MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis E/SotonE8 high quality draft genome

Total Repeats: 2521

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020942	GGAT	2	8	57	64	25 %	25 %	50 %	0 %	478455842
2	NC_020942	AGTG	2	8	547	554	25 %	25 %	50 %	0 %	478455842
3	NC_020942	TGGC	2	8	581	588	0 %	25 %	50 %	25 %	478455842
4	NC_020942	AATG	2	8	1066	1073	50 %	25 %	25 %	0 %	478455842
5	NC_020942	CTAT	2	8	1400	1407	25 %	50 %	0 %	25 %	478455842
6	NC_020942	AGTA	2	8	2089	2096	50 %	25 %	25 %	0 %	478455843
7	NC_020942	ATGA	2	8	2493	2500	50 %	25 %	25 %	0 %	478455844
8	NC_020942	GATA	2	8	2531	2538	50 %	25 %	25 %	0 %	478455844
9	NC_020942	TTTC	2	8	2828	2835	0 %	75 %	0 %	25 %	478455845
10	NC_020942	CATG	2	8	3709	3716	25 %	25 %	25 %	25 %	478455845
11	NC_020942	TTCC	2	8	4014	4021	0 %	50 %	0 %	50 %	478455845
12	NC_020942	TTTA	2	8	4412	4419	25 %	75 %	0 %	0 %	478455846
13	NC_020942	ATCC	2	8	4712	4719	25 %	25 %	0 %	50 %	478455846
14	NC_020942	GACG	2	8	5459	5466	25 %	0 %	50 %	25 %	478455846
15	NC_020942	TTGG	2	8	5562	5569	0 %	50 %	50 %	0 %	478455846
16	NC_020942	TGGA	2	8	5923	5930	25 %	25 %	50 %	0 %	478455847
17	NC_020942	CTTT	2	8	6300	6307	0 %	75 %	0 %	25 %	478455847
18	NC_020942	GGGA	2	8	6815	6822	25 %	0 %	75 %	0 %	478455847
19	NC_020942	GGTG	2	8	7118	7125	0 %	25 %	75 %	0 %	478455848
20	NC_020942	AAAT	2	8	7184	7191	75 %	25 %	0 %	0 %	478455848
21	NC_020942	AAGC	2	8	8421	8428	50 %	0 %	25 %	25 %	478455849
22	NC_020942	ATTG	2	8	8819	8826	25 %	50 %	25 %	0 %	478455850
23	NC_020942	AGCG	2	8	9286	9293	25 %	0 %	50 %	25 %	478455850
24	NC_020942	AAAG	2	8	9307	9314	75 %	0 %	25 %	0 %	478455850
25	NC_020942	CTTT	2	8	9647	9654	0 %	75 %	0 %	25 %	478455850
26	NC_020942	TTCG	2	8	10019	10026	0 %	50 %	25 %	25 %	478455851
27	NC_020942	AATT	2	8	10124	10131	50 %	50 %	0 %	0 %	478455851
28	NC_020942	ATGG	2	8	10183	10190	25 %	25 %	50 %	0 %	478455851
29	NC_020942	CTTT	2	8	10808	10815	0 %	75 %	0 %	25 %	478455852
30	NC_020942	GCAA	2	8	11025	11032	50 %	0 %	25 %	25 %	478455852
31	NC_020942	AGCC	2	8	11255	11262	25 %	0 %	25 %	50 %	478455852
32	NC_020942	GAAA	2	8	11398	11405	75 %	0 %	25 %	0 %	478455852
33	NC_020942	AATG	2	8	12131	12138	50 %	25 %	25 %	0 %	478455853
34	NC_020942	ATTT	2	8	12908	12915	25 %	75 %	0 %	0 %	478455853
35	NC_020942	GTTT	2	8	13163	13170	0 %	75 %	25 %	0 %	478455854
36	NC_020942	ATGC	2	8	13593	13600	25 %	25 %	25 %	25 %	478455854
37	NC_020942	TTGT	2	8	14629	14636	0 %	75 %	25 %	0 %	478455855
38	NC_020942	TTCT	2	8	14800	14807	0 %	75 %	0 %	25 %	478455855
39	NC_020942	ATTT	2	8	15006	15013	25 %	75 %	0 %	0 %	478455855
40	NC_020942	TTTC	2	8	15668	15675	0 %	75 %	0 %	25 %	478455856
41	NC_020942	AAAT	2	8	16150	16157	75 %	25 %	0 %	0 %	478455856
42	NC_020942	GTAA	2	8	16992	16999	50 %	25 %	25 %	0 %	478455857
43	NC_020942	CTAA	2	8	17185	17192	50 %	25 %	0 %	25 %	478455857
44	NC_020942	AGAA	2	8	17448	17455	75 %	0 %	25 %	0 %	478455857
45	NC_020942	ATTT	2	8	17594	17601	25 %	75 %	0 %	0 %	478455857
46	NC_020942	TGCG	2	8	19116	19123	0 %	25 %	50 %	25 %	478455859
47	NC_020942	CTTT	2	8	19155	19162	0 %	75 %	0 %	25 %	478455859
48	NC_020942	GAAG	2	8	20100	20107	50 %	0 %	50 %	0 %	478455859
49	NC_020942	TTTG	2	8	20126	20133	0 %	75 %	25 %	0 %	478455859
50	NC_020942	TGTA	2	8	20818	20825	25 %	50 %	25 %	0 %	478455860
51	NC_020942	TGGG	2	8	22236	22243	0 %	25 %	75 %	0 %	478455861
52	NC_020942	CATT	2	8	23293	23300	25 %	50 %	0 %	25 %	478455861
53	NC_020942	GCTT	2	8	23636	23643	0 %	50 %	25 %	25 %	478455861
54	NC_020942	GGTT	2	8	23684	23691	0 %	50 %	50 %	0 %	478455861
55	NC_020942	TTCT	2	8	24054	24061	0 %	75 %	0 %	25 %	478455861
56	NC_020942	TAAC	2	8	24156	24163	50 %	25 %	0 %	25 %	478455861
57	NC_020942	CATT	2	8	24279	24286	25 %	50 %	0 %	25 %	478455861
58	NC_020942	GGTA	2	8	24649	24656	25 %	25 %	50 %	0 %	478455861
59	NC_020942	TTGA	2	8	25644	25651	25 %	50 %	25 %	0 %	478455862
60	NC_020942	TTCG	2	8	25789	25796	0 %	50 %	25 %	25 %	478455862
61	NC_020942	TAGG	2	8	25868	25875	25 %	25 %	50 %	0 %	478455862
62	NC_020942	TTCC	2	8	25992	25999	0 %	50 %	0 %	50 %	478455862
63	NC_020942	TAGG	2	8	26106	26113	25 %	25 %	50 %	0 %	478455862
64	NC_020942	TTTC	2	8	26541	26548	0 %	75 %	0 %	25 %	478455862
65	NC_020942	GCTT	2	8	26878	26885	0 %	50 %	25 %	25 %	478455862
66	NC_020942	GGAA	2	8	27461	27468	50 %	0 %	50 %	0 %	478455863
67	NC_020942	TTAA	2	8	27534	27541	50 %	50 %	0 %	0 %	478455863
68	NC_020942	AAAG	2	8	27584	27591	75 %	0 %	25 %	0 %	478455863
69	NC_020942	GGGC	2	8	27864	27871	0 %	0 %	75 %	25 %	478455863
70	NC_020942	GTTT	2	8	28147	28154	0 %	75 %	25 %	0 %	478455864
71	NC_020942	CAGA	2	8	28169	28176	50 %	0 %	25 %	25 %	478455864
72	NC_020942	CTTT	2	8	30141	30148	0 %	75 %	0 %	25 %	478455866
73	NC_020942	TTTG	2	8	30156	30163	0 %	75 %	25 %	0 %	478455866
74	NC_020942	TTGT	2	8	30191	30198	0 %	75 %	25 %	0 %	478455866
75	NC_020942	TGGC	2	8	30354	30361	0 %	25 %	50 %	25 %	478455866
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77	NC_020942	AAAC	2	8	30984	30991	75 %	0 %	0 %	25 %	478455867
78	NC_020942	GATG	2	8	31127	31134	25 %	25 %	50 %	0 %	478455867
79	NC_020942	GATA	2	8	32236	32243	50 %	25 %	25 %	0 %	478455869
80	NC_020942	TGAT	2	8	34731	34738	25 %	50 %	25 %	0 %	478455872
81	NC_020942	AAGA	3	12	34859	34870	75 %	0 %	25 %	0 %	478455872
82	NC_020942	AAGC	2	8	35079	35086	50 %	0 %	25 %	25 %	478455873
83	NC_020942	GTTC	2	8	35112	35119	0 %	50 %	25 %	25 %	478455873
84	NC_020942	GGCA	2	8	35491	35498	25 %	0 %	50 %	25 %	478455874
85	NC_020942	TCGA	2	8	35748	35755	25 %	25 %	25 %	25 %	478455874
86	NC_020942	TGCT	2	8	35901	35908	0 %	50 %	25 %	25 %	478455874
87	NC_020942	TTGG	2	8	36133	36140	0 %	50 %	50 %	0 %	478455874
88	NC_020942	AGAT	2	8	36853	36860	50 %	25 %	25 %	0 %	478455874
89	NC_020942	CTTT	2	8	37226	37233	0 %	75 %	0 %	25 %	478455875
90	NC_020942	ATGA	2	8	37716	37723	50 %	25 %	25 %	0 %	478455875
91	NC_020942	TAGG	2	8	37875	37882	25 %	25 %	50 %	0 %	478455875
92	NC_020942	CAAT	2	8	38059	38066	50 %	25 %	0 %	25 %	478455875
93	NC_020942	AATG	2	8	38846	38853	50 %	25 %	25 %	0 %	478455875
94	NC_020942	AGAA	2	8	39683	39690	75 %	0 %	25 %	0 %	478455876
95	NC_020942	AAGA	2	8	39735	39742	75 %	0 %	25 %	0 %	478455876
96	NC_020942	ATCC	2	8	39743	39750	25 %	25 %	0 %	50 %	478455876
97	NC_020942	TAAT	2	8	39954	39961	50 %	50 %	0 %	0 %	478455876
98	NC_020942	GTGC	2	8	42042	42049	0 %	25 %	50 %	25 %	478455878
99	NC_020942	AGAA	2	8	42461	42468	75 %	0 %	25 %	0 %	478455878
100	NC_020942	GGAT	2	8	42613	42620	25 %	25 %	50 %	0 %	478455878
101	NC_020942	AAAC	2	8	43821	43828	75 %	0 %	0 %	25 %	478455881
102	NC_020942	CAAT	2	8	44025	44032	50 %	25 %	0 %	25 %	478455881
103	NC_020942	ATTT	2	8	44782	44789	25 %	75 %	0 %	0 %	478455882
104	NC_020942	GCTC	2	8	45090	45097	0 %	25 %	25 %	50 %	478455882
105	NC_020942	TTCT	2	8	45232	45239	0 %	75 %	0 %	25 %	478455882
106	NC_020942	TTGA	2	8	45832	45839	25 %	50 %	25 %	0 %	478455883
107	NC_020942	TGTT	2	8	46004	46011	0 %	75 %	25 %	0 %	478455883
108	NC_020942	CTAT	2	8	46034	46041	25 %	50 %	0 %	25 %	478455883
109	NC_020942	TGTT	2	8	46063	46070	0 %	75 %	25 %	0 %	478455883
110	NC_020942	CTAT	2	8	46359	46366	25 %	50 %	0 %	25 %	478455883
111	NC_020942	AAGA	2	8	46855	46862	75 %	0 %	25 %	0 %	478455884
112	NC_020942	AAGA	2	8	46912	46919	75 %	0 %	25 %	0 %	478455884
113	NC_020942	AAAG	2	8	46952	46959	75 %	0 %	25 %	0 %	478455884
114	NC_020942	AAGA	2	8	47067	47074	75 %	0 %	25 %	0 %	478455884
115	NC_020942	ACTT	2	8	47328	47335	25 %	50 %	0 %	25 %	478455884
116	NC_020942	ATGG	2	8	47954	47961	25 %	25 %	50 %	0 %	478455884
117	NC_020942	AGGA	2	8	47985	47992	50 %	0 %	50 %	0 %	478455884
118	NC_020942	GAAC	2	8	48532	48539	50 %	0 %	25 %	25 %	478455884
119	NC_020942	AACA	2	8	48776	48783	75 %	0 %	0 %	25 %	478455885
120	NC_020942	CTTT	2	8	48972	48979	0 %	75 %	0 %	25 %	478455885
121	NC_020942	CTTT	2	8	49857	49864	0 %	75 %	0 %	25 %	478455886
122	NC_020942	GTAG	2	8	49875	49882	25 %	25 %	50 %	0 %	478455886
123	NC_020942	GAAG	2	8	51303	51310	50 %	0 %	50 %	0 %	478455887
124	NC_020942	TTCA	2	8	51725	51732	25 %	50 %	0 %	25 %	478455887
125	NC_020942	TCTA	2	8	51942	51949	25 %	50 %	0 %	25 %	478455887
126	NC_020942	GGAA	2	8	52999	53006	50 %	0 %	50 %	0 %	478455889
127	NC_020942	TTAA	2	8	53740	53747	50 %	50 %	0 %	0 %	478455889
128	NC_020942	CCTT	2	8	53947	53954	0 %	50 %	0 %	50 %	478455890
129	NC_020942	TTTA	2	8	54114	54121	25 %	75 %	0 %	0 %	478455890
130	NC_020942	AAAG	2	8	54338	54345	75 %	0 %	25 %	0 %	478455890
131	NC_020942	GATT	2	8	54475	54482	25 %	50 %	25 %	0 %	478455890
132	NC_020942	AATC	2	8	54530	54537	50 %	25 %	0 %	25 %	478455890
133	NC_020942	GGAT	2	8	54823	54830	25 %	25 %	50 %	0 %	478455891
134	NC_020942	TCGA	2	8	54985	54992	25 %	25 %	25 %	25 %	478455891
135	NC_020942	CTTC	2	8	55079	55086	0 %	50 %	0 %	50 %	478455891
136	NC_020942	GAAT	2	8	55114	55121	50 %	25 %	25 %	0 %	478455891
137	NC_020942	TTGA	2	8	55184	55191	25 %	50 %	25 %	0 %	478455891
138	NC_020942	GGAA	2	8	55540	55547	50 %	0 %	50 %	0 %	478455891
139	NC_020942	CTGG	3	12	56451	56462	0 %	25 %	50 %	25 %	478455892
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