MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L1/440/LN complete genome

Total Repeats: 343

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020937	AAGG	2	8	1906	1913	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020937	GGAG	2	8	6903	6910	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020937	TATG	2	8	7552	7559	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020937	ATTT	2	8	7693	7700	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020937	TTTG	2	8	7785	7792	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020937	TATT	2	8	9908	9915	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020937	AGAA	2	8	11802	11809	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020937	AAGG	2	8	14038	14045	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020937	CAAA	2	8	16672	16679	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_020937	GCCA	2	8	21620	21627	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
11	NC_020937	CGCT	2	8	21868	21875	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
12	NC_020937	TTAA	2	8	21889	21896	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020937	GTTA	2	8	21926	21933	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020937	GATC	2	8	21981	21988	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
15	NC_020937	ATTG	2	8	28537	28544	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020937	TGTT	2	8	44344	44351	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020937	AATA	2	8	44582	44589	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020937	AAGT	2	8	48504	48511	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020937	TATT	2	8	52768	52775	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020937	GTTT	2	8	54628	54635	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020937	TGTT	2	8	54636	54643	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020937	TAAT	2	8	54680	54687	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020937	CAGA	2	8	61345	61352	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_020937	ACAA	2	8	67989	67996	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_020937	AAGG	2	8	68087	68094	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020937	GATA	2	8	72556	72563	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020937	TCTA	2	8	77215	77222	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
28	NC_020937	GTTT	2	8	79989	79996	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020937	GGTT	2	8	80344	80351	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020937	GTTT	2	8	88651	88658	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020937	TTTA	2	8	88674	88681	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020937	GTTT	2	8	88686	88693	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020937	GTTT	2	8	88737	88744	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020937	AACA	2	8	88750	88757	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_020937	GAAT	2	8	91004	91011	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020937	AAGT	2	8	91036	91043	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020937	AAAT	2	8	94282	94289	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020937	CATT	2	8	94929	94936	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_020937	TATT	2	8	98312	98319	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020937	GATA	2	8	100201	100208	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020937	AAGA	2	8	107294	107301	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020937	CTGG	2	8	121008	121015	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
43	NC_020937	TTCC	2	8	123205	123212	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
44	NC_020937	GTTT	2	8	135582	135589	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020937	ATCT	2	8	152301	152308	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
46	NC_020937	GCTG	2	8	152340	152347	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
47	NC_020937	TGTT	2	8	157915	157922	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020937	AAAG	2	8	158757	158764	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020937	TTTA	2	8	158766	158773	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020937	TAAT	2	8	158883	158890	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020937	TAAT	2	8	159720	159727	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020937	GCTT	2	8	162365	162372	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
53	NC_020937	CTTC	2	8	166436	166443	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
54	NC_020937	TTAG	2	8	170844	170851	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020937	AAAC	2	8	172591	172598	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
56	NC_020937	GTAT	2	8	173773	173780	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020937	GGAA	2	8	178958	178965	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020937	TTGA	2	8	180144	180151	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020937	TTCC	2	8	181791	181798	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_020937	TCTA	2	8	181859	181866	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
61	NC_020937	AATT	2	8	181993	182000	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020937	GTTT	2	8	182951	182958	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020937	AAGA	2	8	183346	183353	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020937	TCGC	2	8	184208	184215	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
65	NC_020937	AAAC	2	8	188651	188658	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_020937	GGAC	2	8	189010	189017	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
67	NC_020937	CTTT	2	8	190222	190229	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
68	NC_020937	ACGA	2	8	199068	199075	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
69	NC_020937	GAAA	2	8	199354	199361	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020937	TAAA	2	8	200154	200161	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020937	CCTT	2	8	212488	212495	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
72	NC_020937	CTAT	2	8	216214	216221	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_020937	GCAA	2	8	216458	216465	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
74	NC_020937	AATT	2	8	217795	217802	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020937	CTTG	2	8	218144	218151	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
76	NC_020937	AAAC	2	8	221874	221881	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_020937	TCCT	2	8	224498	224505	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
78	NC_020937	AAAT	2	8	240113	240120	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020937	AAGA	2	8	240132	240139	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020937	TTTC	2	8	242733	242740	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_020937	TAAA	2	8	243567	243574	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020937	AATA	2	8	247226	247233	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020937	GCAG	2	8	248888	248895	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
84	NC_020937	CCAA	2	8	250819	250826	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
85	NC_020937	AAAC	2	8	251427	251434	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
86	NC_020937	TAAA	2	8	260835	260842	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020937	CAAA	2	8	263770	263777	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
88	NC_020937	ATTT	2	8	270280	270287	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020937	GTTT	2	8	276122	276129	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020937	AAAG	2	8	276157	276164	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020937	TGCC	2	8	276645	276652	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
92	NC_020937	GGGA	2	8	280493	280500	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020937	TAAA	2	8	281635	281642	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020937	GATA	2	8	283296	283303	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020937	AATC	2	8	288421	288428	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
96	NC_020937	ACAA	2	8	294188	294195	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
97	NC_020937	GCTT	2	8	295518	295525	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
98	NC_020937	CCCT	2	8	296085	296092	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
99	NC_020937	ACTA	2	8	298334	298341	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
100	NC_020937	TAAA	2	8	298557	298564	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_020937	TCCA	2	8	301716	301723	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
102	NC_020937	TCCC	2	8	301918	301925	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
103	NC_020937	ATTG	2	8	303102	303109	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020937	AATA	2	8	314491	314498	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020937	TAAA	2	8	314512	314519	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020937	CAGA	2	8	314520	314527	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
107	NC_020937	AATA	2	8	314587	314594	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020937	AATT	2	8	318503	318510	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020937	GCTA	2	8	324890	324897	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
110	NC_020937	TTAA	2	8	330233	330240	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_020937	CAGT	2	8	330578	330585	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
112	NC_020937	CAAG	2	8	336767	336774	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_020937	CGAT	2	8	344976	344983	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
114	NC_020937	TTTA	2	8	360273	360280	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_020937	CAAA	2	8	360567	360574	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
116	NC_020937	TAGT	2	8	360877	360884	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020937	GCTT	2	8	364929	364936	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
118	NC_020937	TAAA	2	8	365209	365216	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020937	AAAT	2	8	366128	366135	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020937	ATCT	2	8	366183	366190	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
121	NC_020937	TAAA	2	8	377962	377969	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020937	TTTA	2	8	387930	387937	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020937	GATT	2	8	388689	388696	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020937	AATT	2	8	388738	388745	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020937	ATAA	2	8	388798	388805	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_020937	TTAT	2	8	392131	392138	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020937	GCAA	2	8	392177	392184	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
128	NC_020937	TCAT	2	8	401474	401481	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
129	NC_020937	CAAA	2	8	403610	403617	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
130	NC_020937	AGCA	2	8	408754	408761	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
131	NC_020937	ATTT	2	8	413027	413034	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020937	AGAA	2	8	413037	413044	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_020937	ATTA	2	8	414826	414833	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020937	GTAA	2	8	423221	423228	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
135	NC_020937	GAAA	2	8	423270	423277	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
136	NC_020937	TTCT	2	8	424889	424896	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_020937	AACT	2	8	427121	427128	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_020937	CAAA	2	8	427468	427475	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
139	NC_020937	ACTC	2	8	432159	432166	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
140	NC_020937	AAAC	2	8	437191	437198	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
141	NC_020937	AAAT	2	8	437333	437340	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_020937	TAAC	2	8	439899	439906	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_020937	AATT	2	8	444763	444770	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_020937	AAAC	2	8	444776	444783	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_020937	CTTC	2	8	444918	444925	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
146	NC_020937	TCTT	2	8	450583	450590	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
147	NC_020937	TAAT	2	8	450596	450603	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_020937	GCAA	2	8	454250	454257	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
149	NC_020937	CTTT	2	8	461799	461806	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
150	NC_020937	TTCT	2	8	463240	463247	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
151	NC_020937	CAAA	2	8	463265	463272	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
152	NC_020937	AGAA	2	8	482295	482302	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.