MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/Ams5 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 109

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020936	TATTT	2	10	7631	7640	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020936	GGTGT	2	10	13891	13900	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020936	AAAGA	2	10	33677	33686	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020936	TGCAA	2	10	42910	42919	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_020936	GAAGA	2	10	48523	48532	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020936	CTATT	2	10	50104	50113	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_020936	AATTT	2	10	54629	54638	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020936	AAAAG	2	10	69580	69589	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020936	CTTGC	2	10	72523	72532	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_020936	AAAAG	2	10	77273	77282	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020936	ATCAA	2	10	78971	78980	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_020936	TTTGT	2	10	85710	85719	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020936	AATAA	2	10	88709	88718	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020936	CTTTT	2	10	94781	94790	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_020936	ACAAA	2	10	98327	98336	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_020936	GCTCT	2	10	114607	114616	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_020936	TTGCA	2	10	137659	137668	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_020936	AAGAG	2	10	138911	138920	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020936	AAAAG	2	10	142132	142141	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020936	CAAAA	2	10	162386	162395	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_020936	AGAAA	2	10	183318	183327	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020936	CGATA	2	10	188563	188572	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_020936	CTAAG	2	10	199256	199265	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_020936	ATTTC	2	10	217784	217793	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_020936	CAATA	2	10	220907	220916	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_020936	TACAA	2	10	244618	244627	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_020936	TTTCA	2	10	260747	260756	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_020936	AAAGC	2	10	295573	295582	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_020936	TGTTT	2	10	298452	298461	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020936	GCAAC	2	10	330477	330486	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
31	NC_020936	CTTGT	2	10	330537	330546	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_020936	CCTTT	2	10	330996	331005	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
33	NC_020936	AAGGC	2	10	358750	358759	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_020936	GCTTC	2	10	360859	360868	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_020936	AGTAG	2	10	360936	360945	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020936	TCTCT	2	10	364508	364517	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
37	NC_020936	AACAA	2	10	364891	364900	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_020936	AAAAC	2	10	365215	365224	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_020936	AAGCG	2	10	400730	400739	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_020936	TATCT	2	10	406258	406267	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_020936	GTATA	2	10	412977	412986	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020936	AGCAA	2	10	413013	413022	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
43	NC_020936	AAAAT	2	10	414862	414871	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020936	CTCTT	2	10	424931	424940	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
45	NC_020936	TAAAA	2	10	427473	427482	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020936	AGAAA	2	10	433147	433156	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020936	CTCTT	2	10	433186	433195	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
48	NC_020936	GAAGA	2	10	433196	433205	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020936	AAATT	2	10	433475	433484	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020936	AATTT	2	10	433496	433505	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020936	TAAAA	2	10	461708	461717	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020936	CAAAA	2	10	482115	482124	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_020936	AATCT	2	10	499458	499467	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_020936	CTTCT	2	10	499671	499680	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
55	NC_020936	TTTCT	2	10	505058	505067	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_020936	CCTTT	2	10	506067	506076	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
57	NC_020936	TAAAA	2	10	511082	511091	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020936	AGGAA	2	10	513066	513075	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020936	ATGAA	2	10	513089	513098	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020936	TCCTC	2	10	514188	514197	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
61	NC_020936	TTGGA	2	10	520529	520538	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020936	CAAAA	2	10	521295	521304	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_020936	TTTTC	2	10	533311	533320	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_020936	AAAAG	2	10	554578	554587	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020936	GAAAA	2	10	561760	561769	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020936	ATTTT	2	10	563197	563206	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020936	ATACT	2	10	569270	569279	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_020936	TCCCC	2	10	572063	572072	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
69	NC_020936	AAAGG	2	10	578226	578235	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020936	TTTCC	2	10	625843	625852	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
71	NC_020936	TTATT	2	10	645572	645581	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020936	TCGTC	2	10	646675	646684	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
73	NC_020936	AGAAA	2	10	679240	679249	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020936	TTTAT	2	10	694237	694246	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020936	TCATG	2	10	694432	694441	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_020936	AAAAC	2	10	698544	698553	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_020936	GAAAA	2	10	703894	703903	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020936	TTATT	2	10	710956	710965	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020936	GAAGA	2	10	733858	733867	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020936	TTTCT	2	10	743369	743378	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_020936	AGAAT	2	10	756667	756676	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020936	AGGGG	2	10	756898	756907	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020936	AAAAG	2	10	777481	777490	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020936	AGGTA	2	10	780880	780889	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020936	TCCTT	2	10	782063	782072	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
86	NC_020936	CTCCA	2	10	782217	782226	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
87	NC_020936	TTTCT	2	10	801477	801486	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_020936	AGAAA	2	10	810009	810018	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020936	AAGAG	2	10	821849	821858	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020936	CTTTT	2	10	856185	856194	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_020936	AGAAA	2	10	860536	860545	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020936	CTTTT	2	10	878229	878238	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_020936	TAGAA	2	10	886698	886707	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020936	CTTTT	2	10	902732	902741	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_020936	TTTTA	2	10	903477	903486	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020936	AGAGC	2	10	905765	905774	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
97	NC_020936	AAGAG	2	10	925435	925444	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020936	GCTAG	2	10	925461	925470	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
99	NC_020936	TCGTT	2	10	933847	933856	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_020936	TTCTT	2	10	936804	936813	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_020936	GCCTG	2	10	953163	953172	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
102	NC_020936	CTTCA	2	10	958644	958653	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
103	NC_020936	CTAGT	2	10	965503	965512	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_020936	TAAAA	2	10	981498	981507	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020936	ATAAA	2	10	981529	981538	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020936	TATTT	2	10	1005096	1005105	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020936	TAGAA	2	10	1016520	1016529	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020936	TTTTC	2	10	1034840	1034849	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_020936	TTTTA	2	10	1038821	1038830	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.