MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis L1/440/LN complete genome

Total Repeats: 315

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020937	GAAGGA	2	12	1357	1368	50 %	0 %	50 %	0 %	478447724
2	NC_020937	AAAGCT	2	12	5538	5549	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478447728
3	NC_020937	CAAAAA	2	12	6849	6860	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_020937	TAGCAA	2	12	11428	11439	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478447734
5	NC_020937	AAAGCT	2	12	11559	11570	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478447734
6	NC_020937	TAGTGA	2	12	12705	12716	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478447735
7	NC_020937	ATATAC	2	12	16572	16583	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478447738
8	NC_020937	GTTCCT	2	12	19990	20001	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478447741
9	NC_020937	CTTTTT	2	12	22144	22155	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478447743
10	NC_020937	GTGAGG	2	12	26073	26084	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478447744
11	NC_020937	GGATTT	2	12	36550	36561	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478447756
12	NC_020937	AATTAG	2	12	37970	37981	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478447757
13	NC_020937	TTCCTG	2	12	38269	38280	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478447757
14	NC_020937	TTTTGA	2	12	45506	45517	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478447763
15	NC_020937	TGAACG	2	12	52917	52928	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478447770
16	NC_020937	GTGATT	2	12	52936	52947	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478447770
17	NC_020937	GGTTCA	2	12	55706	55717	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478447772
18	NC_020937	GAAAAG	2	12	56962	56973	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447773
19	NC_020937	AGTTGT	2	12	58158	58169	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478447774
20	NC_020937	AGTTGT	2	12	58302	58313	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478447774
21	NC_020937	TCTTGT	2	12	59214	59225	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478447774
22	NC_020937	TCCTAA	2	12	60027	60038	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478447775
23	NC_020937	AAAAAT	2	12	61522	61533	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020937	GTTCTT	2	12	63941	63952	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478447777
25	NC_020937	CTATTT	2	12	72251	72262	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478447784
26	NC_020937	ACTCTT	2	12	73380	73391	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478447785
27	NC_020937	TTTCTG	2	12	73930	73941	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478447786
28	NC_020937	GATCAT	2	12	74060	74071	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478447786
29	NC_020937	TAGTAC	2	12	77054	77065	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478447787
30	NC_020937	ATCTAG	2	12	77233	77244	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_020937	GGTTTA	2	12	80707	80718	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478447790
32	NC_020937	GTCTGT	2	12	83751	83762	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478447793
33	NC_020937	TTCTGA	2	12	89365	89376	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478447797
34	NC_020937	AAAAGA	2	12	94429	94440	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478447802
35	NC_020937	AGCTGT	2	12	96522	96533	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478447803
36	NC_020937	TCTTTT	2	12	97187	97198	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478447805
37	NC_020937	GGGGCT	2	12	98135	98146	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	478447805
38	NC_020937	TTTGAG	2	12	100334	100345	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478447807
39	NC_020937	TCAGAA	2	12	106975	106986	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478447812
40	NC_020937	CATAAC	2	12	110019	110030	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478447815
41	NC_020937	TGTTCT	2	12	112786	112797	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478447817
42	NC_020937	ACTTCG	2	12	116079	116090	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478447819
43	NC_020937	TTTTAG	2	12	116514	116525	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020937	TTGCCA	2	12	119620	119631	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478447824
45	NC_020937	TAAAAA	2	12	121186	121197	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020937	TTGGTA	2	12	121234	121245	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478447826
47	NC_020937	AGGATC	2	12	121613	121624	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478447826
48	NC_020937	AAGGGT	2	12	123420	123431	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478447827
49	NC_020937	GGGTTT	2	12	124383	124394	0 %	50 %	50 %	0 %	478447828
50	NC_020937	TTGCAT	2	12	124665	124676	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478447828
51	NC_020937	AAGAGA	2	12	125034	125045	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447828
52	NC_020937	TTAAAA	2	12	133969	133980	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478447835
53	NC_020937	AGGTTG	2	12	135211	135222	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	478447836
54	NC_020937	GAGTTA	2	12	140259	140270	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478447845
55	NC_020937	TGGAAA	2	12	142812	142823	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478447848
56	NC_020937	TGGAAT	2	12	143687	143698	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478447849
57	NC_020937	ATGGTT	2	12	143931	143942	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478447849
58	NC_020937	TGCTCT	2	12	146123	146134	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478447852
59	NC_020937	GAAAGG	2	12	149861	149872	50 %	0 %	50 %	0 %	478447854
60	NC_020937	GCTTTG	2	12	150104	150115	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478447854
61	NC_020937	TGTGCG	2	12	154227	154238	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	478447858
62	NC_020937	CCTCAT	2	12	155525	155536	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478447859
63	NC_020937	TGGAGA	2	12	156983	156994	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478447861
64	NC_020937	CTCCAT	2	12	158352	158363	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478447862
65	NC_020937	TCCTTG	2	12	158948	158959	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478447863
66	NC_020937	AACAGC	2	12	161586	161597	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478447866
67	NC_020937	TAAAAA	2	12	174015	174026	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478447872
68	NC_020937	AAAAAG	2	12	174181	174192	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478447873
69	NC_020937	AGAAAA	2	12	183388	183399	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020937	ATTTGC	2	12	189301	189312	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478447888
71	NC_020937	AAACAT	2	12	190395	190406	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478447890
72	NC_020937	AGCAAC	2	12	190730	190741	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478447890
73	NC_020937	TATGAA	3	18	192324	192341	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020937	TCTGGA	2	12	195973	195984	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478447896
75	NC_020937	CTCATC	2	12	207729	207740	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478447908
76	NC_020937	CTGGAT	2	12	211564	211575	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478447909
77	NC_020937	GAAATA	2	12	211887	211898	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478447909
78	NC_020937	TTTTAC	2	12	217617	217628	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_020937	GATGCA	2	12	218780	218791	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478447916
80	NC_020937	ACTCCA	2	12	219670	219681	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478447917
81	NC_020937	CTGCTT	2	12	219902	219913	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478447917
82	NC_020937	ATTGCT	2	12	223211	223222	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478447920
83	NC_020937	TCCTAG	2	12	223501	223512	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478447920
84	NC_020937	GCAACG	2	12	223989	224000	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478447921
85	NC_020937	CTTAGC	2	12	226621	226632	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478447923
86	NC_020937	TTCCTT	2	12	233453	233464	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478447928
87	NC_020937	TCTCCT	2	12	236334	236345	0 %	50 %	0 %	50 %	478447929
88	NC_020937	TTTTTA	2	12	252149	252160	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020937	CCTGCA	2	12	252309	252320	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478447948
90	NC_020937	ACCTTT	2	12	257504	257515	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478447953
91	NC_020937	TCATAA	2	12	265350	265361	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478447960
92	NC_020937	AAGTGT	2	12	266076	266087	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478447960
93	NC_020937	AGGAGA	2	12	267249	267260	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020937	ATCTAA	2	12	269352	269363	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478447963
95	NC_020937	TGGAAT	2	12	271550	271561	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478447965
96	NC_020937	GGAACA	2	12	275437	275448	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	478447967
97	NC_020937	ATATTA	2	12	276145	276156	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020937	CACGCG	2	12	277810	277821	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	478447969
99	NC_020937	TTTCTT	2	12	277989	278000	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478447969
100	NC_020937	CTCCTA	2	12	282151	282162	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478447972
101	NC_020937	GCAATG	2	12	288270	288281	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478447978
102	NC_020937	CGACAT	2	12	288943	288954	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478447979
103	NC_020937	CCCTTA	2	12	290397	290408	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478447981
104	NC_020937	AAAATA	2	12	292495	292506	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478447983
105	NC_020937	ACCACT	2	12	294850	294861	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478447985
106	NC_020937	CATTGC	2	12	298096	298107	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478447988
107	NC_020937	CCAAAA	2	12	299275	299286	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478447989
108	NC_020937	TCTTTT	2	12	301160	301171	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478447991
109	NC_020937	CAAGAC	2	12	302251	302262	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478447992
110	NC_020937	AGCTTA	2	12	303531	303542	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478447994
111	NC_020937	CAAAGA	2	12	308916	308927	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478447999
112	NC_020937	ATGGCT	2	12	309532	309543	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478448000
113	NC_020937	TACAAA	2	12	313722	313733	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478448003
114	NC_020937	TTAATT	2	12	315401	315412	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478448005
115	NC_020937	AAAACA	2	12	318887	318898	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	478448007
116	NC_020937	AAAAAG	2	12	320316	320327	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020937	ATTCAA	2	12	345839	345850	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478448031
118	NC_020937	AGACCG	2	12	345913	345924	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478448031
119	NC_020937	AGAATA	2	12	357796	357807	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020937	TTCTTA	2	12	357816	357827	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478448039
121	NC_020937	CAGCCT	2	12	369893	369904	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478448053
122	NC_020937	ATGCTA	2	12	373810	373821	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478448055
123	NC_020937	CAATAG	2	12	380416	380427	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478448058
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126	NC_020937	TCCATA	2	12	391109	391120	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478448067
127	NC_020937	TTAGGT	2	12	392460	392471	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478448069
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129	NC_020937	CTGAAG	2	12	394621	394632	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478448071
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142	NC_020937	CGGAAT	2	12	423520	423531	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478448098
143	NC_020937	TGATAA	2	12	425425	425436	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478448099
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145	NC_020937	TTCTCC	2	12	439834	439845	0 %	50 %	0 %	50 %	478448113
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162	NC_020937	AAGAAA	2	12	499504	499515	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
163	NC_020937	GGTAAT	2	12	504306	504317	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478448165
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223	NC_020937	AGCTGG	3	18	684487	684504	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	478448341
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230	NC_020937	TCTTGA	2	12	708720	708731	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478448357
231	NC_020937	TATCCA	2	12	718903	718914	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478448367
232	NC_020937	TATTGA	2	12	734797	734808	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	478448376
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234	NC_020937	TGTGAT	2	12	743096	743107	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478448383
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.