MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis G/SotonG1 complete genome

Total Repeats: 107

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020941	TATTT	2	10	7634	7643	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020941	GGTGT	2	10	13906	13915	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020941	AAAGA	2	10	33692	33701	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020941	TGCAA	2	10	42927	42936	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_020941	CAAAA	2	10	43246	43255	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_020941	GAAGA	2	10	48611	48620	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020941	CTATT	2	10	50190	50199	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_020941	AATTT	2	10	54548	54557	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020941	AAAAG	2	10	69391	69400	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020941	CTTGC	2	10	72334	72343	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_020941	AAAAG	2	10	77084	77093	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020941	ATCAA	2	10	78782	78791	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_020941	TTTGT	2	10	85518	85527	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020941	AATAA	2	10	88517	88526	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020941	CTTTT	2	10	94589	94598	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_020941	ACAAA	2	10	98134	98143	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_020941	GCTCT	2	10	114407	114416	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
18	NC_020941	TTGCA	2	10	137384	137393	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_020941	AAAAG	2	10	141856	141865	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020941	TTCTA	2	10	157643	157652	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_020941	CAAAA	2	10	162101	162110	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_020941	AGAAA	2	10	182462	182471	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020941	CGATA	2	10	187839	187848	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_020941	CTAAG	2	10	202972	202981	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_020941	ATTTC	2	10	221498	221507	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_020941	CAATA	2	10	224621	224630	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_020941	TACAA	2	10	248333	248342	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_020941	TTTCA	2	10	264444	264453	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_020941	AAAGC	2	10	299274	299283	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_020941	TGTTT	2	10	302153	302162	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020941	TCAAT	2	10	322217	322226	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_020941	GCAAC	2	10	334162	334171	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_020941	CTTGT	2	10	334222	334231	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_020941	CCTTT	2	10	334678	334687	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
35	NC_020941	AAGGC	2	10	362433	362442	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_020941	GCTTC	2	10	364543	364552	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
37	NC_020941	AGTAG	2	10	364620	364629	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020941	TCTCT	2	10	368088	368097	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
39	NC_020941	AACAA	2	10	368471	368480	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_020941	AAAAC	2	10	368793	368802	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_020941	AAGCG	2	10	404302	404311	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_020941	TATCT	2	10	409830	409839	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_020941	GTATA	2	10	416551	416560	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020941	AGCAA	2	10	416587	416596	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_020941	AAAAT	2	10	418436	418445	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020941	CTCTT	2	10	428500	428509	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
47	NC_020941	TAAAA	2	10	431043	431052	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020941	AGAAA	2	10	436717	436726	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020941	CTCTT	2	10	436756	436765	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
50	NC_020941	GAAGA	2	10	436766	436775	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020941	AAATT	2	10	437045	437054	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020941	AATTT	2	10	437066	437075	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020941	TAAAA	2	10	465278	465287	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020941	CAAAA	2	10	485679	485688	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_020941	AATCT	2	10	503021	503030	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_020941	CTTCT	2	10	503234	503243	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
57	NC_020941	TTTCT	2	10	508621	508630	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_020941	CCTTT	2	10	509630	509639	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
59	NC_020941	TAAAA	2	10	514646	514655	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020941	AGGAA	2	10	516630	516639	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020941	ATGAA	2	10	516654	516663	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020941	TTGGA	2	10	524095	524104	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020941	CAAAA	2	10	524861	524870	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_020941	TTTTC	2	10	536723	536732	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_020941	AAAAG	2	10	557975	557984	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020941	GAAAA	2	10	565159	565168	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020941	ATTTT	2	10	566597	566606	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020941	ATACT	2	10	572669	572678	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_020941	TCCCC	2	10	575462	575471	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
70	NC_020941	AAAGG	2	10	581624	581633	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020941	TTTCC	2	10	629242	629251	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
72	NC_020941	ATTAA	2	10	637193	637202	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020941	TCGTC	2	10	650091	650100	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
74	NC_020941	TAAAA	2	10	685721	685730	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020941	TTTAT	2	10	697674	697683	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020941	TCATG	2	10	697869	697878	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_020941	AAAAC	2	10	701987	701996	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_020941	GAAAA	2	10	707336	707345	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020941	TTATT	2	10	714383	714392	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020941	GAAGA	2	10	737277	737286	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020941	AGAAT	2	10	760083	760092	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020941	AGGGG	2	10	760314	760323	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020941	AAAAG	2	10	780881	780890	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020941	AGGTA	2	10	784280	784289	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020941	TCCTT	2	10	785463	785472	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
86	NC_020941	CTCCA	2	10	785618	785627	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
87	NC_020941	AAAAC	2	10	796658	796667	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_020941	TTTCT	2	10	804879	804888	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_020941	AGAAA	2	10	813411	813420	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020941	CTTTT	2	10	859501	859510	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_020941	AGAAA	2	10	863852	863861	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020941	CTTTT	2	10	881546	881555	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_020941	TAGAA	2	10	890016	890025	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020941	CTTTT	2	10	906056	906065	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_020941	TTTTA	2	10	906801	906810	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020941	AGAGC	2	10	909089	909098	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
97	NC_020941	AAGAG	2	10	928761	928770	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020941	GCTAG	2	10	928787	928796	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
99	NC_020941	TCGTT	2	10	937180	937189	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_020941	TTCTT	2	10	940137	940146	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_020941	CTTCA	2	10	962025	962034	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
102	NC_020941	CTAGT	2	10	968882	968891	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_020941	TAAAA	2	10	984875	984884	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020941	CGGGG	2	10	1006318	1006327	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
105	NC_020941	TATTT	2	10	1008477	1008486	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020941	TAGAA	2	10	1019905	1019914	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020941	TTTTC	2	10	1038279	1038288	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.