MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis L1/440/LN complete genome

Total Repeats: 14091

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020937	AGG	2	6	18	23	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478447724
2	NC_020937	TAA	3	9	93	101	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478447724
3	NC_020937	AGT	2	6	168	173	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478447724
4	NC_020937	AAG	2	6	324	329	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447724
5	NC_020937	CAA	2	6	338	343	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478447724
6	NC_020937	AGT	2	6	364	369	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478447724
7	NC_020937	GTG	2	6	380	385	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478447724
8	NC_020937	CAG	2	6	413	418	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478447724
9	NC_020937	GCT	2	6	532	537	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478447724
10	NC_020937	ATT	2	6	557	562	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478447724
11	NC_020937	GCC	2	6	601	606	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	478447724
12	NC_020937	TGC	2	6	660	665	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478447724
13	NC_020937	ATT	2	6	672	677	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478447724
14	NC_020937	CGA	2	6	694	699	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478447724
15	NC_020937	TAT	2	6	836	841	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478447724
16	NC_020937	GAA	2	6	883	888	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447724
17	NC_020937	AGA	2	6	912	917	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447724
18	NC_020937	AGA	2	6	966	971	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447724
19	NC_020937	CAA	2	6	1039	1044	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478447724
20	NC_020937	TTG	2	6	1182	1187	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478447724
21	NC_020937	CTC	2	6	1211	1216	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478447724
22	NC_020937	GAT	2	6	1273	1278	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478447724
23	NC_020937	GAT	2	6	1327	1332	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478447724
24	NC_020937	ATG	2	6	1390	1395	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478447724
25	NC_020937	CTT	2	6	1610	1615	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478447724
26	NC_020937	CAG	2	6	1675	1680	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478447724
27	NC_020937	TGA	2	6	1736	1741	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478447724
28	NC_020937	AAG	2	6	1817	1822	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020937	TGG	2	6	1833	1838	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020937	CTT	2	6	1840	1845	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_020937	ATG	2	6	1933	1938	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478447725
32	NC_020937	GTG	2	6	1939	1944	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478447725
33	NC_020937	TCC	2	6	1948	1953	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478447725
34	NC_020937	AGC	2	6	1962	1967	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478447725
35	NC_020937	AGC	2	6	1989	1994	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478447725
36	NC_020937	AAG	2	6	2000	2005	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447725
37	NC_020937	TAC	2	6	2038	2043	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478447725
38	NC_020937	GCT	2	6	2048	2053	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478447725
39	NC_020937	AAC	2	6	2146	2151	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478447725
40	NC_020937	AGA	2	6	2158	2163	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447725
41	NC_020937	TAA	2	6	2248	2253	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020937	AGA	2	6	2414	2419	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447726
43	NC_020937	ATC	2	6	2421	2426	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478447726
44	NC_020937	TGC	2	6	2441	2446	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478447726
45	NC_020937	CAT	2	6	2565	2570	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478447726
46	NC_020937	AGA	2	6	2594	2599	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447726
47	NC_020937	AAG	2	6	2623	2628	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447726
48	NC_020937	GGA	2	6	2658	2663	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478447726
49	NC_020937	ATC	2	6	2787	2792	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478447727
50	NC_020937	ATA	2	6	2937	2942	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478447727
51	NC_020937	AAC	2	6	2962	2967	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478447727
52	NC_020937	GGT	2	6	3016	3021	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478447727
53	NC_020937	AAT	2	6	3122	3127	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478447727
54	NC_020937	TTC	2	6	3157	3162	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478447727
55	NC_020937	GCA	2	6	3176	3181	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478447727
56	NC_020937	GGA	2	6	3224	3229	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478447727
57	NC_020937	CAG	2	6	3243	3248	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478447727
58	NC_020937	GTT	2	6	3260	3265	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478447727
59	NC_020937	GGT	2	6	3352	3357	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478447727
60	NC_020937	AAG	2	6	3510	3515	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447727
61	NC_020937	ATT	2	6	3572	3577	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478447727
62	NC_020937	TTG	2	6	3624	3629	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478447727
63	NC_020937	AAG	2	6	3735	3740	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447727
64	NC_020937	AAG	2	6	3750	3755	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447727
65	NC_020937	CAG	2	6	3792	3797	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478447727
66	NC_020937	GCT	2	6	3863	3868	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478447727
67	NC_020937	AAG	2	6	4029	4034	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447727
68	NC_020937	CAG	2	6	4079	4084	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478447727
69	NC_020937	GGA	2	6	4166	4171	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478447727
70	NC_020937	AAT	2	6	4176	4181	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478447727
71	NC_020937	ATT	2	6	4256	4261	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478447728
72	NC_020937	TGA	2	6	4286	4291	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478447728
73	NC_020937	GTA	2	6	4518	4523	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478447728
74	NC_020937	AGA	2	6	4565	4570	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447728
75	NC_020937	GAA	2	6	4749	4754	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447728
76	NC_020937	CGT	2	6	4881	4886	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478447728
77	NC_020937	GTT	2	6	4932	4937	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478447728
78	NC_020937	TGA	2	6	5069	5074	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478447728
79	NC_020937	TTG	2	6	5164	5169	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478447728
80	NC_020937	TTC	2	6	5305	5310	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478447728
81	NC_020937	TCT	2	6	5397	5402	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478447728
82	NC_020937	AGA	2	6	5417	5422	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447728
83	NC_020937	GTT	2	6	5444	5449	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478447728
84	NC_020937	GGT	2	6	5492	5497	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478447728
85	NC_020937	CTC	2	6	5596	5601	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478447728
86	NC_020937	AGC	2	6	5627	5632	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478447728
87	NC_020937	GCA	2	6	5652	5657	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_020937	AGA	2	6	5679	5684	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020937	ATT	2	6	5746	5751	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478447729
90	NC_020937	TCT	2	6	5764	5769	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478447729
91	NC_020937	GCT	2	6	5810	5815	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478447729
92	NC_020937	GAT	2	6	5845	5850	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478447729
93	NC_020937	ACG	2	6	5883	5888	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478447729
94	NC_020937	GAA	2	6	5907	5912	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447729
95	NC_020937	AGA	3	9	5984	5992	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447729
96	NC_020937	GCT	2	6	5993	5998	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478447729
97	NC_020937	AGA	2	6	6002	6007	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447729
98	NC_020937	TGG	2	6	6038	6043	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478447729
99	NC_020937	AGA	3	9	6056	6064	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447729
100	NC_020937	GGA	2	6	6065	6070	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478447729
101	NC_020937	TCA	2	6	6250	6255	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478447729
102	NC_020937	GGA	2	6	6287	6292	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478447729
103	NC_020937	CTT	2	6	6347	6352	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478447729
104	NC_020937	CTG	2	6	6353	6358	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478447729
105	NC_020937	CAG	2	6	6508	6513	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478447729
106	NC_020937	CTT	2	6	6959	6964	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_020937	AGG	2	6	7037	7042	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478447730
108	NC_020937	GAA	2	6	7081	7086	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447730
109	NC_020937	GCA	2	6	7345	7350	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478447730
110	NC_020937	AAG	2	6	7386	7391	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447730
111	NC_020937	TGC	2	6	7419	7424	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478447730
112	NC_020937	GAA	2	6	7674	7679	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_020937	TTA	2	6	7751	7756	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020937	GAA	2	6	7800	7805	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_020937	ATG	2	6	7836	7841	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020937	TCG	2	6	7913	7918	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478447731
117	NC_020937	TCC	2	6	7956	7961	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478447731
118	NC_020937	GTT	2	6	8064	8069	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478447731
119	NC_020937	TTA	2	6	8434	8439	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478447731
120	NC_020937	TTC	2	6	8757	8762	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478447731
121	NC_020937	GAA	2	6	8901	8906	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447732
122	NC_020937	ACC	2	6	9029	9034	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478447732
123	NC_020937	CTT	2	6	9082	9087	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478447732
124	NC_020937	GAG	2	6	9162	9167	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478447732
125	NC_020937	ATA	2	6	9179	9184	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478447732
126	NC_020937	AGG	2	6	9203	9208	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478447732
127	NC_020937	GAA	2	6	9383	9388	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478447732
128	NC_020937	CAG	2	6	9399	9404	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478447732
129	NC_020937	TGT	2	6	9470	9475	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478447732
130	NC_020937	GAG	2	6	9485	9490	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478447732
131	NC_020937	TAC	2	6	9553	9558	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478447732
132	NC_020937	GTT	2	6	9657	9662	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478447732
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259	NC_020937	GCT	2	6	19390	19395	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478447741
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