MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/Canada1 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 110

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020935	TATTT	2	10	7631	7640	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020935	GGTGT	2	10	13906	13915	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020935	AAAGA	2	10	33693	33702	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020935	TGCAA	2	10	42926	42935	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_020935	GAAGA	2	10	48539	48548	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020935	CTATT	2	10	50120	50129	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_020935	AATTT	2	10	54646	54655	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020935	AAAAG	2	10	69596	69605	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020935	CTTGC	2	10	72539	72548	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_020935	AAAAG	2	10	77289	77298	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020935	ATCAA	2	10	78987	78996	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_020935	TTTGT	2	10	85731	85740	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020935	AATAA	2	10	88730	88739	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020935	CTTTT	2	10	94802	94811	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_020935	ACAAA	2	10	98343	98352	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_020935	GCTCT	2	10	114623	114632	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_020935	ATCCA	2	10	129352	129361	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
18	NC_020935	TTGCA	2	10	137676	137685	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_020935	AAGAG	2	10	138928	138937	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020935	AAAAG	2	10	142149	142158	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020935	CAAAA	2	10	162344	162353	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_020935	AGAAA	2	10	183276	183285	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020935	CGATA	2	10	188521	188530	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_020935	CTAAG	2	10	199210	199219	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_020935	ATTTC	2	10	217738	217747	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_020935	CAATA	2	10	220861	220870	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_020935	TACAA	2	10	244572	244581	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_020935	TTTCA	2	10	260701	260710	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_020935	AAAGC	2	10	295528	295537	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_020935	TGTTT	2	10	298407	298416	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020935	GCAAC	2	10	330434	330443	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
32	NC_020935	CTTGT	2	10	330494	330503	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_020935	CCTTT	2	10	330948	330957	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
34	NC_020935	AAGGC	2	10	358652	358661	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
35	NC_020935	GCTTC	2	10	360761	360770	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
36	NC_020935	AGTAG	2	10	360838	360847	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020935	TCTCT	2	10	364410	364419	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
38	NC_020935	AACAA	2	10	364793	364802	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_020935	AAAAC	2	10	365117	365126	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_020935	AAGCG	2	10	400632	400641	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_020935	TATCT	2	10	406160	406169	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_020935	GTATA	2	10	412879	412888	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020935	AGCAA	2	10	412915	412924	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_020935	AAAAT	2	10	414764	414773	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020935	CTCTT	2	10	424833	424842	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
46	NC_020935	TAAAA	2	10	427375	427384	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020935	AGAAA	2	10	433049	433058	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020935	CTCTT	2	10	433088	433097	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
49	NC_020935	GAAGA	2	10	433098	433107	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020935	AAATT	2	10	433377	433386	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020935	AATTT	2	10	433398	433407	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020935	TAAAA	2	10	461610	461619	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020935	CAAAA	2	10	482016	482025	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_020935	AATCT	2	10	499359	499368	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_020935	CTTCT	2	10	499572	499581	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
56	NC_020935	TTTCT	2	10	504959	504968	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_020935	CCTTT	2	10	505968	505977	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
58	NC_020935	TAAAA	2	10	510983	510992	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020935	AGGAA	2	10	512964	512973	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020935	ATGAA	2	10	512987	512996	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020935	TCCTC	2	10	514086	514095	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
62	NC_020935	TTGGA	2	10	520427	520436	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020935	CAAAA	2	10	521193	521202	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_020935	TTTTC	2	10	533157	533166	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_020935	AAAAG	2	10	554424	554433	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020935	GAAAA	2	10	561606	561615	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020935	ATTTT	2	10	563043	563052	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020935	ATACT	2	10	569116	569125	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_020935	TCCCC	2	10	571909	571918	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
70	NC_020935	AAAGG	2	10	578021	578030	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020935	TTTCC	2	10	625638	625647	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
72	NC_020935	TTATT	2	10	645334	645343	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020935	TCGTC	2	10	646437	646446	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
74	NC_020935	AGAAA	2	10	679002	679011	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020935	TTTAT	2	10	693999	694008	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020935	TCATG	2	10	694194	694203	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_020935	AAAAC	2	10	698306	698315	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_020935	GAAAA	2	10	703656	703665	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020935	TTATT	2	10	710718	710727	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020935	GAAGA	2	10	733622	733631	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020935	TTTCT	2	10	743134	743143	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_020935	AGAAT	2	10	756432	756441	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020935	AGGGG	2	10	756663	756672	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020935	AAAAG	2	10	777246	777255	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020935	AGGTA	2	10	780645	780654	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020935	TCCTT	2	10	781828	781837	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
87	NC_020935	CTCCA	2	10	781982	781991	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
88	NC_020935	TTTCT	2	10	801242	801251	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_020935	AGAAA	2	10	809774	809783	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020935	AAGAG	2	10	821614	821623	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020935	CTTTT	2	10	855929	855938	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_020935	AGAAA	2	10	860280	860289	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020935	CTTTT	2	10	877973	877982	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_020935	TAGAA	2	10	886442	886451	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020935	CTTTT	2	10	902476	902485	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_020935	TTTTA	2	10	903221	903230	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020935	AGAGC	2	10	905509	905518	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
98	NC_020935	AAGAG	2	10	925179	925188	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020935	GCTAG	2	10	925205	925214	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
100	NC_020935	TCGTT	2	10	933532	933541	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_020935	TTCTT	2	10	936464	936473	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_020935	GCCTG	2	10	952823	952832	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
103	NC_020935	CTTCA	2	10	958304	958313	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
104	NC_020935	CTAGT	2	10	965163	965172	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_020935	TAAAA	2	10	981159	981168	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020935	ATAAA	2	10	981190	981199	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020935	TATTT	2	10	1004762	1004771	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020935	TAGAA	2	10	1016186	1016195	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020935	TTTTC	2	10	1034565	1034574	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_020935	TTTTA	2	10	1038514	1038523	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.