MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis E/SotonE8 high quality draft genome

Total Repeats: 12912

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020942	AGG	2	6	18	23	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478455842
2	NC_020942	TAA	3	9	93	101	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478455842
3	NC_020942	GTA	2	6	137	142	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455842
4	NC_020942	AGT	2	6	168	173	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455842
5	NC_020942	AAG	2	6	324	329	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455842
6	NC_020942	CAA	2	6	338	343	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478455842
7	NC_020942	AGT	2	6	364	369	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455842
8	NC_020942	GTG	2	6	380	385	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478455842
9	NC_020942	CAG	2	6	416	421	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478455842
10	NC_020942	GCC	2	6	604	609	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	478455842
11	NC_020942	TGC	2	6	663	668	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478455842
12	NC_020942	ATT	2	6	675	680	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478455842
13	NC_020942	CGA	2	6	697	702	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478455842
14	NC_020942	TAT	2	6	839	844	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478455842
15	NC_020942	GAA	2	6	886	891	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455842
16	NC_020942	AGA	2	6	915	920	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455842
17	NC_020942	AGA	2	6	969	974	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455842
18	NC_020942	CAA	2	6	1042	1047	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478455842
19	NC_020942	TTG	2	6	1185	1190	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478455842
20	NC_020942	CTC	2	6	1214	1219	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478455842
21	NC_020942	GAT	2	6	1276	1281	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455842
22	NC_020942	GAT	2	6	1330	1335	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455842
23	NC_020942	ATG	2	6	1393	1398	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455842
24	NC_020942	CCT	2	6	1552	1557	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478455842
25	NC_020942	CTT	2	6	1613	1618	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478455842
26	NC_020942	CAG	2	6	1678	1683	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478455842
27	NC_020942	TGA	2	6	1739	1744	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455842
28	NC_020942	ATG	2	6	1936	1941	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455843
29	NC_020942	GTG	2	6	1942	1947	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478455843
30	NC_020942	TCC	2	6	1951	1956	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478455843
31	NC_020942	AGC	2	6	1965	1970	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478455843
32	NC_020942	ATG	2	6	1978	1983	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455843
33	NC_020942	AGC	2	6	1992	1997	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478455843
34	NC_020942	AAG	2	6	2003	2008	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455843
35	NC_020942	TAC	2	6	2041	2046	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478455843
36	NC_020942	GCT	2	6	2051	2056	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478455843
37	NC_020942	AAC	2	6	2149	2154	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478455843
38	NC_020942	AGA	2	6	2161	2166	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455843
39	NC_020942	AGA	2	6	2417	2422	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455844
40	NC_020942	ATC	2	6	2424	2429	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478455844
41	NC_020942	TGC	2	6	2444	2449	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478455844
42	NC_020942	CAT	2	6	2568	2573	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478455844
43	NC_020942	AGA	2	6	2597	2602	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455844
44	NC_020942	AAG	2	6	2626	2631	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455844
45	NC_020942	GGA	2	6	2661	2666	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478455844
46	NC_020942	ATC	2	6	2790	2795	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478455845
47	NC_020942	ATA	2	6	2940	2945	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478455845
48	NC_020942	AAC	2	6	2965	2970	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478455845
49	NC_020942	GGT	2	6	3019	3024	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478455845
50	NC_020942	AAT	2	6	3125	3130	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478455845
51	NC_020942	TTC	2	6	3160	3165	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478455845
52	NC_020942	GCA	2	6	3179	3184	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478455845
53	NC_020942	GGA	2	6	3227	3232	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478455845
54	NC_020942	CAG	2	6	3246	3251	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478455845
55	NC_020942	GTT	2	6	3263	3268	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478455845
56	NC_020942	GGT	2	6	3355	3360	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478455845
57	NC_020942	AAG	2	6	3513	3518	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455845
58	NC_020942	ATT	2	6	3575	3580	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478455845
59	NC_020942	TTG	2	6	3627	3632	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478455845
60	NC_020942	AAG	2	6	3738	3743	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455845
61	NC_020942	AAG	2	6	3753	3758	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455845
62	NC_020942	CAG	2	6	3795	3800	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478455845
63	NC_020942	GCT	2	6	3866	3871	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478455845
64	NC_020942	AAG	2	6	4032	4037	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455845
65	NC_020942	CAG	2	6	4082	4087	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478455845
66	NC_020942	GGA	2	6	4169	4174	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478455845
67	NC_020942	AAT	2	6	4179	4184	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478455845
68	NC_020942	ATT	2	6	4259	4264	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478455846
69	NC_020942	TGA	2	6	4289	4294	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455846
70	NC_020942	GTA	2	6	4521	4526	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455846
71	NC_020942	AGA	2	6	4568	4573	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455846
72	NC_020942	GAA	2	6	4752	4757	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455846
73	NC_020942	CGT	2	6	4884	4889	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478455846
74	NC_020942	GTT	2	6	4935	4940	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478455846
75	NC_020942	TGA	2	6	5072	5077	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455846
76	NC_020942	TTG	2	6	5167	5172	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478455846
77	NC_020942	TTC	2	6	5308	5313	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478455846
78	NC_020942	TCT	2	6	5400	5405	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478455846
79	NC_020942	AGA	2	6	5420	5425	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455846
80	NC_020942	GTT	2	6	5447	5452	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478455846
81	NC_020942	GGT	2	6	5495	5500	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478455846
82	NC_020942	CTC	2	6	5599	5604	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478455846
83	NC_020942	AGC	2	6	5630	5635	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478455846
84	NC_020942	ATT	2	6	5749	5754	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478455847
85	NC_020942	TCT	2	6	5767	5772	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478455847
86	NC_020942	GCT	2	6	5813	5818	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478455847
87	NC_020942	GAT	2	6	5848	5853	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455847
88	NC_020942	ACG	2	6	5886	5891	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478455847
89	NC_020942	GAA	2	6	5910	5915	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455847
90	NC_020942	AGA	3	9	5987	5995	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455847
91	NC_020942	GCT	2	6	5996	6001	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478455847
92	NC_020942	AGA	2	6	6005	6010	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455847
93	NC_020942	TGG	2	6	6041	6046	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478455847
94	NC_020942	AGA	3	9	6059	6067	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455847
95	NC_020942	GGA	2	6	6068	6073	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478455847
96	NC_020942	TCA	2	6	6253	6258	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478455847
97	NC_020942	GGA	2	6	6290	6295	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478455847
98	NC_020942	CTT	2	6	6350	6355	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478455847
99	NC_020942	CTG	2	6	6356	6361	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478455847
100	NC_020942	CAG	2	6	6511	6516	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478455847
101	NC_020942	AGG	2	6	7040	7045	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478455848
102	NC_020942	GAA	2	6	7084	7089	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455848
103	NC_020942	GCA	2	6	7348	7353	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478455848
104	NC_020942	AAG	2	6	7389	7394	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455848
105	NC_020942	TGC	2	6	7422	7427	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478455848
106	NC_020942	TCG	2	6	7915	7920	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478455849
107	NC_020942	TCC	2	6	7958	7963	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478455849
108	NC_020942	GTT	2	6	8066	8071	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478455849
109	NC_020942	TTA	2	6	8436	8441	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478455849
110	NC_020942	TTC	2	6	8759	8764	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478455849
111	NC_020942	GAA	2	6	8903	8908	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455850
112	NC_020942	ACC	2	6	9031	9036	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478455850
113	NC_020942	CTT	2	6	9084	9089	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478455850
114	NC_020942	GAG	2	6	9164	9169	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478455850
115	NC_020942	ATA	2	6	9181	9186	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478455850
116	NC_020942	AGG	2	6	9205	9210	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478455850
117	NC_020942	GAA	2	6	9385	9390	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455850
118	NC_020942	CAG	2	6	9401	9406	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478455850
119	NC_020942	TGT	2	6	9472	9477	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478455850
120	NC_020942	GAG	2	6	9487	9492	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478455850
121	NC_020942	TAC	2	6	9555	9560	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478455850
122	NC_020942	GTT	2	6	9659	9664	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478455850
123	NC_020942	AAG	2	6	9683	9688	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455850
124	NC_020942	GAG	2	6	9709	9714	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478455850
125	NC_020942	TTA	2	6	9997	10002	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478455851
126	NC_020942	AGA	2	6	10032	10037	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455851
127	NC_020942	TGC	2	6	10262	10267	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478455851
128	NC_020942	GAA	2	6	10289	10294	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455851
129	NC_020942	TCG	2	6	10349	10354	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478455851
130	NC_020942	TGG	2	6	10372	10377	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478455851
131	NC_020942	GTA	2	6	10423	10428	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455852
132	NC_020942	AGC	2	6	10583	10588	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478455852
133	NC_020942	CTT	2	6	10597	10602	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478455852
134	NC_020942	ATG	2	6	10758	10763	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478455852
135	NC_020942	CGT	2	6	10785	10790	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478455852
136	NC_020942	GAC	2	6	10955	10960	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478455852
137	NC_020942	GGT	2	6	11042	11047	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478455852
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139	NC_020942	CAA	2	6	11110	11115	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478455852
140	NC_020942	GGA	2	6	11172	11177	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478455852
141	NC_020942	CGA	2	6	11229	11234	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478455852
142	NC_020942	CTT	2	6	11335	11340	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478455852
143	NC_020942	TTG	2	6	11375	11380	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478455852
144	NC_020942	CTT	2	6	11389	11394	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478455852
145	NC_020942	ATC	2	6	11499	11504	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478455852
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150	NC_020942	CGA	2	6	11716	11721	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478455852
151	NC_020942	AGG	2	6	12162	12167	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478455853
152	NC_020942	ATA	3	9	12172	12180	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478455853
153	NC_020942	TAT	2	6	12191	12196	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478455853
154	NC_020942	ACA	2	6	12202	12207	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478455853
155	NC_020942	TAC	2	6	12495	12500	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478455853
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157	NC_020942	TTC	2	6	12540	12545	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478455853
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159	NC_020942	AGA	2	6	12597	12602	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455853
160	NC_020942	CAA	2	6	12899	12904	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478455853
161	NC_020942	ATC	2	6	12922	12927	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478455853
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163	NC_020942	ATA	2	6	13155	13160	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478455854
164	NC_020942	TAC	2	6	13283	13288	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478455854
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240	NC_020942	AAG	2	6	20428	20433	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478455859
241	NC_020942	TAA	2	6	20524	20529	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478455860
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244	NC_020942	TCC	2	6	20794	20799	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478455860
245	NC_020942	ACG	2	6	20908	20913	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478455860
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