MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis D/SotonD5 complete genome

Total Repeats: 342

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020943	AAGG	2	8	1909	1916	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020943	GGAG	2	8	6906	6913	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020943	TATG	2	8	7555	7562	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020943	ATTT	2	8	7696	7703	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020943	TTTG	2	8	7788	7795	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020943	TATT	2	8	9910	9917	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020943	AGAA	2	8	11802	11809	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020943	AAGG	2	8	14038	14045	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020943	CAAA	2	8	16672	16679	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_020943	CGCT	2	8	21868	21875	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
11	NC_020943	TTAA	2	8	21889	21896	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020943	GTTA	2	8	21926	21933	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020943	GATC	2	8	21981	21988	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NC_020943	ATTG	2	8	28538	28545	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020943	TGTT	2	8	44416	44423	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020943	AATA	2	8	44655	44662	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020943	AAGT	2	8	48577	48584	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020943	TATT	2	8	52563	52570	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020943	GTTT	2	8	54423	54430	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020943	TGTT	2	8	54431	54438	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020943	TAAT	2	8	54475	54482	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020943	CAGA	2	8	61020	61027	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NC_020943	ACAA	2	8	67670	67677	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
24	NC_020943	AAGG	2	8	67768	67775	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020943	GATA	2	8	72249	72256	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020943	TCTA	2	8	76908	76915	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
27	NC_020943	GTTT	2	8	79683	79690	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020943	ATTC	2	8	79886	79893	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_020943	GGTT	2	8	80036	80043	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020943	GTTT	2	8	88341	88348	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020943	TTTA	2	8	88364	88371	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020943	GTTT	2	8	88376	88383	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020943	GTTT	2	8	88427	88434	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020943	AACA	2	8	88440	88447	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_020943	GAAT	2	8	90694	90701	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020943	AAGT	2	8	90726	90733	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020943	AAAT	2	8	93972	93979	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020943	CATT	2	8	94619	94626	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_020943	TATT	2	8	98002	98009	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020943	AAGA	2	8	106989	106996	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020943	CTGG	2	8	120689	120696	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
42	NC_020943	GTTT	2	8	135187	135194	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020943	TACA	2	8	144641	144648	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
44	NC_020943	ATCT	2	8	151906	151913	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
45	NC_020943	GCTG	2	8	151945	151952	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
46	NC_020943	TGTT	2	8	157521	157528	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020943	AAAG	2	8	158364	158371	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020943	TTTA	2	8	158373	158380	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020943	TAAT	2	8	158490	158497	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020943	TAAT	2	8	159326	159333	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020943	GCTT	2	8	161962	161969	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
52	NC_020943	CTTC	2	8	166033	166040	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
53	NC_020943	TTAG	2	8	170441	170448	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020943	AAAC	2	8	172188	172195	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_020943	GTAT	2	8	173370	173377	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020943	GGAA	2	8	178558	178565	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020943	TTCC	2	8	180963	180970	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
58	NC_020943	AAAC	2	8	181066	181073	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
59	NC_020943	AAGA	2	8	182374	182381	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020943	AAAC	2	8	187812	187819	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
61	NC_020943	GGAC	2	8	188171	188178	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
62	NC_020943	ATGC	2	8	192986	192993	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
63	NC_020943	CTTT	2	8	193127	193134	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
64	NC_020943	ATTT	2	8	196576	196583	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020943	ACGA	2	8	202694	202701	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
66	NC_020943	GAAA	2	8	202980	202987	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020943	CCTT	2	8	216114	216121	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
68	NC_020943	CTAT	2	8	219841	219848	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
69	NC_020943	GCAA	2	8	220084	220091	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_020943	AATT	2	8	221419	221426	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020943	CTTG	2	8	221768	221775	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
72	NC_020943	AAAC	2	8	225498	225505	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_020943	TCCT	2	8	228123	228130	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_020943	AAAT	2	8	243738	243745	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020943	AAGA	2	8	243757	243764	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020943	TTTC	2	8	246358	246365	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_020943	TAAA	2	8	247192	247199	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020943	AATA	2	8	250851	250858	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020943	GAAA	2	8	252471	252478	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020943	GCAG	2	8	252520	252527	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
81	NC_020943	AGAA	2	8	252553	252560	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020943	CCAA	2	8	254436	254443	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
83	NC_020943	AAAC	2	8	255034	255041	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
84	NC_020943	TAAA	2	8	264442	264449	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020943	CAAA	2	8	267377	267384	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
86	NC_020943	ATTT	2	8	273890	273897	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020943	GTTT	2	8	279732	279739	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020943	AAAG	2	8	279767	279774	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020943	TGCC	2	8	280255	280262	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
90	NC_020943	GGGA	2	8	284103	284110	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020943	TAAA	2	8	285245	285252	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020943	GATA	2	8	286906	286913	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020943	AATC	2	8	292031	292038	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_020943	ACAA	2	8	297802	297809	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_020943	GCTT	2	8	299132	299139	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
96	NC_020943	CCCT	2	8	299699	299706	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
97	NC_020943	ACTA	2	8	301948	301955	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_020943	TCAC	2	8	302160	302167	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
99	NC_020943	TAAA	2	8	302171	302178	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020943	TCCA	2	8	305330	305337	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
101	NC_020943	TCCC	2	8	305532	305539	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
102	NC_020943	ATTG	2	8	306717	306724	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020943	AATA	2	8	318093	318100	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020943	TAAA	2	8	318114	318121	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020943	CAGA	2	8	318122	318129	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
106	NC_020943	AATA	2	8	318189	318196	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020943	CAAT	2	8	327814	327821	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
108	NC_020943	GCTA	2	8	328504	328511	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
109	NC_020943	TTAA	2	8	333847	333854	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020943	CAGT	2	8	334193	334200	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NC_020943	CAAG	2	8	340379	340386	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
112	NC_020943	TTTA	2	8	363886	363893	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_020943	CAAA	2	8	364180	364187	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
114	NC_020943	TAGT	2	8	364490	364497	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
115	NC_020943	GCTT	2	8	368438	368445	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
116	NC_020943	TAAA	2	8	368716	368723	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020943	AAAT	2	8	369635	369642	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020943	CCTT	2	8	369657	369664	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
119	NC_020943	ATCT	2	8	369690	369697	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_020943	TAAA	2	8	381469	381476	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020943	TTTA	2	8	391436	391443	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020943	GATT	2	8	392195	392202	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020943	AATT	2	8	392244	392251	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020943	ATAA	2	8	392304	392311	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020943	TTAT	2	8	395637	395644	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_020943	GCAA	2	8	395690	395697	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
127	NC_020943	TCAT	2	8	404984	404991	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_020943	CAAA	2	8	407120	407127	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
129	NC_020943	ATTT	2	8	416539	416546	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020943	AGAA	2	8	416549	416556	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020943	ATTA	2	8	418338	418345	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020943	TTCT	2	8	428396	428403	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
133	NC_020943	AACT	2	8	430628	430635	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
134	NC_020943	CAAA	2	8	430976	430983	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_020943	ACTC	2	8	435667	435674	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
136	NC_020943	AAAC	2	8	440699	440706	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_020943	AAAT	2	8	440841	440848	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_020943	TAAC	2	8	443407	443414	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
139	NC_020943	AATT	2	8	448271	448278	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_020943	AAAC	2	8	448284	448291	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
141	NC_020943	CTTC	2	8	448426	448433	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
142	NC_020943	TCTT	2	8	454091	454098	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_020943	TAAT	2	8	454104	454111	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_020943	GCAA	2	8	457758	457765	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
145	NC_020943	CTTT	2	8	465290	465297	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
146	NC_020943	TTCT	2	8	466731	466738	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
147	NC_020943	CAAA	2	8	466756	466763	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
148	NC_020943	AGAA	2	8	485780	485787	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
149	NC_020943	AACA	2	8	489377	489384	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
150	NC_020943	TAAA	2	8	489440	489447	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_020943	ATTT	2	8	502968	502975	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_020943	TATT	2	8	503884	503891	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.