MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/Ams5 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 338

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020936	AAGG	2	8	1906	1913	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020936	GGAG	2	8	6903	6910	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020936	TATG	2	8	7552	7559	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020936	ATTT	2	8	7693	7700	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020936	TTTG	2	8	7785	7792	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020936	TATT	2	8	9908	9915	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020936	AGAA	2	8	11802	11809	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020936	AAGG	2	8	14023	14030	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020936	CAAA	2	8	16657	16664	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_020936	GCCA	2	8	21605	21612	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
11	NC_020936	CGCT	2	8	21853	21860	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
12	NC_020936	TTAA	2	8	21874	21881	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020936	GTTA	2	8	21911	21918	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020936	GATC	2	8	21966	21973	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
15	NC_020936	ATTG	2	8	28523	28530	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020936	TGTT	2	8	44330	44337	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020936	AATA	2	8	44568	44575	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020936	AAGT	2	8	48490	48497	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020936	TATT	2	8	52753	52760	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020936	GTTT	2	8	54613	54620	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020936	TGTT	2	8	54621	54628	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020936	TAAT	2	8	54665	54672	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020936	CAGA	2	8	61336	61343	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_020936	ACAA	2	8	67980	67987	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_020936	AAGG	2	8	68078	68085	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020936	GATA	2	8	72547	72554	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020936	TCTA	2	8	77206	77213	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
28	NC_020936	GTTT	2	8	79980	79987	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020936	GGTT	2	8	80335	80342	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020936	GTTT	2	8	88642	88649	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020936	TTTA	2	8	88665	88672	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020936	GTTT	2	8	88677	88684	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020936	GTTT	2	8	88728	88735	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020936	AACA	2	8	88741	88748	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_020936	GAAT	2	8	90995	91002	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020936	AAGT	2	8	91027	91034	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020936	AAAT	2	8	94273	94280	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020936	CATT	2	8	94920	94927	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_020936	TATT	2	8	98304	98311	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020936	GATA	2	8	100193	100200	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020936	AAGA	2	8	107286	107293	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020936	CTGG	2	8	121000	121007	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
43	NC_020936	TTCC	2	8	123197	123204	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
44	NC_020936	GTTT	2	8	135574	135581	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020936	ATCT	2	8	152293	152300	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
46	NC_020936	GCTG	2	8	152332	152339	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
47	NC_020936	TGTT	2	8	157907	157914	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020936	AAAG	2	8	158749	158756	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020936	TTTA	2	8	158758	158765	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020936	TAAT	2	8	158875	158882	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020936	TAAT	2	8	159711	159718	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020936	GCTT	2	8	162356	162363	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
53	NC_020936	CTTC	2	8	166427	166434	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
54	NC_020936	TTAG	2	8	170835	170842	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020936	AAAC	2	8	172582	172589	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
56	NC_020936	GTAT	2	8	173764	173771	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020936	GGAA	2	8	178950	178957	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020936	TTGA	2	8	180136	180143	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020936	TTCC	2	8	181783	181790	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_020936	TCTA	2	8	181851	181858	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
61	NC_020936	AATT	2	8	181985	181992	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020936	AAGA	2	8	183339	183346	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020936	TCGC	2	8	184201	184208	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
64	NC_020936	AAAC	2	8	188645	188652	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_020936	GGAC	2	8	189004	189011	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
66	NC_020936	CTTT	2	8	190216	190223	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
67	NC_020936	ACGA	2	8	199090	199097	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_020936	GAAA	2	8	199376	199383	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020936	TAAA	2	8	200176	200183	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020936	CCTT	2	8	212510	212517	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
71	NC_020936	CTAT	2	8	216236	216243	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
72	NC_020936	GCAA	2	8	216480	216487	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
73	NC_020936	AATT	2	8	217817	217824	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020936	CTTG	2	8	218166	218173	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_020936	AAAC	2	8	221896	221903	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
76	NC_020936	TCCT	2	8	224520	224527	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_020936	AAAT	2	8	240135	240142	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020936	AAGA	2	8	240154	240161	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020936	TTTC	2	8	242755	242762	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
80	NC_020936	TAAA	2	8	243589	243596	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020936	AATA	2	8	247248	247255	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020936	GCAG	2	8	248910	248917	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
83	NC_020936	CCAA	2	8	250841	250848	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
84	NC_020936	AAAC	2	8	251449	251456	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
85	NC_020936	TAAA	2	8	260857	260864	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020936	CAAA	2	8	263792	263799	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
87	NC_020936	ATTT	2	8	270302	270309	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020936	GTTT	2	8	276144	276151	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020936	AAAG	2	8	276179	276186	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020936	TGCC	2	8	276667	276674	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
91	NC_020936	GGGA	2	8	280515	280522	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020936	TAAA	2	8	281657	281664	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020936	GATA	2	8	283318	283325	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020936	AATC	2	8	288443	288450	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_020936	ACAA	2	8	294210	294217	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
96	NC_020936	GCTT	2	8	295540	295547	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
97	NC_020936	CCCT	2	8	296107	296114	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
98	NC_020936	ACTA	2	8	298356	298363	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
99	NC_020936	TAAA	2	8	298579	298586	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020936	TCCA	2	8	301738	301745	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
101	NC_020936	TCCC	2	8	301940	301947	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
102	NC_020936	ATTG	2	8	303124	303131	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020936	AATA	2	8	314513	314520	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020936	TAAA	2	8	314534	314541	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020936	CAGA	2	8	314542	314549	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
106	NC_020936	AATA	2	8	314609	314616	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020936	AATT	2	8	318525	318532	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020936	GCTA	2	8	324911	324918	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
109	NC_020936	TTAA	2	8	330254	330261	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020936	CAGT	2	8	330599	330606	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NC_020936	CAAG	2	8	336788	336795	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
112	NC_020936	CGAT	2	8	344997	345004	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_020936	TTTA	2	8	360294	360301	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020936	CAAA	2	8	360588	360595	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
115	NC_020936	TAGT	2	8	360897	360904	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020936	GCTT	2	8	364950	364957	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_020936	TAAA	2	8	365230	365237	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020936	AAAT	2	8	366149	366156	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020936	ATCT	2	8	366204	366211	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_020936	TAAA	2	8	377983	377990	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020936	TTTA	2	8	387951	387958	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020936	GATT	2	8	388710	388717	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020936	AATT	2	8	388759	388766	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020936	ATAA	2	8	388819	388826	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020936	TTAT	2	8	392152	392159	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_020936	GCAA	2	8	392198	392205	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
127	NC_020936	TCAT	2	8	401495	401502	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_020936	CAAA	2	8	403631	403638	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
129	NC_020936	ATTT	2	8	413048	413055	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020936	AGAA	2	8	413058	413065	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020936	ATTA	2	8	414847	414854	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020936	GTAA	2	8	423242	423249	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_020936	GAAA	2	8	423291	423298	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020936	TTCT	2	8	424910	424917	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_020936	AACT	2	8	427142	427149	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_020936	CAAA	2	8	427489	427496	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_020936	ACTC	2	8	432180	432187	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
138	NC_020936	AAAC	2	8	437212	437219	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
139	NC_020936	AAAT	2	8	437354	437361	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_020936	TAAC	2	8	439920	439927	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
141	NC_020936	AATT	2	8	444784	444791	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_020936	AAAC	2	8	444797	444804	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_020936	CTTC	2	8	444939	444946	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
144	NC_020936	TCTT	2	8	450604	450611	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_020936	TAAT	2	8	450617	450624	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_020936	GCAA	2	8	454271	454278	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
147	NC_020936	CTTT	2	8	461820	461827	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
148	NC_020936	TTCT	2	8	463261	463268	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
149	NC_020936	CAAA	2	8	463286	463293	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
150	NC_020936	AGAA	2	8	482316	482323	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
151	NC_020936	AACA	2	8	485913	485920	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
152	NC_020936	TAAA	2	8	485976	485983	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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335	NC_020936	TAAT	2	8	1028701	1028708	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.