MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis E/SotonE8 high quality draft genome

Total Repeats: 355

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020942	AAGG	2	8	1909	1916	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020942	GGAG	2	8	6906	6913	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020942	TATG	2	8	7555	7562	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020942	ATTT	2	8	7696	7703	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020942	TTTG	2	8	7788	7795	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020942	TATT	2	8	9910	9917	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020942	AGAA	2	8	11802	11809	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020942	AAGG	2	8	14028	14035	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020942	CAAA	2	8	16662	16669	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_020942	CGCT	2	8	21858	21865	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
11	NC_020942	TTAA	2	8	21879	21886	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020942	GTTA	2	8	21916	21923	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020942	GATC	2	8	21971	21978	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NC_020942	ATTG	2	8	28528	28535	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020942	TGTT	2	8	44405	44412	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020942	AATA	2	8	44644	44651	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020942	AAGT	2	8	48567	48574	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020942	TATT	2	8	52768	52775	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020942	GTTT	2	8	54628	54635	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020942	TGTT	2	8	54636	54643	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020942	TAAT	2	8	54680	54687	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020942	CAGA	2	8	61301	61308	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NC_020942	ACAA	2	8	67945	67952	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
24	NC_020942	AAGG	2	8	68043	68050	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020942	GATA	2	8	72524	72531	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020942	TCTA	2	8	77183	77190	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
27	NC_020942	GTTT	2	8	79957	79964	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020942	ATTC	2	8	80160	80167	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_020942	GGTT	2	8	80310	80317	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020942	GTTT	2	8	88617	88624	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020942	TTTA	2	8	88640	88647	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020942	GTTT	2	8	88652	88659	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020942	GTTT	2	8	88703	88710	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020942	GAAT	2	8	90970	90977	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020942	AAGT	2	8	91002	91009	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020942	AAAT	2	8	94247	94254	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020942	TATT	2	8	98272	98279	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020942	AAGA	2	8	107259	107266	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020942	CTGG	2	8	120959	120966	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
40	NC_020942	GTTT	2	8	135461	135468	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020942	ATCT	2	8	152180	152187	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
42	NC_020942	GCTG	2	8	152219	152226	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
43	NC_020942	TGTT	2	8	157795	157802	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020942	AAAG	2	8	158637	158644	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020942	TTTA	2	8	158646	158653	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020942	TAAT	2	8	158763	158770	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020942	TAAT	2	8	159598	159605	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020942	GCTT	2	8	162234	162241	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
49	NC_020942	CTTC	2	8	166305	166312	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
50	NC_020942	TTAG	2	8	170715	170722	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020942	AAAC	2	8	172462	172469	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
52	NC_020942	GTAT	2	8	173644	173651	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020942	GGAA	2	8	178832	178839	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020942	TTCC	2	8	181243	181250	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
55	NC_020942	AAAC	2	8	181346	181353	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
56	NC_020942	AAAG	2	8	182621	182628	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020942	AAGA	2	8	182639	182646	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020942	AAAG	2	8	182819	182826	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020942	AAAC	2	8	188018	188025	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
60	NC_020942	GGAC	2	8	188377	188384	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
61	NC_020942	ATGC	2	8	199125	199132	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
62	NC_020942	CTTT	2	8	199266	199273	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
63	NC_020942	ACGA	2	8	209139	209146	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
64	NC_020942	GAAA	2	8	209424	209431	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020942	CCTT	2	8	222561	222568	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
66	NC_020942	CTAT	2	8	226251	226258	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
67	NC_020942	GCAA	2	8	226495	226502	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_020942	AATT	2	8	227831	227838	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020942	CTTG	2	8	228180	228187	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_020942	AAAC	2	8	231910	231917	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
71	NC_020942	AAAT	2	8	250146	250153	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020942	AAGA	2	8	250165	250172	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020942	TTTC	2	8	252766	252773	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
74	NC_020942	TAAA	2	8	253600	253607	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020942	AATA	2	8	257258	257265	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020942	GAAA	2	8	258877	258884	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020942	GCAG	2	8	258926	258933	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
78	NC_020942	AGAA	2	8	258959	258966	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020942	CCAA	2	8	260842	260849	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
80	NC_020942	AAAC	2	8	261449	261456	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_020942	TAAA	2	8	270854	270861	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020942	CAAA	2	8	273789	273796	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_020942	ATAA	2	8	280022	280029	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020942	TCTA	2	8	280156	280163	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
85	NC_020942	ATTT	2	8	280302	280309	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020942	GTTT	2	8	286144	286151	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020942	AAAG	2	8	286179	286186	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020942	TGCC	2	8	286667	286674	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
89	NC_020942	GGGA	2	8	290515	290522	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020942	CAAA	2	8	290560	290567	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
91	NC_020942	TAAA	2	8	291657	291664	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020942	GATA	2	8	293318	293325	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020942	AATC	2	8	298443	298450	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_020942	ACAA	2	8	304212	304219	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_020942	GCTT	2	8	305542	305549	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
96	NC_020942	CCCT	2	8	306109	306116	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
97	NC_020942	TAAA	2	8	308581	308588	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020942	TCCA	2	8	311740	311747	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
99	NC_020942	TCCC	2	8	311942	311949	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
100	NC_020942	ATTG	2	8	313127	313134	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
101	NC_020942	AATA	2	8	324516	324523	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020942	TAAA	2	8	324537	324544	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020942	CAGA	2	8	324545	324552	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
104	NC_020942	AATA	2	8	324612	324619	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020942	CAAT	2	8	334241	334248	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
106	NC_020942	GCTA	2	8	334931	334938	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
107	NC_020942	TTAA	2	8	340274	340281	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020942	CAGT	2	8	340620	340627	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
109	NC_020942	CAAG	2	8	346800	346807	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
110	NC_020942	GCAA	2	8	365607	365614	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NC_020942	TTTA	2	8	370308	370315	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_020942	CAAA	2	8	370602	370609	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
113	NC_020942	TAGT	2	8	370915	370922	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020942	GCTT	2	8	374948	374955	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
115	NC_020942	TAAA	2	8	375226	375233	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020942	AAAT	2	8	376144	376151	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020942	CCTT	2	8	376166	376173	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
118	NC_020942	ATCT	2	8	376199	376206	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
119	NC_020942	ACAA	2	8	376208	376215	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_020942	TAAA	2	8	387982	387989	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020942	TTTA	2	8	397950	397957	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020942	GATT	2	8	398709	398716	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020942	AATT	2	8	398758	398765	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020942	TTAT	2	8	402151	402158	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020942	GCAA	2	8	402204	402211	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
126	NC_020942	TCAT	2	8	411498	411505	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
127	NC_020942	CAAA	2	8	413634	413641	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_020942	ATTT	2	8	423051	423058	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_020942	AGAA	2	8	423061	423068	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020942	ATTA	2	8	424850	424857	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020942	TTCT	2	8	434908	434915	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
132	NC_020942	AACT	2	8	437140	437147	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
133	NC_020942	CAAA	2	8	437488	437495	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
134	NC_020942	ACTC	2	8	442180	442187	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
135	NC_020942	AAAC	2	8	447220	447227	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_020942	AAAT	2	8	447362	447369	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_020942	TAAC	2	8	449928	449935	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_020942	AATT	2	8	454788	454795	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_020942	AAAC	2	8	454801	454808	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
140	NC_020942	CTTC	2	8	454943	454950	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
141	NC_020942	TCTT	2	8	460608	460615	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
142	NC_020942	TAAT	2	8	460621	460628	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_020942	GCAA	2	8	464275	464282	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
144	NC_020942	CTTT	2	8	471824	471831	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_020942	TTCT	2	8	473265	473272	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
146	NC_020942	CAAA	2	8	473290	473297	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
147	NC_020942	AGAA	2	8	492360	492367	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
148	NC_020942	AACA	2	8	495957	495964	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
149	NC_020942	TAAA	2	8	496020	496027	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_020942	ATTT	2	8	509547	509554	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_020942	TATT	2	8	510463	510470	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_020942	TTTG	2	8	515560	515567	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.