MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/Ams2 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 280

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020934	GAAGGA	2	12	1357	1368	50 %	0 %	50 %	0 %	478449526
2	NC_020934	AAAGCT	2	12	5538	5549	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478449530
3	NC_020934	TAGCAA	2	12	11428	11439	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478449536
4	NC_020934	AAAGCT	2	12	11559	11570	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478449536
5	NC_020934	TAGTGA	2	12	12705	12716	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478449537
6	NC_020934	ATATAC	2	12	16572	16583	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478449540
7	NC_020934	GTTCCT	2	12	19990	20001	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478449543
8	NC_020934	CTTTTT	2	12	22144	22155	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478449545
9	NC_020934	GTGAGG	2	12	26074	26085	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478449546
10	NC_020934	GGATTT	2	12	36551	36562	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478449558
11	NC_020934	AATTAG	2	12	37971	37982	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478449559
12	NC_020934	TTCCTG	2	12	38270	38281	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478449559
13	NC_020934	TTTTGA	2	12	45507	45518	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478449565
14	NC_020934	TGAACG	2	12	52917	52928	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478449572
15	NC_020934	GTGATT	2	12	52936	52947	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478449572
16	NC_020934	GGTTCA	2	12	55706	55717	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478449574
17	NC_020934	GAAAAG	2	12	56962	56973	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478449575
18	NC_020934	AGTTGT	2	12	58167	58178	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478449576
19	NC_020934	AGTTGT	2	12	58311	58322	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478449576
20	NC_020934	TCTTGT	2	12	59220	59231	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478449576
21	NC_020934	TCCTAA	2	12	60033	60044	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478449577
22	NC_020934	GTTCTT	2	12	63947	63958	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478449579
23	NC_020934	CTATTT	2	12	72257	72268	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478449586
24	NC_020934	ACTCTT	2	12	73386	73397	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478449587
25	NC_020934	TTTCTG	2	12	73936	73947	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478449588
26	NC_020934	GATCAT	2	12	74066	74077	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478449588
27	NC_020934	TAGTAC	2	12	77060	77071	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478449589
28	NC_020934	GGTTTA	2	12	80713	80724	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478449592
29	NC_020934	GTCTGT	2	12	83757	83768	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478449595
30	NC_020934	TTCTGA	2	12	89371	89382	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478449599
31	NC_020934	AAAAGA	2	12	94435	94446	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478449604
32	NC_020934	AGCTGT	2	12	96528	96539	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478449605
33	NC_020934	TCTTTT	2	12	97193	97204	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478449607
34	NC_020934	GGGGCT	2	12	98141	98152	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	478449607
35	NC_020934	TTTGAG	2	12	100341	100352	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478449609
36	NC_020934	TCAGAA	2	12	106982	106993	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478449614
37	NC_020934	CATAAC	2	12	110026	110037	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478449617
38	NC_020934	TGTTCT	2	12	112793	112804	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478449619
39	NC_020934	ACTTCG	2	12	116086	116097	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478449621
40	NC_020934	TTGCCA	2	12	119627	119638	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478449626
41	NC_020934	TTGGTA	2	12	121241	121252	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478449628
42	NC_020934	AGGATC	2	12	121620	121631	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478449628
43	NC_020934	AAGGGT	2	12	123427	123438	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478449629
44	NC_020934	GGGTTT	2	12	124390	124401	0 %	50 %	50 %	0 %	478449630
45	NC_020934	TTGCAT	2	12	124672	124683	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478449630
46	NC_020934	AAGAGA	2	12	125041	125052	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478449630
47	NC_020934	TTAAAA	2	12	133976	133987	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478449637
48	NC_020934	AGGTTG	2	12	135218	135229	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	478449638
49	NC_020934	GAGTTA	2	12	140266	140277	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478449647
50	NC_020934	TGGAAA	2	12	142819	142830	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478449650
51	NC_020934	TGGAAT	2	12	143694	143705	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478449651
52	NC_020934	ATGGTT	2	12	143938	143949	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478449651
53	NC_020934	TGCTCT	2	12	146130	146141	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478449654
54	NC_020934	GAAAGG	2	12	149868	149879	50 %	0 %	50 %	0 %	478449656
55	NC_020934	GCTTTG	2	12	150111	150122	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478449656
56	NC_020934	TGTGCG	2	12	154234	154245	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	478449660
57	NC_020934	CCTCAT	2	12	155532	155543	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478449661
58	NC_020934	TGGAGA	2	12	156990	157001	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478449663
59	NC_020934	CTCCAT	2	12	158359	158370	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478449664
60	NC_020934	TCCTTG	2	12	158955	158966	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478449665
61	NC_020934	AACAGC	2	12	161592	161603	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478449668
62	NC_020934	TAAAAA	2	12	174021	174032	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478449674
63	NC_020934	AAAAAG	2	12	174188	174199	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478449675
64	NC_020934	ATTTGC	2	12	189310	189321	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478449688
65	NC_020934	AAACAT	2	12	190404	190415	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478449690
66	NC_020934	AGCAAC	2	12	190739	190750	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478449690
67	NC_020934	TCTGGA	2	12	196010	196021	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478449696
68	NC_020934	CTGGAT	2	12	211601	211612	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478449709
69	NC_020934	GAAATA	2	12	211924	211935	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478449709
70	NC_020934	GATGCA	2	12	218817	218828	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478449716
71	NC_020934	ACTCCA	2	12	219707	219718	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478449717
72	NC_020934	CTGCTT	2	12	219939	219950	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478449717
73	NC_020934	ATTGCT	2	12	223248	223259	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478449720
74	NC_020934	TCCTAG	2	12	223538	223549	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478449720
75	NC_020934	GCAACG	2	12	224026	224037	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478449721
76	NC_020934	CTTAGC	2	12	226658	226669	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478449723
77	NC_020934	TTCCTT	2	12	233490	233501	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478449728
78	NC_020934	TCTCCT	2	12	236371	236382	0 %	50 %	0 %	50 %	478449729
79	NC_020934	CCTGCA	2	12	252346	252357	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478449748
80	NC_020934	ACCTTT	2	12	257541	257552	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478449753
81	NC_020934	TCATAA	2	12	265387	265398	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478449760
82	NC_020934	AAGTGT	2	12	266113	266124	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478449760
83	NC_020934	ATCTAA	2	12	269389	269400	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478449763
84	NC_020934	TGGAAT	2	12	271587	271598	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478449765
85	NC_020934	GGAACA	2	12	275474	275485	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	478449767
86	NC_020934	CACGCG	2	12	277847	277858	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	478449769
87	NC_020934	TTTCTT	2	12	278026	278037	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478449769
88	NC_020934	CTCCTA	2	12	282188	282199	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478449772
89	NC_020934	GCAATG	2	12	288307	288318	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478449778
90	NC_020934	CGACAT	2	12	288980	288991	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478449779
91	NC_020934	CCCTTA	2	12	290434	290445	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478449781
92	NC_020934	AAAATA	2	12	292532	292543	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478449783
93	NC_020934	ACCACT	2	12	294887	294898	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478449785
94	NC_020934	CATTGC	2	12	298133	298144	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478449788
95	NC_020934	CCAAAA	2	12	299312	299323	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478449789
96	NC_020934	TCTTTT	2	12	301197	301208	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478449791
97	NC_020934	CAAGAC	2	12	302288	302299	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478449792
98	NC_020934	AGCTTA	2	12	303568	303579	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478449794
99	NC_020934	CAAAGA	2	12	308953	308964	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478449799
100	NC_020934	ATGGCT	2	12	309569	309580	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478449800
101	NC_020934	TACAAA	2	12	313759	313770	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478449803
102	NC_020934	TTAATT	2	12	315438	315449	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478449805
103	NC_020934	AAAACA	2	12	318923	318934	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	478449807
104	NC_020934	CAGGAC	2	12	340898	340909	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478449826
105	NC_020934	ATTCAA	2	12	345875	345886	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478449831
106	NC_020934	AGACCG	2	12	345949	345960	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478449831
107	NC_020934	TTCTTA	2	12	357852	357863	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478449839
108	NC_020934	CAGCCT	2	12	369929	369940	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478449852
109	NC_020934	ATGCTA	2	12	373846	373857	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478449854
110	NC_020934	CAATAG	2	12	380452	380463	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478449857
111	NC_020934	ACTGAA	2	12	380593	380604	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478449857
112	NC_020934	CTGCAC	2	12	380786	380797	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478449857
113	NC_020934	TCCATA	2	12	391145	391156	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478449866
114	NC_020934	TTAGGT	2	12	392496	392507	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478449868
115	NC_020934	AGGGAA	2	12	393822	393833	50 %	0 %	50 %	0 %	478449869
116	NC_020934	CTGAAG	2	12	394657	394668	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478449870
117	NC_020934	TAATCT	2	12	400077	400088	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	478449873
118	NC_020934	GAACAA	2	12	400579	400590	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478449874
119	NC_020934	CTAAAG	2	12	400962	400973	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478449875
120	NC_020934	CCTTTC	2	12	402126	402137	0 %	50 %	0 %	50 %	478449876
121	NC_020934	TTTTAA	2	12	405990	406001	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478449878
122	NC_020934	ACATGC	2	12	411667	411678	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478449886
123	NC_020934	GGCTCT	2	12	412402	412413	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478449887
124	NC_020934	ATCTTG	2	12	413996	414007	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478449888
125	NC_020934	CCCCCA	2	12	415330	415341	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	478449889
126	NC_020934	TTCCTC	2	12	419395	419406	0 %	50 %	0 %	50 %	478449893
127	NC_020934	CTCTAC	2	12	422649	422660	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478449895
128	NC_020934	CGGAAT	2	12	423556	423567	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478449897
129	NC_020934	TGATAA	2	12	425461	425472	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478449898
130	NC_020934	AGCTAA	2	12	427834	427845	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478449901
131	NC_020934	TTCTCC	2	12	439870	439881	0 %	50 %	0 %	50 %	478449912
132	NC_020934	ATGAAG	2	12	448921	448932	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478449920
133	NC_020934	TAACTC	2	12	449438	449449	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478449920
134	NC_020934	ATCCGC	2	12	450363	450374	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478449920
135	NC_020934	CTAAAG	2	12	452781	452792	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478449921
136	NC_020934	CCAATA	2	12	457766	457777	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478449925
137	NC_020934	ATCGGC	2	12	463613	463624	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	478449933
138	NC_020934	TATTGG	2	12	464206	464217	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478449933
139	NC_020934	AAATAC	2	12	474541	474552	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478449937
140	NC_020934	TCTTCA	2	12	476979	476990	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478449938
141	NC_020934	CTACAA	2	12	480754	480765	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478449938
142	NC_020934	CCAATC	2	12	485222	485233	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478449942
143	NC_020934	TTCTTT	2	12	489045	489056	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478449949
144	NC_020934	CTGAAG	2	12	492104	492115	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478449951
145	NC_020934	TGAGTA	2	12	492558	492569	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478449951
146	NC_020934	AAACTG	2	12	496005	496016	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478449955
147	NC_020934	GGTAAT	2	12	504343	504354	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478449963
148	NC_020934	AGTTTT	2	12	505351	505362	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478449965
149	NC_020934	GGTTGT	2	12	507479	507490	0 %	50 %	50 %	0 %	478449967
150	NC_020934	GCTGTT	2	12	509837	509848	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478449969
151	NC_020934	CTCTAT	2	12	513330	513341	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478449973
152	NC_020934	TGAACT	2	12	513837	513848	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478449973
153	NC_020934	TAATTC	2	12	515159	515170	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	478449974
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158	NC_020934	ACTGTA	2	12	528074	528085	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478449983
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163	NC_020934	CTTCCT	2	12	538835	538846	0 %	50 %	0 %	50 %	478449994
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169	NC_020934	GCATAG	2	12	556431	556442	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478450011
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180	NC_020934	CTGCTC	2	12	597521	597532	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	478450062
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185	NC_020934	CACTCT	2	12	616402	616413	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478450078
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201	NC_020934	GCATCA	2	12	685917	685928	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478450140
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213	NC_020934	GGAAGA	2	12	759305	759316	50 %	0 %	50 %	0 %	478450196
214	NC_020934	ATGCAA	2	12	761617	761628	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478450200
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217	NC_020934	TTTCCA	2	12	774109	774120	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478450211
218	NC_020934	ATGAAG	2	12	780723	780734	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478450215
219	NC_020934	ATTAGG	2	12	786507	786518	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478450220
220	NC_020934	CCCTGA	2	12	789503	789514	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478450223
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222	NC_020934	AAGCTC	2	12	792664	792675	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478450226
223	NC_020934	TTTCTT	2	12	795527	795538	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478450228
224	NC_020934	AGAAAT	2	12	798717	798728	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478450231
225	NC_020934	GAAATT	2	12	800331	800342	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478450233
226	NC_020934	TAGCCT	2	12	803960	803971	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478450234
227	NC_020934	CACCTA	2	12	818522	818533	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478450244
228	NC_020934	AAGAGG	2	12	824402	824413	50 %	0 %	50 %	0 %	478450248
229	NC_020934	GAAAGG	2	12	829279	829290	50 %	0 %	50 %	0 %	478450253
230	NC_020934	AGCTTC	2	12	830733	830744	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478450254
231	NC_020934	ATCACA	2	12	834837	834848	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478450259
232	NC_020934	GATCCG	2	12	839446	839457	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	478450263
233	NC_020934	TTATGC	2	12	846396	846407	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478450269
234	NC_020934	ATGGGG	2	12	849430	849441	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478450272
235	NC_020934	AAAGAA	2	12	849909	849920	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478450272
236	NC_020934	GGCTAG	2	12	850292	850303	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	478450272
237	NC_020934	GAGAAA	2	12	850339	850350	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478450272
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239	NC_020934	GACCTG	2	12	863200	863211	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	478450278
240	NC_020934	GAAGAG	2	12	883665	883676	50 %	0 %	50 %	0 %	478450288
241	NC_020934	TTTTCT	2	12	886055	886066	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478450289
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251	NC_020934	GACATA	2	12	915594	915605	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478450316
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.