MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis L1/440/LN complete genome

Total Repeats: 2852

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020937	GGAT	2	8	57	64	25 %	25 %	50 %	0 %	478447724
2	NC_020937	GGGA	2	8	394	401	25 %	0 %	75 %	0 %	478447724
3	NC_020937	AGTG	2	8	544	551	25 %	25 %	50 %	0 %	478447724
4	NC_020937	TGGC	2	8	578	585	0 %	25 %	50 %	25 %	478447724
5	NC_020937	AATG	2	8	1063	1070	50 %	25 %	25 %	0 %	478447724
6	NC_020937	CTAT	2	8	1397	1404	25 %	50 %	0 %	25 %	478447724
7	NC_020937	AAGG	2	8	1906	1913	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020937	AGTA	2	8	2086	2093	50 %	25 %	25 %	0 %	478447725
9	NC_020937	ATGA	2	8	2490	2497	50 %	25 %	25 %	0 %	478447726
10	NC_020937	GATA	2	8	2528	2535	50 %	25 %	25 %	0 %	478447726
11	NC_020937	CATG	2	8	3706	3713	25 %	25 %	25 %	25 %	478447727
12	NC_020937	TTCC	2	8	4011	4018	0 %	50 %	0 %	50 %	478447727
13	NC_020937	TTTA	2	8	4409	4416	25 %	75 %	0 %	0 %	478447728
14	NC_020937	ATCC	2	8	4709	4716	25 %	25 %	0 %	50 %	478447728
15	NC_020937	GACG	2	8	5456	5463	25 %	0 %	50 %	25 %	478447728
16	NC_020937	TTGG	2	8	5559	5566	0 %	50 %	50 %	0 %	478447728
17	NC_020937	TGGA	2	8	5920	5927	25 %	25 %	50 %	0 %	478447729
18	NC_020937	CTTT	2	8	6297	6304	0 %	75 %	0 %	25 %	478447729
19	NC_020937	GGGA	2	8	6812	6819	25 %	0 %	75 %	0 %	478447729
20	NC_020937	GGAG	2	8	6903	6910	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020937	GGTG	2	8	7115	7122	0 %	25 %	75 %	0 %	478447730
22	NC_020937	AAAT	2	8	7181	7188	75 %	25 %	0 %	0 %	478447730
23	NC_020937	TATG	2	8	7552	7559	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020937	ATTT	2	8	7693	7700	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020937	TTTG	2	8	7785	7792	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020937	AAGC	2	8	8419	8426	50 %	0 %	25 %	25 %	478447731
27	NC_020937	ATTG	2	8	8817	8824	25 %	50 %	25 %	0 %	478447732
28	NC_020937	AGCG	2	8	9284	9291	25 %	0 %	50 %	25 %	478447732
29	NC_020937	AAAG	2	8	9305	9312	75 %	0 %	25 %	0 %	478447732
30	NC_020937	CTTT	2	8	9645	9652	0 %	75 %	0 %	25 %	478447732
31	NC_020937	TATT	2	8	9908	9915	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020937	TTCG	2	8	10019	10026	0 %	50 %	25 %	25 %	478447733
33	NC_020937	AATT	2	8	10124	10131	50 %	50 %	0 %	0 %	478447733
34	NC_020937	ATGG	2	8	10183	10190	25 %	25 %	50 %	0 %	478447733
35	NC_020937	CTTT	2	8	10808	10815	0 %	75 %	0 %	25 %	478447734
36	NC_020937	GCAA	2	8	11025	11032	50 %	0 %	25 %	25 %	478447734
37	NC_020937	AGCC	2	8	11255	11262	25 %	0 %	25 %	50 %	478447734
38	NC_020937	GAAA	2	8	11398	11405	75 %	0 %	25 %	0 %	478447734
39	NC_020937	AGAA	2	8	11802	11809	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020937	AATG	2	8	12141	12148	50 %	25 %	25 %	0 %	478447735
41	NC_020937	GTTT	2	8	13173	13180	0 %	75 %	25 %	0 %	478447736
42	NC_020937	ATGC	2	8	13603	13610	25 %	25 %	25 %	25 %	478447736
43	NC_020937	AAGG	2	8	14038	14045	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020937	TTGT	2	8	14639	14646	0 %	75 %	25 %	0 %	478447737
45	NC_020937	TTCT	2	8	14810	14817	0 %	75 %	0 %	25 %	478447737
46	NC_020937	ATTT	2	8	15016	15023	25 %	75 %	0 %	0 %	478447737
47	NC_020937	TTTC	2	8	15678	15685	0 %	75 %	0 %	25 %	478447738
48	NC_020937	AAAT	2	8	16160	16167	75 %	25 %	0 %	0 %	478447738
49	NC_020937	CAAA	2	8	16672	16679	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
50	NC_020937	CTAT	2	8	16859	16866	25 %	50 %	0 %	25 %	478447739
51	NC_020937	GTAA	2	8	17002	17009	50 %	25 %	25 %	0 %	478447739
52	NC_020937	CTAA	2	8	17195	17202	50 %	25 %	0 %	25 %	478447739
53	NC_020937	AGAA	2	8	17458	17465	75 %	0 %	25 %	0 %	478447739
54	NC_020937	ATTT	2	8	17604	17611	25 %	75 %	0 %	0 %	478447739
55	NC_020937	TGCG	2	8	19126	19133	0 %	25 %	50 %	25 %	478447741
56	NC_020937	GAAG	2	8	20110	20117	50 %	0 %	50 %	0 %	478447741
57	NC_020937	GCCA	2	8	21620	21627	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
58	NC_020937	CGCT	2	8	21868	21875	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
59	NC_020937	TTAA	2	8	21889	21896	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020937	GTTA	2	8	21926	21933	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020937	GATC	2	8	21981	21988	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
62	NC_020937	GATG	2	8	22244	22251	25 %	25 %	50 %	0 %	478447743
63	NC_020937	CATT	2	8	23303	23310	25 %	50 %	0 %	25 %	478447743
64	NC_020937	GGAG	2	8	23354	23361	25 %	0 %	75 %	0 %	478447743
65	NC_020937	GCTT	2	8	23646	23653	0 %	50 %	25 %	25 %	478447743
66	NC_020937	GGTT	2	8	23694	23701	0 %	50 %	50 %	0 %	478447743
67	NC_020937	TTCT	2	8	24064	24071	0 %	75 %	0 %	25 %	478447743
68	NC_020937	TAAC	2	8	24166	24173	50 %	25 %	0 %	25 %	478447743
69	NC_020937	CATT	2	8	24289	24296	25 %	50 %	0 %	25 %	478447743
70	NC_020937	GGTA	2	8	24659	24666	25 %	25 %	50 %	0 %	478447743
71	NC_020937	TTGA	2	8	25653	25660	25 %	50 %	25 %	0 %	478447744
72	NC_020937	TAGG	2	8	25877	25884	25 %	25 %	50 %	0 %	478447744
73	NC_020937	TTCC	2	8	26001	26008	0 %	50 %	0 %	50 %	478447744
74	NC_020937	TAGG	2	8	26115	26122	25 %	25 %	50 %	0 %	478447744
75	NC_020937	GCTT	2	8	26887	26894	0 %	50 %	25 %	25 %	478447744
76	NC_020937	GGAA	2	8	27470	27477	50 %	0 %	50 %	0 %	478447745
77	NC_020937	TTAA	2	8	27543	27550	50 %	50 %	0 %	0 %	478447745
78	NC_020937	AAAG	2	8	27593	27600	75 %	0 %	25 %	0 %	478447745
79	NC_020937	GTTT	2	8	28156	28163	0 %	75 %	25 %	0 %	478447746
80	NC_020937	CAGA	2	8	28178	28185	50 %	0 %	25 %	25 %	478447746
81	NC_020937	ATTG	2	8	28537	28544	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020937	CTTT	2	8	30150	30157	0 %	75 %	0 %	25 %	478447748
83	NC_020937	TTTG	2	8	30165	30172	0 %	75 %	25 %	0 %	478447748
84	NC_020937	TTGT	2	8	30200	30207	0 %	75 %	25 %	0 %	478447748
85	NC_020937	TGGC	2	8	30363	30370	0 %	25 %	50 %	25 %	478447748
86	NC_020937	AAAG	2	8	30923	30930	75 %	0 %	25 %	0 %	478447749
87	NC_020937	AAAC	2	8	30993	31000	75 %	0 %	0 %	25 %	478447749
88	NC_020937	GATG	2	8	31136	31143	25 %	25 %	50 %	0 %	478447749
89	NC_020937	GATA	2	8	32245	32252	50 %	25 %	25 %	0 %	478447751
90	NC_020937	TGAT	2	8	34740	34747	25 %	50 %	25 %	0 %	478447754
91	NC_020937	AAGA	3	12	34868	34879	75 %	0 %	25 %	0 %	478447754
92	NC_020937	AAGC	2	8	35088	35095	50 %	0 %	25 %	25 %	478447755
93	NC_020937	GTTC	2	8	35121	35128	0 %	50 %	25 %	25 %	478447755
94	NC_020937	GGCA	2	8	35500	35507	25 %	0 %	50 %	25 %	478447756
95	NC_020937	TGCT	2	8	35910	35917	0 %	50 %	25 %	25 %	478447756
96	NC_020937	TTGG	2	8	36142	36149	0 %	50 %	50 %	0 %	478447756
97	NC_020937	AGAT	2	8	36862	36869	50 %	25 %	25 %	0 %	478447756
98	NC_020937	CTTT	2	8	37234	37241	0 %	75 %	0 %	25 %	478447757
99	NC_020937	ATGA	2	8	37724	37731	50 %	25 %	25 %	0 %	478447757
100	NC_020937	TAGG	2	8	37883	37890	25 %	25 %	50 %	0 %	478447757
101	NC_020937	CAAT	2	8	38067	38074	50 %	25 %	0 %	25 %	478447757
102	NC_020937	AATG	2	8	38854	38861	50 %	25 %	25 %	0 %	478447757
103	NC_020937	AGAA	2	8	39691	39698	75 %	0 %	25 %	0 %	478447758
104	NC_020937	AAGA	2	8	39743	39750	75 %	0 %	25 %	0 %	478447758
105	NC_020937	ATCC	2	8	39751	39758	25 %	25 %	0 %	50 %	478447758
106	NC_020937	TAAT	2	8	39962	39969	50 %	50 %	0 %	0 %	478447758
107	NC_020937	GTGC	2	8	42050	42057	0 %	25 %	50 %	25 %	478447760
108	NC_020937	AGAA	2	8	42469	42476	75 %	0 %	25 %	0 %	478447760
109	NC_020937	GGAT	2	8	42621	42628	25 %	25 %	50 %	0 %	478447760
110	NC_020937	AAAC	2	8	43760	43767	75 %	0 %	0 %	25 %	478447762
111	NC_020937	CAAT	2	8	43964	43971	50 %	25 %	0 %	25 %	478447762
112	NC_020937	TGTT	2	8	44344	44351	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
113	NC_020937	AATA	2	8	44582	44589	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020937	ATTT	2	8	44720	44727	25 %	75 %	0 %	0 %	478447763
115	NC_020937	GCTC	2	8	45028	45035	0 %	25 %	25 %	50 %	478447763
116	NC_020937	TTCT	2	8	45170	45177	0 %	75 %	0 %	25 %	478447763
117	NC_020937	TTGA	2	8	45770	45777	25 %	50 %	25 %	0 %	478447764
118	NC_020937	TGTT	2	8	45942	45949	0 %	75 %	25 %	0 %	478447764
119	NC_020937	CTAT	2	8	45972	45979	25 %	50 %	0 %	25 %	478447764
120	NC_020937	TGTT	2	8	46001	46008	0 %	75 %	25 %	0 %	478447764
121	NC_020937	CTAT	2	8	46297	46304	25 %	50 %	0 %	25 %	478447764
122	NC_020937	AAGA	2	8	46792	46799	75 %	0 %	25 %	0 %	478447765
123	NC_020937	AAGA	2	8	46849	46856	75 %	0 %	25 %	0 %	478447765
124	NC_020937	AAAG	2	8	46889	46896	75 %	0 %	25 %	0 %	478447765
125	NC_020937	AAGA	2	8	47004	47011	75 %	0 %	25 %	0 %	478447765
126	NC_020937	ACTT	2	8	47265	47272	25 %	50 %	0 %	25 %	478447765
127	NC_020937	ATGG	2	8	47891	47898	25 %	25 %	50 %	0 %	478447765
128	NC_020937	AGGA	2	8	47922	47929	50 %	0 %	50 %	0 %	478447765
129	NC_020937	GAAC	2	8	48469	48476	50 %	0 %	25 %	25 %	478447765
130	NC_020937	AAGT	2	8	48504	48511	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020937	AACA	2	8	48714	48721	75 %	0 %	0 %	25 %	478447766
132	NC_020937	CTTT	2	8	48910	48917	0 %	75 %	0 %	25 %	478447766
133	NC_020937	CTTT	2	8	49795	49802	0 %	75 %	0 %	25 %	478447767
134	NC_020937	GTAG	2	8	49813	49820	25 %	25 %	50 %	0 %	478447767
135	NC_020937	GAAG	2	8	51243	51250	50 %	0 %	50 %	0 %	478447768
136	NC_020937	TTCA	2	8	51665	51672	25 %	50 %	0 %	25 %	478447768
137	NC_020937	TCTA	2	8	51882	51889	25 %	50 %	0 %	25 %	478447768
138	NC_020937	TATT	2	8	52768	52775	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_020937	GGAA	2	8	52999	53006	50 %	0 %	50 %	0 %	478447770
140	NC_020937	TTAA	2	8	53740	53747	50 %	50 %	0 %	0 %	478447770
141	NC_020937	CCTT	2	8	53947	53954	0 %	50 %	0 %	50 %	478447771
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