MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/795 complete genome

Total Repeats: 109

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020938	TATTT	2	10	7631	7640	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020938	GGTGT	2	10	13906	13915	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020938	AAAGA	2	10	33692	33701	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020938	TGCAA	2	10	42925	42934	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_020938	GAAGA	2	10	48538	48547	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020938	CTATT	2	10	50119	50128	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_020938	AATTT	2	10	54644	54653	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020938	AAAAG	2	10	69451	69460	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020938	CTTGC	2	10	72394	72403	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_020938	AAAAG	2	10	77144	77153	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020938	ATCAA	2	10	78842	78851	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_020938	TTTGT	2	10	85581	85590	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020938	AATAA	2	10	88580	88589	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020938	CTTTT	2	10	94652	94661	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_020938	ACAAA	2	10	98198	98207	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_020938	GCTCT	2	10	114478	114487	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_020938	TTGCA	2	10	137530	137539	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_020938	AAGAG	2	10	138782	138791	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020938	AAAAG	2	10	142003	142012	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020938	CAAAA	2	10	162257	162266	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_020938	AGAAA	2	10	183189	183198	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020938	CGATA	2	10	188434	188443	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_020938	CTAAG	2	10	199127	199136	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_020938	ATTTC	2	10	217655	217664	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_020938	CAATA	2	10	220778	220787	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_020938	TACAA	2	10	244489	244498	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_020938	TTTCA	2	10	260618	260627	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_020938	AAAGC	2	10	295444	295453	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_020938	TGTTT	2	10	298323	298332	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020938	GCAAC	2	10	330348	330357	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
31	NC_020938	CTTGT	2	10	330408	330417	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_020938	CCTTT	2	10	330867	330876	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
33	NC_020938	AAGGC	2	10	358621	358630	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_020938	GCTTC	2	10	360730	360739	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_020938	AGTAG	2	10	360807	360816	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020938	TCTCT	2	10	364379	364388	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
37	NC_020938	AACAA	2	10	364762	364771	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_020938	AAAAC	2	10	365086	365095	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_020938	AAGCG	2	10	400601	400610	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_020938	TATCT	2	10	406129	406138	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_020938	GTATA	2	10	412848	412857	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020938	AGCAA	2	10	412884	412893	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
43	NC_020938	AAAAT	2	10	414733	414742	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020938	CTCTT	2	10	424802	424811	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
45	NC_020938	TAAAA	2	10	427344	427353	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020938	AGAAA	2	10	433018	433027	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020938	CTCTT	2	10	433057	433066	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
48	NC_020938	GAAGA	2	10	433067	433076	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020938	AAATT	2	10	433346	433355	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020938	AATTT	2	10	433367	433376	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020938	TAAAA	2	10	461579	461588	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020938	CAAAA	2	10	481986	481995	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_020938	AATCT	2	10	499329	499338	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_020938	CTTCT	2	10	499542	499551	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
55	NC_020938	TTTCT	2	10	504929	504938	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_020938	CCTTT	2	10	505938	505947	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
57	NC_020938	TAAAA	2	10	510953	510962	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020938	AGGAA	2	10	512937	512946	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020938	ATGAA	2	10	512960	512969	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020938	TCCTC	2	10	514059	514068	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
61	NC_020938	TTGGA	2	10	520400	520409	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020938	CAAAA	2	10	521166	521175	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_020938	TTTTC	2	10	533182	533191	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_020938	AAAAG	2	10	554449	554458	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020938	GAAAA	2	10	561631	561640	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020938	ATTTT	2	10	563068	563077	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020938	ATACT	2	10	569141	569150	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_020938	TCCCC	2	10	571934	571943	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
69	NC_020938	AAAGG	2	10	578097	578106	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020938	TTTCC	2	10	625714	625723	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
71	NC_020938	TTATT	2	10	645443	645452	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020938	TCGTC	2	10	646546	646555	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
73	NC_020938	AGAAA	2	10	679111	679120	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020938	TTTAT	2	10	694108	694117	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020938	TCATG	2	10	694303	694312	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_020938	AAAAC	2	10	698415	698424	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_020938	GAAAA	2	10	703765	703774	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020938	TTATT	2	10	710827	710836	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020938	GAAGA	2	10	733729	733738	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020938	TTTCT	2	10	743240	743249	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_020938	AGAAT	2	10	756538	756547	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020938	AGGGG	2	10	756769	756778	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020938	AAAAG	2	10	777352	777361	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020938	AGGTA	2	10	780751	780760	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020938	TCCTT	2	10	781934	781943	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
86	NC_020938	CTCCA	2	10	782088	782097	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
87	NC_020938	TTTCT	2	10	801348	801357	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_020938	AGAAA	2	10	809880	809889	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020938	AAGAG	2	10	821720	821729	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020938	CTTTT	2	10	856056	856065	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_020938	AGAAA	2	10	860407	860416	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020938	CTTTT	2	10	878100	878109	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_020938	TAGAA	2	10	886569	886578	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020938	CTTTT	2	10	902603	902612	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_020938	TTTTA	2	10	903348	903357	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020938	AGAGC	2	10	905636	905645	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
97	NC_020938	AAGAG	2	10	925306	925315	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020938	GCTAG	2	10	925332	925341	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
99	NC_020938	TCGTT	2	10	933718	933727	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_020938	TTCTT	2	10	936675	936684	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_020938	GCCTG	2	10	953034	953043	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
102	NC_020938	CTTCA	2	10	958515	958524	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
103	NC_020938	CTAGT	2	10	965374	965383	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_020938	TAAAA	2	10	981369	981378	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020938	ATAAA	2	10	981400	981409	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020938	TATTT	2	10	1004967	1004976	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020938	TAGAA	2	10	1016391	1016400	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020938	TTTTC	2	10	1034712	1034721	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_020938	TTTTA	2	10	1038693	1038702	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.