MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis Ia/SotonIa3 complete genome

Total Repeats: 2878

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020940	GGAT	2	8	57	64	25 %	25 %	50 %	0 %	478474770
2	NC_020940	AGTG	2	8	547	554	25 %	25 %	50 %	0 %	478474770
3	NC_020940	TGGC	2	8	581	588	0 %	25 %	50 %	25 %	478474770
4	NC_020940	AATG	2	8	1066	1073	50 %	25 %	25 %	0 %	478474770
5	NC_020940	CTAT	2	8	1400	1407	25 %	50 %	0 %	25 %	478474770
6	NC_020940	AAGG	2	8	1909	1916	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020940	AGTA	2	8	2089	2096	50 %	25 %	25 %	0 %	478474771
8	NC_020940	ATGA	2	8	2493	2500	50 %	25 %	25 %	0 %	478474772
9	NC_020940	GATA	2	8	2531	2538	50 %	25 %	25 %	0 %	478474772
10	NC_020940	TTTC	2	8	2828	2835	0 %	75 %	0 %	25 %	478474773
11	NC_020940	CATG	2	8	3709	3716	25 %	25 %	25 %	25 %	478474773
12	NC_020940	TTCC	2	8	4014	4021	0 %	50 %	0 %	50 %	478474773
13	NC_020940	TTTA	2	8	4412	4419	25 %	75 %	0 %	0 %	478474774
14	NC_020940	ATCC	2	8	4712	4719	25 %	25 %	0 %	50 %	478474774
15	NC_020940	GACG	2	8	5459	5466	25 %	0 %	50 %	25 %	478474774
16	NC_020940	TTGG	2	8	5562	5569	0 %	50 %	50 %	0 %	478474774
17	NC_020940	TGGA	2	8	5923	5930	25 %	25 %	50 %	0 %	478474775
18	NC_020940	CTTT	2	8	6300	6307	0 %	75 %	0 %	25 %	478474775
19	NC_020940	GGGA	2	8	6815	6822	25 %	0 %	75 %	0 %	478474775
20	NC_020940	GGAG	2	8	6906	6913	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020940	GGTG	2	8	7118	7125	0 %	25 %	75 %	0 %	478474776
22	NC_020940	AAAT	2	8	7184	7191	75 %	25 %	0 %	0 %	478474776
23	NC_020940	TATG	2	8	7555	7562	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020940	ATTT	2	8	7696	7703	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020940	TTTG	2	8	7788	7795	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020940	AAGC	2	8	8421	8428	50 %	0 %	25 %	25 %	478474777
27	NC_020940	ATTG	2	8	8819	8826	25 %	50 %	25 %	0 %	478474778
28	NC_020940	AGCG	2	8	9286	9293	25 %	0 %	50 %	25 %	478474778
29	NC_020940	AAAG	2	8	9307	9314	75 %	0 %	25 %	0 %	478474778
30	NC_020940	CTTT	2	8	9647	9654	0 %	75 %	0 %	25 %	478474778
31	NC_020940	TATT	2	8	9910	9917	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020940	TTCG	2	8	10019	10026	0 %	50 %	25 %	25 %	478474779
33	NC_020940	AATT	2	8	10124	10131	50 %	50 %	0 %	0 %	478474779
34	NC_020940	ATGG	2	8	10183	10190	25 %	25 %	50 %	0 %	478474779
35	NC_020940	CTTT	2	8	10808	10815	0 %	75 %	0 %	25 %	478474780
36	NC_020940	GCAA	2	8	11025	11032	50 %	0 %	25 %	25 %	478474780
37	NC_020940	AGCC	2	8	11255	11262	25 %	0 %	25 %	50 %	478474780
38	NC_020940	GAAA	2	8	11398	11405	75 %	0 %	25 %	0 %	478474780
39	NC_020940	AGAA	2	8	11802	11809	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020940	AATG	2	8	12141	12148	50 %	25 %	25 %	0 %	478474781
41	NC_020940	GTTT	2	8	13173	13180	0 %	75 %	25 %	0 %	478474782
42	NC_020940	ATGC	2	8	13603	13610	25 %	25 %	25 %	25 %	478474782
43	NC_020940	AAGG	2	8	14037	14044	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020940	TTGT	2	8	14638	14645	0 %	75 %	25 %	0 %	478474783
45	NC_020940	TTCT	2	8	14809	14816	0 %	75 %	0 %	25 %	478474783
46	NC_020940	ATTT	2	8	15015	15022	25 %	75 %	0 %	0 %	478474783
47	NC_020940	TTTC	2	8	15677	15684	0 %	75 %	0 %	25 %	478474784
48	NC_020940	AAAT	2	8	16159	16166	75 %	25 %	0 %	0 %	478474784
49	NC_020940	CAAA	2	8	16671	16678	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
50	NC_020940	GTAA	2	8	17001	17008	50 %	25 %	25 %	0 %	478474785
51	NC_020940	CTAA	2	8	17194	17201	50 %	25 %	0 %	25 %	478474785
52	NC_020940	AGAA	2	8	17457	17464	75 %	0 %	25 %	0 %	478474785
53	NC_020940	ATTT	2	8	17603	17610	25 %	75 %	0 %	0 %	478474785
54	NC_020940	TGCG	2	8	19125	19132	0 %	25 %	50 %	25 %	478474787
55	NC_020940	GAAG	2	8	20109	20116	50 %	0 %	50 %	0 %	478474787
56	NC_020940	TTTG	2	8	20135	20142	0 %	75 %	25 %	0 %	478474787
57	NC_020940	TGTA	2	8	20827	20834	25 %	50 %	25 %	0 %	478474788
58	NC_020940	CGCT	2	8	21867	21874	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
59	NC_020940	TTAA	2	8	21888	21895	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020940	GTTA	2	8	21925	21932	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020940	GATC	2	8	21980	21987	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
62	NC_020940	GATG	2	8	22243	22250	25 %	25 %	50 %	0 %	478474789
63	NC_020940	CATT	2	8	23302	23309	25 %	50 %	0 %	25 %	478474789
64	NC_020940	GCTT	2	8	23645	23652	0 %	50 %	25 %	25 %	478474789
65	NC_020940	GGTT	2	8	23693	23700	0 %	50 %	50 %	0 %	478474789
66	NC_020940	TTCT	2	8	24063	24070	0 %	75 %	0 %	25 %	478474789
67	NC_020940	TAAC	2	8	24165	24172	50 %	25 %	0 %	25 %	478474789
68	NC_020940	CATT	2	8	24288	24295	25 %	50 %	0 %	25 %	478474789
69	NC_020940	GGTA	2	8	24658	24665	25 %	25 %	50 %	0 %	478474789
70	NC_020940	TTCG	2	8	25798	25805	0 %	50 %	25 %	25 %	478474790
71	NC_020940	TAGG	2	8	25877	25884	25 %	25 %	50 %	0 %	478474790
72	NC_020940	TTCC	2	8	26001	26008	0 %	50 %	0 %	50 %	478474790
73	NC_020940	TAGG	2	8	26115	26122	25 %	25 %	50 %	0 %	478474790
74	NC_020940	GCTT	2	8	26887	26894	0 %	50 %	25 %	25 %	478474790
75	NC_020940	GGAA	2	8	27470	27477	50 %	0 %	50 %	0 %	478474791
76	NC_020940	TTAA	2	8	27543	27550	50 %	50 %	0 %	0 %	478474791
77	NC_020940	AAAG	2	8	27593	27600	75 %	0 %	25 %	0 %	478474791
78	NC_020940	GGGC	2	8	27873	27880	0 %	0 %	75 %	25 %	478474791
79	NC_020940	GTTT	2	8	28156	28163	0 %	75 %	25 %	0 %	478474792
80	NC_020940	CAGA	2	8	28178	28185	50 %	0 %	25 %	25 %	478474792
81	NC_020940	ATTG	2	8	28537	28544	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020940	CTTT	2	8	30150	30157	0 %	75 %	0 %	25 %	478474794
83	NC_020940	TTTG	2	8	30165	30172	0 %	75 %	25 %	0 %	478474794
84	NC_020940	TTGT	2	8	30200	30207	0 %	75 %	25 %	0 %	478474794
85	NC_020940	TGGC	2	8	30363	30370	0 %	25 %	50 %	25 %	478474794
86	NC_020940	AAAG	2	8	30923	30930	75 %	0 %	25 %	0 %	478474795
87	NC_020940	AAAC	2	8	30993	31000	75 %	0 %	0 %	25 %	478474795
88	NC_020940	GATG	2	8	31136	31143	25 %	25 %	50 %	0 %	478474795
89	NC_020940	GATA	2	8	32245	32252	50 %	25 %	25 %	0 %	478474797
90	NC_020940	TGAT	2	8	34740	34747	25 %	50 %	25 %	0 %	478474800
91	NC_020940	AAGA	3	12	34868	34879	75 %	0 %	25 %	0 %	478474800
92	NC_020940	AAGC	2	8	35088	35095	50 %	0 %	25 %	25 %	478474801
93	NC_020940	GTTC	2	8	35121	35128	0 %	50 %	25 %	25 %	478474801
94	NC_020940	GGCA	2	8	35500	35507	25 %	0 %	50 %	25 %	478474802
95	NC_020940	TCGA	2	8	35757	35764	25 %	25 %	25 %	25 %	478474802
96	NC_020940	TGCT	2	8	35910	35917	0 %	50 %	25 %	25 %	478474802
97	NC_020940	TATG	2	8	36053	36060	25 %	50 %	25 %	0 %	478474802
98	NC_020940	TTGG	2	8	36142	36149	0 %	50 %	50 %	0 %	478474802
99	NC_020940	AGAT	2	8	36862	36869	50 %	25 %	25 %	0 %	478474802
100	NC_020940	CTTT	2	8	37234	37241	0 %	75 %	0 %	25 %	478474803
101	NC_020940	ATGA	2	8	37724	37731	50 %	25 %	25 %	0 %	478474803
102	NC_020940	TAGG	2	8	37883	37890	25 %	25 %	50 %	0 %	478474803
103	NC_020940	CAAT	2	8	38067	38074	50 %	25 %	0 %	25 %	478474803
104	NC_020940	AATG	2	8	38854	38861	50 %	25 %	25 %	0 %	478474803
105	NC_020940	AGAA	2	8	39691	39698	75 %	0 %	25 %	0 %	478474804
106	NC_020940	AAGA	2	8	39743	39750	75 %	0 %	25 %	0 %	478474804
107	NC_020940	ATCC	2	8	39751	39758	25 %	25 %	0 %	50 %	478474804
108	NC_020940	TAAT	2	8	39962	39969	50 %	50 %	0 %	0 %	478474804
109	NC_020940	GTGC	2	8	42051	42058	0 %	25 %	50 %	25 %	478474806
110	NC_020940	AGAA	2	8	42470	42477	75 %	0 %	25 %	0 %	478474806
111	NC_020940	GGAT	2	8	42622	42629	25 %	25 %	50 %	0 %	478474806
112	NC_020940	AAAC	2	8	43831	43838	75 %	0 %	0 %	25 %	478474808
113	NC_020940	CAAT	2	8	44035	44042	50 %	25 %	0 %	25 %	478474808
114	NC_020940	TGTT	2	8	44415	44422	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
115	NC_020940	AATA	2	8	44653	44660	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020940	ATTT	2	8	44791	44798	25 %	75 %	0 %	0 %	478474809
117	NC_020940	GGAA	2	8	44818	44825	50 %	0 %	50 %	0 %	478474809
118	NC_020940	GCTC	2	8	45099	45106	0 %	25 %	25 %	50 %	478474809
119	NC_020940	TTCT	2	8	45241	45248	0 %	75 %	0 %	25 %	478474809
120	NC_020940	TTGA	2	8	45841	45848	25 %	50 %	25 %	0 %	478474810
121	NC_020940	TGTT	2	8	46013	46020	0 %	75 %	25 %	0 %	478474810
122	NC_020940	CTAT	2	8	46043	46050	25 %	50 %	0 %	25 %	478474810
123	NC_020940	TGTT	2	8	46072	46079	0 %	75 %	25 %	0 %	478474810
124	NC_020940	CTAT	2	8	46368	46375	25 %	50 %	0 %	25 %	478474810
125	NC_020940	AAGA	2	8	46863	46870	75 %	0 %	25 %	0 %	478474811
126	NC_020940	AAGA	2	8	46920	46927	75 %	0 %	25 %	0 %	478474811
127	NC_020940	AAAG	2	8	46960	46967	75 %	0 %	25 %	0 %	478474811
128	NC_020940	AAGA	2	8	47075	47082	75 %	0 %	25 %	0 %	478474811
129	NC_020940	ACTT	2	8	47336	47343	25 %	50 %	0 %	25 %	478474811
130	NC_020940	ATGG	2	8	47962	47969	25 %	25 %	50 %	0 %	478474811
131	NC_020940	AGGA	2	8	47993	48000	50 %	0 %	50 %	0 %	478474811
132	NC_020940	GAAC	2	8	48540	48547	50 %	0 %	25 %	25 %	478474811
133	NC_020940	AAGT	2	8	48575	48582	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020940	AACA	2	8	48784	48791	75 %	0 %	0 %	25 %	478474812
135	NC_020940	CTTT	2	8	48980	48987	0 %	75 %	0 %	25 %	478474812
136	NC_020940	CTTT	2	8	49865	49872	0 %	75 %	0 %	25 %	478474813
137	NC_020940	GTAG	2	8	49883	49890	25 %	25 %	50 %	0 %	478474813
138	NC_020940	GAAG	2	8	51311	51318	50 %	0 %	50 %	0 %	478474814
139	NC_020940	TTCA	2	8	51733	51740	25 %	50 %	0 %	25 %	478474814
140	NC_020940	TATT	2	8	52669	52676	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_020940	GGAA	2	8	52900	52907	50 %	0 %	50 %	0 %	478474816
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