MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/Canada1 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 281

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020935	GAAGGA	2	12	1357	1368	50 %	0 %	50 %	0 %	478452225
2	NC_020935	AAAGCT	2	12	5538	5549	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478452229
3	NC_020935	TAGCAA	2	12	11428	11439	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478452235
4	NC_020935	AAAGCT	2	12	11559	11570	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478452235
5	NC_020935	TAGTGA	2	12	12705	12716	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478452236
6	NC_020935	ATATAC	2	12	16572	16583	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478452239
7	NC_020935	GTTCCT	2	12	19990	20001	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478452242
8	NC_020935	CTTTTT	2	12	22144	22155	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478452244
9	NC_020935	GTGAGG	2	12	26075	26086	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478452245
10	NC_020935	GGATTT	2	12	36552	36563	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478452257
11	NC_020935	AATTAG	2	12	37972	37983	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478452258
12	NC_020935	TTCCTG	2	12	38271	38282	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478452258
13	NC_020935	TTTTGA	2	12	45508	45519	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478452264
14	NC_020935	TGAACG	2	12	52919	52930	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478452271
15	NC_020935	GTGATT	2	12	52938	52949	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478452271
16	NC_020935	GGTTCA	2	12	55708	55719	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478452273
17	NC_020935	GAAAAG	2	12	56964	56975	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452274
18	NC_020935	AGTTGT	2	12	58169	58180	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478452275
19	NC_020935	AGTTGT	2	12	58313	58324	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478452275
20	NC_020935	TCTTGT	2	12	59222	59233	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478452275
21	NC_020935	TCCTAA	2	12	60034	60045	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478452276
22	NC_020935	GTTCTT	2	12	63948	63959	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478452278
23	NC_020935	CTATTT	2	12	72258	72269	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478452285
24	NC_020935	ACTCTT	2	12	73387	73398	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478452286
25	NC_020935	TTTCTG	2	12	73937	73948	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478452287
26	NC_020935	GATCAT	2	12	74067	74078	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478452287
27	NC_020935	TAGTAC	2	12	77061	77072	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478452288
28	NC_020935	GGTTTA	2	12	80714	80725	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478452291
29	NC_020935	GTCTGT	2	12	83758	83769	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478452294
30	NC_020935	TTCTGA	2	12	89377	89388	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478452299
31	NC_020935	AAAAGA	2	12	94441	94452	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478452304
32	NC_020935	AGCTGT	2	12	96529	96540	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478452306
33	NC_020935	TCTTTT	2	12	97194	97205	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478452308
34	NC_020935	GGGGCT	2	12	98142	98153	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	478452308
35	NC_020935	TTTGAG	2	12	100342	100353	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478452310
36	NC_020935	TCAGAA	2	12	106983	106994	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478452315
37	NC_020935	CATAAC	2	12	110027	110038	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478452318
38	NC_020935	TGTTCT	2	12	112794	112805	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478452320
39	NC_020935	ACTTCG	2	12	116087	116098	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478452322
40	NC_020935	TTGCCA	2	12	119628	119639	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478452327
41	NC_020935	TTGGTA	2	12	121242	121253	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478452329
42	NC_020935	AGGATC	2	12	121621	121632	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478452329
43	NC_020935	AAGGGT	2	12	123428	123439	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478452330
44	NC_020935	GGGTTT	2	12	124391	124402	0 %	50 %	50 %	0 %	478452331
45	NC_020935	TTGCAT	2	12	124673	124684	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478452331
46	NC_020935	AAGAGA	2	12	125042	125053	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452331
47	NC_020935	TTAAAA	2	12	133978	133989	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478452337
48	NC_020935	AGGTTG	2	12	135220	135231	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	478452338
49	NC_020935	GAGTTA	2	12	140268	140279	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478452347
50	NC_020935	TGGAAA	2	12	142821	142832	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478452350
51	NC_020935	TGGAAT	2	12	143696	143707	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478452351
52	NC_020935	ATGGTT	2	12	143940	143951	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478452351
53	NC_020935	TGCTCT	2	12	146086	146097	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478452354
54	NC_020935	GAAAGG	2	12	149824	149835	50 %	0 %	50 %	0 %	478452356
55	NC_020935	GCTTTG	2	12	150067	150078	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478452356
56	NC_020935	TGTGCG	2	12	154177	154188	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	478452360
57	NC_020935	CCTCAT	2	12	155475	155486	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478452361
58	NC_020935	TGGAGA	2	12	156933	156944	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478452363
59	NC_020935	CTCCAT	2	12	158302	158313	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478452364
60	NC_020935	TCCTTG	2	12	158898	158909	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478452365
61	NC_020935	AACAGC	2	12	161535	161546	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478452368
62	NC_020935	TAAAAA	2	12	173964	173975	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478452374
63	NC_020935	AAAAAG	2	12	174131	174142	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478452375
64	NC_020935	ATTTGC	2	12	189253	189264	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478452388
65	NC_020935	AAACAT	2	12	190346	190357	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478452390
66	NC_020935	AGCAAC	2	12	190681	190692	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478452390
67	NC_020935	TCTGGA	2	12	195952	195963	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478452396
68	NC_020935	CTGGAT	2	12	211540	211551	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478452409
69	NC_020935	GAAATA	2	12	211863	211874	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478452409
70	NC_020935	GATGCA	2	12	218756	218767	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478452417
71	NC_020935	ACTCCA	2	12	219646	219657	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478452418
72	NC_020935	CTGCTT	2	12	219878	219889	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478452418
73	NC_020935	ATTGCT	2	12	223187	223198	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478452421
74	NC_020935	TCCTAG	2	12	223477	223488	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478452421
75	NC_020935	GCAACG	2	12	223965	223976	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478452422
76	NC_020935	CTTAGC	2	12	226597	226608	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478452424
77	NC_020935	TTCCTT	2	12	233429	233440	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478452429
78	NC_020935	TCTCCT	2	12	236310	236321	0 %	50 %	0 %	50 %	478452430
79	NC_020935	CCTGCA	2	12	252285	252296	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478452449
80	NC_020935	ACCTTT	2	12	257480	257491	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478452454
81	NC_020935	TCATAA	2	12	265326	265337	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478452461
82	NC_020935	AAGTGT	2	12	266052	266063	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478452461
83	NC_020935	ATCTAA	2	12	269328	269339	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478452464
84	NC_020935	TGGAAT	2	12	271527	271538	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478452466
85	NC_020935	GGAACA	2	12	275414	275425	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	478452468
86	NC_020935	CACGCG	2	12	277787	277798	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	478452470
87	NC_020935	TTTCTT	2	12	277966	277977	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478452470
88	NC_020935	CTCCTA	2	12	282128	282139	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478452473
89	NC_020935	GCAATG	2	12	288247	288258	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478452479
90	NC_020935	CGACAT	2	12	288920	288931	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478452480
91	NC_020935	CCCTTA	2	12	290374	290385	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478452482
92	NC_020935	AAAATA	2	12	292472	292483	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478452484
93	NC_020935	ACCACT	2	12	294827	294838	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478452486
94	NC_020935	CATTGC	2	12	298073	298084	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478452489
95	NC_020935	CCAAAA	2	12	299252	299263	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478452490
96	NC_020935	TCTTTT	2	12	301137	301148	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478452492
97	NC_020935	CAAGAC	2	12	302228	302239	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478452493
98	NC_020935	AGCTTA	2	12	303508	303519	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478452495
99	NC_020935	CAAAGA	2	12	308893	308904	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478452500
100	NC_020935	ATGGCT	2	12	309509	309520	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478452501
101	NC_020935	TACAAA	2	12	313700	313711	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478452505
102	NC_020935	TTAATT	2	12	315380	315391	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478452506
103	NC_020935	AAAACA	2	12	318865	318876	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	478452508
104	NC_020935	CAGGAC	2	12	340835	340846	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478452526
105	NC_020935	ATTCAA	2	12	345762	345773	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478452532
106	NC_020935	AGACCG	2	12	345836	345847	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478452532
107	NC_020935	TTCTTA	2	12	357739	357750	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478452540
108	NC_020935	CAGCCT	2	12	369816	369827	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478452553
109	NC_020935	ATGCTA	2	12	373733	373744	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478452555
110	NC_020935	CAATAG	2	12	380339	380350	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478452558
111	NC_020935	ACTGAA	2	12	380480	380491	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478452558
112	NC_020935	CTGCAC	2	12	380673	380684	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478452558
113	NC_020935	TCCATA	2	12	391032	391043	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478452567
114	NC_020935	TTAGGT	2	12	392383	392394	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478452569
115	NC_020935	AGGGAA	2	12	393709	393720	50 %	0 %	50 %	0 %	478452570
116	NC_020935	CTGAAG	2	12	394544	394555	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478452571
117	NC_020935	TAATCT	2	12	399964	399975	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	478452574
118	NC_020935	GAACAA	2	12	400466	400477	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478452575
119	NC_020935	CTAAAG	2	12	400849	400860	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478452576
120	NC_020935	CCTTTC	2	12	402013	402024	0 %	50 %	0 %	50 %	478452577
121	NC_020935	TTTTAA	2	12	405877	405888	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478452579
122	NC_020935	ACATGC	2	12	411554	411565	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478452587
123	NC_020935	GGCTCT	2	12	412289	412300	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478452588
124	NC_020935	ATCTTG	2	12	413883	413894	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478452589
125	NC_020935	CCCCCA	2	12	415217	415228	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	478452590
126	NC_020935	TTCCTC	2	12	419282	419293	0 %	50 %	0 %	50 %	478452594
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129	NC_020935	TGATAA	2	12	425348	425359	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478452599
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131	NC_020935	TTCTCC	2	12	439757	439768	0 %	50 %	0 %	50 %	478452613
132	NC_020935	ATGAAG	2	12	448808	448819	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478452621
133	NC_020935	TAACTC	2	12	449325	449336	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478452621
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136	NC_020935	CCAATA	2	12	457653	457664	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478452626
137	NC_020935	ATCGGC	2	12	463500	463511	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	478452634
138	NC_020935	TATTGG	2	12	464093	464104	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478452634
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140	NC_020935	TCTTCA	2	12	476865	476876	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478452638
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144	NC_020935	CTGAAG	2	12	491990	492001	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478452651
145	NC_020935	TGAGTA	2	12	492444	492455	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478452651
146	NC_020935	AAACTG	2	12	495891	495902	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478452655
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148	NC_020935	AGTTTT	2	12	505237	505248	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478452665
149	NC_020935	GGTTGT	2	12	507365	507376	0 %	50 %	50 %	0 %	478452667
150	NC_020935	GCTGTT	2	12	509723	509734	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478452669
151	NC_020935	CTCTAT	2	12	513213	513224	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478452673
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158	NC_020935	ACTGTA	2	12	527905	527916	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478452683
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185	NC_020935	ACTGTA	2	12	615866	615877	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478452778
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215	NC_020935	ATGCAA	2	12	761367	761378	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478452901
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223	NC_020935	AAGCTC	2	12	792414	792425	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478452927
224	NC_020935	TTTCTT	2	12	795277	795288	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478452929
225	NC_020935	AGAAAT	2	12	798467	798478	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478452932
226	NC_020935	GAAATT	2	12	800081	800092	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478452934
227	NC_020935	TAGCCT	2	12	803710	803721	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478452935
228	NC_020935	CACCTA	2	12	818272	818283	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478452945
229	NC_020935	AAGAGG	2	12	824152	824163	50 %	0 %	50 %	0 %	478452949
230	NC_020935	GAAAGG	2	12	829029	829040	50 %	0 %	50 %	0 %	478452954
231	NC_020935	AGCTTC	2	12	830483	830494	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478452955
232	NC_020935	ATCACA	2	12	834587	834598	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478452960
233	NC_020935	GATCCG	2	12	839196	839207	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	478452964
234	NC_020935	TTATGC	2	12	846146	846157	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478452970
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.