MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis A/5291 complete genome

Total Repeats: 651

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020939	TGTGA	2	10	3875	3884	20 %	40 %	40 %	0 %	478448620
2	NC_020939	TTGAA	2	10	4231	4240	40 %	40 %	20 %	0 %	478448621
3	NC_020939	GAGAA	2	10	4525	4534	60 %	0 %	40 %	0 %	478448621
4	NC_020939	GAAAA	2	10	4962	4971	80 %	0 %	20 %	0 %	478448621
5	NC_020939	TTACA	2	10	5117	5126	40 %	40 %	0 %	20 %	478448621
6	NC_020939	GTCTT	2	10	5813	5822	0 %	60 %	20 %	20 %	478448622
7	NC_020939	TGGTA	2	10	8286	8295	20 %	40 %	40 %	0 %	478448624
8	NC_020939	CGAAA	2	10	9694	9703	60 %	0 %	20 %	20 %	478448625
9	NC_020939	GGCTG	2	10	10327	10336	0 %	20 %	60 %	20 %	478448626
10	NC_020939	CCTCT	2	10	11119	11128	0 %	40 %	0 %	60 %	478448627
11	NC_020939	AAAGG	2	10	11278	11287	60 %	0 %	40 %	0 %	478448627
12	NC_020939	AAGAA	2	10	12397	12406	80 %	0 %	20 %	0 %	478448628
13	NC_020939	AAAGA	2	10	13795	13804	80 %	0 %	20 %	0 %	478448629
14	NC_020939	GATTT	2	10	15642	15651	20 %	60 %	20 %	0 %	478448631
15	NC_020939	CGTTC	2	10	16753	16762	0 %	40 %	20 %	40 %	478448632
16	NC_020939	GCTTC	2	10	17126	17135	0 %	40 %	20 %	40 %	478448632
17	NC_020939	GAAGG	2	10	17497	17506	40 %	0 %	60 %	0 %	478448632
18	NC_020939	GTTGT	2	10	20923	20932	0 %	60 %	40 %	0 %	478448635
19	NC_020939	AAGAT	2	10	22035	22044	60 %	20 %	20 %	0 %	478448636
20	NC_020939	TTTGC	2	10	22646	22655	0 %	60 %	20 %	20 %	478448636
21	NC_020939	GGAAA	2	10	24400	24409	60 %	0 %	40 %	0 %	478448636
22	NC_020939	AGAGG	2	10	26125	26134	40 %	0 %	60 %	0 %	478448637
23	NC_020939	GGAGA	2	10	27904	27913	40 %	0 %	60 %	0 %	478448638
24	NC_020939	GGATA	2	10	27930	27939	40 %	20 %	40 %	0 %	478448638
25	NC_020939	ATCCG	2	10	28655	28664	20 %	20 %	20 %	40 %	478448640
26	NC_020939	AGGGT	2	10	29173	29182	20 %	20 %	60 %	0 %	478448640
27	NC_020939	CCTAT	2	10	30213	30222	20 %	40 %	0 %	40 %	478448641
28	NC_020939	GAAGG	2	10	31012	31021	40 %	0 %	60 %	0 %	478448642
29	NC_020939	GAGCT	2	10	32052	32061	20 %	20 %	40 %	20 %	478448643
30	NC_020939	CTATT	2	10	36725	36734	20 %	60 %	0 %	20 %	478448649
31	NC_020939	TCCTA	2	10	36772	36781	20 %	40 %	0 %	40 %	478448649
32	NC_020939	ACGAT	2	10	38688	38697	40 %	20 %	20 %	20 %	478448650
33	NC_020939	TTTGA	2	10	39053	39062	20 %	60 %	20 %	0 %	478448650
34	NC_020939	AGCAA	2	10	42704	42713	60 %	0 %	20 %	20 %	478448653
35	NC_020939	CGATG	2	10	42761	42770	20 %	20 %	40 %	20 %	478448653
36	NC_020939	TTTAT	2	10	44834	44843	20 %	80 %	0 %	0 %	478448656
37	NC_020939	CTTTC	2	10	46930	46939	0 %	60 %	0 %	40 %	478448658
38	NC_020939	AGTTT	2	10	47469	47478	20 %	60 %	20 %	0 %	478448658
39	NC_020939	CTTTT	2	10	50632	50641	0 %	80 %	0 %	20 %	478448661
40	NC_020939	CCGTA	2	10	54297	54306	20 %	20 %	20 %	40 %	478448664
41	NC_020939	TTATC	2	10	55700	55709	20 %	60 %	0 %	20 %	478448665
42	NC_020939	TGAGT	2	10	55721	55730	20 %	40 %	40 %	0 %	478448665
43	NC_020939	GTTGT	2	10	56756	56765	0 %	60 %	40 %	0 %	478448666
44	NC_020939	GAGCA	2	10	60284	60293	40 %	0 %	40 %	20 %	478448668
45	NC_020939	TGTGA	2	10	62733	62742	20 %	40 %	40 %	0 %	478448670
46	NC_020939	AGTGA	2	10	64254	64263	40 %	20 %	40 %	0 %	478448671
47	NC_020939	CCTTC	2	10	64528	64537	0 %	40 %	0 %	60 %	478448671
48	NC_020939	AGGAG	2	10	66756	66765	40 %	0 %	60 %	0 %	478448673
49	NC_020939	GTTAA	2	10	66886	66895	40 %	40 %	20 %	0 %	478448673
50	NC_020939	CAAGC	2	10	69264	69273	40 %	0 %	20 %	40 %	478448676
51	NC_020939	GGAGC	2	10	70134	70143	20 %	0 %	60 %	20 %	478448677
52	NC_020939	GCGAT	2	10	70324	70333	20 %	20 %	40 %	20 %	478448677
53	NC_020939	CTCTT	2	10	70678	70687	0 %	60 %	0 %	40 %	478448677
54	NC_020939	AGGGG	2	10	71324	71333	20 %	0 %	80 %	0 %	478448677
55	NC_020939	AAGAA	2	10	71366	71375	80 %	0 %	20 %	0 %	478448677
56	NC_020939	ATTGG	2	10	72656	72665	20 %	40 %	40 %	0 %	478448679
57	NC_020939	GAAAA	2	10	73728	73737	80 %	0 %	20 %	0 %	478448679
58	NC_020939	TATTT	2	10	76672	76681	20 %	80 %	0 %	0 %	478448681
59	NC_020939	TGTCT	2	10	80459	80468	0 %	60 %	20 %	20 %	478448684
60	NC_020939	TTACT	2	10	80966	80975	20 %	60 %	0 %	20 %	478448684
61	NC_020939	AGAAA	2	10	82356	82365	80 %	0 %	20 %	0 %	478448686
62	NC_020939	GGAAG	2	10	82869	82878	40 %	0 %	60 %	0 %	478448686
63	NC_020939	GATCC	2	10	86420	86429	20 %	20 %	20 %	40 %	478448689
64	NC_020939	AGAGC	2	10	87755	87764	40 %	0 %	40 %	20 %	478448690
65	NC_020939	TTTTC	2	10	91487	91496	0 %	80 %	0 %	20 %	478448693
66	NC_020939	GGATG	2	10	91747	91756	20 %	20 %	60 %	0 %	478448694
67	NC_020939	CAACA	2	10	93286	93295	60 %	0 %	0 %	40 %	478448695
68	NC_020939	ACAGC	2	10	94330	94339	40 %	0 %	20 %	40 %	478448696
69	NC_020939	GGAAC	2	10	95042	95051	40 %	0 %	40 %	20 %	478448697
70	NC_020939	GGATT	2	10	95942	95951	20 %	40 %	40 %	0 %	478448697
71	NC_020939	CAATC	2	10	97044	97053	40 %	20 %	0 %	40 %	478448699
72	NC_020939	TTTGC	2	10	97178	97187	0 %	60 %	20 %	20 %	478448699
73	NC_020939	ATTCA	2	10	97442	97451	40 %	40 %	0 %	20 %	478448699
74	NC_020939	GATCC	2	10	97701	97710	20 %	20 %	20 %	40 %	478448699
75	NC_020939	GTTTT	2	10	98122	98131	0 %	80 %	20 %	0 %	478448699
76	NC_020939	AAGCT	2	10	99325	99334	40 %	20 %	20 %	20 %	478448700
77	NC_020939	AGGGG	2	10	99684	99693	20 %	0 %	80 %	0 %	478448700
78	NC_020939	ATAGC	2	10	100382	100391	40 %	20 %	20 %	20 %	478448701
79	NC_020939	TTCCC	2	10	100986	100995	0 %	40 %	0 %	60 %	478448702
80	NC_020939	AGCGA	2	10	103310	103319	40 %	0 %	40 %	20 %	478448704
81	NC_020939	TTTCT	2	10	103668	103677	0 %	80 %	0 %	20 %	478448704
82	NC_020939	CTTCT	2	10	103722	103731	0 %	60 %	0 %	40 %	478448704
83	NC_020939	ACAGG	2	10	104071	104080	40 %	0 %	40 %	20 %	478448705
84	NC_020939	ATCAT	2	10	104874	104883	40 %	40 %	0 %	20 %	478448705
85	NC_020939	GGCAT	2	10	105582	105591	20 %	20 %	40 %	20 %	478448705
86	NC_020939	AAAGC	2	10	109308	109317	60 %	0 %	20 %	20 %	478448708
87	NC_020939	GCATT	2	10	110468	110477	20 %	40 %	20 %	20 %	478448710
88	NC_020939	TGTTT	2	10	115145	115154	0 %	80 %	20 %	0 %	478448713
89	NC_020939	CATGT	2	10	115523	115532	20 %	40 %	20 %	20 %	478448713
90	NC_020939	TATCG	2	10	116227	116236	20 %	40 %	20 %	20 %	478448713
91	NC_020939	TTTCT	2	10	116743	116752	0 %	80 %	0 %	20 %	478448714
92	NC_020939	AAAGA	2	10	118989	118998	80 %	0 %	20 %	0 %	478448717
93	NC_020939	GCTTC	2	10	122979	122988	0 %	40 %	20 %	40 %	478448721
94	NC_020939	TACAA	2	10	126768	126777	60 %	20 %	0 %	20 %	478448725
95	NC_020939	ATCCA	2	10	129173	129182	40 %	20 %	0 %	40 %	478448728
96	NC_020939	GAAGA	2	10	130723	130732	60 %	0 %	40 %	0 %	478448728
97	NC_020939	AAAAG	2	10	132636	132645	80 %	0 %	20 %	0 %	478448729
98	NC_020939	GATTC	2	10	132967	132976	20 %	40 %	20 %	20 %	478448729
99	NC_020939	GGATA	2	10	135573	135582	40 %	20 %	40 %	0 %	478448731
100	NC_020939	ATTGG	2	10	136238	136247	20 %	40 %	40 %	0 %	478448732
101	NC_020939	ATTGT	2	10	136271	136280	20 %	60 %	20 %	0 %	478448732
102	NC_020939	TGTTT	2	10	136697	136706	0 %	80 %	20 %	0 %	478448733
103	NC_020939	TCCAG	2	10	140441	140450	20 %	20 %	20 %	40 %	478448739
104	NC_020939	GTACA	2	10	141172	141181	40 %	20 %	20 %	20 %	478448740
105	NC_020939	TAGAT	2	10	141545	141554	40 %	40 %	20 %	0 %	478448740
106	NC_020939	AAAAC	2	10	142437	142446	80 %	0 %	0 %	20 %	478448741
107	NC_020939	TGCTA	2	10	143523	143532	20 %	40 %	20 %	20 %	478448743
108	NC_020939	GGAGC	2	10	143570	143579	20 %	0 %	60 %	20 %	478448743
109	NC_020939	CTGGG	2	10	144984	144993	0 %	20 %	60 %	20 %	478448745
110	NC_020939	GTTTT	2	10	145731	145740	0 %	80 %	20 %	0 %	478448746
111	NC_020939	GAACC	2	10	149465	149474	40 %	0 %	20 %	40 %	478448747
112	NC_020939	ATTCT	2	10	152962	152971	20 %	60 %	0 %	20 %	478448751
113	NC_020939	CTGTG	2	10	153166	153175	0 %	40 %	40 %	20 %	478448751
114	NC_020939	TTCTT	2	10	155639	155648	0 %	80 %	0 %	20 %	478448754
115	NC_020939	AGGAA	2	10	160199	160208	60 %	0 %	40 %	0 %	478448758
116	NC_020939	AGAGA	2	10	163430	163439	60 %	0 %	40 %	0 %	478448761
117	NC_020939	AGCAA	2	10	163865	163874	60 %	0 %	20 %	20 %	478448761
118	NC_020939	CAAAA	2	10	167365	167374	80 %	0 %	0 %	20 %	478448763
119	NC_020939	AAGAG	2	10	168198	168207	60 %	0 %	40 %	0 %	478448763
120	NC_020939	GATTG	2	10	168543	168552	20 %	40 %	40 %	0 %	478448763
121	NC_020939	GTTTT	2	10	175026	175035	0 %	80 %	20 %	0 %	478448767
122	NC_020939	TATTG	2	10	175049	175058	20 %	60 %	20 %	0 %	478448767
123	NC_020939	CAGCA	2	10	175408	175417	40 %	0 %	20 %	40 %	478448767
124	NC_020939	TAGGA	2	10	175713	175722	40 %	20 %	40 %	0 %	478448768
125	NC_020939	TGATT	2	10	177640	177649	20 %	60 %	20 %	0 %	478448769
126	NC_020939	TTTTC	2	10	178320	178329	0 %	80 %	0 %	20 %	478448769
127	NC_020939	GGAAT	2	10	179880	179889	40 %	20 %	40 %	0 %	478448770
128	NC_020939	AGAGT	2	10	181268	181277	40 %	20 %	40 %	0 %	478448771
129	NC_020939	TTGAA	2	10	181958	181967	40 %	40 %	20 %	0 %	478448772
130	NC_020939	TTGAG	2	10	183529	183538	20 %	40 %	40 %	0 %	478448774
131	NC_020939	GAATG	2	10	183554	183563	40 %	20 %	40 %	0 %	478448774
132	NC_020939	ACGAT	2	10	187710	187719	40 %	20 %	20 %	20 %	478448779
133	NC_020939	GGATC	2	10	190815	190824	20 %	20 %	40 %	20 %	478448782
134	NC_020939	GCAAG	2	10	191177	191186	40 %	0 %	40 %	20 %	478448783
135	NC_020939	CCATG	2	10	191444	191453	20 %	20 %	20 %	40 %	478448783
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