MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/Canada1 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 14061

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020935	AGG	2	6	18	23	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478452225
2	NC_020935	TAA	3	9	93	101	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478452225
3	NC_020935	AGT	2	6	168	173	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478452225
4	NC_020935	AAG	2	6	324	329	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452225
5	NC_020935	CAA	2	6	338	343	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478452225
6	NC_020935	AGT	2	6	364	369	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478452225
7	NC_020935	GTG	2	6	380	385	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478452225
8	NC_020935	CAG	2	6	413	418	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478452225
9	NC_020935	GCT	2	6	532	537	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478452225
10	NC_020935	ATT	2	6	557	562	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478452225
11	NC_020935	GCC	2	6	601	606	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	478452225
12	NC_020935	TGC	2	6	660	665	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478452225
13	NC_020935	ATT	2	6	672	677	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478452225
14	NC_020935	CGA	2	6	694	699	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478452225
15	NC_020935	TAT	2	6	836	841	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478452225
16	NC_020935	GAA	2	6	883	888	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452225
17	NC_020935	AGA	2	6	912	917	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452225
18	NC_020935	AGA	2	6	966	971	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452225
19	NC_020935	CAA	2	6	1039	1044	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478452225
20	NC_020935	TTG	2	6	1182	1187	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478452225
21	NC_020935	CTC	2	6	1211	1216	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478452225
22	NC_020935	GAT	2	6	1273	1278	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478452225
23	NC_020935	GAT	2	6	1327	1332	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478452225
24	NC_020935	ATG	2	6	1390	1395	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478452225
25	NC_020935	CTT	2	6	1610	1615	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478452225
26	NC_020935	CAG	2	6	1675	1680	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478452225
27	NC_020935	AAG	2	6	1817	1822	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020935	TGG	2	6	1833	1838	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020935	CTT	2	6	1840	1845	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_020935	ATG	2	6	1933	1938	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478452226
31	NC_020935	GTG	2	6	1939	1944	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478452226
32	NC_020935	TCC	2	6	1948	1953	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478452226
33	NC_020935	AGC	2	6	1962	1967	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478452226
34	NC_020935	AGC	2	6	1989	1994	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478452226
35	NC_020935	AAG	2	6	2000	2005	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452226
36	NC_020935	TAC	2	6	2038	2043	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478452226
37	NC_020935	GCT	2	6	2048	2053	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478452226
38	NC_020935	AAC	2	6	2146	2151	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478452226
39	NC_020935	AGA	2	6	2158	2163	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452226
40	NC_020935	TAA	2	6	2248	2253	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020935	AGA	2	6	2414	2419	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452227
42	NC_020935	ATC	2	6	2421	2426	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478452227
43	NC_020935	TGC	2	6	2441	2446	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478452227
44	NC_020935	CAT	2	6	2565	2570	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478452227
45	NC_020935	AGA	2	6	2594	2599	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452227
46	NC_020935	AAG	2	6	2623	2628	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452227
47	NC_020935	GGA	2	6	2658	2663	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478452227
48	NC_020935	ATC	2	6	2787	2792	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478452228
49	NC_020935	ATA	2	6	2937	2942	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478452228
50	NC_020935	AAC	2	6	2962	2967	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478452228
51	NC_020935	GGT	2	6	3016	3021	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478452228
52	NC_020935	AAT	2	6	3122	3127	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478452228
53	NC_020935	TTC	2	6	3157	3162	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478452228
54	NC_020935	GCA	2	6	3176	3181	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478452228
55	NC_020935	GGA	2	6	3224	3229	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478452228
56	NC_020935	CAG	2	6	3243	3248	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478452228
57	NC_020935	GTT	2	6	3260	3265	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478452228
58	NC_020935	GGT	2	6	3352	3357	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478452228
59	NC_020935	AAG	2	6	3510	3515	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452228
60	NC_020935	ATT	2	6	3572	3577	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478452228
61	NC_020935	TTG	2	6	3624	3629	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478452228
62	NC_020935	AAG	2	6	3735	3740	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452228
63	NC_020935	AAG	2	6	3750	3755	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452228
64	NC_020935	CAG	2	6	3792	3797	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478452228
65	NC_020935	GCT	2	6	3863	3868	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478452228
66	NC_020935	AAG	2	6	4029	4034	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452228
67	NC_020935	CAG	2	6	4079	4084	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478452228
68	NC_020935	GGA	2	6	4166	4171	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478452228
69	NC_020935	AAT	2	6	4176	4181	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478452228
70	NC_020935	ATT	2	6	4256	4261	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478452229
71	NC_020935	TGA	2	6	4286	4291	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478452229
72	NC_020935	GTA	2	6	4518	4523	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478452229
73	NC_020935	AGA	2	6	4565	4570	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452229
74	NC_020935	GAA	2	6	4749	4754	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452229
75	NC_020935	CGT	2	6	4881	4886	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478452229
76	NC_020935	GTT	2	6	4932	4937	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478452229
77	NC_020935	TGA	2	6	5069	5074	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478452229
78	NC_020935	TTG	2	6	5164	5169	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478452229
79	NC_020935	TTC	2	6	5305	5310	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478452229
80	NC_020935	TCT	2	6	5397	5402	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478452229
81	NC_020935	AGA	2	6	5417	5422	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452229
82	NC_020935	GTT	2	6	5444	5449	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478452229
83	NC_020935	GGT	2	6	5492	5497	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478452229
84	NC_020935	CTC	2	6	5596	5601	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478452229
85	NC_020935	AGC	2	6	5627	5632	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478452229
86	NC_020935	GCA	2	6	5652	5657	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_020935	AGA	2	6	5679	5684	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020935	ATT	2	6	5746	5751	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478452230
89	NC_020935	TCT	2	6	5764	5769	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478452230
90	NC_020935	GCT	2	6	5810	5815	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478452230
91	NC_020935	GAT	2	6	5845	5850	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478452230
92	NC_020935	ACG	2	6	5883	5888	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478452230
93	NC_020935	GAA	2	6	5907	5912	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452230
94	NC_020935	AGA	3	9	5984	5992	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452230
95	NC_020935	GCT	2	6	5993	5998	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478452230
96	NC_020935	AGA	2	6	6002	6007	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452230
97	NC_020935	TGG	2	6	6038	6043	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478452230
98	NC_020935	AGA	3	9	6056	6064	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452230
99	NC_020935	GGA	2	6	6065	6070	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478452230
100	NC_020935	TCA	2	6	6250	6255	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478452230
101	NC_020935	GGA	2	6	6287	6292	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478452230
102	NC_020935	CTT	2	6	6347	6352	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478452230
103	NC_020935	CTG	2	6	6353	6358	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478452230
104	NC_020935	CAG	2	6	6508	6513	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478452230
105	NC_020935	CTT	2	6	6959	6964	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_020935	AGG	2	6	7037	7042	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478452231
107	NC_020935	GAA	2	6	7081	7086	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452231
108	NC_020935	GCA	2	6	7345	7350	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478452231
109	NC_020935	AAG	2	6	7386	7391	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452231
110	NC_020935	TGC	2	6	7419	7424	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478452231
111	NC_020935	GAA	2	6	7674	7679	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_020935	TTA	2	6	7751	7756	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_020935	GAA	2	6	7800	7805	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020935	ATG	2	6	7836	7841	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_020935	TCG	2	6	7913	7918	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478452232
116	NC_020935	TCC	2	6	7956	7961	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478452232
117	NC_020935	GTT	2	6	8064	8069	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478452232
118	NC_020935	TTA	2	6	8434	8439	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478452232
119	NC_020935	TTC	2	6	8757	8762	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478452232
120	NC_020935	GAA	2	6	8901	8906	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452233
121	NC_020935	ACC	2	6	9029	9034	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478452233
122	NC_020935	CTT	2	6	9082	9087	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478452233
123	NC_020935	GAG	2	6	9162	9167	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478452233
124	NC_020935	ATA	2	6	9179	9184	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478452233
125	NC_020935	AGG	2	6	9203	9208	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478452233
126	NC_020935	GAA	2	6	9383	9388	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452233
127	NC_020935	CAG	2	6	9399	9404	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478452233
128	NC_020935	TGT	2	6	9470	9475	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478452233
129	NC_020935	GAG	2	6	9485	9490	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478452233
130	NC_020935	TAC	2	6	9553	9558	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478452233
131	NC_020935	GTT	2	6	9657	9662	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478452233
132	NC_020935	AAG	2	6	9681	9686	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452233
133	NC_020935	GAG	2	6	9707	9712	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478452233
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135	NC_020935	ATC	2	6	9790	9795	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_020935	GAA	2	6	9828	9833	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
137	NC_020935	CCT	2	6	9929	9934	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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252	NC_020935	AGA	2	6	18976	18981	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
253	NC_020935	AAT	3	9	19038	19046	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
254	NC_020935	TCT	2	6	19066	19071	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
255	NC_020935	TGC	2	6	19194	19199	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478452242
256	NC_020935	ACT	2	6	19376	19381	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478452242
257	NC_020935	GTA	2	6	19384	19389	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478452242
258	NC_020935	GCT	2	6	19390	19395	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478452242
259	NC_020935	TGT	2	6	19524	19529	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478452242
260	NC_020935	GAA	2	6	19602	19607	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452242
261	NC_020935	GAA	2	6	19614	19619	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452242
262	NC_020935	AAG	2	6	19649	19654	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452242
263	NC_020935	GAA	2	6	19780	19785	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452242
264	NC_020935	AAG	2	6	19841	19846	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452242
265	NC_020935	AGA	2	6	19968	19973	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452242
266	NC_020935	TGT	2	6	20010	20015	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478452242
267	NC_020935	TAT	2	6	20057	20062	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478452242
268	NC_020935	AGA	3	9	20216	20224	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452242
269	NC_020935	AAT	2	6	20272	20277	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478452242
270	NC_020935	CTA	2	6	20330	20335	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478452242
271	NC_020935	AAT	2	6	20395	20400	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478452242
272	NC_020935	AAG	2	6	20438	20443	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452242
273	NC_020935	CTT	3	9	20492	20500	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
274	NC_020935	GAG	2	6	20563	20568	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478452243
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276	NC_020935	TCC	2	6	20804	20809	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478452243
277	NC_020935	TCG	2	6	20813	20818	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478452243
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280	NC_020935	GAA	2	6	21017	21022	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
281	NC_020935	GGA	2	6	21211	21216	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
282	NC_020935	AGA	3	9	21251	21259	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
283	NC_020935	TGG	2	6	21470	21475	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
284	NC_020935	AAC	2	6	21509	21514	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
285	NC_020935	AGC	2	6	21526	21531	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
286	NC_020935	TGA	2	6	21727	21732	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
287	NC_020935	TCC	2	6	21844	21849	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
288	NC_020935	AAT	2	6	22020	22025	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
289	NC_020935	TGT	2	6	22223	22228	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478452244
290	NC_020935	GAA	2	6	22377	22382	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452244
291	NC_020935	GGA	2	6	22468	22473	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478452244
292	NC_020935	TGG	2	6	22503	22508	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478452244
293	NC_020935	GAC	2	6	22629	22634	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478452244
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295	NC_020935	TTG	2	6	22873	22878	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478452244
296	NC_020935	TTC	2	6	22942	22947	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478452244
297	NC_020935	CTG	2	6	23122	23127	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478452244
298	NC_020935	TCG	2	6	23141	23146	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478452244
299	NC_020935	GAA	2	6	23150	23155	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452244
300	NC_020935	TTG	2	6	23204	23209	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478452244
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302	NC_020935	TGA	2	6	23513	23518	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478452244
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320	NC_020935	AAG	2	6	25075	25080	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452244
321	NC_020935	TTA	2	6	25173	25178	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
322	NC_020935	AGA	2	6	25348	25353	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452245
323	NC_020935	TAA	2	6	25480	25485	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478452245
324	NC_020935	GGA	3	9	25512	25520	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478452245
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327	NC_020935	TTA	2	6	25980	25985	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478452245
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332	NC_020935	TGT	2	6	26699	26704	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478452245
333	NC_020935	TAG	2	6	26737	26742	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478452245
334	NC_020935	GCA	2	6	26811	26816	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478452245
335	NC_020935	CTT	2	6	26959	26964	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478452245
336	NC_020935	GAA	2	6	27024	27029	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452245
337	NC_020935	GAA	2	6	27031	27036	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452245
338	NC_020935	CGA	2	6	27039	27044	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478452245
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353	NC_020935	AAG	2	6	28405	28410	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452247
354	NC_020935	TAA	2	6	28481	28486	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
355	NC_020935	AGA	2	6	28593	28598	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
356	NC_020935	GAA	2	6	28643	28648	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452248
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368	NC_020935	AAG	2	6	29469	29474	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452248
369	NC_020935	GAA	2	6	29672	29677	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452248
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372	NC_020935	ACA	2	6	30000	30005	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478452249
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374	NC_020935	ATC	2	6	30316	30321	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478452249
375	NC_020935	ATG	2	6	30496	30501	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478452249
376	NC_020935	AGG	2	6	30609	30614	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478452250
377	NC_020935	GTT	2	6	30713	30718	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478452250
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379	NC_020935	TCT	2	6	30788	30793	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478452250
380	NC_020935	CTG	2	6	30810	30815	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478452250
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382	NC_020935	TTC	2	6	30906	30911	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478452250
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