	478455280
124	NC_020943	CTGAAG	2	12	398134	398145	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478455281
125	NC_020943	TAATCT	2	12	403551	403562	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	478455284
126	NC_020943	GAACAA	2	12	404053	404064	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478455285
127	NC_020943	CTAAAG	2	12	404436	404447	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478455286
128	NC_020943	CCTTTC	2	12	405600	405611	0 %	50 %	0 %	50 %	478455287
129	NC_020943	TTTTAA	2	12	409464	409475	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478455289
130	NC_020943	ACATGC	2	12	415143	415154	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478455297
131	NC_020943	GGCTCT	2	12	415878	415889	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478455298
132	NC_020943	ATCTTG	2	12	417472	417483	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478455299
133	NC_020943	CCCCCA	2	12	418806	418817	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	478455300
134	NC_020943	TTCCTC	2	12	422871	422882	0 %	50 %	0 %	50 %	478455304
135	NC_020943	CTCTAC	2	12	426120	426131	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478455306
136	NC_020943	ACATCA	2	12	426765	426776	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478455307
137	NC_020943	CGGAAT	2	12	427027	427038	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478455308
138	NC_020943	TGATAA	2	12	428932	428943	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478455309
139	NC_020943	AGCTAA	2	12	431306	431317	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478455312
140	NC_020943	TTCTCC	2	12	443342	443353	0 %	50 %	0 %	50 %	478455323
141	NC_020943	ATGAAG	2	12	452393	452404	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478455331
142	NC_020943	TAACTC	2	12	452910	452921	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478455331
143	NC_020943	ATCCGC	2	12	453835	453846	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478455331
144	NC_020943	CTAAAG	2	12	456253	456264	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478455332
145	NC_020943	CCAATA	2	12	461238	461249	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478455336
146	NC_020943	ATCGGC	2	12	467068	467079	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	478455345
147	NC_020943	TATTGG	2	12	467661	467672	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478455345
148	NC_020943	AAATAC	2	12	478001	478012	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478455349
149	NC_020943	TCTTCA	2	12	480440	480451	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478455350
150	NC_020943	CTACAA	2	12	484203	484214	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478455350
151	NC_020943	CCAATC	2	12	488671	488682	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478455354
152	NC_020943	TTCTTT	2	12	492493	492504	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478455361
153	NC_020943	CTGAAG	2	12	495552	495563	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478455363
154	NC_020943	TGAGTA	2	12	496006	496017	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455363
155	NC_020943	AAACTG	2	12	499453	499464	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478455367
156	NC_020943	GGTAAT	2	12	507791	507802	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455375
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158	NC_020943	GGTTGT	2	12	510927	510938	0 %	50 %	50 %	0 %	478455379
159	NC_020943	GCTGTT	2	12	513286	513297	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478455381
160	NC_020943	CTCTAT	2	12	516780	516791	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478455385
161	NC_020943	TGAACT	2	12	517287	517298	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478455385
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169	NC_020943	CAAATC	2	12	535185	535196	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478455397
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187	NC_020943	TTCAAA	2	12	585619	585630	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478455448
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190	NC_020943	CTGATA	2	12	600757	600768	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478455474
191	NC_020943	CTGCTC	2	12	600805	600816	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	478455474
192	NC_020943	AGTCCA	2	12	602717	602728	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478455475
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197	NC_020943	ACTGTA	2	12	619372	619383	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478455490
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204	NC_020943	ATAAAC	2	12	642386	642397	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478455514
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215	NC_020943	ATCAAT	2	12	693566	693577	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478455556
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217	NC_020943	AAATGC	2	12	704409	704420	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478455563
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219	NC_020943	TCTTGA	2	12	711621	711632	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478455567
220	NC_020943	TATCCA	2	12	721804	721815	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478455577
221	NC_020943	TATTGA	2	12	737692	737703	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	478455586
222	NC_020943	TGTGAT	2	12	745994	746005	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478455593
223	NC_020943	CAGGAA	2	12	749220	749231	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	478455595
224	NC_020943	GGGAAG	2	12	758949	758960	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478455606
225	NC_020943	GGAAGA	2	12	762607	762618	50 %	0 %	50 %	0 %	478455608
226	NC_020943	ATGCAA	2	12	764919	764930	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478455612
227	NC_020943	GAGAAA	2	12	765148	765159	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455612
228	NC_020943	TATATT	2	12	770588	770599	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478455617
229	NC_020943	TTTCCA	2	12	777410	777421	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478455623
230	NC_020943	TAGCTG	2	12	779360	779371	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478455625
231	NC_020943	ATGAAG	2	12	784007	784018	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478455626
232	NC_020943	ATTAGG	2	12	789792	789803	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455631
233	NC_020943	CCCTGA	2	12	792788	792799	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478455634
234	NC_020943	AGAATT	2	12	795710	795721	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478455637
235	NC_020943	AAGCTC	2	12	795949	795960	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478455637
236	NC_020943	TTTCTT	2	12	798815	798826	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478455639
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239	NC_020943	TAGCCT	2	12	807247	807258	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478455645
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242	NC_020943	AAGAGG	2	12	827646	827657	50 %	0 %	50 %	0 %	478455659
243	NC_020943	GAAAGG	2	12	832522	832533	50 %	0 %	50 %	0 %	478455664
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254	NC_020943	GACCTG	2	12	866392	866403	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	478455689
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.