MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis A/5291 complete genome

Total Repeats: 329

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020939	GAAGGA	2	12	1354	1365	50 %	0 %	50 %	0 %	478448617
2	NC_020939	AAAGCT	2	12	5535	5546	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478448621
3	NC_020939	CAAAAA	2	12	6846	6857	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_020939	TAGCAA	2	12	11422	11433	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478448627
5	NC_020939	AAAGCT	2	12	11553	11564	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478448627
6	NC_020939	TAGTGA	2	12	12698	12709	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478448628
7	NC_020939	GTTCCT	2	12	19983	19994	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478448634
8	NC_020939	CTTTTT	2	12	22137	22148	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478448636
9	NC_020939	GTGAGG	2	12	26067	26078	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478448637
10	NC_020939	GGATTT	2	12	36543	36554	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478448649
11	NC_020939	AATTAG	2	12	37964	37975	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478448650
12	NC_020939	TTCCTG	2	12	38263	38274	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478448650
13	NC_020939	TTTTGA	2	12	45571	45582	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478448656
14	NC_020939	TGAACG	2	12	52810	52821	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478448663
15	NC_020939	GTGATT	2	12	52829	52840	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478448663
16	NC_020939	GATCTG	2	12	55462	55473	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478448665
17	NC_020939	GGTTCA	2	12	55599	55610	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478448665
18	NC_020939	CTGGAG	2	12	56652	56663	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	478448666
19	NC_020939	GAAAAG	2	12	56846	56857	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478448666
20	NC_020939	GGTTCA	2	12	57098	57109	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478448666
21	NC_020939	CCAAGA	2	12	58100	58111	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478448667
22	NC_020939	AGTTGT	2	12	58206	58217	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478448667
23	NC_020939	TCTTGT	2	12	59127	59138	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478448667
24	NC_020939	TGAAAA	2	12	59599	59610	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478448668
25	NC_020939	TCCTAA	2	12	59938	59949	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478448668
26	NC_020939	AAAAAT	2	12	61433	61444	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020939	GTTCTT	2	12	63852	63863	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478448670
28	NC_020939	CTATTT	2	12	72174	72185	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478448678
29	NC_020939	ACTCTT	2	12	73303	73314	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478448679
30	NC_020939	TTTCTG	2	12	73853	73864	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478448680
31	NC_020939	GATCAT	2	12	73983	73994	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478448680
32	NC_020939	TAGTAC	2	12	76977	76988	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478448681
33	NC_020939	ATCTAG	2	12	77156	77167	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_020939	GGTTTA	2	12	80622	80633	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478448684
35	NC_020939	GTCTGT	2	12	83666	83677	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478448687
36	NC_020939	TTCTGA	2	12	89280	89291	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478448691
37	NC_020939	AAAAGA	2	12	94343	94354	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478448696
38	NC_020939	AGCTGT	2	12	96436	96447	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478448697
39	NC_020939	TCTTTT	2	12	97101	97112	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478448699
40	NC_020939	GGGGCT	2	12	98049	98060	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	478448699
41	NC_020939	GAACAT	2	12	99980	99991	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478448700
42	NC_020939	TTTGAG	2	12	100252	100263	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478448701
43	NC_020939	TCAGAA	2	12	106893	106904	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478448706
44	NC_020939	CATAAC	2	12	109937	109948	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478448709
45	NC_020939	TGTTCT	2	12	112701	112712	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478448711
46	NC_020939	ACTTCG	2	12	115985	115996	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478448713
47	NC_020939	TTTTAG	2	12	116420	116431	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020939	TTGCCA	2	12	119525	119536	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478448718
49	NC_020939	TAAAAA	2	12	121017	121028	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020939	TTGGTA	2	12	121065	121076	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478448720
51	NC_020939	AGGATC	2	12	121444	121455	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_020939	AAGGGT	2	12	123251	123262	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478448722
53	NC_020939	GGGTTT	2	12	124214	124225	0 %	50 %	50 %	0 %	478448723
54	NC_020939	TTGCAT	2	12	124496	124507	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478448723
55	NC_020939	AAGAGA	2	12	124865	124876	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478448723
56	NC_020939	TTAAAA	2	12	133799	133810	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478448729
57	NC_020939	AGGTTG	2	12	135041	135052	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	478448730
58	NC_020939	GAGTTA	2	12	140076	140087	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478448739
59	NC_020939	TGGAAA	2	12	142629	142640	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478448742
60	NC_020939	TGGAAT	2	12	143504	143515	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478448743
61	NC_020939	ATGGTT	2	12	143748	143759	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478448743
62	NC_020939	TGCTCT	2	12	145939	145950	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478448746
63	NC_020939	GAAAGG	2	12	149677	149688	50 %	0 %	50 %	0 %	478448748
64	NC_020939	GCTTTG	2	12	149920	149931	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478448748
65	NC_020939	TGTGCG	2	12	154043	154054	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	478448752
66	NC_020939	CCTCAT	2	12	155341	155352	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478448753
67	NC_020939	TGGAGA	2	12	156799	156810	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478448755
68	NC_020939	CTCCAT	2	12	158169	158180	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478448756
69	NC_020939	TCCTTG	2	12	158765	158776	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478448757
70	NC_020939	AAGTTT	2	12	158850	158861	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	478448757
71	NC_020939	TAAGGC	2	12	159017	159028	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478448757
72	NC_020939	AACAGC	2	12	161402	161413	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478448760
73	NC_020939	AAAAAG	2	12	173990	174001	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478448767
74	NC_020939	AGAAAA	2	12	183209	183220	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020939	ACTTCT	2	12	190324	190335	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478448782
76	NC_020939	GGATAT	2	12	190947	190958	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478448782
77	NC_020939	GAATGC	2	12	192474	192485	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478448783
78	NC_020939	ATTTGC	2	12	193961	193972	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478448786
79	NC_020939	AAACAT	2	12	195051	195062	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478448789
80	NC_020939	AGCAAC	2	12	195386	195397	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478448789
81	NC_020939	TATGAA	2	12	196979	196990	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020939	TTGCCT	2	12	198098	198109	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478448794
83	NC_020939	TCTGGA	2	12	201348	201359	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478448798
84	NC_020939	CTGGAT	2	12	216938	216949	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478448811
85	NC_020939	GAAATA	2	12	217261	217272	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478448811
86	NC_020939	TTTTAC	2	12	222988	222999	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_020939	GATGCA	2	12	224150	224161	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478448818
88	NC_020939	ACTCCA	2	12	225040	225051	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478448819
89	NC_020939	CTGCTT	2	12	225272	225283	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478448819
90	NC_020939	ATTGCT	2	12	228581	228592	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478448822
91	NC_020939	TCCTAG	2	12	228871	228882	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478448822
92	NC_020939	GCAACG	2	12	229359	229370	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478448823
93	NC_020939	CTTAGC	2	12	231992	232003	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478448825
94	NC_020939	TTCCTT	2	12	238824	238835	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478448830
95	NC_020939	TCTCCT	2	12	241705	241716	0 %	50 %	0 %	50 %	478448831
96	NC_020939	AAACCA	2	12	242280	242291	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478448832
97	NC_020939	AACCCT	2	12	256701	256712	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
98	NC_020939	TTTTTA	2	12	257497	257508	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020939	CCTGCA	2	12	257657	257668	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478448850
100	NC_020939	ACCTTT	2	12	262852	262863	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478448855
101	NC_020939	TCATAA	2	12	270699	270710	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478448862
102	NC_020939	AAGTGT	2	12	271425	271436	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478448862
103	NC_020939	AGGAGA	2	12	272598	272609	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020939	ATCTAA	2	12	274703	274714	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478448865
105	NC_020939	TGGAAT	2	12	276901	276912	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478448867
106	NC_020939	GGAACA	2	12	280788	280799	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	478448869
107	NC_020939	ATATTA	2	12	281496	281507	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020939	CACGCG	2	12	283161	283172	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	478448871
109	NC_020939	TTTCTT	2	12	283340	283351	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478448871
110	NC_020939	CTCCTA	2	12	287502	287513	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478448874
111	NC_020939	GCAATG	2	12	293621	293632	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478448880
112	NC_020939	CGACAT	2	12	294295	294306	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478448881
113	NC_020939	CCCTTA	2	12	295749	295760	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478448883
114	NC_020939	AAAATA	2	12	297847	297858	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478448885
115	NC_020939	ACCACT	2	12	300202	300213	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478448887
116	NC_020939	CATTGC	2	12	303448	303459	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478448890
117	NC_020939	CCAAAA	2	12	304627	304638	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478448891
118	NC_020939	TCTTTT	2	12	306512	306523	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478448893
119	NC_020939	CAAGAC	2	12	307603	307614	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478448894
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232	NC_020939	TTATTT	2	12	650930	650941	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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235	NC_020939	CACAGG	2	12	655240	655251	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478449214
236	NC_020939	TTCTAT	2	12	669069	669080	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478449223
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240	NC_020939	GCATCA	2	12	691283	691294	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478449245
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329	NC_020939	TAAAAT	2	12	1043977	1043988	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.