MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis E/SotonE8 high quality draft genome

Total Repeats: 322

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020942	GAAGGA	2	12	1360	1371	50 %	0 %	50 %	0 %	478455842
2	NC_020942	TATGGA	2	12	1413	1424	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455842
3	NC_020942	AAAGCT	2	12	5541	5552	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478455846
4	NC_020942	CAAAAA	2	12	6852	6863	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_020942	TAGCAA	2	12	11428	11439	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478455852
6	NC_020942	AAAGCT	2	12	11559	11570	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478455852
7	NC_020942	TAGTGA	2	12	12695	12706	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455853
8	NC_020942	GTTCCT	2	12	19980	19991	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478455859
9	NC_020942	CTTTTT	2	12	22134	22145	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478455861
10	NC_020942	GTGAGG	2	12	26064	26075	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478455862
11	NC_020942	GGATTT	2	12	36541	36552	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478455874
12	NC_020942	AATTAG	2	12	37962	37973	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478455875
13	NC_020942	TTCCTG	2	12	38261	38272	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478455875
14	NC_020942	TTTTGA	2	12	45568	45579	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478455882
15	NC_020942	TGAACG	2	12	52917	52928	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478455889
16	NC_020942	GTGATT	2	12	52936	52947	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478455889
17	NC_020942	AAAATT	2	12	54668	54679	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020942	GATCTG	2	12	55575	55586	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478455891
19	NC_020942	GGTTCA	2	12	55712	55723	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478455891
20	NC_020942	AGTTGT	2	12	58253	58264	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478455893
21	NC_020942	TTGTTC	2	12	59173	59184	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478455893
22	NC_020942	TCCTAA	2	12	59983	59994	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478455894
23	NC_020942	AAAAAT	2	12	61478	61489	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020942	GTTCTT	2	12	63897	63908	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478455896
25	NC_020942	CTATTT	2	12	72219	72230	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478455903
26	NC_020942	ACTCTT	2	12	73348	73359	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478455904
27	NC_020942	TTTCTG	2	12	73898	73909	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478455905
28	NC_020942	GATCAT	2	12	74028	74039	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478455905
29	NC_020942	TAGTAC	2	12	77022	77033	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478455906
30	NC_020942	ATCTAG	2	12	77201	77212	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_020942	GGTTTA	2	12	80673	80684	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478455909
32	NC_020942	GTCTGT	2	12	83717	83728	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478455912
33	NC_020942	TTCTGA	2	12	89331	89342	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478455916
34	NC_020942	AAAAGA	2	12	94394	94405	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478455921
35	NC_020942	AGCTGT	2	12	96488	96499	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478455922
36	NC_020942	TCTTTT	2	12	97147	97158	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478455924
37	NC_020942	GGGGCT	2	12	98095	98106	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	478455924
38	NC_020942	TTTGAG	2	12	100299	100310	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478455926
39	NC_020942	TCAGAA	2	12	106940	106951	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478455931
40	NC_020942	CATAAC	2	12	109984	109995	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478455934
41	NC_020942	TGTTCT	2	12	112748	112759	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478455936
42	NC_020942	ACTTCG	2	12	116032	116043	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478455938
43	NC_020942	TTTTAG	2	12	116467	116478	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020942	TTGCCA	2	12	119571	119582	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478455943
45	NC_020942	TAAAAA	2	12	121063	121074	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020942	TTGGTA	2	12	121111	121122	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478455945
47	NC_020942	AGGATC	2	12	121490	121501	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478455945
48	NC_020942	AAGGGT	2	12	123297	123308	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478455946
49	NC_020942	GGGTTT	2	12	124260	124271	0 %	50 %	50 %	0 %	478455947
50	NC_020942	TTGCAT	2	12	124542	124553	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478455947
51	NC_020942	AAGAGA	2	12	124911	124922	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455947
52	NC_020942	TTAAAA	2	12	133848	133859	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478455953
53	NC_020942	AGGTTG	2	12	135090	135101	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	478455954
54	NC_020942	GAGTTA	2	12	140141	140152	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455963
55	NC_020942	TGGAAT	2	12	143569	143580	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455967
56	NC_020942	ATGGTT	2	12	143813	143824	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478455967
57	NC_020942	TGCTCT	2	12	146004	146015	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478455970
58	NC_020942	GAAAGG	2	12	149742	149753	50 %	0 %	50 %	0 %	478455972
59	NC_020942	GCTTTG	2	12	149985	149996	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478455972
60	NC_020942	TGTGCG	2	12	154107	154118	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	478455976
61	NC_020942	CCTCAT	2	12	155405	155416	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478455977
62	NC_020942	TGGAGA	2	12	156863	156874	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478455979
63	NC_020942	CTCCAT	2	12	158232	158243	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478455980
64	NC_020942	TCCTTG	2	12	158828	158839	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478455981
65	NC_020942	AACAGC	2	12	161464	161475	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478455984
66	NC_020942	AAAAAG	2	12	174055	174066	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478455991
67	NC_020942	AGAAAA	2	12	182681	182692	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020942	ACTTCT	2	12	189744	189755	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478456004
69	NC_020942	GGATAT	2	12	195334	195345	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478456007
70	NC_020942	GAATGC	2	12	196862	196873	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478456009
71	NC_020942	ATTTGC	2	12	198349	198360	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478456011
72	NC_020942	AAACAT	2	12	199439	199450	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478456014
73	NC_020942	AGCAAC	2	12	199774	199785	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478456014
74	NC_020942	TATGAA	2	12	201368	201379	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020942	TCTGGA	2	12	206044	206055	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478456021
76	NC_020942	CTGGAT	2	12	221637	221648	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478456034
77	NC_020942	GAAATA	2	12	221960	221971	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478456034
78	NC_020942	TTTTAC	2	12	227653	227664	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_020942	ACTCCA	2	12	229706	229717	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478456042
80	NC_020942	CTGCTT	2	12	229938	229949	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478456042
81	NC_020942	ATTGCT	2	12	233247	233258	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478456045
82	NC_020942	TCCTAG	2	12	233537	233548	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478456045
83	NC_020942	GCAACG	2	12	234025	234036	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478456046
84	NC_020942	CTTAGC	2	12	236654	236665	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478456048
85	NC_020942	TTCCTT	2	12	243486	243497	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478456053
86	NC_020942	TCTCCT	2	12	246367	246378	0 %	50 %	0 %	50 %	478456054
87	NC_020942	AAACCA	2	12	246942	246953	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478456055
88	NC_020942	AACCCT	2	12	261366	261377	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
89	NC_020942	ATTTTT	2	12	262170	262181	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020942	CCTGCA	2	12	262331	262342	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478456073
91	NC_020942	ACCTTT	2	12	267526	267537	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478456078
92	NC_020942	TCATAA	2	12	275370	275381	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478456085
93	NC_020942	AAGTGT	2	12	276096	276107	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478456085
94	NC_020942	AGGAGA	2	12	277269	277280	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020942	ATCTAA	2	12	279374	279385	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478456088
96	NC_020942	TGGAAT	2	12	281572	281583	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478456090
97	NC_020942	GGAACA	2	12	285459	285470	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	478456092
98	NC_020942	ATATTA	2	12	286167	286178	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020942	CACGCG	2	12	287832	287843	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	478456094
100	NC_020942	TTTCTT	2	12	288011	288022	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478456094
101	NC_020942	CTCCTA	2	12	292173	292184	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478456097
102	NC_020942	GCAATG	2	12	298292	298303	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478456103
103	NC_020942	CGACAT	2	12	298967	298978	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478456104
104	NC_020942	CCCTTA	2	12	300421	300432	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478456106
105	NC_020942	AAAATA	2	12	302519	302530	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478456108
106	NC_020942	ACCACT	2	12	304874	304885	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478456110
107	NC_020942	CATTGC	2	12	308120	308131	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478456113
108	NC_020942	CCAAAA	2	12	309299	309310	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478456114
109	NC_020942	TCTTTT	2	12	311184	311195	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478456116
110	NC_020942	CAAGAC	2	12	312275	312286	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478456117
111	NC_020942	AGCTTA	2	12	313556	313567	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478456119
112	NC_020942	CAAAGA	2	12	318941	318952	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478456124
113	NC_020942	ATGGCT	2	12	319557	319568	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478456125
114	NC_020942	TACAAA	2	12	323747	323758	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478456128
115	NC_020942	TTAATT	2	12	325426	325437	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478456130
116	NC_020942	AAAAAT	2	12	328519	328530	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020942	AAAACA	2	12	328911	328922	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	478456132
118	NC_020942	AAAAAG	2	12	330337	330348	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020942	CAGAAC	2	12	350896	350907	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478456151
120	NC_020942	ATTCAA	2	12	355874	355885	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478456156
121	NC_020942	AGAATA	2	12	367831	367842	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020942	TTCTTA	2	12	367851	367862	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478456164
123	NC_020942	CAGCCT	2	12	379913	379924	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478456179
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165	NC_020942	AAGAAA	2	12	509568	509579	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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223	NC_020942	TTATTT	2	12	655494	655505	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
224	NC_020942	GCTTCT	2	12	656847	656858	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478456434
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232	NC_020942	CCGCAA	2	12	705047	705058	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	478456476
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234	NC_020942	AAATGC	2	12	711004	711015	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478456478
235	NC_020942	GAAAGA	2	12	713122	713133	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478456479
236	NC_020942	TCTTGA	2	12	718233	718244	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478456482
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239	NC_020942	GCGATT	2	12	739983	739994	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478456498
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261	NC_020942	TAGCCT	2	12	813870	813881	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478456561
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.