MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L1/440/LN complete genome

Total Repeats: 647

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020937	TGTGA	2	10	3878	3887	20 %	40 %	40 %	0 %	478447727
2	NC_020937	TTGAA	2	10	4234	4243	40 %	40 %	20 %	0 %	478447728
3	NC_020937	GAGAA	2	10	4528	4537	60 %	0 %	40 %	0 %	478447728
4	NC_020937	GAAAA	2	10	4965	4974	80 %	0 %	20 %	0 %	478447728
5	NC_020937	TTACA	2	10	5120	5129	40 %	40 %	0 %	20 %	478447728
6	NC_020937	GTCTT	2	10	5816	5825	0 %	60 %	20 %	20 %	478447729
7	NC_020937	TGGTA	2	10	8289	8298	20 %	40 %	40 %	0 %	478447731
8	NC_020937	CGAAA	2	10	9697	9706	60 %	0 %	20 %	20 %	478447732
9	NC_020937	GGCTG	2	10	10333	10342	0 %	20 %	60 %	20 %	478447733
10	NC_020937	CCTCT	2	10	11125	11134	0 %	40 %	0 %	60 %	478447734
11	NC_020937	AAAGG	2	10	11284	11293	60 %	0 %	40 %	0 %	478447734
12	NC_020937	AAGAA	2	10	12404	12413	80 %	0 %	20 %	0 %	478447735
13	NC_020937	AAAGA	2	10	13802	13811	80 %	0 %	20 %	0 %	478447736
14	NC_020937	GATTT	2	10	15649	15658	20 %	60 %	20 %	0 %	478447738
15	NC_020937	CGTTC	2	10	16760	16769	0 %	40 %	20 %	40 %	478447739
16	NC_020937	GCTTC	2	10	17133	17142	0 %	40 %	20 %	40 %	478447739
17	NC_020937	GAAGG	2	10	17504	17513	40 %	0 %	60 %	0 %	478447739
18	NC_020937	GTTGT	2	10	20930	20939	0 %	60 %	40 %	0 %	478447742
19	NC_020937	AAGAT	2	10	22042	22051	60 %	20 %	20 %	0 %	478447743
20	NC_020937	TTTGC	2	10	22653	22662	0 %	60 %	20 %	20 %	478447743
21	NC_020937	GGAAA	2	10	24407	24416	60 %	0 %	40 %	0 %	478447743
22	NC_020937	AGAGG	2	10	26131	26140	40 %	0 %	60 %	0 %	478447744
23	NC_020937	GGAGA	2	10	27910	27919	40 %	0 %	60 %	0 %	478447745
24	NC_020937	GGATA	2	10	27936	27945	40 %	20 %	40 %	0 %	478447745
25	NC_020937	ATCCG	2	10	28661	28670	20 %	20 %	20 %	40 %	478447747
26	NC_020937	AGGGT	2	10	29179	29188	20 %	20 %	60 %	0 %	478447747
27	NC_020937	CCTAT	2	10	30219	30228	20 %	40 %	0 %	40 %	478447748
28	NC_020937	GAAGG	2	10	31018	31027	40 %	0 %	60 %	0 %	478447749
29	NC_020937	GAGCT	2	10	32058	32067	20 %	20 %	40 %	20 %	478447750
30	NC_020937	CTATT	2	10	36732	36741	20 %	60 %	0 %	20 %	478447756
31	NC_020937	TCCTA	2	10	36779	36788	20 %	40 %	0 %	40 %	478447756
32	NC_020937	ACGAT	2	10	38694	38703	40 %	20 %	20 %	20 %	478447757
33	NC_020937	AATTT	2	10	39585	39594	40 %	60 %	0 %	0 %	478447758
34	NC_020937	AGCAA	2	10	42709	42718	60 %	0 %	20 %	20 %	478447760
35	NC_020937	CGATG	2	10	42766	42775	20 %	20 %	40 %	20 %	478447760
36	NC_020937	TTTAT	2	10	44769	44778	20 %	80 %	0 %	0 %	478447763
37	NC_020937	CTTTC	2	10	46865	46874	0 %	60 %	0 %	40 %	478447765
38	NC_020937	AGTTT	2	10	47404	47413	20 %	60 %	20 %	0 %	478447765
39	NC_020937	CTTTT	2	10	50570	50579	0 %	80 %	0 %	20 %	478447768
40	NC_020937	CCGTA	2	10	54404	54413	20 %	20 %	20 %	40 %	478447771
41	NC_020937	TTATC	2	10	55807	55816	20 %	60 %	0 %	20 %	478447772
42	NC_020937	GTTGT	2	10	56872	56881	0 %	60 %	40 %	0 %	478447773
43	NC_020937	GAGCA	2	10	60373	60382	40 %	0 %	40 %	20 %	478447775
44	NC_020937	TGTGA	2	10	62822	62831	20 %	40 %	40 %	0 %	478447777
45	NC_020937	AGTGA	2	10	64343	64352	40 %	20 %	40 %	0 %	478447778
46	NC_020937	CCTTC	2	10	64617	64626	0 %	40 %	0 %	60 %	478447778
47	NC_020937	AGGAG	2	10	66845	66854	40 %	0 %	60 %	0 %	478447780
48	NC_020937	GTTAA	2	10	66975	66984	40 %	40 %	20 %	0 %	478447780
49	NC_020937	CAAGC	2	10	69341	69350	40 %	0 %	20 %	40 %	478447782
50	NC_020937	GGAGC	2	10	70211	70220	20 %	0 %	60 %	20 %	478447783
51	NC_020937	GCGAT	2	10	70401	70410	20 %	20 %	40 %	20 %	478447783
52	NC_020937	CTCTT	2	10	70755	70764	0 %	60 %	0 %	40 %	478447783
53	NC_020937	AGGGG	2	10	71401	71410	20 %	0 %	80 %	0 %	478447783
54	NC_020937	AAGAA	2	10	71443	71452	80 %	0 %	20 %	0 %	478447783
55	NC_020937	ATTGG	2	10	72733	72742	20 %	40 %	40 %	0 %	478447785
56	NC_020937	GAAAA	2	10	73805	73814	80 %	0 %	20 %	0 %	478447785
57	NC_020937	TGGGA	2	10	74222	74231	20 %	20 %	60 %	0 %	478447786
58	NC_020937	TATTT	2	10	76749	76758	20 %	80 %	0 %	0 %	478447787
59	NC_020937	TGTCT	2	10	80544	80553	0 %	60 %	20 %	20 %	478447790
60	NC_020937	TTACT	2	10	81051	81060	20 %	60 %	0 %	20 %	478447790
61	NC_020937	AGAAA	2	10	82441	82450	80 %	0 %	20 %	0 %	478447792
62	NC_020937	GGAAG	2	10	82954	82963	40 %	0 %	60 %	0 %	478447792
63	NC_020937	AGCGA	2	10	85420	85429	40 %	0 %	40 %	20 %	478447794
64	NC_020937	GATCC	2	10	86505	86514	20 %	20 %	20 %	40 %	478447795
65	NC_020937	AGAGC	2	10	87840	87849	40 %	0 %	40 %	20 %	478447796
66	NC_020937	TTTTC	2	10	91572	91581	0 %	80 %	0 %	20 %	478447799
67	NC_020937	GGATG	2	10	91832	91841	20 %	20 %	60 %	0 %	478447800
68	NC_020937	CAACA	2	10	93371	93380	60 %	0 %	0 %	40 %	478447801
69	NC_020937	ACAGC	2	10	94416	94425	40 %	0 %	20 %	40 %	478447802
70	NC_020937	GGAAC	2	10	95128	95137	40 %	0 %	40 %	20 %	478447803
71	NC_020937	GGATT	2	10	96028	96037	20 %	40 %	40 %	0 %	478447803
72	NC_020937	CAATC	2	10	97130	97139	40 %	20 %	0 %	40 %	478447805
73	NC_020937	TTTGC	2	10	97264	97273	0 %	60 %	20 %	20 %	478447805
74	NC_020937	ATTCA	2	10	97528	97537	40 %	40 %	0 %	20 %	478447805
75	NC_020937	GATCC	2	10	97787	97796	20 %	20 %	20 %	40 %	478447805
76	NC_020937	GTTTT	2	10	98208	98217	0 %	80 %	20 %	0 %	478447805
77	NC_020937	AAGCT	2	10	99412	99421	40 %	20 %	20 %	20 %	478447806
78	NC_020937	AGGGG	2	10	99771	99780	20 %	0 %	80 %	0 %	478447806
79	NC_020937	ATAGC	2	10	100464	100473	40 %	20 %	20 %	20 %	478447807
80	NC_020937	TTCCC	2	10	101068	101077	0 %	40 %	0 %	60 %	478447808
81	NC_020937	AGCGA	2	10	103392	103401	40 %	0 %	40 %	20 %	478447810
82	NC_020937	TTTCT	2	10	103750	103759	0 %	80 %	0 %	20 %	478447810
83	NC_020937	ATCAT	2	10	104956	104965	40 %	40 %	0 %	20 %	478447811
84	NC_020937	GGCAT	2	10	105664	105673	20 %	20 %	40 %	20 %	478447811
85	NC_020937	AAAGC	2	10	109390	109399	60 %	0 %	20 %	20 %	478447814
86	NC_020937	GCATT	2	10	110550	110559	20 %	40 %	20 %	20 %	478447816
87	NC_020937	TGTTT	2	10	115239	115248	0 %	80 %	20 %	0 %	478447819
88	NC_020937	CATGT	2	10	115617	115626	20 %	40 %	20 %	20 %	478447819
89	NC_020937	TATCG	2	10	116321	116330	20 %	40 %	20 %	20 %	478447819
90	NC_020937	TTTCT	2	10	116837	116846	0 %	80 %	0 %	20 %	478447820
91	NC_020937	GGAGA	2	10	117033	117042	40 %	0 %	60 %	0 %	478447820
92	NC_020937	AAAGA	2	10	119084	119093	80 %	0 %	20 %	0 %	478447823
93	NC_020937	CCAAT	2	10	122047	122056	40 %	20 %	0 %	40 %	478447826
94	NC_020937	GCTTC	2	10	123148	123157	0 %	40 %	20 %	40 %	478447826
95	NC_020937	TACAA	2	10	126937	126946	60 %	20 %	0 %	20 %	478447830
96	NC_020937	ATCCA	2	10	129344	129353	40 %	20 %	0 %	40 %	478447834
97	NC_020937	GAAGA	2	10	130894	130903	60 %	0 %	40 %	0 %	478447834
98	NC_020937	AAAAG	2	10	132806	132815	80 %	0 %	20 %	0 %	478447835
99	NC_020937	GATTC	2	10	133137	133146	20 %	40 %	20 %	20 %	478447835
100	NC_020937	GGATA	2	10	135755	135764	40 %	20 %	40 %	0 %	478447837
101	NC_020937	ATTGT	2	10	136452	136461	20 %	60 %	20 %	0 %	478447838
102	NC_020937	TGTTT	2	10	136878	136887	0 %	80 %	20 %	0 %	478447839
103	NC_020937	TCCAG	2	10	140624	140633	20 %	20 %	20 %	40 %	478447845
104	NC_020937	GTACA	2	10	141355	141364	40 %	20 %	20 %	20 %	478447846
105	NC_020937	TAGAT	2	10	141728	141737	40 %	40 %	20 %	0 %	478447846
106	NC_020937	AAAAC	2	10	142620	142629	80 %	0 %	0 %	20 %	478447847
107	NC_020937	TGCTA	2	10	143706	143715	20 %	40 %	20 %	20 %	478447849
108	NC_020937	GGAGC	2	10	143753	143762	20 %	0 %	60 %	20 %	478447849
109	NC_020937	CTGGG	2	10	145168	145177	0 %	20 %	60 %	20 %	478447851
110	NC_020937	GTTTT	2	10	145915	145924	0 %	80 %	20 %	0 %	478447852
111	NC_020937	GAACC	2	10	149649	149658	40 %	0 %	20 %	40 %	478447853
112	NC_020937	ATTCT	2	10	153146	153155	20 %	60 %	0 %	20 %	478447857
113	NC_020937	CTGTG	2	10	153350	153359	0 %	40 %	40 %	20 %	478447857
114	NC_020937	TTCTT	2	10	155823	155832	0 %	80 %	0 %	20 %	478447860
115	NC_020937	AGGAA	2	10	160383	160392	60 %	0 %	40 %	0 %	478447864
116	NC_020937	AGAGA	2	10	163623	163632	60 %	0 %	40 %	0 %	478447867
117	NC_020937	AGCAA	2	10	164058	164067	60 %	0 %	20 %	20 %	478447867
118	NC_020937	TATGA	2	10	164482	164491	40 %	40 %	20 %	0 %	478447868
119	NC_020937	CAAAA	2	10	167561	167570	80 %	0 %	0 %	20 %	478447869
120	NC_020937	AAGAG	2	10	168394	168403	60 %	0 %	40 %	0 %	478447869
121	NC_020937	GATTG	2	10	168739	168748	20 %	40 %	40 %	0 %	478447869
122	NC_020937	GTTTT	2	10	175217	175226	0 %	80 %	20 %	0 %	478447873
123	NC_020937	TATTG	2	10	175240	175249	20 %	60 %	20 %	0 %	478447873
124	NC_020937	CAGCA	2	10	175599	175608	40 %	0 %	20 %	40 %	478447873
125	NC_020937	TAGGA	2	10	175904	175913	40 %	20 %	40 %	0 %	478447874
126	NC_020937	TGATT	2	10	177831	177840	20 %	60 %	20 %	0 %	478447875
127	NC_020937	TCAAT	2	10	178472	178481	40 %	40 %	0 %	20 %	478447875
128	NC_020937	TTTTC	2	10	178511	178520	0 %	80 %	0 %	20 %	478447875
129	NC_020937	GGAAT	2	10	180070	180079	40 %	20 %	40 %	0 %	478447877
130	NC_020937	AGAGT	2	10	181457	181466	40 %	20 %	40 %	0 %	478447879
131	NC_020937	TTGAA	2	10	182147	182156	40 %	40 %	20 %	0 %	478447880
132	NC_020937	TTGAG	2	10	183707	183716	20 %	40 %	40 %	0 %	478447882
133	NC_020937	ATAGA	2	10	183729	183738	60 %	20 %	20 %	0 %	478447882
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135	NC_020937	ACGAT	2	10	187757	187766	40 %	20 %	20 %	20 %	478447887
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