MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis D/SotonD5 complete genome

Total Repeats: 2874

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020943	GGAT	2	8	57	64	25 %	25 %	50 %	0 %	478454932
2	NC_020943	AGTG	2	8	547	554	25 %	25 %	50 %	0 %	478454932
3	NC_020943	TGGC	2	8	581	588	0 %	25 %	50 %	25 %	478454932
4	NC_020943	AATG	2	8	1066	1073	50 %	25 %	25 %	0 %	478454932
5	NC_020943	CTAT	2	8	1400	1407	25 %	50 %	0 %	25 %	478454932
6	NC_020943	AAGG	2	8	1909	1916	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020943	AGTA	2	8	2089	2096	50 %	25 %	25 %	0 %	478454933
8	NC_020943	ATGA	2	8	2493	2500	50 %	25 %	25 %	0 %	478454934
9	NC_020943	GATA	2	8	2531	2538	50 %	25 %	25 %	0 %	478454934
10	NC_020943	TTTC	2	8	2828	2835	0 %	75 %	0 %	25 %	478454935
11	NC_020943	CATG	2	8	3709	3716	25 %	25 %	25 %	25 %	478454935
12	NC_020943	TTCC	2	8	4014	4021	0 %	50 %	0 %	50 %	478454935
13	NC_020943	TTTA	2	8	4412	4419	25 %	75 %	0 %	0 %	478454936
14	NC_020943	ATCC	2	8	4712	4719	25 %	25 %	0 %	50 %	478454936
15	NC_020943	GACG	2	8	5459	5466	25 %	0 %	50 %	25 %	478454936
16	NC_020943	TTGG	2	8	5562	5569	0 %	50 %	50 %	0 %	478454936
17	NC_020943	TGGA	2	8	5923	5930	25 %	25 %	50 %	0 %	478454937
18	NC_020943	CTTT	2	8	6300	6307	0 %	75 %	0 %	25 %	478454937
19	NC_020943	GGGA	2	8	6815	6822	25 %	0 %	75 %	0 %	478454937
20	NC_020943	GGAG	2	8	6906	6913	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020943	GGTG	2	8	7118	7125	0 %	25 %	75 %	0 %	478454938
22	NC_020943	AAAT	2	8	7184	7191	75 %	25 %	0 %	0 %	478454938
23	NC_020943	TATG	2	8	7555	7562	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020943	ATTT	2	8	7696	7703	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020943	TTTG	2	8	7788	7795	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020943	AAGC	2	8	8421	8428	50 %	0 %	25 %	25 %	478454939
27	NC_020943	ATTG	2	8	8819	8826	25 %	50 %	25 %	0 %	478454940
28	NC_020943	AGCG	2	8	9286	9293	25 %	0 %	50 %	25 %	478454940
29	NC_020943	AAAG	2	8	9307	9314	75 %	0 %	25 %	0 %	478454940
30	NC_020943	CTTT	2	8	9647	9654	0 %	75 %	0 %	25 %	478454940
31	NC_020943	TATT	2	8	9910	9917	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020943	TTCG	2	8	10019	10026	0 %	50 %	25 %	25 %	478454941
33	NC_020943	AATT	2	8	10124	10131	50 %	50 %	0 %	0 %	478454941
34	NC_020943	ATGG	2	8	10183	10190	25 %	25 %	50 %	0 %	478454941
35	NC_020943	CTTT	2	8	10808	10815	0 %	75 %	0 %	25 %	478454942
36	NC_020943	GCAA	2	8	11025	11032	50 %	0 %	25 %	25 %	478454942
37	NC_020943	AGCC	2	8	11255	11262	25 %	0 %	25 %	50 %	478454942
38	NC_020943	GAAA	2	8	11398	11405	75 %	0 %	25 %	0 %	478454942
39	NC_020943	AGAA	2	8	11802	11809	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020943	AATG	2	8	12141	12148	50 %	25 %	25 %	0 %	478454943
41	NC_020943	ATTT	2	8	12918	12925	25 %	75 %	0 %	0 %	478454943
42	NC_020943	GTTT	2	8	13173	13180	0 %	75 %	25 %	0 %	478454944
43	NC_020943	ATGC	2	8	13603	13610	25 %	25 %	25 %	25 %	478454944
44	NC_020943	AAGG	2	8	14038	14045	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020943	TTGT	2	8	14639	14646	0 %	75 %	25 %	0 %	478454945
46	NC_020943	ATTT	2	8	15016	15023	25 %	75 %	0 %	0 %	478454945
47	NC_020943	TTTC	2	8	15678	15685	0 %	75 %	0 %	25 %	478454946
48	NC_020943	AAAT	2	8	16160	16167	75 %	25 %	0 %	0 %	478454946
49	NC_020943	CAAA	2	8	16672	16679	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
50	NC_020943	GTAA	2	8	17002	17009	50 %	25 %	25 %	0 %	478454947
51	NC_020943	CTAA	2	8	17195	17202	50 %	25 %	0 %	25 %	478454947
52	NC_020943	AGAA	2	8	17458	17465	75 %	0 %	25 %	0 %	478454947
53	NC_020943	ATTT	2	8	17604	17611	25 %	75 %	0 %	0 %	478454947
54	NC_020943	TGCG	2	8	19126	19133	0 %	25 %	50 %	25 %	478454949
55	NC_020943	CTTT	2	8	19165	19172	0 %	75 %	0 %	25 %	478454949
56	NC_020943	GAAG	2	8	20110	20117	50 %	0 %	50 %	0 %	478454949
57	NC_020943	TTTG	2	8	20136	20143	0 %	75 %	25 %	0 %	478454949
58	NC_020943	TGTA	2	8	20828	20835	25 %	50 %	25 %	0 %	478454950
59	NC_020943	CGCT	2	8	21868	21875	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
60	NC_020943	TTAA	2	8	21889	21896	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020943	GTTA	2	8	21926	21933	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020943	GATC	2	8	21981	21988	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
63	NC_020943	GATG	2	8	22244	22251	25 %	25 %	50 %	0 %	478454951
64	NC_020943	CATT	2	8	23303	23310	25 %	50 %	0 %	25 %	478454951
65	NC_020943	GCTT	2	8	23646	23653	0 %	50 %	25 %	25 %	478454951
66	NC_020943	GGTT	2	8	23694	23701	0 %	50 %	50 %	0 %	478454951
67	NC_020943	TTCT	2	8	24064	24071	0 %	75 %	0 %	25 %	478454951
68	NC_020943	TAAC	2	8	24166	24173	50 %	25 %	0 %	25 %	478454951
69	NC_020943	CATT	2	8	24289	24296	25 %	50 %	0 %	25 %	478454951
70	NC_020943	GGTA	2	8	24659	24666	25 %	25 %	50 %	0 %	478454951
71	NC_020943	TTCG	2	8	25799	25806	0 %	50 %	25 %	25 %	478454952
72	NC_020943	TAGG	2	8	25878	25885	25 %	25 %	50 %	0 %	478454952
73	NC_020943	TTCC	2	8	26002	26009	0 %	50 %	0 %	50 %	478454952
74	NC_020943	TAGG	2	8	26116	26123	25 %	25 %	50 %	0 %	478454952
75	NC_020943	GCTT	2	8	26888	26895	0 %	50 %	25 %	25 %	478454952
76	NC_020943	GGAA	2	8	27471	27478	50 %	0 %	50 %	0 %	478454953
77	NC_020943	TTAA	2	8	27544	27551	50 %	50 %	0 %	0 %	478454953
78	NC_020943	AAAG	2	8	27594	27601	75 %	0 %	25 %	0 %	478454953
79	NC_020943	GGGC	2	8	27874	27881	0 %	0 %	75 %	25 %	478454953
80	NC_020943	GTTT	2	8	28157	28164	0 %	75 %	25 %	0 %	478454954
81	NC_020943	CAGA	2	8	28179	28186	50 %	0 %	25 %	25 %	478454954
82	NC_020943	ATTG	2	8	28538	28545	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020943	CTTT	2	8	30151	30158	0 %	75 %	0 %	25 %	478454956
84	NC_020943	TTTG	2	8	30166	30173	0 %	75 %	25 %	0 %	478454956
85	NC_020943	TTGT	2	8	30201	30208	0 %	75 %	25 %	0 %	478454956
86	NC_020943	TGGC	2	8	30364	30371	0 %	25 %	50 %	25 %	478454956
87	NC_020943	AAAG	2	8	30924	30931	75 %	0 %	25 %	0 %	478454957
88	NC_020943	AAAC	2	8	30994	31001	75 %	0 %	0 %	25 %	478454957
89	NC_020943	GATG	2	8	31137	31144	25 %	25 %	50 %	0 %	478454957
90	NC_020943	GATA	2	8	32246	32253	50 %	25 %	25 %	0 %	478454959
91	NC_020943	TGAT	2	8	34741	34748	25 %	50 %	25 %	0 %	478454962
92	NC_020943	AAGA	3	12	34869	34880	75 %	0 %	25 %	0 %	478454962
93	NC_020943	AAGC	2	8	35089	35096	50 %	0 %	25 %	25 %	478454963
94	NC_020943	GTTC	2	8	35122	35129	0 %	50 %	25 %	25 %	478454963
95	NC_020943	GGCA	2	8	35501	35508	25 %	0 %	50 %	25 %	478454964
96	NC_020943	TCGA	2	8	35758	35765	25 %	25 %	25 %	25 %	478454964
97	NC_020943	TGCT	2	8	35911	35918	0 %	50 %	25 %	25 %	478454964
98	NC_020943	TATG	2	8	36054	36061	25 %	50 %	25 %	0 %	478454964
99	NC_020943	TTGG	2	8	36143	36150	0 %	50 %	50 %	0 %	478454964
100	NC_020943	AGAT	2	8	36863	36870	50 %	25 %	25 %	0 %	478454964
101	NC_020943	CTTT	2	8	37236	37243	0 %	75 %	0 %	25 %	478454965
102	NC_020943	ATGA	2	8	37726	37733	50 %	25 %	25 %	0 %	478454965
103	NC_020943	TAGG	2	8	37885	37892	25 %	25 %	50 %	0 %	478454965
104	NC_020943	CAAT	2	8	38069	38076	50 %	25 %	0 %	25 %	478454965
105	NC_020943	AATG	2	8	38856	38863	50 %	25 %	25 %	0 %	478454965
106	NC_020943	AGAA	2	8	39693	39700	75 %	0 %	25 %	0 %	478454966
107	NC_020943	AAGA	2	8	39745	39752	75 %	0 %	25 %	0 %	478454966
108	NC_020943	ATCC	2	8	39753	39760	25 %	25 %	0 %	50 %	478454966
109	NC_020943	TAAT	2	8	39964	39971	50 %	50 %	0 %	0 %	478454966
110	NC_020943	GTGC	2	8	42052	42059	0 %	25 %	50 %	25 %	478454968
111	NC_020943	AGAA	2	8	42471	42478	75 %	0 %	25 %	0 %	478454968
112	NC_020943	GGAT	2	8	42623	42630	25 %	25 %	50 %	0 %	478454968
113	NC_020943	AAAC	2	8	43832	43839	75 %	0 %	0 %	25 %	478454970
114	NC_020943	CAAT	2	8	44036	44043	50 %	25 %	0 %	25 %	478454970
115	NC_020943	TGTT	2	8	44416	44423	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020943	AATA	2	8	44655	44662	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020943	ATTT	2	8	44793	44800	25 %	75 %	0 %	0 %	478454971
118	NC_020943	GCTC	2	8	45101	45108	0 %	25 %	25 %	50 %	478454971
119	NC_020943	TTCT	2	8	45243	45250	0 %	75 %	0 %	25 %	478454971
120	NC_020943	TTGA	2	8	45843	45850	25 %	50 %	25 %	0 %	478454972
121	NC_020943	TGTT	2	8	46015	46022	0 %	75 %	25 %	0 %	478454972
122	NC_020943	CTAT	2	8	46045	46052	25 %	50 %	0 %	25 %	478454972
123	NC_020943	TGTT	2	8	46074	46081	0 %	75 %	25 %	0 %	478454972
124	NC_020943	CTAT	2	8	46370	46377	25 %	50 %	0 %	25 %	478454972
125	NC_020943	AAGA	2	8	46865	46872	75 %	0 %	25 %	0 %	478454973
126	NC_020943	AAGA	2	8	46922	46929	75 %	0 %	25 %	0 %	478454973
127	NC_020943	AAAG	2	8	46962	46969	75 %	0 %	25 %	0 %	478454973
128	NC_020943	AAGA	2	8	47077	47084	75 %	0 %	25 %	0 %	478454973
129	NC_020943	ACTT	2	8	47338	47345	25 %	50 %	0 %	25 %	478454973
130	NC_020943	ATGG	2	8	47964	47971	25 %	25 %	50 %	0 %	478454973
131	NC_020943	AGGA	2	8	47995	48002	50 %	0 %	50 %	0 %	478454973
132	NC_020943	GAAC	2	8	48542	48549	50 %	0 %	25 %	25 %	478454973
133	NC_020943	AAGT	2	8	48577	48584	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020943	AACA	2	8	48786	48793	75 %	0 %	0 %	25 %	478454974
135	NC_020943	CTTT	2	8	49867	49874	0 %	75 %	0 %	25 %	478454975
136	NC_020943	GTAG	2	8	49885	49892	25 %	25 %	50 %	0 %	478454975
137	NC_020943	GAAG	2	8	51313	51320	50 %	0 %	50 %	0 %	478454976
138	NC_020943	TTCA	2	8	51735	51742	25 %	50 %	0 %	25 %	478454976
139	NC_020943	TATT	2	8	52563	52570	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_020943	GGAA	2	8	52794	52801	50 %	0 %	50 %	0 %	478454978
141	NC_020943	TTAA	2	8	53535	53542	50 %	50 %	0 %	0 %	478454978
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