MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/795 complete genome

Total Repeats: 317

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020938	GAAGGA	2	12	1357	1368	50 %	0 %	50 %	0 %	478469370
2	NC_020938	AAAGCT	2	12	5538	5549	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478469374
3	NC_020938	CAAAAA	2	12	6849	6860	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_020938	TAGCAA	2	12	11428	11439	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478469380
5	NC_020938	AAAGCT	2	12	11559	11570	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478469380
6	NC_020938	TAGTGA	2	12	12705	12716	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478469381
7	NC_020938	ATATAC	2	12	16572	16583	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478469384
8	NC_020938	GTTCCT	2	12	19990	20001	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478469387
9	NC_020938	CTTTTT	2	12	22144	22155	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478469389
10	NC_020938	GTGAGG	2	12	26074	26085	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478469390
11	NC_020938	GGATTT	2	12	36551	36562	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478469402
12	NC_020938	AATTAG	2	12	37971	37982	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478469403
13	NC_020938	TTCCTG	2	12	38270	38281	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478469403
14	NC_020938	TTTTGA	2	12	45507	45518	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478469409
15	NC_020938	TGAACG	2	12	52917	52928	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478469416
16	NC_020938	GTGATT	2	12	52936	52947	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478469416
17	NC_020938	GGTTCA	2	12	55706	55717	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478469418
18	NC_020938	GAAAAG	2	12	56962	56973	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478469419
19	NC_020938	AGTTGT	2	12	58167	58178	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478469420
20	NC_020938	TCTTGT	2	12	59076	59087	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478469420
21	NC_020938	TCCTAA	2	12	59889	59900	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478469421
22	NC_020938	AAAAAT	2	12	61384	61395	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020938	GTTCTT	2	12	63803	63814	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478469423
24	NC_020938	CTATTT	2	12	72113	72124	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478469430
25	NC_020938	ACTCTT	2	12	73242	73253	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478469431
26	NC_020938	TTTCTG	2	12	73792	73803	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478469432
27	NC_020938	GATCAT	2	12	73922	73933	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478469432
28	NC_020938	TAGTAC	2	12	76916	76927	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478469433
29	NC_020938	ATCTAG	2	12	77095	77106	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_020938	GGTTTA	2	12	80569	80580	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478469436
31	NC_020938	GTCTGT	2	12	83613	83624	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478469439
32	NC_020938	TTCTGA	2	12	89227	89238	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478469443
33	NC_020938	AAAAGA	2	12	94291	94302	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478469448
34	NC_020938	AGCTGT	2	12	96384	96395	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478469449
35	NC_020938	TCTTTT	2	12	97049	97060	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478469451
36	NC_020938	GGGGCT	2	12	97997	98008	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	478469451
37	NC_020938	TTTGAG	2	12	100197	100208	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478469453
38	NC_020938	TCAGAA	2	12	106838	106849	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478469458
39	NC_020938	CATAAC	2	12	109882	109893	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478469461
40	NC_020938	TGTTCT	2	12	112649	112660	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478469463
41	NC_020938	ACTTCG	2	12	115942	115953	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478469465
42	NC_020938	TTTTAG	2	12	116377	116388	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020938	TTGCCA	2	12	119483	119494	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478469470
44	NC_020938	TAAAAA	2	12	121049	121060	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020938	TTGGTA	2	12	121097	121108	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478469472
46	NC_020938	AGGATC	2	12	121476	121487	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478469472
47	NC_020938	AAGGGT	2	12	123283	123294	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478469473
48	NC_020938	GGGTTT	2	12	124246	124257	0 %	50 %	50 %	0 %	478469474
49	NC_020938	TTGCAT	2	12	124528	124539	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478469474
50	NC_020938	AAGAGA	2	12	124897	124908	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478469474
51	NC_020938	TTAAAA	2	12	133832	133843	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478469481
52	NC_020938	AGGTTG	2	12	135074	135085	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	478469482
53	NC_020938	GAGTTA	2	12	140122	140133	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478469491
54	NC_020938	TGGAAA	2	12	142675	142686	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478469494
55	NC_020938	TGGAAT	2	12	143550	143561	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478469495
56	NC_020938	ATGGTT	2	12	143794	143805	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478469495
57	NC_020938	TGCTCT	2	12	145986	145997	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478469498
58	NC_020938	GAAAGG	2	12	149724	149735	50 %	0 %	50 %	0 %	478469500
59	NC_020938	GCTTTG	2	12	149967	149978	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478469500
60	NC_020938	TGTGCG	2	12	154090	154101	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	478469504
61	NC_020938	CCTCAT	2	12	155388	155399	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478469505
62	NC_020938	TGGAGA	2	12	156846	156857	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478469507
63	NC_020938	CTCCAT	2	12	158215	158226	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478469508
64	NC_020938	TCCTTG	2	12	158811	158822	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478469509
65	NC_020938	AACAGC	2	12	161448	161459	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478469512
66	NC_020938	TAAAAA	2	12	173877	173888	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478469518
67	NC_020938	AAAAAG	2	12	174044	174055	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478469519
68	NC_020938	AGAAAA	2	12	183252	183263	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020938	ATTTGC	2	12	189166	189177	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478469533
70	NC_020938	AAACAT	2	12	190260	190271	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478469535
71	NC_020938	AGCAAC	2	12	190595	190606	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478469535
72	NC_020938	TATGAA	3	18	192189	192206	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020938	TCTGGA	2	12	195866	195877	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478469541
74	NC_020938	CTGGAT	2	12	211457	211468	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478469554
75	NC_020938	GAAATA	2	12	211780	211791	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478469554
76	NC_020938	TTTTAC	2	12	217510	217521	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_020938	GATGCA	2	12	218673	218684	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478469561
78	NC_020938	ACTCCA	2	12	219563	219574	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478469562
79	NC_020938	CTGCTT	2	12	219795	219806	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478469562
80	NC_020938	ATTGCT	2	12	223104	223115	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478469565
81	NC_020938	TCCTAG	2	12	223394	223405	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478469565
82	NC_020938	GCAACG	2	12	223882	223893	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478469566
83	NC_020938	CTTAGC	2	12	226514	226525	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478469568
84	NC_020938	TTCCTT	2	12	233346	233357	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478469573
85	NC_020938	TCTCCT	2	12	236227	236238	0 %	50 %	0 %	50 %	478469574
86	NC_020938	TTTTTA	2	12	252042	252053	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020938	CCTGCA	2	12	252202	252213	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478469593
88	NC_020938	ACCTTT	2	12	257397	257408	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478469598
89	NC_020938	TCATAA	2	12	265243	265254	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478469605
90	NC_020938	AAGTGT	2	12	265969	265980	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478469605
91	NC_020938	AGGAGA	2	12	267142	267153	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020938	ATCTAA	2	12	269245	269256	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478469608
93	NC_020938	TGGAAT	2	12	271443	271454	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478469610
94	NC_020938	GGAACA	2	12	275330	275341	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	478469612
95	NC_020938	ATATTA	2	12	276038	276049	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020938	CACGCG	2	12	277703	277714	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	478469614
97	NC_020938	TTTCTT	2	12	277882	277893	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478469614
98	NC_020938	CTCCTA	2	12	282044	282055	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478469617
99	NC_020938	GCAATG	2	12	288163	288174	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478469623
100	NC_020938	CGACAT	2	12	288836	288847	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478469624
101	NC_020938	CCCTTA	2	12	290290	290301	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478469626
102	NC_020938	AAAATA	2	12	292388	292399	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478469628
103	NC_020938	ACCACT	2	12	294743	294754	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478469630
104	NC_020938	CATTGC	2	12	297989	298000	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478469633
105	NC_020938	CCAAAA	2	12	299168	299179	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478469634
106	NC_020938	TCTTTT	2	12	301053	301064	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478469636
107	NC_020938	CAAGAC	2	12	302144	302155	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478469637
108	NC_020938	AGCTTA	2	12	303424	303435	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478469639
109	NC_020938	CAAAGA	2	12	308809	308820	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478469644
110	NC_020938	ATGGCT	2	12	309425	309436	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478469645
111	NC_020938	TACAAA	2	12	313615	313626	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478469648
112	NC_020938	TTAATT	2	12	315294	315305	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478469650
113	NC_020938	AAAACA	2	12	318779	318790	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	478469652
114	NC_020938	AAAAAG	2	12	320208	320219	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_020938	CAGGAC	2	12	340754	340765	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478469671
116	NC_020938	ATTCAA	2	12	345731	345742	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478469676
117	NC_020938	AGACCG	2	12	345805	345816	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478469676
118	NC_020938	AGAATA	2	12	357688	357699	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020938	TTCTTA	2	12	357708	357719	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478469684
120	NC_020938	CAGCCT	2	12	369785	369796	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478469697
121	NC_020938	ATGCTA	2	12	373702	373713	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478469699
122	NC_020938	CAATAG	2	12	380308	380319	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478469702
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128	NC_020938	CTGAAG	2	12	394513	394524	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478469715
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133	NC_020938	TTTTAA	2	12	405846	405857	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478469723
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139	NC_020938	CTCTAC	2	12	422505	422516	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478469740
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141	NC_020938	CGGAAT	2	12	423412	423423	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478469742
142	NC_020938	TGATAA	2	12	425317	425328	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478469743
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144	NC_020938	TTCTCC	2	12	439726	439737	0 %	50 %	0 %	50 %	478469757
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149	NC_020938	CCAATA	2	12	457622	457633	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478469770
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161	NC_020938	AAGAAA	2	12	499397	499408	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
162	NC_020938	GGTAAT	2	12	504199	504210	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478469808
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230	NC_020938	CAAAGT	2	12	713713	713724	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478470005
231	NC_020938	TATCCA	2	12	718348	718359	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478470010
232	NC_020938	TATTGA	2	12	734240	734251	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	478470019
233	NC_020938	TCTGCA	2	12	741897	741908	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
234	NC_020938	TGTGAT	2	12	742539	742550	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478470026
235	NC_020938	TATTTT	2	12	751374	751385	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
236	NC_020938	GGGAAG	2	12	755496	755507	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478470039
237	NC_020938	GGAAGA	2	12	759161	759172	50 %	0 %	50 %	0 %	478470041
238	NC_020938	ATGCAA	2	12	761473	761484	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478470045
239	NC_020938	GAGAAA	2	12	761702	761713	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478470045
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250	NC_020938	GAAATT	2	12	800187	800198	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478470077
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.