MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis D/SotonD5 complete genome

Total Repeats: 645

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020943	TGTGA	2	10	3881	3890	20 %	40 %	40 %	0 %	478454935
2	NC_020943	TTGAA	2	10	4237	4246	40 %	40 %	20 %	0 %	478454936
3	NC_020943	GAGAA	2	10	4531	4540	60 %	0 %	40 %	0 %	478454936
4	NC_020943	GAAAA	2	10	4968	4977	80 %	0 %	20 %	0 %	478454936
5	NC_020943	TTACA	2	10	5123	5132	40 %	40 %	0 %	20 %	478454936
6	NC_020943	GTCTT	2	10	5819	5828	0 %	60 %	20 %	20 %	478454937
7	NC_020943	TGGTA	2	10	8291	8300	20 %	40 %	40 %	0 %	478454939
8	NC_020943	CGAAA	2	10	9699	9708	60 %	0 %	20 %	20 %	478454940
9	NC_020943	GGCTG	2	10	10333	10342	0 %	20 %	60 %	20 %	478454941
10	NC_020943	CCTCT	2	10	11125	11134	0 %	40 %	0 %	60 %	478454942
11	NC_020943	AAAGG	2	10	11284	11293	60 %	0 %	40 %	0 %	478454942
12	NC_020943	AAGAA	2	10	12404	12413	80 %	0 %	20 %	0 %	478454943
13	NC_020943	AAAGA	2	10	13802	13811	80 %	0 %	20 %	0 %	478454944
14	NC_020943	GATTT	2	10	15649	15658	20 %	60 %	20 %	0 %	478454946
15	NC_020943	CGTTC	2	10	16760	16769	0 %	40 %	20 %	40 %	478454947
16	NC_020943	GCTTC	2	10	17133	17142	0 %	40 %	20 %	40 %	478454947
17	NC_020943	GAAGG	2	10	17504	17513	40 %	0 %	60 %	0 %	478454947
18	NC_020943	GTTGT	2	10	20930	20939	0 %	60 %	40 %	0 %	478454950
19	NC_020943	AAGAT	2	10	22042	22051	60 %	20 %	20 %	0 %	478454951
20	NC_020943	TTTGC	2	10	22653	22662	0 %	60 %	20 %	20 %	478454951
21	NC_020943	GGAAA	2	10	24407	24416	60 %	0 %	40 %	0 %	478454951
22	NC_020943	AGAGG	2	10	26132	26141	40 %	0 %	60 %	0 %	478454952
23	NC_020943	GGAGA	2	10	27911	27920	40 %	0 %	60 %	0 %	478454953
24	NC_020943	GGATA	2	10	27937	27946	40 %	20 %	40 %	0 %	478454953
25	NC_020943	ATCCG	2	10	28662	28671	20 %	20 %	20 %	40 %	478454955
26	NC_020943	AGGGT	2	10	29180	29189	20 %	20 %	60 %	0 %	478454955
27	NC_020943	CCTAT	2	10	30220	30229	20 %	40 %	0 %	40 %	478454956
28	NC_020943	GAAGG	2	10	31019	31028	40 %	0 %	60 %	0 %	478454957
29	NC_020943	GAGCT	2	10	32059	32068	20 %	20 %	40 %	20 %	478454958
30	NC_020943	CTATT	2	10	36733	36742	20 %	60 %	0 %	20 %	478454964
31	NC_020943	TCCTA	2	10	36780	36789	20 %	40 %	0 %	40 %	478454964
32	NC_020943	ACGAT	2	10	38696	38705	40 %	20 %	20 %	20 %	478454965
33	NC_020943	TTTGA	2	10	39061	39070	20 %	60 %	20 %	0 %	478454965
34	NC_020943	AGCAA	2	10	42711	42720	60 %	0 %	20 %	20 %	478454968
35	NC_020943	CGATG	2	10	42768	42777	20 %	20 %	40 %	20 %	478454968
36	NC_020943	TTTAT	2	10	44842	44851	20 %	80 %	0 %	0 %	478454971
37	NC_020943	CTTTC	2	10	46938	46947	0 %	60 %	0 %	40 %	478454973
38	NC_020943	AGTTT	2	10	47477	47486	20 %	60 %	20 %	0 %	478454973
39	NC_020943	CTTTT	2	10	50640	50649	0 %	80 %	0 %	20 %	478454976
40	NC_020943	CCGTA	2	10	54199	54208	20 %	20 %	20 %	40 %	478454979
41	NC_020943	TTATC	2	10	55602	55611	20 %	60 %	0 %	20 %	478454980
42	NC_020943	GAGCA	2	10	60048	60057	40 %	0 %	40 %	20 %	478454983
43	NC_020943	TGTGA	2	10	62497	62506	20 %	40 %	40 %	0 %	478454985
44	NC_020943	AGTGA	2	10	64024	64033	40 %	20 %	40 %	0 %	478454986
45	NC_020943	CCTTC	2	10	64298	64307	0 %	40 %	0 %	60 %	478454986
46	NC_020943	AGGAG	2	10	66526	66535	40 %	0 %	60 %	0 %	478454988
47	NC_020943	GTTAA	2	10	66656	66665	40 %	40 %	20 %	0 %	478454988
48	NC_020943	CAAGC	2	10	69034	69043	40 %	0 %	20 %	40 %	478454990
49	NC_020943	GCGAT	2	10	70094	70103	20 %	20 %	40 %	20 %	478454991
50	NC_020943	CTCTT	2	10	70448	70457	0 %	60 %	0 %	40 %	478454991
51	NC_020943	AGGGG	2	10	71094	71103	20 %	0 %	80 %	0 %	478454991
52	NC_020943	AAGAA	2	10	71136	71145	80 %	0 %	20 %	0 %	478454991
53	NC_020943	ATTGG	2	10	72426	72435	20 %	40 %	40 %	0 %	478454993
54	NC_020943	GAAAA	2	10	73498	73507	80 %	0 %	20 %	0 %	478454993
55	NC_020943	TGGGA	2	10	73915	73924	20 %	20 %	60 %	0 %	478454994
56	NC_020943	TATTT	2	10	76442	76451	20 %	80 %	0 %	0 %	478454995
57	NC_020943	TGTCT	2	10	80234	80243	0 %	60 %	20 %	20 %	478454998
58	NC_020943	TTACT	2	10	80741	80750	20 %	60 %	0 %	20 %	478454998
59	NC_020943	AGAAA	2	10	82131	82140	80 %	0 %	20 %	0 %	478455000
60	NC_020943	GGAAG	2	10	82644	82653	40 %	0 %	60 %	0 %	478455000
61	NC_020943	GATCC	2	10	86195	86204	20 %	20 %	20 %	40 %	478455003
62	NC_020943	AGAGC	2	10	87530	87539	40 %	0 %	40 %	20 %	478455004
63	NC_020943	TTTTC	2	10	91262	91271	0 %	80 %	0 %	20 %	478455007
64	NC_020943	GGATG	2	10	91522	91531	20 %	20 %	60 %	0 %	478455008
65	NC_020943	CAACA	2	10	93061	93070	60 %	0 %	0 %	40 %	478455009
66	NC_020943	ACAGC	2	10	94106	94115	40 %	0 %	20 %	40 %	478455011
67	NC_020943	GGAAC	2	10	94818	94827	40 %	0 %	40 %	20 %	478455012
68	NC_020943	GGATT	2	10	95718	95727	20 %	40 %	40 %	0 %	478455012
69	NC_020943	AGCAT	2	10	95739	95748	40 %	20 %	20 %	20 %	478455012
70	NC_020943	CAATC	2	10	96820	96829	40 %	20 %	0 %	40 %	478455014
71	NC_020943	TTTGC	2	10	96954	96963	0 %	60 %	20 %	20 %	478455014
72	NC_020943	ATTCA	2	10	97218	97227	40 %	40 %	0 %	20 %	478455014
73	NC_020943	GATCC	2	10	97477	97486	20 %	20 %	20 %	40 %	478455014
74	NC_020943	GTTTT	2	10	97898	97907	0 %	80 %	20 %	0 %	478455014
75	NC_020943	AAGCT	2	10	99101	99110	40 %	20 %	20 %	20 %	478455015
76	NC_020943	AGGGG	2	10	99460	99469	20 %	0 %	80 %	0 %	478455015
77	NC_020943	ATAGC	2	10	100159	100168	40 %	20 %	20 %	20 %	478455016
78	NC_020943	AGCGA	2	10	103087	103096	40 %	0 %	40 %	20 %	478455019
79	NC_020943	TTTCT	2	10	103445	103454	0 %	80 %	0 %	20 %	478455019
80	NC_020943	ATCAT	2	10	104651	104660	40 %	40 %	0 %	20 %	478455020
81	NC_020943	GGCAT	2	10	105359	105368	20 %	20 %	40 %	20 %	478455020
82	NC_020943	AAAGC	2	10	109085	109094	60 %	0 %	20 %	20 %	478455023
83	NC_020943	GCATT	2	10	110245	110254	20 %	40 %	20 %	20 %	478455025
84	NC_020943	TGTTT	2	10	114922	114931	0 %	80 %	20 %	0 %	478455028
85	NC_020943	CATGT	2	10	115300	115309	20 %	40 %	20 %	20 %	478455028
86	NC_020943	TATCG	2	10	116004	116013	20 %	40 %	20 %	20 %	478455028
87	NC_020943	TTTCT	2	10	116520	116529	0 %	80 %	0 %	20 %	478455029
88	NC_020943	AAAGA	2	10	118765	118774	80 %	0 %	20 %	0 %	478455032
89	NC_020943	GCTTC	2	10	122755	122764	0 %	40 %	20 %	40 %	478455035
90	NC_020943	TACAA	2	10	126543	126552	60 %	20 %	0 %	20 %	478455039
91	NC_020943	ATCCA	2	10	128948	128957	40 %	20 %	0 %	40 %	478455042
92	NC_020943	GAAGA	2	10	130498	130507	60 %	0 %	40 %	0 %	478455042
93	NC_020943	AAAAG	2	10	132411	132420	80 %	0 %	20 %	0 %	478455043
94	NC_020943	GATTC	2	10	132742	132751	20 %	40 %	20 %	20 %	478455043
95	NC_020943	GGATA	2	10	135362	135371	40 %	20 %	40 %	0 %	478455045
96	NC_020943	ATTGG	2	10	136027	136036	20 %	40 %	40 %	0 %	478455046
97	NC_020943	ATTGT	2	10	136060	136069	20 %	60 %	20 %	0 %	478455046
98	NC_020943	TGTTT	2	10	136486	136495	0 %	80 %	20 %	0 %	478455047
99	NC_020943	TCCAG	2	10	140231	140240	20 %	20 %	20 %	40 %	478455053
100	NC_020943	GTACA	2	10	140962	140971	40 %	20 %	20 %	20 %	478455054
101	NC_020943	TAGAT	2	10	141335	141344	40 %	40 %	20 %	0 %	478455054
102	NC_020943	AAAAC	2	10	142227	142236	80 %	0 %	0 %	20 %	478455055
103	NC_020943	TGCTA	2	10	143313	143322	20 %	40 %	20 %	20 %	478455057
104	NC_020943	GGAGC	2	10	143360	143369	20 %	0 %	60 %	20 %	478455057
105	NC_020943	CTGGG	2	10	144775	144784	0 %	20 %	60 %	20 %	478455059
106	NC_020943	GTTTT	2	10	145522	145531	0 %	80 %	20 %	0 %	478455060
107	NC_020943	GAACC	2	10	149256	149265	40 %	0 %	20 %	40 %	478455061
108	NC_020943	ATTCT	2	10	152752	152761	20 %	60 %	0 %	20 %	478455065
109	NC_020943	CTGTG	2	10	152956	152965	0 %	40 %	40 %	20 %	478455065
110	NC_020943	TTCTT	2	10	155429	155438	0 %	80 %	0 %	20 %	478455068
111	NC_020943	AGGAA	2	10	159989	159998	60 %	0 %	40 %	0 %	478455072
112	NC_020943	AGAGA	2	10	163220	163229	60 %	0 %	40 %	0 %	478455075
113	NC_020943	AGCAA	2	10	163655	163664	60 %	0 %	20 %	20 %	478455075
114	NC_020943	CAAAA	2	10	167158	167167	80 %	0 %	0 %	20 %	478455077
115	NC_020943	AAGAG	2	10	167991	168000	60 %	0 %	40 %	0 %	478455077
116	NC_020943	GATTG	2	10	168336	168345	20 %	40 %	40 %	0 %	478455077
117	NC_020943	GTTTT	2	10	174815	174824	0 %	80 %	20 %	0 %	478455081
118	NC_020943	TATTG	2	10	174838	174847	20 %	60 %	20 %	0 %	478455081
119	NC_020943	CAGCA	2	10	175197	175206	40 %	0 %	20 %	40 %	478455081
120	NC_020943	TAGGA	2	10	175504	175513	40 %	20 %	40 %	0 %	478455082
121	NC_020943	TGATT	2	10	177431	177440	20 %	60 %	20 %	0 %	478455083
122	NC_020943	TCAAT	2	10	178072	178081	40 %	40 %	0 %	20 %	478455083
123	NC_020943	TTTTC	2	10	178111	178120	0 %	80 %	0 %	20 %	478455083
124	NC_020943	GGAAT	2	10	179671	179680	40 %	20 %	40 %	0 %	478455084
125	NC_020943	AGAGT	2	10	180629	180638	40 %	20 %	40 %	0 %	478455085
126	NC_020943	TTGAA	2	10	181162	181171	40 %	40 %	20 %	0 %	478455086
127	NC_020943	AGGGG	2	10	182173	182182	20 %	0 %	80 %	0 %	478455086
128	NC_020943	TTGAG	2	10	182736	182745	20 %	40 %	40 %	0 %	478455087
129	NC_020943	GAATG	2	10	182761	182770	40 %	20 %	40 %	0 %	478455087
130	NC_020943	AGAGA	2	10	184846	184855	60 %	0 %	40 %	0 %	478455090
131	NC_020943	ACGAT	2	10	186918	186927	40 %	20 %	20 %	20 %	478455092
132	NC_020943	GGATC	2	10	190008	190017	20 %	20 %	40 %	20 %	478455094
133	NC_020943	CAGAT	2	10	190123	190132	40 %	20 %	20 %	20 %	478455094
134	NC_020943	ACGAT	2	10	191042	191051	40 %	20 %	20 %	20 %	478455095
135	NC_020943	TTGTA	2	10	192020	192029	20 %	60 %	20 %	0 %	478455095
136	NC_020943	TATGC	2	10	192425	192434	20 %	40 %	20 %	20 %	478455096
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