MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis A/5291 complete genome

Total Repeats: 290

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020939	GAAGGA	2	12	1354	1365	50 %	0 %	50 %	0 %	478448617
2	NC_020939	AAAGCT	2	12	5535	5546	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478448621
3	NC_020939	TAGCAA	2	12	11422	11433	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478448627
4	NC_020939	AAAGCT	2	12	11553	11564	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478448627
5	NC_020939	TAGTGA	2	12	12698	12709	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478448628
6	NC_020939	GTTCCT	2	12	19983	19994	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478448634
7	NC_020939	CTTTTT	2	12	22137	22148	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478448636
8	NC_020939	GTGAGG	2	12	26067	26078	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478448637
9	NC_020939	GGATTT	2	12	36543	36554	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478448649
10	NC_020939	AATTAG	2	12	37964	37975	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478448650
11	NC_020939	TTCCTG	2	12	38263	38274	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478448650
12	NC_020939	TTTTGA	2	12	45571	45582	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478448656
13	NC_020939	TGAACG	2	12	52810	52821	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478448663
14	NC_020939	GTGATT	2	12	52829	52840	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478448663
15	NC_020939	GATCTG	2	12	55462	55473	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478448665
16	NC_020939	GGTTCA	2	12	55599	55610	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478448665
17	NC_020939	CTGGAG	2	12	56652	56663	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	478448666
18	NC_020939	GAAAAG	2	12	56846	56857	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478448666
19	NC_020939	GGTTCA	2	12	57098	57109	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478448666
20	NC_020939	CCAAGA	2	12	58100	58111	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478448667
21	NC_020939	AGTTGT	2	12	58206	58217	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478448667
22	NC_020939	TCTTGT	2	12	59127	59138	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478448667
23	NC_020939	TGAAAA	2	12	59599	59610	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478448668
24	NC_020939	TCCTAA	2	12	59938	59949	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478448668
25	NC_020939	GTTCTT	2	12	63852	63863	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478448670
26	NC_020939	CTATTT	2	12	72174	72185	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478448678
27	NC_020939	ACTCTT	2	12	73303	73314	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478448679
28	NC_020939	TTTCTG	2	12	73853	73864	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478448680
29	NC_020939	GATCAT	2	12	73983	73994	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478448680
30	NC_020939	TAGTAC	2	12	76977	76988	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478448681
31	NC_020939	GGTTTA	2	12	80622	80633	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478448684
32	NC_020939	GTCTGT	2	12	83666	83677	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478448687
33	NC_020939	TTCTGA	2	12	89280	89291	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478448691
34	NC_020939	AAAAGA	2	12	94343	94354	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478448696
35	NC_020939	AGCTGT	2	12	96436	96447	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478448697
36	NC_020939	TCTTTT	2	12	97101	97112	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478448699
37	NC_020939	GGGGCT	2	12	98049	98060	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	478448699
38	NC_020939	GAACAT	2	12	99980	99991	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478448700
39	NC_020939	TTTGAG	2	12	100252	100263	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478448701
40	NC_020939	TCAGAA	2	12	106893	106904	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478448706
41	NC_020939	CATAAC	2	12	109937	109948	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478448709
42	NC_020939	TGTTCT	2	12	112701	112712	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478448711
43	NC_020939	ACTTCG	2	12	115985	115996	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478448713
44	NC_020939	TTGCCA	2	12	119525	119536	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478448718
45	NC_020939	TTGGTA	2	12	121065	121076	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478448720
46	NC_020939	AAGGGT	2	12	123251	123262	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478448722
47	NC_020939	GGGTTT	2	12	124214	124225	0 %	50 %	50 %	0 %	478448723
48	NC_020939	TTGCAT	2	12	124496	124507	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478448723
49	NC_020939	AAGAGA	2	12	124865	124876	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478448723
50	NC_020939	TTAAAA	2	12	133799	133810	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478448729
51	NC_020939	AGGTTG	2	12	135041	135052	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	478448730
52	NC_020939	GAGTTA	2	12	140076	140087	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478448739
53	NC_020939	TGGAAA	2	12	142629	142640	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478448742
54	NC_020939	TGGAAT	2	12	143504	143515	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478448743
55	NC_020939	ATGGTT	2	12	143748	143759	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478448743
56	NC_020939	TGCTCT	2	12	145939	145950	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478448746
57	NC_020939	GAAAGG	2	12	149677	149688	50 %	0 %	50 %	0 %	478448748
58	NC_020939	GCTTTG	2	12	149920	149931	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478448748
59	NC_020939	TGTGCG	2	12	154043	154054	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	478448752
60	NC_020939	CCTCAT	2	12	155341	155352	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478448753
61	NC_020939	TGGAGA	2	12	156799	156810	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478448755
62	NC_020939	CTCCAT	2	12	158169	158180	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478448756
63	NC_020939	TCCTTG	2	12	158765	158776	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478448757
64	NC_020939	AAGTTT	2	12	158850	158861	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	478448757
65	NC_020939	TAAGGC	2	12	159017	159028	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478448757
66	NC_020939	AACAGC	2	12	161402	161413	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478448760
67	NC_020939	AAAAAG	2	12	173990	174001	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478448767
68	NC_020939	ACTTCT	2	12	190324	190335	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478448782
69	NC_020939	GGATAT	2	12	190947	190958	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478448782
70	NC_020939	GAATGC	2	12	192474	192485	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478448783
71	NC_020939	ATTTGC	2	12	193961	193972	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478448786
72	NC_020939	AAACAT	2	12	195051	195062	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478448789
73	NC_020939	AGCAAC	2	12	195386	195397	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478448789
74	NC_020939	TTGCCT	2	12	198098	198109	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478448794
75	NC_020939	TCTGGA	2	12	201348	201359	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478448798
76	NC_020939	CTGGAT	2	12	216938	216949	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478448811
77	NC_020939	GAAATA	2	12	217261	217272	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478448811
78	NC_020939	GATGCA	2	12	224150	224161	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478448818
79	NC_020939	ACTCCA	2	12	225040	225051	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478448819
80	NC_020939	CTGCTT	2	12	225272	225283	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478448819
81	NC_020939	ATTGCT	2	12	228581	228592	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478448822
82	NC_020939	TCCTAG	2	12	228871	228882	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478448822
83	NC_020939	GCAACG	2	12	229359	229370	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478448823
84	NC_020939	CTTAGC	2	12	231992	232003	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478448825
85	NC_020939	TTCCTT	2	12	238824	238835	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478448830
86	NC_020939	TCTCCT	2	12	241705	241716	0 %	50 %	0 %	50 %	478448831
87	NC_020939	AAACCA	2	12	242280	242291	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478448832
88	NC_020939	CCTGCA	2	12	257657	257668	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478448850
89	NC_020939	ACCTTT	2	12	262852	262863	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478448855
90	NC_020939	TCATAA	2	12	270699	270710	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478448862
91	NC_020939	AAGTGT	2	12	271425	271436	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478448862
92	NC_020939	ATCTAA	2	12	274703	274714	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478448865
93	NC_020939	TGGAAT	2	12	276901	276912	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478448867
94	NC_020939	GGAACA	2	12	280788	280799	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	478448869
95	NC_020939	CACGCG	2	12	283161	283172	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	478448871
96	NC_020939	TTTCTT	2	12	283340	283351	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478448871
97	NC_020939	CTCCTA	2	12	287502	287513	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478448874
98	NC_020939	GCAATG	2	12	293621	293632	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478448880
99	NC_020939	CGACAT	2	12	294295	294306	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478448881
100	NC_020939	CCCTTA	2	12	295749	295760	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478448883
101	NC_020939	AAAATA	2	12	297847	297858	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478448885
102	NC_020939	ACCACT	2	12	300202	300213	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478448887
103	NC_020939	CATTGC	2	12	303448	303459	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478448890
104	NC_020939	CCAAAA	2	12	304627	304638	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478448891
105	NC_020939	TCTTTT	2	12	306512	306523	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478448893
106	NC_020939	CAAGAC	2	12	307603	307614	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478448894
107	NC_020939	AGCTTA	2	12	308884	308895	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478448896
108	NC_020939	CAAAGA	2	12	314256	314267	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478448901
109	NC_020939	ATGGCT	2	12	314872	314883	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478448902
110	NC_020939	TACAAA	2	12	319062	319073	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478448905
111	NC_020939	TTAATT	2	12	320741	320752	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478448907
112	NC_020939	AAAACA	2	12	324226	324237	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	478448909
113	NC_020939	CAGAAC	2	12	346193	346204	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478448928
114	NC_020939	ATTCAA	2	12	351170	351181	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478448933
115	NC_020939	TTCTTA	2	12	363147	363158	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478448941
116	NC_020939	CAGCCT	2	12	375229	375240	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478448954
117	NC_020939	AGCTGA	2	12	375279	375290	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478448954
118	NC_020939	ATGCTA	2	12	379146	379157	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478448956
119	NC_020939	CAATAG	2	12	385752	385763	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478448959
120	NC_020939	ACTGAA	2	12	385893	385904	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478448959
121	NC_020939	CTGCAC	2	12	386086	386097	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478448959
122	NC_020939	TCCATA	2	12	396444	396455	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478448968
123	NC_020939	TTAGGT	2	12	397802	397813	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478448970
124	NC_020939	AGGGAA	2	12	399128	399139	50 %	0 %	50 %	0 %	478448971
125	NC_020939	CTGAAG	2	12	399963	399974	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478448972
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128	NC_020939	CTAAAG	2	12	406257	406268	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478448977
129	NC_020939	CCTTTC	2	12	407421	407432	0 %	50 %	0 %	50 %	478448978
130	NC_020939	TTTTAA	2	12	411285	411296	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478448980
131	NC_020939	ACATGC	2	12	416958	416969	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478448988
132	NC_020939	GGCTCT	2	12	417693	417704	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478448989
133	NC_020939	ATCTTG	2	12	419287	419298	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478448990
134	NC_020939	CCCCCA	2	12	420621	420632	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	478448991
135	NC_020939	TTCCTC	2	12	424686	424697	0 %	50 %	0 %	50 %	478448995
136	NC_020939	CTCTAC	2	12	427934	427945	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478448997
137	NC_020939	ACATCA	2	12	428579	428590	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478448998
138	NC_020939	CGGAAT	2	12	428841	428852	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478448999
139	NC_020939	TGATAA	2	12	430744	430755	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478449002
140	NC_020939	AGCTAA	2	12	433118	433129	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478449005
141	NC_020939	TTCTCC	2	12	445154	445165	0 %	50 %	0 %	50 %	478449016
142	NC_020939	ATGAAG	2	12	454204	454215	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478449024
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144	NC_020939	ATCCGC	2	12	455646	455657	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478449024
145	NC_020939	CTAAAG	2	12	458064	458075	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478449025
146	NC_020939	CCAATA	2	12	463049	463060	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478449029
147	NC_020939	ATCGGC	2	12	468896	468907	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	478449037
148	NC_020939	TATTGG	2	12	469489	469500	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478449037
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151	NC_020939	CTACAA	2	12	486073	486084	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478449042
152	NC_020939	CCAATC	2	12	490541	490552	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478449046
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155	NC_020939	TGAGTA	2	12	497876	497887	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478449055
156	NC_020939	AAACTG	2	12	501323	501334	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478449060
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192	NC_020939	CTGCTC	2	12	602843	602854	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	478449167
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220	NC_020939	GAAAGA	2	12	708568	708579	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478449257
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222	NC_020939	TATCCA	2	12	723857	723868	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478449270
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227	NC_020939	GGAAGA	2	12	764669	764680	50 %	0 %	50 %	0 %	478449301
228	NC_020939	ATGCAA	2	12	766981	766992	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478449305
229	NC_020939	GAGAAA	2	12	767210	767221	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478449305
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231	NC_020939	TTTCCA	2	12	779475	779486	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478449316
232	NC_020939	ATGAAG	2	12	786087	786098	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478449319
233	NC_020939	ATTAGG	2	12	791872	791883	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478449324
234	NC_020939	TAAACC	2	12	792711	792722	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478449325
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.