MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis D/SotonD5 complete genome

Total Repeats: 336

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020943	TC	3	6	2270	2275	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2	NC_020943	GA	3	6	7598	7603	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020943	TA	3	6	11848	11853	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020943	TA	3	6	13939	13944	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020943	TA	4	8	14163	14170	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020943	AG	3	6	18115	18120	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020943	GA	3	6	18128	18133	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020943	CT	3	6	19050	19055	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
9	NC_020943	AG	3	6	21116	21121	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020943	GA	3	6	21274	21279	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020943	AG	3	6	21791	21796	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020943	CT	3	6	21860	21865	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
13	NC_020943	GA	3	6	27112	27117	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020943	CT	3	6	27119	27124	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
15	NC_020943	TC	3	6	28487	28492	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
16	NC_020943	AG	3	6	28570	28575	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020943	GA	3	6	36984	36989	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020943	AT	3	6	37086	37091	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020943	CT	3	6	39353	39358	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
20	NC_020943	CT	3	6	40723	40728	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
21	NC_020943	CT	3	6	42915	42920	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
22	NC_020943	GA	5	10	43191	43200	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020943	TC	3	6	44407	44412	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
24	NC_020943	TA	3	6	44560	44565	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020943	AG	3	6	48642	48647	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020943	TG	4	8	51990	51997	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020943	GA	3	6	55984	55989	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020943	GA	3	6	61062	61067	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020943	AG	4	8	65087	65094	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020943	TA	3	6	69418	69423	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020943	CT	3	6	72154	72159	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
32	NC_020943	TA	3	6	85515	85520	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020943	TC	3	6	90736	90741	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
34	NC_020943	GA	3	6	90868	90873	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020943	CT	3	6	93218	93223	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
36	NC_020943	GA	3	6	93746	93751	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020943	TA	3	6	94363	94368	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020943	TC	3	6	100244	100249	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
39	NC_020943	AT	3	6	100295	100300	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020943	TA	3	6	106971	106976	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020943	TG	3	6	116213	116218	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020943	AG	4	8	118799	118806	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020943	GA	3	6	120621	120626	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020943	TA	3	6	122856	122861	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020943	GT	3	6	123845	123850	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020943	CT	3	6	128378	128383	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
47	NC_020943	TC	3	6	130700	130705	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
48	NC_020943	AG	3	6	130777	130782	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020943	AG	3	6	130802	130807	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020943	GA	3	6	138526	138531	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020943	AT	3	6	142758	142763	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020943	GA	3	6	151996	152001	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020943	AG	3	6	157564	157569	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020943	TC	3	6	172028	172033	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
55	NC_020943	AG	3	6	172160	172165	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020943	CT	3	6	172178	172183	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
57	NC_020943	TG	3	6	178669	178674	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020943	GA	3	6	184155	184160	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020943	TC	3	6	192270	192275	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_020943	AT	3	6	192612	192617	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020943	AG	3	6	197084	197089	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020943	TC	3	6	200075	200080	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
63	NC_020943	CT	3	6	203833	203838	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
64	NC_020943	GA	4	8	206892	206899	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020943	CT	4	8	206940	206947	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
66	NC_020943	AG	4	8	218213	218220	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020943	TA	3	6	219767	219772	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020943	CT	3	6	221407	221412	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
69	NC_020943	TC	3	6	224408	224413	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
70	NC_020943	AG	3	6	224439	224444	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020943	TC	3	6	238639	238644	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
72	NC_020943	AG	3	6	238665	238670	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020943	CA	3	6	243589	243594	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_020943	GT	3	6	243806	243811	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020943	GA	3	6	250674	250679	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020943	TG	3	6	250784	250789	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020943	AG	3	6	251586	251591	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020943	AG	3	6	252595	252600	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020943	TA	3	6	254401	254406	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020943	AG	3	6	256682	256687	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020943	TC	3	6	256708	256713	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
82	NC_020943	AG	3	6	258186	258191	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020943	TA	3	6	264549	264554	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020943	CA	3	6	266356	266361	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
85	NC_020943	TC	3	6	268256	268261	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
86	NC_020943	CA	3	6	273607	273612	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
87	NC_020943	CT	3	6	273670	273675	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
88	NC_020943	TA	3	6	273809	273814	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020943	AT	4	8	284369	284376	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020943	CT	3	6	285221	285226	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_020943	TC	4	8	285312	285319	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
92	NC_020943	TC	3	6	287003	287008	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_020943	TC	3	6	287060	287065	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
94	NC_020943	CT	3	6	287533	287538	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
95	NC_020943	AT	3	6	299551	299556	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020943	CA	3	6	301880	301885	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
97	NC_020943	GA	3	6	306611	306616	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020943	AG	3	6	315817	315822	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020943	CT	3	6	347787	347792	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
100	NC_020943	CT	3	6	350858	350863	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
101	NC_020943	TC	3	6	355084	355089	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
102	NC_020943	TC	3	6	358914	358919	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
103	NC_020943	CT	3	6	359000	359005	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
104	NC_020943	AC	3	6	362333	362338	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_020943	GA	3	6	364243	364248	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020943	TC	3	6	364321	364326	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
107	NC_020943	TA	3	6	364522	364527	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020943	CT	4	8	381550	381557	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
109	NC_020943	CG	3	6	391388	391393	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
110	NC_020943	CA	3	6	392438	392443	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
111	NC_020943	TC	3	6	394985	394990	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
112	NC_020943	CT	3	6	395475	395480	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
113	NC_020943	GA	3	6	395605	395610	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020943	GA	3	6	395736	395741	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
115	NC_020943	CT	3	6	409841	409846	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
116	NC_020943	CT	3	6	410828	410833	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
117	NC_020943	CT	3	6	429558	429563	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
118	NC_020943	CT	3	6	430581	430586	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
119	NC_020943	AG	3	6	430928	430933	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020943	GA	3	6	432623	432628	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020943	AC	3	6	436621	436626	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
122	NC_020943	CT	3	6	440892	440897	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
123	NC_020943	AC	3	6	440930	440935	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
124	NC_020943	CA	3	6	443399	443404	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
125	NC_020943	CT	3	6	444803	444808	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
126	NC_020943	CT	3	6	454085	454090	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
127	NC_020943	AG	3	6	460226	460231	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
128	NC_020943	TC	3	6	466747	466752	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
129	NC_020943	AT	3	6	466816	466821	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020943	GA	4	8	468190	468197	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020943	TA	3	6	468233	468238	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020943	GA	3	6	468331	468336	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
133	NC_020943	TC	3	6	480063	480068	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
134	NC_020943	AC	3	6	485594	485599	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
135	NC_020943	GA	4	8	485639	485646	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
136	NC_020943	CA	3	6	485676	485681	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
137	NC_020943	TC	3	6	485717	485722	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
138	NC_020943	AC	3	6	490152	490157	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
139	NC_020943	AG	3	6	490314	490319	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
140	NC_020943	CT	3	6	490333	490338	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
141	NC_020943	AG	3	6	490626	490631	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
142	NC_020943	CT	3	6	493612	493617	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
143	NC_020943	CT	3	6	494130	494135	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
144	NC_020943	TG	3	6	494163	494168	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
145	NC_020943	TA	3	6	494276	494281	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_020943	CT	4	8	499933	499940	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
147	NC_020943	CA	3	6	508003	508008	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
148	NC_020943	CT	3	6	508941	508946	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
149	NC_020943	TA	3	6	514744	514749	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_020943	AG	3	6	516642	516647	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
151	NC_020943	TC	3	6	517488	517493	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
152	NC_020943	GA	3	6	517643	517648	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
153	NC_020943	AG	3	6	517679	517684	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
154	NC_020943	AT	3	6	523911	523916	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.