MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis A/5291 complete genome

Total Repeats: 112

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020939	TATTT	2	10	7628	7637	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020939	GGTGT	2	10	13899	13908	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020939	AAAGA	2	10	33685	33694	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020939	CAAAA	2	10	43237	43246	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_020939	GAAGA	2	10	48602	48611	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020939	CTATT	2	10	50181	50190	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_020939	AATTT	2	10	54537	54546	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020939	AAAAG	2	10	69512	69521	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020939	CTTGC	2	10	72455	72464	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_020939	AAAAG	2	10	77205	77214	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020939	ATCAA	2	10	78897	78906	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_020939	CTTTC	2	10	80086	80095	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
13	NC_020939	TTTGT	2	10	85634	85643	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020939	AATAA	2	10	88633	88642	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020939	TTTAA	2	10	94169	94178	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020939	CTTTT	2	10	94704	94713	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_020939	ACAAA	2	10	98249	98258	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_020939	GCTCT	2	10	114521	114530	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_020939	TTGCA	2	10	137487	137496	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_020939	AAAAG	2	10	141957	141966	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020939	TTCTA	2	10	157744	157753	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_020939	CAAAA	2	10	162202	162211	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_020939	TTTGC	2	10	182834	182843	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_020939	AGAAA	2	10	183146	183155	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020939	CGATA	2	10	188516	188525	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_020939	CTAAG	2	10	204608	204617	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_020939	ATTTC	2	10	223132	223141	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_020939	CAATA	2	10	226255	226264	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_020939	TACAA	2	10	249969	249978	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_020939	TTTCA	2	10	266073	266082	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_020939	AAAGC	2	10	300903	300912	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_020939	TGTTT	2	10	303782	303791	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020939	TCAAT	2	10	323845	323854	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_020939	GCAAC	2	10	335789	335798	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_020939	CTTGT	2	10	335849	335858	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_020939	CCTTT	2	10	336305	336314	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
37	NC_020939	AAGGC	2	10	364060	364069	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
38	NC_020939	GCTTC	2	10	366170	366179	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
39	NC_020939	AGTAG	2	10	366247	366256	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020939	TCTCT	2	10	369824	369833	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
41	NC_020939	AACAA	2	10	370207	370216	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_020939	AAAAC	2	10	370529	370538	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_020939	AAGCG	2	10	406040	406049	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
44	NC_020939	TATCT	2	10	411568	411577	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_020939	GTATA	2	10	418283	418292	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020939	AGCAA	2	10	418319	418328	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
47	NC_020939	AAAAT	2	10	420168	420177	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020939	CTCTT	2	10	430229	430238	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
49	NC_020939	TAAAA	2	10	432772	432781	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020939	AGAAA	2	10	438446	438455	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020939	CTCTT	2	10	438485	438494	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
52	NC_020939	GAAGA	2	10	438495	438504	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020939	AAATT	2	10	438774	438783	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020939	AATTT	2	10	438795	438804	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020939	TAAAA	2	10	467006	467015	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020939	CAAAA	2	10	487449	487458	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_020939	AATCT	2	10	504791	504800	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_020939	CTTCT	2	10	505004	505013	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
59	NC_020939	TTTCT	2	10	510391	510400	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_020939	CCTTT	2	10	511399	511408	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
61	NC_020939	TAAAA	2	10	516420	516429	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020939	AGGAA	2	10	518404	518413	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020939	ATGAA	2	10	518428	518437	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020939	TTGGA	2	10	525868	525877	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020939	CAAAA	2	10	526634	526643	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_020939	TTTTC	2	10	538664	538673	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_020939	AAAAG	2	10	559918	559927	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020939	GAAAA	2	10	567102	567111	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020939	ATTTT	2	10	568540	568549	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020939	ATACT	2	10	574612	574621	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_020939	TCCCC	2	10	577405	577414	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
72	NC_020939	AAAGG	2	10	583568	583577	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020939	TTTCC	2	10	631184	631193	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
74	NC_020939	ATTAA	2	10	639136	639145	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020939	TCGTC	2	10	652034	652043	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
76	NC_020939	GCAAA	2	10	673601	673610	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_020939	TAAAA	2	10	687665	687674	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020939	TTTAT	2	10	699618	699627	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020939	TCATG	2	10	699813	699822	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_020939	AAAAC	2	10	703930	703939	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_020939	GAAAA	2	10	709279	709288	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020939	TTATT	2	10	716338	716347	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020939	GAAGA	2	10	739238	739247	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020939	AGAAT	2	10	762046	762055	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020939	AGGGG	2	10	762277	762286	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020939	ATTTT	2	10	781030	781039	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020939	AAAAG	2	10	782860	782869	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020939	AGGTA	2	10	786259	786268	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020939	TCCTT	2	10	787442	787451	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
90	NC_020939	CTCCA	2	10	787597	787606	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
91	NC_020939	TTTCT	2	10	806837	806846	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_020939	AGAAA	2	10	815369	815378	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020939	CTTTT	2	10	861459	861468	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_020939	AGAAA	2	10	865811	865820	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020939	CTTTT	2	10	883506	883515	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_020939	TAGAA	2	10	891976	891985	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020939	CTTTT	2	10	908016	908025	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_020939	TTTTA	2	10	908761	908770	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020939	AGAGC	2	10	911049	911058	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
100	NC_020939	AAGAG	2	10	930721	930730	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
101	NC_020939	GCTAG	2	10	930747	930756	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
102	NC_020939	TCGTT	2	10	939141	939150	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_020939	TTCTT	2	10	942098	942107	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_020939	CTTCA	2	10	963987	963996	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
105	NC_020939	ATGAA	2	10	969275	969284	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020939	CTAGT	2	10	970844	970853	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_020939	TAAAA	2	10	986839	986848	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020939	ATAAA	2	10	986870	986879	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020939	CGGGG	2	10	1008275	1008284	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
110	NC_020939	TAGAA	2	10	1021736	1021745	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_020939	TTTTC	2	10	1040113	1040122	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_020939	TTTTA	2	10	1043993	1044002	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.