MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis A/5291 complete genome

Total Repeats: 339

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020939	AAGG	2	8	1903	1910	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020939	GGAG	2	8	6900	6907	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020939	TATG	2	8	7549	7556	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020939	ATTT	2	8	7690	7697	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020939	TTTG	2	8	7782	7789	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020939	TATT	2	8	9904	9911	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020939	AGAA	2	8	11796	11803	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020939	AAGG	2	8	14031	14038	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020939	CAAA	2	8	16665	16672	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_020939	CGCT	2	8	21861	21868	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
11	NC_020939	TTAA	2	8	21882	21889	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020939	GTTA	2	8	21919	21926	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020939	GATC	2	8	21974	21981	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NC_020939	ATTG	2	8	28531	28538	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020939	TGTT	2	8	44408	44415	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020939	AATA	2	8	44647	44654	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020939	AAGT	2	8	48569	48576	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020939	TATT	2	8	52661	52668	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020939	GTTT	2	8	54521	54528	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020939	TGTT	2	8	54529	54536	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020939	TAAT	2	8	54573	54580	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020939	CAGA	2	8	61256	61263	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NC_020939	ACAA	2	8	67900	67907	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
24	NC_020939	AAGG	2	8	67998	68005	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020939	TCCA	2	8	68748	68755	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
26	NC_020939	GATA	2	8	72479	72486	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020939	TCTA	2	8	77138	77145	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
28	NC_020939	ATTC	2	8	80110	80117	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_020939	GGTT	2	8	80260	80267	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020939	GTTT	2	8	88566	88573	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020939	TTTA	2	8	88589	88596	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020939	GTTT	2	8	88601	88608	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020939	GTTT	2	8	88652	88659	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020939	AACA	2	8	88665	88672	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_020939	GAAT	2	8	90919	90926	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020939	AAGT	2	8	90951	90958	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020939	AAAT	2	8	94196	94203	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020939	CATT	2	8	94843	94850	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_020939	TATT	2	8	98226	98233	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020939	AAGA	2	8	107212	107219	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020939	CTGG	2	8	120913	120920	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
42	NC_020939	TTCC	2	8	123036	123043	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
43	NC_020939	GTTT	2	8	135412	135419	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020939	ATCT	2	8	152116	152123	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
45	NC_020939	GCTG	2	8	152155	152162	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
46	NC_020939	TGTT	2	8	157731	157738	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020939	AAAG	2	8	158574	158581	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020939	TTTA	2	8	158583	158590	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020939	TAAT	2	8	158700	158707	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020939	TAAT	2	8	159536	159543	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020939	GCTT	2	8	162172	162179	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
52	NC_020939	CTTC	2	8	166243	166250	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
53	NC_020939	TTAG	2	8	170652	170659	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020939	AAAC	2	8	172399	172406	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_020939	GTAT	2	8	173581	173588	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020939	GGAA	2	8	178767	178774	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020939	TTCC	2	8	181602	181609	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
58	NC_020939	TCTA	2	8	181670	181677	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
59	NC_020939	AATT	2	8	181804	181811	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020939	AAGA	2	8	183167	183174	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020939	AAAC	2	8	188598	188605	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
62	NC_020939	GGAC	2	8	188957	188964	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
63	NC_020939	ATGC	2	8	194737	194744	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
64	NC_020939	CTTT	2	8	194878	194885	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_020939	ATTT	2	8	198325	198332	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020939	ACGA	2	8	204442	204449	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
67	NC_020939	CCTT	2	8	217862	217869	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
68	NC_020939	CTAT	2	8	221586	221593	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
69	NC_020939	GCAA	2	8	221829	221836	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_020939	AATT	2	8	223165	223172	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020939	CTTG	2	8	223514	223521	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
72	NC_020939	AAAC	2	8	227244	227251	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_020939	TCCT	2	8	229869	229876	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_020939	AAAT	2	8	245486	245493	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020939	AAGA	2	8	245505	245512	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020939	TTTC	2	8	248106	248113	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_020939	TAAA	2	8	248940	248947	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020939	AATA	2	8	252599	252606	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020939	CCAA	2	8	256177	256184	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
80	NC_020939	AAAC	2	8	256775	256782	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_020939	TAAA	2	8	266183	266190	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020939	CAAA	2	8	269118	269125	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_020939	ATTT	2	8	275631	275638	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020939	GTTT	2	8	281473	281480	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020939	AAAG	2	8	281508	281515	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020939	TGCC	2	8	281996	282003	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
87	NC_020939	GGGA	2	8	285844	285851	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020939	TAAA	2	8	286986	286993	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020939	GATA	2	8	288647	288654	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020939	AATC	2	8	293772	293779	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
91	NC_020939	ACAA	2	8	299540	299547	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
92	NC_020939	GCTT	2	8	300870	300877	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
93	NC_020939	CCCT	2	8	301437	301444	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
94	NC_020939	ACTA	2	8	303686	303693	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_020939	TAAA	2	8	303909	303916	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020939	TCCA	2	8	307068	307075	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
97	NC_020939	TCCC	2	8	307270	307277	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
98	NC_020939	ATTG	2	8	308455	308462	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020939	AATA	2	8	319831	319838	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020939	TAAA	2	8	319852	319859	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_020939	CAGA	2	8	319860	319867	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
102	NC_020939	AATA	2	8	319927	319934	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020939	CAAT	2	8	329532	329539	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
104	NC_020939	GCTA	2	8	330222	330229	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
105	NC_020939	TTAA	2	8	335565	335572	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020939	CAGT	2	8	335911	335918	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
107	NC_020939	CAAG	2	8	342097	342104	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_020939	TTTA	2	8	365604	365611	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020939	CAAA	2	8	365898	365905	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
110	NC_020939	TAGT	2	8	366208	366215	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
111	NC_020939	TATG	2	8	369594	369601	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_020939	GCTT	2	8	370266	370273	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_020939	TAAA	2	8	370544	370551	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020939	AAAT	2	8	371464	371471	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_020939	CCTT	2	8	371486	371493	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
116	NC_020939	ATCT	2	8	371519	371526	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
117	NC_020939	TAAA	2	8	383298	383305	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020939	TTTA	2	8	393265	393272	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020939	GATT	2	8	394024	394031	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020939	AATT	2	8	394073	394080	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020939	ATAA	2	8	394133	394140	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020939	TTAT	2	8	397466	397473	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020939	GCAA	2	8	397519	397526	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
124	NC_020939	TCAT	2	8	406805	406812	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
125	NC_020939	CAAA	2	8	408941	408948	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
126	NC_020939	ATTT	2	8	418354	418361	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020939	AGAA	2	8	418364	418371	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
128	NC_020939	ATTA	2	8	420153	420160	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_020939	TTCT	2	8	430208	430215	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
130	NC_020939	AACT	2	8	432440	432447	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
131	NC_020939	CAAA	2	8	432788	432795	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
132	NC_020939	ACTC	2	8	437479	437486	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
133	NC_020939	AAAC	2	8	442511	442518	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
134	NC_020939	AAAT	2	8	442653	442660	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_020939	TAAC	2	8	445219	445226	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_020939	AATT	2	8	450083	450090	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_020939	AAAC	2	8	450096	450103	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_020939	CTTC	2	8	450238	450245	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
139	NC_020939	TTTA	2	8	455823	455830	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_020939	TTCT	2	8	455901	455908	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
141	NC_020939	TAAT	2	8	455915	455922	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_020939	GCAA	2	8	459569	459576	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
143	NC_020939	CTTT	2	8	467118	467125	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
144	NC_020939	TTCT	2	8	468559	468566	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_020939	CAAA	2	8	468584	468591	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
146	NC_020939	AGAA	2	8	487650	487657	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
147	NC_020939	AACA	2	8	491247	491254	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
148	NC_020939	TAAA	2	8	491310	491317	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_020939	ATTT	2	8	504838	504845	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_020939	TATT	2	8	505754	505761	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_020939	TTTG	2	8	510848	510855	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
152	NC_020939	TAAT	2	8	510961	510968	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.