MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis Ia/SotonIa3 complete genome

Total Repeats: 1190

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020940	AAG	2	6	1820	1825	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020940	TGG	2	6	1836	1841	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020940	CTT	2	6	1843	1848	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_020940	TAA	2	6	2251	2256	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020940	GCA	2	6	5655	5660	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_020940	AGA	2	6	5682	5687	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020940	CTT	2	6	6962	6967	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_020940	TTA	2	6	7754	7759	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020940	GAA	2	6	7803	7808	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020940	ATG	2	6	7838	7843	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020940	TTC	3	9	9776	9784	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_020940	ATC	2	6	9792	9797	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_020940	GAA	2	6	9830	9835	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020940	CCT	2	6	9931	9936	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
15	NC_020940	TAG	2	6	11792	11797	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020940	CTT	2	6	11842	11847	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_020940	TCA	2	6	11879	11884	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_020940	AAT	2	6	13865	13870	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020940	ACC	2	6	13876	13881	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
20	NC_020940	ATT	2	6	13973	13978	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020940	AAG	2	6	13990	13995	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020940	AAG	2	6	14049	14054	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020940	AAC	2	6	14133	14138	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_020940	CTT	2	6	15556	15561	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_020940	GTT	2	6	18229	18234	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020940	GAA	2	6	18973	18978	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020940	AAT	3	9	19037	19045	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020940	TCT	2	6	19065	19070	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_020940	CTT	3	9	20491	20499	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_020940	GAA	2	6	21016	21021	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020940	CCT	2	6	21164	21169	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
32	NC_020940	GGA	2	6	21210	21215	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020940	AGA	3	9	21250	21258	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020940	TGG	2	6	21469	21474	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020940	AAC	2	6	21508	21513	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_020940	AGC	2	6	21525	21530	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_020940	AGG	2	6	21614	21619	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020940	TGA	2	6	21726	21731	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020940	TCC	2	6	21843	21848	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
40	NC_020940	AAT	2	6	22019	22024	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020940	TTA	2	6	25172	25177	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020940	ACT	2	6	27126	27131	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_020940	TAA	2	6	28479	28484	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020940	AGA	2	6	28591	28596	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020940	CTG	2	6	33720	33725	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_020940	CTT	2	6	37076	37081	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_020940	TAA	2	6	39414	39419	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020940	AAG	2	6	39455	39460	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020940	CTC	2	6	40733	40738	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
50	NC_020940	AAG	2	6	40818	40823	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020940	ATG	2	6	42975	42980	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020940	GAG	2	6	42989	42994	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020940	ACC	2	6	43133	43138	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
54	NC_020940	GAT	2	6	43274	43279	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020940	AAG	2	6	43280	43285	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020940	GGA	2	6	43332	43337	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020940	TAA	2	6	43430	43435	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020940	AAG	2	6	44570	44575	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020940	GGA	2	6	44614	44619	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020940	ACT	2	6	44661	44666	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_020940	AAG	2	6	46512	46517	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020940	TAA	2	6	48584	48589	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020940	GAA	2	6	48601	48606	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020940	TGT	2	6	48659	48664	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020940	GGT	2	6	49261	49266	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020940	GTC	2	6	49337	49342	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_020940	AAG	2	6	49359	49364	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020940	TAT	2	6	49388	49393	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020940	AGA	2	6	50158	50163	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020940	AAG	2	6	50220	50225	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020940	TCT	2	6	50234	50239	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_020940	ACT	2	6	50275	50280	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_020940	AAT	2	6	50310	50315	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020940	TGT	2	6	50332	50337	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020940	GCC	2	6	50379	50384	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
76	NC_020940	ATT	2	6	50428	50433	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020940	CAA	2	6	50447	50452	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_020940	TAA	2	6	52005	52010	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020940	AGT	3	9	52073	52081	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020940	GAT	2	6	52618	52623	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020940	AAG	2	6	52696	52701	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020940	AAT	2	6	52723	52728	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020940	ATT	2	6	52735	52740	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020940	CTT	2	6	57921	57926	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_020940	TCC	2	6	57981	57986	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
86	NC_020940	TAA	2	6	61335	61340	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020940	AAG	2	6	61397	61402	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020940	AGG	2	6	61405	61410	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020940	ACA	2	6	69211	69216	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_020940	TTC	2	6	69718	69723	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_020940	CTT	3	9	69727	69735	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_020940	AGA	2	6	72406	72411	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020940	CGT	2	6	72454	72459	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_020940	AAG	2	6	75247	75252	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020940	ACT	2	6	75262	75267	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_020940	AGT	2	6	75298	75303	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020940	CTT	2	6	77267	77272	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_020940	GAG	3	9	79027	79035	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020940	AGG	2	6	79058	79063	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020940	ACC	2	6	79109	79114	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
101	NC_020940	TTA	2	6	79761	79766	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020940	CAT	2	6	79962	79967	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_020940	TAG	2	6	79978	79983	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020940	TTC	2	6	80012	80017	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_020940	GTT	2	6	80030	80035	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020940	GTT	2	6	80072	80077	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020940	ATT	2	6	80081	80086	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020940	AGG	2	6	80211	80216	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020940	TAG	2	6	80283	80288	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020940	GTG	2	6	85628	85633	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_020940	GTA	2	6	85652	85657	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_020940	AGC	2	6	85724	85729	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_020940	ATT	2	6	88588	88593	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020940	AAC	2	6	88679	88684	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_020940	ATT	2	6	91094	91099	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020940	GAA	2	6	91113	91118	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020940	AAG	3	9	91153	91161	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020940	AGT	2	6	92507	92512	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020940	GGA	2	6	92536	92541	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020940	GTT	2	6	93453	93458	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020940	TGA	2	6	93503	93508	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020940	AGA	2	6	93521	93526	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020940	AGC	2	6	93872	93877	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_020940	AGT	2	6	93904	93909	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020940	GAA	2	6	94018	94023	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
126	NC_020940	TGA	2	6	94029	94034	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020940	TAA	2	6	94155	94160	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_020940	TAA	2	6	94578	94583	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_020940	TAA	2	6	94651	94656	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020940	ATT	3	9	94868	94876	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020940	TTA	2	6	98237	98242	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020940	AAT	2	6	100112	100117	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_020940	GAA	2	6	100565	100570	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020940	TTA	2	6	102673	102678	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_020940	TCT	2	6	103959	103964	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_020940	TAA	3	9	107385	107393	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_020940	CTT	2	6	107429	107434	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_020940	CTC	2	6	114497	114502	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
139	NC_020940	ATT	2	6	114593	114598	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_020940	ATG	2	6	116322	116327	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
141	NC_020940	AGT	2	6	116356	116361	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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