MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis Ia/SotonIa3 complete genome

Total Repeats: 294

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020940	GAAGGA	2	12	1360	1371	50 %	0 %	50 %	0 %	478474770
2	NC_020940	TATGGA	2	12	1413	1424	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474770
3	NC_020940	AAAGCT	2	12	5541	5552	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478474774
4	NC_020940	TAGCAA	2	12	11428	11439	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478474780
5	NC_020940	AAAGCT	2	12	11559	11570	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478474780
6	NC_020940	TAGTGA	2	12	12705	12716	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474781
7	NC_020940	GTTCCT	2	12	19989	20000	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478474787
8	NC_020940	CTTTTT	2	12	22143	22154	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478474789
9	NC_020940	GTGAGG	2	12	26073	26084	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478474790
10	NC_020940	GGATTT	2	12	36550	36561	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478474802
11	NC_020940	AATTAG	2	12	37970	37981	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478474803
12	NC_020940	TTCCTG	2	12	38269	38280	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478474803
13	NC_020940	TTTTGA	2	12	45577	45588	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478474809
14	NC_020940	TGAACG	2	12	52818	52829	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478474816
15	NC_020940	GTGATT	2	12	52837	52848	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478474816
16	NC_020940	GATCTG	2	12	55486	55497	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478474818
17	NC_020940	GTGTAA	2	12	55534	55545	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474818
18	NC_020940	GGTTCA	2	12	55623	55634	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478474818
19	NC_020940	GAAAAG	2	12	56882	56893	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474819
20	NC_020940	AGTTGT	2	12	58233	58244	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478474820
21	NC_020940	TTGTTC	2	12	59153	59164	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478474820
22	NC_020940	TGAAAA	2	12	59623	59634	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478474821
23	NC_020940	TCCTAA	2	12	59962	59973	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478474821
24	NC_020940	GTTCTT	2	12	63882	63893	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478474823
25	NC_020940	CTATTT	2	12	72204	72215	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478474830
26	NC_020940	ACTCTT	2	12	73333	73344	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478474831
27	NC_020940	TTTCTG	2	12	73883	73894	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478474832
28	NC_020940	GATCAT	2	12	74013	74024	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478474832
29	NC_020940	TAGTAC	2	12	77007	77018	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478474833
30	NC_020940	GGTTTA	2	12	80658	80669	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478474836
31	NC_020940	TTTAGT	2	12	82431	82442	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478474838
32	NC_020940	GTCTGT	2	12	83702	83713	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478474839
33	NC_020940	TTCTGA	2	12	89316	89327	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478474843
34	NC_020940	AAAAGA	2	12	94380	94391	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478474849
35	NC_020940	AGCTGT	2	12	96473	96484	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478474850
36	NC_020940	TCTTTT	2	12	97138	97149	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478474852
37	NC_020940	GGGGCT	2	12	98086	98097	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	478474852
38	NC_020940	TTTGAG	2	12	100290	100301	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478474854
39	NC_020940	TCAGAA	2	12	106931	106942	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478474859
40	NC_020940	CATAAC	2	12	109975	109986	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478474862
41	NC_020940	TGTTCT	2	12	112739	112750	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478474864
42	NC_020940	ACTTCG	2	12	116023	116034	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478474866
43	NC_020940	TTGCCA	2	12	119561	119572	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478474871
44	NC_020940	TTGGTA	2	12	121101	121112	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478474873
45	NC_020940	AGGATC	2	12	121480	121491	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478474873
46	NC_020940	AAGGGT	2	12	123287	123298	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478474874
47	NC_020940	GGGTTT	2	12	124250	124261	0 %	50 %	50 %	0 %	478474875
48	NC_020940	TTGCAT	2	12	124532	124543	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478474875
49	NC_020940	AAGAGA	2	12	124901	124912	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474875
50	NC_020940	TTAAAA	2	12	133835	133846	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478474881
51	NC_020940	AGGTTG	2	12	135077	135088	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	478474882
52	NC_020940	CTGTTT	2	12	135772	135783	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478474883
53	NC_020940	GAGTTA	2	12	140127	140138	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474891
54	NC_020940	TGGAAA	2	12	142680	142691	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478474894
55	NC_020940	TGGAAT	2	12	143555	143566	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474895
56	NC_020940	ATGGTT	2	12	143799	143810	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478474895
57	NC_020940	TGCTCT	2	12	145990	146001	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478474898
58	NC_020940	GAAAGG	2	12	149728	149739	50 %	0 %	50 %	0 %	478474900
59	NC_020940	GCTTTG	2	12	149971	149982	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478474900
60	NC_020940	CCTCAT	2	12	155391	155402	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478474905
61	NC_020940	TGGAGA	2	12	156849	156860	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478474907
62	NC_020940	CTCCAT	2	12	158216	158227	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478474908
63	NC_020940	TCCTTG	2	12	158812	158823	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478474909
64	NC_020940	AACAGC	2	12	161449	161460	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478474912
65	NC_020940	AAAAAG	2	12	174036	174047	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478474919
66	NC_020940	TCCCAA	2	12	182466	182477	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478474925
67	NC_020940	ACTTCT	2	12	190147	190158	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478474933
68	NC_020940	ATTTGC	2	12	192839	192850	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478474935
69	NC_020940	AAACAT	2	12	193929	193940	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478474938
70	NC_020940	AGCAAC	2	12	194264	194275	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478474938
71	NC_020940	TTGCCT	2	12	196973	196984	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478474942
72	NC_020940	TCTGGA	2	12	200223	200234	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478474946
73	NC_020940	CTGGAT	2	12	215814	215825	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478474959
74	NC_020940	GAAATA	2	12	216137	216148	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478474959
75	NC_020940	GATGCA	2	12	223029	223040	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478474966
76	NC_020940	ACTCCA	2	12	223919	223930	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478474967
77	NC_020940	CTGCTT	2	12	224151	224162	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478474967
78	NC_020940	ATTGCT	2	12	227460	227471	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478474970
79	NC_020940	TCCTAG	2	12	227750	227761	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478474970
80	NC_020940	GCAACG	2	12	228238	228249	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478474971
81	NC_020940	CTTAGC	2	12	230871	230882	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478474973
82	NC_020940	TTCCTT	2	12	237703	237714	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478474978
83	NC_020940	TCTCCT	2	12	240584	240595	0 %	50 %	0 %	50 %	478474979
84	NC_020940	AAACCA	2	12	241159	241170	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478474980
85	NC_020940	CCTGCA	2	12	256548	256559	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478474998
86	NC_020940	ACCTTT	2	12	261743	261754	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478475003
87	NC_020940	TCATAA	2	12	269590	269601	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478475010
88	NC_020940	AAGTGT	2	12	270316	270327	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478475010
89	NC_020940	ATCTAA	2	12	273594	273605	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478475013
90	NC_020940	TGGAAT	2	12	275792	275803	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478475015
91	NC_020940	GGAACA	2	12	279679	279690	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	478475017
92	NC_020940	CACGCG	2	12	282052	282063	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	478475019
93	NC_020940	TTTCTT	2	12	282231	282242	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478475019
94	NC_020940	CTCCTA	2	12	286393	286404	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478475022
95	NC_020940	GCAATG	2	12	292511	292522	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478475028
96	NC_020940	CGACAT	2	12	293184	293195	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478475029
97	NC_020940	CCCTTA	2	12	294638	294649	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478475031
98	NC_020940	AAAATA	2	12	296736	296747	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478475033
99	NC_020940	ACCACT	2	12	299091	299102	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478475035
100	NC_020940	CATTGC	2	12	302337	302348	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478475038
101	NC_020940	CCAAAA	2	12	303516	303527	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478475039
102	NC_020940	TCTTTT	2	12	305401	305412	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478475041
103	NC_020940	CAAGAC	2	12	306492	306503	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478475042
104	NC_020940	AGCTTA	2	12	307773	307784	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478475044
105	NC_020940	CAAAGA	2	12	313145	313156	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478475049
106	NC_020940	ATGGCT	2	12	313761	313772	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478475050
107	NC_020940	TACAAA	2	12	317951	317962	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478475053
108	NC_020940	TTAATT	2	12	319630	319641	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478475055
109	NC_020940	AAAACA	2	12	323116	323127	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	478475057
110	NC_020940	AGAGAA	2	12	325208	325219	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478475058
111	NC_020940	CAGAAC	2	12	345101	345112	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478475076
112	NC_020940	ATTCAA	2	12	350078	350089	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478475081
113	NC_020940	TTCTTA	2	12	362055	362066	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478475089
114	NC_020940	CAGCCT	2	12	374026	374037	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478475103
115	NC_020940	AGCTGA	2	12	374076	374087	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478475103
116	NC_020940	ATGCTA	2	12	377943	377954	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478475105
117	NC_020940	CAATAG	2	12	384549	384560	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478475108
118	NC_020940	ACTGAA	2	12	384690	384701	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478475108
119	NC_020940	CTGCAC	2	12	384883	384894	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478475108
120	NC_020940	TCCATA	2	12	395241	395252	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478475117
121	NC_020940	TTAGGT	2	12	396599	396610	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478475119
122	NC_020940	AGGGAA	2	12	397925	397936	50 %	0 %	50 %	0 %	478475120
123	NC_020940	CTGAAG	2	12	398760	398771	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478475121
124	NC_020940	TAATCT	2	12	404177	404188	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	478475124
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126	NC_020940	CTAAAG	2	12	405062	405073	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478475126
127	NC_020940	CCTTTC	2	12	406226	406237	0 %	50 %	0 %	50 %	478475127
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129	NC_020940	ACATGC	2	12	415769	415780	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478475137
130	NC_020940	GGCTCT	2	12	416504	416515	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478475138
131	NC_020940	ATCTTG	2	12	418098	418109	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478475139
132	NC_020940	CCCCCA	2	12	419432	419443	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	478475140
133	NC_020940	TTCCTC	2	12	423497	423508	0 %	50 %	0 %	50 %	478475144
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135	NC_020940	ACATCA	2	12	427391	427402	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478475147
136	NC_020940	CGGAAT	2	12	427653	427664	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478475148
137	NC_020940	TGATAA	2	12	429558	429569	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478475149
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139	NC_020940	TTCTCC	2	12	443968	443979	0 %	50 %	0 %	50 %	478475163
140	NC_020940	ATGAAG	2	12	453019	453030	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478475171
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142	NC_020940	ATCCGC	2	12	454461	454472	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478475171
143	NC_020940	CTAAAG	2	12	456879	456890	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478475172
144	NC_020940	CCAATA	2	12	461864	461875	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478475176
145	NC_020940	ATCGGC	2	12	467711	467722	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	478475184
146	NC_020940	TATTGG	2	12	468304	468315	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478475184
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151	NC_020940	TTCTTT	2	12	493076	493087	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478475200
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153	NC_020940	TGAGTA	2	12	496589	496600	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478475202
154	NC_020940	AAACTG	2	12	500036	500047	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478475207
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226	NC_020940	ATGCAA	2	12	765542	765553	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478475453
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229	NC_020940	TTTCCA	2	12	778033	778044	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478475464
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231	NC_020940	ATTAGG	2	12	790428	790439	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478475472
232	NC_020940	CCCTGA	2	12	793424	793435	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478475475
233	NC_020940	AGAATT	2	12	796346	796357	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478475478
234	NC_020940	AAGCTC	2	12	796585	796596	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478475478
235	NC_020940	TTTCTT	2	12	799450	799461	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478475480
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239	NC_020940	TAGCCT	2	12	807882	807893	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478475486
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.