MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis D/SotonD5 complete genome

Total Repeats: 14048

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020943	AGG	2	6	18	23	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478454932
2	NC_020943	TAA	3	9	93	101	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478454932
3	NC_020943	GTA	2	6	137	142	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454932
4	NC_020943	AGT	2	6	168	173	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454932
5	NC_020943	AAG	2	6	324	329	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454932
6	NC_020943	CAA	2	6	338	343	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478454932
7	NC_020943	AGT	2	6	364	369	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454932
8	NC_020943	GTG	2	6	380	385	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478454932
9	NC_020943	CAG	2	6	416	421	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478454932
10	NC_020943	GCC	2	6	604	609	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	478454932
11	NC_020943	TGC	2	6	663	668	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478454932
12	NC_020943	ATT	2	6	675	680	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478454932
13	NC_020943	CGA	2	6	697	702	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478454932
14	NC_020943	TAT	2	6	839	844	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478454932
15	NC_020943	GAA	2	6	886	891	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454932
16	NC_020943	AGA	2	6	915	920	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454932
17	NC_020943	AGA	2	6	969	974	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454932
18	NC_020943	CAA	2	6	1042	1047	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478454932
19	NC_020943	TTG	2	6	1185	1190	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478454932
20	NC_020943	CTC	2	6	1214	1219	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478454932
21	NC_020943	GAT	2	6	1276	1281	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454932
22	NC_020943	GAT	2	6	1330	1335	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454932
23	NC_020943	ATG	2	6	1393	1398	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454932
24	NC_020943	CCT	2	6	1552	1557	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478454932
25	NC_020943	CTT	2	6	1613	1618	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478454932
26	NC_020943	CAG	2	6	1678	1683	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478454932
27	NC_020943	TGA	2	6	1739	1744	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454932
28	NC_020943	AAG	2	6	1820	1825	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020943	TGG	2	6	1836	1841	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020943	CTT	2	6	1843	1848	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_020943	ATG	2	6	1936	1941	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454933
32	NC_020943	GTG	2	6	1942	1947	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478454933
33	NC_020943	TCC	2	6	1951	1956	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478454933
34	NC_020943	AGC	2	6	1965	1970	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478454933
35	NC_020943	AGC	2	6	1992	1997	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478454933
36	NC_020943	AAG	2	6	2003	2008	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454933
37	NC_020943	TAC	2	6	2041	2046	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478454933
38	NC_020943	GCT	2	6	2051	2056	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478454933
39	NC_020943	AAC	2	6	2149	2154	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478454933
40	NC_020943	AGA	2	6	2161	2166	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454933
41	NC_020943	TAA	2	6	2251	2256	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020943	AGA	2	6	2417	2422	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454934
43	NC_020943	ATC	2	6	2424	2429	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478454934
44	NC_020943	TGC	2	6	2444	2449	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478454934
45	NC_020943	CAT	2	6	2568	2573	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478454934
46	NC_020943	AGA	2	6	2597	2602	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454934
47	NC_020943	AAG	2	6	2626	2631	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454934
48	NC_020943	GGA	2	6	2661	2666	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478454934
49	NC_020943	ATC	2	6	2790	2795	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478454935
50	NC_020943	ATA	2	6	2940	2945	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478454935
51	NC_020943	AAC	2	6	2965	2970	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478454935
52	NC_020943	GGT	2	6	3019	3024	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478454935
53	NC_020943	AAT	2	6	3125	3130	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478454935
54	NC_020943	TTC	2	6	3160	3165	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478454935
55	NC_020943	GCA	2	6	3179	3184	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478454935
56	NC_020943	GGA	2	6	3227	3232	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478454935
57	NC_020943	CAG	2	6	3246	3251	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478454935
58	NC_020943	GTT	2	6	3263	3268	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478454935
59	NC_020943	GGT	2	6	3355	3360	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478454935
60	NC_020943	AAG	2	6	3513	3518	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454935
61	NC_020943	ATT	2	6	3575	3580	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478454935
62	NC_020943	TTG	2	6	3627	3632	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478454935
63	NC_020943	AAG	2	6	3738	3743	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454935
64	NC_020943	AAG	2	6	3753	3758	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454935
65	NC_020943	CAG	2	6	3795	3800	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478454935
66	NC_020943	GCT	2	6	3866	3871	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478454935
67	NC_020943	AAG	2	6	4032	4037	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454935
68	NC_020943	CAG	2	6	4082	4087	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478454935
69	NC_020943	GGA	2	6	4169	4174	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478454935
70	NC_020943	AAT	2	6	4179	4184	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478454935
71	NC_020943	ATT	2	6	4259	4264	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478454936
72	NC_020943	TGA	2	6	4289	4294	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454936
73	NC_020943	GTA	2	6	4521	4526	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454936
74	NC_020943	AGA	2	6	4568	4573	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454936
75	NC_020943	GAA	2	6	4752	4757	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454936
76	NC_020943	CGT	2	6	4884	4889	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478454936
77	NC_020943	GTT	2	6	4935	4940	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478454936
78	NC_020943	TGA	2	6	5072	5077	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454936
79	NC_020943	TTG	2	6	5167	5172	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478454936
80	NC_020943	TTC	2	6	5308	5313	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478454936
81	NC_020943	TCT	2	6	5400	5405	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478454936
82	NC_020943	AGA	2	6	5420	5425	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454936
83	NC_020943	GTT	2	6	5447	5452	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478454936
84	NC_020943	GGT	2	6	5495	5500	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478454936
85	NC_020943	CTC	2	6	5599	5604	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478454936
86	NC_020943	AGC	2	6	5630	5635	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478454936
87	NC_020943	GCA	2	6	5655	5660	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_020943	AGA	2	6	5682	5687	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020943	ATT	2	6	5749	5754	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478454937
90	NC_020943	TCT	2	6	5767	5772	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478454937
91	NC_020943	GCT	2	6	5813	5818	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478454937
92	NC_020943	GAT	2	6	5848	5853	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454937
93	NC_020943	ACG	2	6	5886	5891	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478454937
94	NC_020943	GAA	2	6	5910	5915	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454937
95	NC_020943	AGA	3	9	5987	5995	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454937
96	NC_020943	GCT	2	6	5996	6001	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478454937
97	NC_020943	AGA	2	6	6005	6010	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454937
98	NC_020943	TGG	2	6	6041	6046	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478454937
99	NC_020943	AGA	3	9	6059	6067	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454937
100	NC_020943	GGA	2	6	6068	6073	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478454937
101	NC_020943	TCA	2	6	6253	6258	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478454937
102	NC_020943	GGA	2	6	6290	6295	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478454937
103	NC_020943	CTT	2	6	6350	6355	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478454937
104	NC_020943	CTG	2	6	6356	6361	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478454937
105	NC_020943	CAG	2	6	6511	6516	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478454937
106	NC_020943	CTT	2	6	6962	6967	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_020943	AGG	2	6	7040	7045	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478454938
108	NC_020943	GAA	2	6	7084	7089	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454938
109	NC_020943	GCA	2	6	7348	7353	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478454938
110	NC_020943	AAG	2	6	7389	7394	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454938
111	NC_020943	TGC	2	6	7422	7427	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478454938
112	NC_020943	TTA	2	6	7754	7759	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_020943	GAA	2	6	7803	7808	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020943	ATG	2	6	7838	7843	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_020943	TCG	2	6	7915	7920	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478454939
116	NC_020943	TCC	2	6	7958	7963	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478454939
117	NC_020943	GTT	2	6	8066	8071	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478454939
118	NC_020943	TTA	2	6	8436	8441	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478454939
119	NC_020943	TTC	2	6	8759	8764	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478454939
120	NC_020943	GAA	2	6	8903	8908	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454940
121	NC_020943	ACC	2	6	9031	9036	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478454940
122	NC_020943	CTT	2	6	9084	9089	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478454940
123	NC_020943	GAG	2	6	9164	9169	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478454940
124	NC_020943	ATA	2	6	9181	9186	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478454940
125	NC_020943	AGG	2	6	9205	9210	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478454940
126	NC_020943	GAA	2	6	9385	9390	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454940
127	NC_020943	CAG	2	6	9401	9406	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478454940
128	NC_020943	TGT	2	6	9472	9477	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478454940
129	NC_020943	GAG	2	6	9487	9492	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478454940
130	NC_020943	TAC	2	6	9555	9560	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478454940
131	NC_020943	GTT	2	6	9659	9664	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478454940
132	NC_020943	AAG	2	6	9683	9688	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454940
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251	NC_020943	AAT	3	9	19038	19046	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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259	NC_020943	GAA	2	6	19614	19619	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454949
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