MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis D/SotonD5 complete genome

Total Repeats: 110

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020943	TATTT	2	10	7634	7643	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020943	GGTGT	2	10	13906	13915	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020943	AAAGA	2	10	33692	33701	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020943	TGCAA	2	10	42926	42935	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_020943	CAAAA	2	10	43245	43254	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_020943	GAAGA	2	10	48610	48619	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020943	CTATT	2	10	50189	50198	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_020943	AATTT	2	10	54439	54448	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020943	AAAAG	2	10	69282	69291	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020943	CTTGC	2	10	72225	72234	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_020943	AAAAG	2	10	76975	76984	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020943	ATCAA	2	10	78673	78682	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_020943	TTTGT	2	10	85409	85418	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020943	AATAA	2	10	88408	88417	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020943	CTTTT	2	10	94480	94489	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_020943	ACAAA	2	10	98025	98034	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_020943	GCTCT	2	10	114298	114307	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
18	NC_020943	TTGCA	2	10	137275	137284	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_020943	AAAAG	2	10	141747	141756	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020943	TTCTA	2	10	157534	157543	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_020943	CAAAA	2	10	161992	162001	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_020943	AGAAA	2	10	182353	182362	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020943	CGATA	2	10	187730	187739	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_020943	CTAAG	2	10	202860	202869	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_020943	ATTTC	2	10	221386	221395	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_020943	CAATA	2	10	224509	224518	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_020943	TACAA	2	10	248221	248230	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_020943	TTTCA	2	10	264332	264341	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_020943	AAAGC	2	10	299165	299174	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_020943	TGTTT	2	10	302044	302053	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020943	TCAAT	2	10	322108	322117	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_020943	GCAAC	2	10	334071	334080	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_020943	CTTGT	2	10	334131	334140	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_020943	CCTTT	2	10	334587	334596	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
35	NC_020943	AAGGC	2	10	362342	362351	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_020943	GCTTC	2	10	364452	364461	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
37	NC_020943	AGTAG	2	10	364529	364538	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020943	TCTCT	2	10	367996	368005	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
39	NC_020943	AACAA	2	10	368379	368388	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_020943	AAAAC	2	10	368701	368710	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_020943	AAGCG	2	10	404219	404228	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_020943	TATCT	2	10	409747	409756	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_020943	GTATA	2	10	416468	416477	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020943	AGCAA	2	10	416504	416513	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_020943	AAAAT	2	10	418353	418362	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020943	CTCTT	2	10	428417	428426	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
47	NC_020943	TAAAA	2	10	430960	430969	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020943	AGAAA	2	10	436634	436643	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020943	CTCTT	2	10	436673	436682	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
50	NC_020943	GAAGA	2	10	436683	436692	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020943	AAATT	2	10	436962	436971	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020943	AATTT	2	10	436983	436992	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020943	TAAAA	2	10	465178	465187	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020943	CAAAA	2	10	485579	485588	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_020943	AATCT	2	10	502921	502930	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_020943	CTTCT	2	10	503134	503143	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
57	NC_020943	TTTCT	2	10	508521	508530	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_020943	CCTTT	2	10	509530	509539	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
59	NC_020943	TAAAA	2	10	514546	514555	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020943	AGGAA	2	10	516530	516539	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020943	ATGAA	2	10	516554	516563	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020943	TTGGA	2	10	523995	524004	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020943	CAAAA	2	10	524761	524770	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_020943	TTTTC	2	10	536623	536632	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_020943	AAAAG	2	10	557876	557885	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020943	GAAAA	2	10	565060	565069	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020943	ATTTT	2	10	566498	566507	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020943	ATACT	2	10	572570	572579	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_020943	TCCCC	2	10	575363	575372	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
70	NC_020943	AAAGG	2	10	581525	581534	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020943	TTTCC	2	10	629144	629153	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
72	NC_020943	ATTAA	2	10	637095	637104	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020943	TCGTC	2	10	649993	650002	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
74	NC_020943	TAAAA	2	10	685623	685632	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020943	TTTAT	2	10	697576	697585	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020943	TCATG	2	10	697771	697780	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_020943	AAAAC	2	10	701889	701898	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_020943	GAAAA	2	10	707238	707247	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020943	TTATT	2	10	714285	714294	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020943	GAAGA	2	10	737179	737188	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020943	AGAAT	2	10	759991	760000	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020943	AGGGG	2	10	760222	760231	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020943	ATTTT	2	10	778959	778968	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020943	AAAAG	2	10	780780	780789	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020943	AGGTA	2	10	784179	784188	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020943	TCCTT	2	10	785362	785371	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
87	NC_020943	CTCCA	2	10	785517	785526	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
88	NC_020943	AAAAC	2	10	796558	796567	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_020943	TTTCT	2	10	804779	804788	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_020943	AGAAA	2	10	813311	813320	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020943	CTTTT	2	10	859392	859401	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_020943	AGAAA	2	10	863743	863752	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020943	CTTTT	2	10	881432	881441	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_020943	TAGAA	2	10	889902	889911	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020943	CTTTT	2	10	905942	905951	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_020943	TTTTA	2	10	906687	906696	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020943	AGAGC	2	10	908975	908984	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
98	NC_020943	AAGAG	2	10	928647	928656	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020943	GCTAG	2	10	928673	928682	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
100	NC_020943	TCGTT	2	10	937066	937075	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_020943	TTCTT	2	10	940023	940032	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_020943	CTTCA	2	10	961911	961920	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
103	NC_020943	CTAGT	2	10	968768	968777	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_020943	TAAAA	2	10	984761	984770	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020943	CGGGG	2	10	1006204	1006213	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
106	NC_020943	TATTT	2	10	1008363	1008372	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020943	TAGAA	2	10	1019791	1019800	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020943	TTTTC	2	10	1038165	1038174	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_020943	TTATT	2	10	1042063	1042072	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020943	TTTTA	2	10	1042113	1042122	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.