MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis E/SotonE8 high quality draft genome

Total Repeats: 284

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020942	GAAGGA	2	12	1360	1371	50 %	0 %	50 %	0 %	478455842
2	NC_020942	TATGGA	2	12	1413	1424	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455842
3	NC_020942	AAAGCT	2	12	5541	5552	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478455846
4	NC_020942	TAGCAA	2	12	11428	11439	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478455852
5	NC_020942	AAAGCT	2	12	11559	11570	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478455852
6	NC_020942	TAGTGA	2	12	12695	12706	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455853
7	NC_020942	GTTCCT	2	12	19980	19991	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478455859
8	NC_020942	CTTTTT	2	12	22134	22145	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478455861
9	NC_020942	GTGAGG	2	12	26064	26075	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478455862
10	NC_020942	GGATTT	2	12	36541	36552	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478455874
11	NC_020942	AATTAG	2	12	37962	37973	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478455875
12	NC_020942	TTCCTG	2	12	38261	38272	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478455875
13	NC_020942	TTTTGA	2	12	45568	45579	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478455882
14	NC_020942	TGAACG	2	12	52917	52928	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478455889
15	NC_020942	GTGATT	2	12	52936	52947	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478455889
16	NC_020942	GATCTG	2	12	55575	55586	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478455891
17	NC_020942	GGTTCA	2	12	55712	55723	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478455891
18	NC_020942	AGTTGT	2	12	58253	58264	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478455893
19	NC_020942	TTGTTC	2	12	59173	59184	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478455893
20	NC_020942	TCCTAA	2	12	59983	59994	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478455894
21	NC_020942	GTTCTT	2	12	63897	63908	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478455896
22	NC_020942	CTATTT	2	12	72219	72230	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478455903
23	NC_020942	ACTCTT	2	12	73348	73359	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478455904
24	NC_020942	TTTCTG	2	12	73898	73909	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478455905
25	NC_020942	GATCAT	2	12	74028	74039	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478455905
26	NC_020942	TAGTAC	2	12	77022	77033	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478455906
27	NC_020942	GGTTTA	2	12	80673	80684	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478455909
28	NC_020942	GTCTGT	2	12	83717	83728	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478455912
29	NC_020942	TTCTGA	2	12	89331	89342	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478455916
30	NC_020942	AAAAGA	2	12	94394	94405	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478455921
31	NC_020942	AGCTGT	2	12	96488	96499	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478455922
32	NC_020942	TCTTTT	2	12	97147	97158	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478455924
33	NC_020942	GGGGCT	2	12	98095	98106	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	478455924
34	NC_020942	TTTGAG	2	12	100299	100310	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478455926
35	NC_020942	TCAGAA	2	12	106940	106951	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478455931
36	NC_020942	CATAAC	2	12	109984	109995	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478455934
37	NC_020942	TGTTCT	2	12	112748	112759	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478455936
38	NC_020942	ACTTCG	2	12	116032	116043	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478455938
39	NC_020942	TTGCCA	2	12	119571	119582	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478455943
40	NC_020942	TTGGTA	2	12	121111	121122	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478455945
41	NC_020942	AGGATC	2	12	121490	121501	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478455945
42	NC_020942	AAGGGT	2	12	123297	123308	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478455946
43	NC_020942	GGGTTT	2	12	124260	124271	0 %	50 %	50 %	0 %	478455947
44	NC_020942	TTGCAT	2	12	124542	124553	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478455947
45	NC_020942	AAGAGA	2	12	124911	124922	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455947
46	NC_020942	TTAAAA	2	12	133848	133859	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478455953
47	NC_020942	AGGTTG	2	12	135090	135101	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	478455954
48	NC_020942	GAGTTA	2	12	140141	140152	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455963
49	NC_020942	TGGAAT	2	12	143569	143580	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455967
50	NC_020942	ATGGTT	2	12	143813	143824	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478455967
51	NC_020942	TGCTCT	2	12	146004	146015	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478455970
52	NC_020942	GAAAGG	2	12	149742	149753	50 %	0 %	50 %	0 %	478455972
53	NC_020942	GCTTTG	2	12	149985	149996	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478455972
54	NC_020942	TGTGCG	2	12	154107	154118	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	478455976
55	NC_020942	CCTCAT	2	12	155405	155416	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478455977
56	NC_020942	TGGAGA	2	12	156863	156874	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478455979
57	NC_020942	CTCCAT	2	12	158232	158243	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478455980
58	NC_020942	TCCTTG	2	12	158828	158839	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478455981
59	NC_020942	AACAGC	2	12	161464	161475	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478455984
60	NC_020942	AAAAAG	2	12	174055	174066	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478455991
61	NC_020942	ACTTCT	2	12	189744	189755	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478456004
62	NC_020942	GGATAT	2	12	195334	195345	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478456007
63	NC_020942	GAATGC	2	12	196862	196873	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478456009
64	NC_020942	ATTTGC	2	12	198349	198360	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478456011
65	NC_020942	AAACAT	2	12	199439	199450	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478456014
66	NC_020942	AGCAAC	2	12	199774	199785	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478456014
67	NC_020942	TCTGGA	2	12	206044	206055	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478456021
68	NC_020942	CTGGAT	2	12	221637	221648	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478456034
69	NC_020942	GAAATA	2	12	221960	221971	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478456034
70	NC_020942	ACTCCA	2	12	229706	229717	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478456042
71	NC_020942	CTGCTT	2	12	229938	229949	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478456042
72	NC_020942	ATTGCT	2	12	233247	233258	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478456045
73	NC_020942	TCCTAG	2	12	233537	233548	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478456045
74	NC_020942	GCAACG	2	12	234025	234036	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478456046
75	NC_020942	CTTAGC	2	12	236654	236665	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478456048
76	NC_020942	TTCCTT	2	12	243486	243497	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478456053
77	NC_020942	TCTCCT	2	12	246367	246378	0 %	50 %	0 %	50 %	478456054
78	NC_020942	AAACCA	2	12	246942	246953	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478456055
79	NC_020942	CCTGCA	2	12	262331	262342	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478456073
80	NC_020942	ACCTTT	2	12	267526	267537	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478456078
81	NC_020942	TCATAA	2	12	275370	275381	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478456085
82	NC_020942	AAGTGT	2	12	276096	276107	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478456085
83	NC_020942	ATCTAA	2	12	279374	279385	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478456088
84	NC_020942	TGGAAT	2	12	281572	281583	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478456090
85	NC_020942	GGAACA	2	12	285459	285470	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	478456092
86	NC_020942	CACGCG	2	12	287832	287843	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	478456094
87	NC_020942	TTTCTT	2	12	288011	288022	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478456094
88	NC_020942	CTCCTA	2	12	292173	292184	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478456097
89	NC_020942	GCAATG	2	12	298292	298303	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478456103
90	NC_020942	CGACAT	2	12	298967	298978	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478456104
91	NC_020942	CCCTTA	2	12	300421	300432	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478456106
92	NC_020942	AAAATA	2	12	302519	302530	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478456108
93	NC_020942	ACCACT	2	12	304874	304885	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478456110
94	NC_020942	CATTGC	2	12	308120	308131	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478456113
95	NC_020942	CCAAAA	2	12	309299	309310	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478456114
96	NC_020942	TCTTTT	2	12	311184	311195	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478456116
97	NC_020942	CAAGAC	2	12	312275	312286	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478456117
98	NC_020942	AGCTTA	2	12	313556	313567	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478456119
99	NC_020942	CAAAGA	2	12	318941	318952	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478456124
100	NC_020942	ATGGCT	2	12	319557	319568	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478456125
101	NC_020942	TACAAA	2	12	323747	323758	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478456128
102	NC_020942	TTAATT	2	12	325426	325437	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478456130
103	NC_020942	AAAACA	2	12	328911	328922	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	478456132
104	NC_020942	CAGAAC	2	12	350896	350907	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478456151
105	NC_020942	ATTCAA	2	12	355874	355885	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478456156
106	NC_020942	TTCTTA	2	12	367851	367862	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478456164
107	NC_020942	CAGCCT	2	12	379913	379924	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478456179
108	NC_020942	AGCTGA	2	12	379963	379974	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478456179
109	NC_020942	ATGCTA	2	12	383830	383841	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478456181
110	NC_020942	CAATAG	2	12	390436	390447	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478456184
111	NC_020942	ACTGAA	2	12	390577	390588	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478456184
112	NC_020942	CTGCAC	2	12	390770	390781	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478456184
113	NC_020942	TCCATA	2	12	401129	401140	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478456194
114	NC_020942	TTAGGT	2	12	402487	402498	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478456196
115	NC_020942	AGGGAA	2	12	403813	403824	50 %	0 %	50 %	0 %	478456197
116	NC_020942	CTGAAG	2	12	404648	404659	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478456198
117	NC_020942	TAATCT	2	12	410065	410076	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	478456201
118	NC_020942	GAACAA	2	12	410567	410578	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478456202
119	NC_020942	CTAAAG	2	12	410950	410961	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478456203
120	NC_020942	CCTTTC	2	12	412114	412125	0 %	50 %	0 %	50 %	478456204
121	NC_020942	TTTTAA	2	12	415978	415989	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478456206
122	NC_020942	ACATGC	2	12	421655	421666	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478456214
123	NC_020942	GGCTCT	2	12	422390	422401	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478456215
124	NC_020942	ATCTTG	2	12	423984	423995	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478456216
125	NC_020942	CCCCCA	2	12	425319	425330	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	478456217
126	NC_020942	TTCCTC	2	12	429384	429395	0 %	50 %	0 %	50 %	478456221
127	NC_020942	CTCTAC	2	12	432632	432643	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478456223
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129	NC_020942	CGGAAT	2	12	433539	433550	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478456225
130	NC_020942	AGCTAA	2	12	437818	437829	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478456229
131	NC_020942	TTCTCC	2	12	449863	449874	0 %	50 %	0 %	50 %	478456240
132	NC_020942	ATGAAG	2	12	458910	458921	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478456248
133	NC_020942	TAACTC	2	12	459427	459438	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478456248
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135	NC_020942	CTGTAT	2	12	461702	461713	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478456249
136	NC_020942	CTAAAG	2	12	462770	462781	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478456249
137	NC_020942	CCAATA	2	12	467755	467766	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478456253
138	NC_020942	ATCGGC	2	12	473602	473613	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	478456261
139	NC_020942	TATTGG	2	12	474195	474206	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478456261
140	NC_020942	AAATAC	2	12	484539	484550	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478456265
141	NC_020942	TCTTCA	2	12	486978	486989	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478456266
142	NC_020942	CTACAA	2	12	490783	490794	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478456266
143	NC_020942	CCAATC	2	12	495251	495262	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478456270
144	NC_020942	TTCTTT	2	12	499072	499083	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478456277
145	NC_020942	CTGAAG	2	12	502131	502142	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478456279
146	NC_020942	TGAGTA	2	12	502585	502596	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478456279
147	NC_020942	AAACTG	2	12	506032	506043	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478456283
148	NC_020942	GGTAAT	2	12	514373	514384	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478456291
149	NC_020942	AGTTTT	2	12	515381	515392	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478456293
150	NC_020942	GGTTGT	2	12	517509	517520	0 %	50 %	50 %	0 %	478456295
151	NC_020942	TCTCTA	2	12	523368	523379	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478456301
152	NC_020942	TGAACT	2	12	523876	523887	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478456301
153	NC_020942	TAATTC	2	12	525206	525217	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	478456302
154	NC_020942	ACTCCT	2	12	525475	525486	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478456302
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158	NC_020942	ACTGTA	2	12	538130	538141	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478456311
159	NC_020942	AGCCAC	2	12	538165	538176	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	478456311
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161	NC_020942	CAAATC	2	12	541811	541822	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478456313
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182	NC_020942	CTGATA	2	12	607369	607380	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478456389
183	NC_020942	CTGCTC	2	12	607417	607428	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	478456389
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187	NC_020942	GGATGG	2	12	618390	618401	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478456400
188	NC_020942	CGATAT	3	18	620718	620735	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478456401
189	NC_020942	ACTGTA	2	12	625974	625985	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478456405
190	NC_020942	CACTCT	2	12	626290	626301	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478456405
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192	NC_020942	AACCTC	2	12	638141	638152	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478456414
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215	NC_020942	TATTGA	2	12	744309	744320	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	478456501
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218	NC_020942	GGAAGA	2	12	769228	769239	50 %	0 %	50 %	0 %	478456523
219	NC_020942	ATGCAA	2	12	771540	771551	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478456527
220	NC_020942	GAGAAA	2	12	771769	771780	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478456527
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222	NC_020942	CAATTA	2	12	784865	784876	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478456539
223	NC_020942	TAGCTG	2	12	785983	785994	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478456540
224	NC_020942	ATGAAG	2	12	790630	790641	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478456541
225	NC_020942	ATTAGG	2	12	796414	796425	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478456546
226	NC_020942	TAAACC	2	12	797253	797264	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478456547
227	NC_020942	CCCTGA	2	12	799410	799421	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478456549
228	NC_020942	AGAATT	2	12	802333	802344	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478456553
229	NC_020942	AAGCTC	2	12	802572	802583	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478456553
230	NC_020942	TTTCTT	2	12	805438	805449	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478456555
231	NC_020942	AGAAAT	2	12	808628	808639	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478456558
232	NC_020942	GAAATT	2	12	810241	810252	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478456560
233	NC_020942	GCTGAG	2	12	810923	810934	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	478456560
234	NC_020942	TAGCCT	2	12	813870	813881	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478456561
235	NC_020942	AAGAGG	2	12	834311	834322	50 %	0 %	50 %	0 %	478456575
236	NC_020942	GAAAGG	2	12	839188	839199	50 %	0 %	50 %	0 %	478456580
237	NC_020942	AGCTTC	2	12	840642	840653	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478456581
238	NC_020942	ATCACA	2	12	844747	844758	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478456586
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.