MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis D/SotonD5 complete genome

Total Repeats: 755

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020943	TGTGA	2	10	3881	3890	20 %	40 %	40 %	0 %	478454935
2	NC_020943	TTGAA	2	10	4237	4246	40 %	40 %	20 %	0 %	478454936
3	NC_020943	GAGAA	2	10	4531	4540	60 %	0 %	40 %	0 %	478454936
4	NC_020943	GAAAA	2	10	4968	4977	80 %	0 %	20 %	0 %	478454936
5	NC_020943	TTACA	2	10	5123	5132	40 %	40 %	0 %	20 %	478454936
6	NC_020943	GTCTT	2	10	5819	5828	0 %	60 %	20 %	20 %	478454937
7	NC_020943	TATTT	2	10	7634	7643	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020943	TGGTA	2	10	8291	8300	20 %	40 %	40 %	0 %	478454939
9	NC_020943	CGAAA	2	10	9699	9708	60 %	0 %	20 %	20 %	478454940
10	NC_020943	GGCTG	2	10	10333	10342	0 %	20 %	60 %	20 %	478454941
11	NC_020943	CCTCT	2	10	11125	11134	0 %	40 %	0 %	60 %	478454942
12	NC_020943	AAAGG	2	10	11284	11293	60 %	0 %	40 %	0 %	478454942
13	NC_020943	AAGAA	2	10	12404	12413	80 %	0 %	20 %	0 %	478454943
14	NC_020943	AAAGA	2	10	13802	13811	80 %	0 %	20 %	0 %	478454944
15	NC_020943	GGTGT	2	10	13906	13915	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020943	GATTT	2	10	15649	15658	20 %	60 %	20 %	0 %	478454946
17	NC_020943	CGTTC	2	10	16760	16769	0 %	40 %	20 %	40 %	478454947
18	NC_020943	GCTTC	2	10	17133	17142	0 %	40 %	20 %	40 %	478454947
19	NC_020943	GAAGG	2	10	17504	17513	40 %	0 %	60 %	0 %	478454947
20	NC_020943	GTTGT	2	10	20930	20939	0 %	60 %	40 %	0 %	478454950
21	NC_020943	AAGAT	2	10	22042	22051	60 %	20 %	20 %	0 %	478454951
22	NC_020943	TTTGC	2	10	22653	22662	0 %	60 %	20 %	20 %	478454951
23	NC_020943	GGAAA	2	10	24407	24416	60 %	0 %	40 %	0 %	478454951
24	NC_020943	AGAGG	2	10	26132	26141	40 %	0 %	60 %	0 %	478454952
25	NC_020943	GGAGA	2	10	27911	27920	40 %	0 %	60 %	0 %	478454953
26	NC_020943	GGATA	2	10	27937	27946	40 %	20 %	40 %	0 %	478454953
27	NC_020943	ATCCG	2	10	28662	28671	20 %	20 %	20 %	40 %	478454955
28	NC_020943	AGGGT	2	10	29180	29189	20 %	20 %	60 %	0 %	478454955
29	NC_020943	CCTAT	2	10	30220	30229	20 %	40 %	0 %	40 %	478454956
30	NC_020943	GAAGG	2	10	31019	31028	40 %	0 %	60 %	0 %	478454957
31	NC_020943	GAGCT	2	10	32059	32068	20 %	20 %	40 %	20 %	478454958
32	NC_020943	AAAGA	2	10	33692	33701	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020943	CTATT	2	10	36733	36742	20 %	60 %	0 %	20 %	478454964
34	NC_020943	TCCTA	2	10	36780	36789	20 %	40 %	0 %	40 %	478454964
35	NC_020943	ACGAT	2	10	38696	38705	40 %	20 %	20 %	20 %	478454965
36	NC_020943	TTTGA	2	10	39061	39070	20 %	60 %	20 %	0 %	478454965
37	NC_020943	AGCAA	2	10	42711	42720	60 %	0 %	20 %	20 %	478454968
38	NC_020943	CGATG	2	10	42768	42777	20 %	20 %	40 %	20 %	478454968
39	NC_020943	TGCAA	2	10	42926	42935	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_020943	CAAAA	2	10	43245	43254	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_020943	TTTAT	2	10	44842	44851	20 %	80 %	0 %	0 %	478454971
42	NC_020943	CTTTC	2	10	46938	46947	0 %	60 %	0 %	40 %	478454973
43	NC_020943	AGTTT	2	10	47477	47486	20 %	60 %	20 %	0 %	478454973
44	NC_020943	GAAGA	2	10	48610	48619	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020943	CTATT	2	10	50189	50198	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_020943	CTTTT	2	10	50640	50649	0 %	80 %	0 %	20 %	478454976
47	NC_020943	CCGTA	2	10	54199	54208	20 %	20 %	20 %	40 %	478454979
48	NC_020943	AATTT	2	10	54439	54448	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020943	TTATC	2	10	55602	55611	20 %	60 %	0 %	20 %	478454980
50	NC_020943	GAGCA	2	10	60048	60057	40 %	0 %	40 %	20 %	478454983
51	NC_020943	TGTGA	2	10	62497	62506	20 %	40 %	40 %	0 %	478454985
52	NC_020943	AGTGA	2	10	64024	64033	40 %	20 %	40 %	0 %	478454986
53	NC_020943	CCTTC	2	10	64298	64307	0 %	40 %	0 %	60 %	478454986
54	NC_020943	AGGAG	2	10	66526	66535	40 %	0 %	60 %	0 %	478454988
55	NC_020943	GTTAA	2	10	66656	66665	40 %	40 %	20 %	0 %	478454988
56	NC_020943	CAAGC	2	10	69034	69043	40 %	0 %	20 %	40 %	478454990
57	NC_020943	AAAAG	2	10	69282	69291	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020943	GCGAT	2	10	70094	70103	20 %	20 %	40 %	20 %	478454991
59	NC_020943	CTCTT	2	10	70448	70457	0 %	60 %	0 %	40 %	478454991
60	NC_020943	AGGGG	2	10	71094	71103	20 %	0 %	80 %	0 %	478454991
61	NC_020943	AAGAA	2	10	71136	71145	80 %	0 %	20 %	0 %	478454991
62	NC_020943	CTTGC	2	10	72225	72234	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
63	NC_020943	ATTGG	2	10	72426	72435	20 %	40 %	40 %	0 %	478454993
64	NC_020943	GAAAA	2	10	73498	73507	80 %	0 %	20 %	0 %	478454993
65	NC_020943	TGGGA	2	10	73915	73924	20 %	20 %	60 %	0 %	478454994
66	NC_020943	TATTT	2	10	76442	76451	20 %	80 %	0 %	0 %	478454995
67	NC_020943	AAAAG	2	10	76975	76984	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020943	ATCAA	2	10	78673	78682	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_020943	TGTCT	2	10	80234	80243	0 %	60 %	20 %	20 %	478454998
70	NC_020943	TTACT	2	10	80741	80750	20 %	60 %	0 %	20 %	478454998
71	NC_020943	AGAAA	2	10	82131	82140	80 %	0 %	20 %	0 %	478455000
72	NC_020943	GGAAG	2	10	82644	82653	40 %	0 %	60 %	0 %	478455000
73	NC_020943	TTTGT	2	10	85409	85418	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020943	GATCC	2	10	86195	86204	20 %	20 %	20 %	40 %	478455003
75	NC_020943	AGAGC	2	10	87530	87539	40 %	0 %	40 %	20 %	478455004
76	NC_020943	AATAA	2	10	88408	88417	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020943	TTTTC	2	10	91262	91271	0 %	80 %	0 %	20 %	478455007
78	NC_020943	GGATG	2	10	91522	91531	20 %	20 %	60 %	0 %	478455008
79	NC_020943	CAACA	2	10	93061	93070	60 %	0 %	0 %	40 %	478455009
80	NC_020943	ACAGC	2	10	94106	94115	40 %	0 %	20 %	40 %	478455011
81	NC_020943	CTTTT	2	10	94480	94489	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_020943	GGAAC	2	10	94818	94827	40 %	0 %	40 %	20 %	478455012
83	NC_020943	GGATT	2	10	95718	95727	20 %	40 %	40 %	0 %	478455012
84	NC_020943	AGCAT	2	10	95739	95748	40 %	20 %	20 %	20 %	478455012
85	NC_020943	CAATC	2	10	96820	96829	40 %	20 %	0 %	40 %	478455014
86	NC_020943	TTTGC	2	10	96954	96963	0 %	60 %	20 %	20 %	478455014
87	NC_020943	ATTCA	2	10	97218	97227	40 %	40 %	0 %	20 %	478455014
88	NC_020943	GATCC	2	10	97477	97486	20 %	20 %	20 %	40 %	478455014
89	NC_020943	GTTTT	2	10	97898	97907	0 %	80 %	20 %	0 %	478455014
90	NC_020943	ACAAA	2	10	98025	98034	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_020943	AAGCT	2	10	99101	99110	40 %	20 %	20 %	20 %	478455015
92	NC_020943	AGGGG	2	10	99460	99469	20 %	0 %	80 %	0 %	478455015
93	NC_020943	ATAGC	2	10	100159	100168	40 %	20 %	20 %	20 %	478455016
94	NC_020943	AGCGA	2	10	103087	103096	40 %	0 %	40 %	20 %	478455019
95	NC_020943	TTTCT	2	10	103445	103454	0 %	80 %	0 %	20 %	478455019
96	NC_020943	ATCAT	2	10	104651	104660	40 %	40 %	0 %	20 %	478455020
97	NC_020943	GGCAT	2	10	105359	105368	20 %	20 %	40 %	20 %	478455020
98	NC_020943	AAAGC	2	10	109085	109094	60 %	0 %	20 %	20 %	478455023
99	NC_020943	GCATT	2	10	110245	110254	20 %	40 %	20 %	20 %	478455025
100	NC_020943	GCTCT	2	10	114298	114307	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
101	NC_020943	TGTTT	2	10	114922	114931	0 %	80 %	20 %	0 %	478455028
102	NC_020943	CATGT	2	10	115300	115309	20 %	40 %	20 %	20 %	478455028
103	NC_020943	TATCG	2	10	116004	116013	20 %	40 %	20 %	20 %	478455028
104	NC_020943	TTTCT	2	10	116520	116529	0 %	80 %	0 %	20 %	478455029
105	NC_020943	AAAGA	2	10	118765	118774	80 %	0 %	20 %	0 %	478455032
106	NC_020943	GCTTC	2	10	122755	122764	0 %	40 %	20 %	40 %	478455035
107	NC_020943	TACAA	2	10	126543	126552	60 %	20 %	0 %	20 %	478455039
108	NC_020943	ATCCA	2	10	128948	128957	40 %	20 %	0 %	40 %	478455042
109	NC_020943	GAAGA	2	10	130498	130507	60 %	0 %	40 %	0 %	478455042
110	NC_020943	AAAAG	2	10	132411	132420	80 %	0 %	20 %	0 %	478455043
111	NC_020943	GATTC	2	10	132742	132751	20 %	40 %	20 %	20 %	478455043
112	NC_020943	GGATA	2	10	135362	135371	40 %	20 %	40 %	0 %	478455045
113	NC_020943	ATTGG	2	10	136027	136036	20 %	40 %	40 %	0 %	478455046
114	NC_020943	ATTGT	2	10	136060	136069	20 %	60 %	20 %	0 %	478455046
115	NC_020943	TGTTT	2	10	136486	136495	0 %	80 %	20 %	0 %	478455047
116	NC_020943	TTGCA	2	10	137275	137284	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
117	NC_020943	TCCAG	2	10	140231	140240	20 %	20 %	20 %	40 %	478455053
118	NC_020943	GTACA	2	10	140962	140971	40 %	20 %	20 %	20 %	478455054
119	NC_020943	TAGAT	2	10	141335	141344	40 %	40 %	20 %	0 %	478455054
120	NC_020943	AAAAG	2	10	141747	141756	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020943	AAAAC	2	10	142227	142236	80 %	0 %	0 %	20 %	478455055
122	NC_020943	TGCTA	2	10	143313	143322	20 %	40 %	20 %	20 %	478455057
123	NC_020943	GGAGC	2	10	143360	143369	20 %	0 %	60 %	20 %	478455057
124	NC_020943	CTGGG	2	10	144775	144784	0 %	20 %	60 %	20 %	478455059
125	NC_020943	GTTTT	2	10	145522	145531	0 %	80 %	20 %	0 %	478455060
126	NC_020943	GAACC	2	10	149256	149265	40 %	0 %	20 %	40 %	478455061
127	NC_020943	ATTCT	2	10	152752	152761	20 %	60 %	0 %	20 %	478455065
128	NC_020943	CTGTG	2	10	152956	152965	0 %	40 %	40 %	20 %	478455065
129	NC_020943	TTCTT	2	10	155429	155438	0 %	80 %	0 %	20 %	478455068
130	NC_020943	TTCTA	2	10	157534	157543	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_020943	AGGAA	2	10	159989	159998	60 %	0 %	40 %	0 %	478455072
132	NC_020943	CAAAA	2	10	161992	162001	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_020943	AGAGA	2	10	163220	163229	60 %	0 %	40 %	0 %	478455075
134	NC_020943	AGCAA	2	10	163655	163664	60 %	0 %	20 %	20 %	478455075
135	NC_020943	CAAAA	2	10	167158	167167	80 %	0 %	0 %	20 %	478455077
136	NC_020943	AAGAG	2	10	167991	168000	60 %	0 %	40 %	0 %	478455077
137	NC_020943	GATTG	2	10	168336	168345	20 %	40 %	40 %	0 %	478455077
138	NC_020943	GTTTT	2	10	174815	174824	0 %	80 %	20 %	0 %	478455081
139	NC_020943	TATTG	2	10	174838	174847	20 %	60 %	20 %	0 %	478455081
140	NC_020943	CAGCA	2	10	175197	175206	40 %	0 %	20 %	40 %	478455081
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149	NC_020943	AGAAA	2	10	182353	182362	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
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179	NC_020943	GAAAC	2	10	222547	222556	60 %	0 %	20 %	20 %	478455126
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181	NC_020943	TATCT	2	10	224727	224736	20 %	60 %	0 %	20 %	478455128
182	NC_020943	TTTTC	2	10	224929	224938	0 %	80 %	0 %	20 %	478455128
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244	NC_020943	TCAAT	2	10	322108	322117	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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248	NC_020943	TAAAT	2	10	331125	331134	60 %	40 %	0 %	0 %	478455226
249	NC_020943	CTAAA	2	10	331890	331899	60 %	20 %	0 %	20 %	478455227
250	NC_020943	CAAAA	2	10	332370	332379	80 %	0 %	0 %	20 %	478455227
251	NC_020943	GCAAC	2	10	334071	334080	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
252	NC_020943	CTTGT	2	10	334131	334140	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
253	NC_020943	CCTTT	2	10	334587	334596	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
254	NC_020943	CTAAA	2	10	337690	337699	60 %	20 %	0 %	20 %	478455231
255	NC_020943	TCCAA	2	10	338325	338334	40 %	20 %	0 %	40 %	478455231
256	NC_020943	TCCAT	2	10	338408	338417	20 %	40 %	0 %	40 %	478455231
257	NC_020943	CAGAG	2	10	340802	340811	40 %	0 %	40 %	20 %	478455232
258	NC_020943	CTTCA	2	10	342500	342509	20 %	40 %	0 %	40 %	478455234
259	NC_020943	CATTG	2	10	342604	342613	20 %	40 %	20 %	20 %	478455234
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262	NC_020943	GTTAC	2	10	350310	350319	20 %	40 %	20 %	20 %	478455242
263	NC_020943	ATCTC	2	10	351528	351537	20 %	40 %	0 %	40 %	478455243
264	NC_020943	CCTTC	2	10	353734	353743	0 %	40 %	0 %	60 %	478455243
265	NC_020943	CACGA	2	10	357245	357254	40 %	0 %	20 %	40 %	478455244
266	NC_020943	ATTTA	2	10	357830	357839	40 %	60 %	0 %	0 %	478455244
267	NC_020943	TAGCA	2	10	358076	358085	40 %	20 %	20 %	20 %	478455244
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