MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/Canada2 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 755

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020932	TGTGA	2	10	3878	3887	20 %	40 %	40 %	0 %	478453142
2	NC_020932	TTGAA	2	10	4234	4243	40 %	40 %	20 %	0 %	478453143
3	NC_020932	GAGAA	2	10	4528	4537	60 %	0 %	40 %	0 %	478453143
4	NC_020932	GAAAA	2	10	4965	4974	80 %	0 %	20 %	0 %	478453143
5	NC_020932	TTACA	2	10	5120	5129	40 %	40 %	0 %	20 %	478453143
6	NC_020932	GTCTT	2	10	5816	5825	0 %	60 %	20 %	20 %	478453144
7	NC_020932	TATTT	2	10	7631	7640	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020932	TGGTA	2	10	8289	8298	20 %	40 %	40 %	0 %	478453146
9	NC_020932	CGAAA	2	10	9697	9706	60 %	0 %	20 %	20 %	478453147
10	NC_020932	GGCTG	2	10	10333	10342	0 %	20 %	60 %	20 %	478453148
11	NC_020932	CCTCT	2	10	11125	11134	0 %	40 %	0 %	60 %	478453149
12	NC_020932	AAAGG	2	10	11284	11293	60 %	0 %	40 %	0 %	478453149
13	NC_020932	AAGAA	2	10	12404	12413	80 %	0 %	20 %	0 %	478453150
14	NC_020932	AAAGA	2	10	13802	13811	80 %	0 %	20 %	0 %	478453151
15	NC_020932	GGTGT	2	10	13906	13915	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020932	GATTT	2	10	15649	15658	20 %	60 %	20 %	0 %	478453153
17	NC_020932	CGTTC	2	10	16760	16769	0 %	40 %	20 %	40 %	478453154
18	NC_020932	GCTTC	2	10	17133	17142	0 %	40 %	20 %	40 %	478453154
19	NC_020932	GAAGG	2	10	17504	17513	40 %	0 %	60 %	0 %	478453154
20	NC_020932	GTTGT	2	10	20930	20939	0 %	60 %	40 %	0 %	478453157
21	NC_020932	AAGAT	2	10	22042	22051	60 %	20 %	20 %	0 %	478453158
22	NC_020932	TTTGC	2	10	22653	22662	0 %	60 %	20 %	20 %	478453158
23	NC_020932	GGAAA	2	10	24407	24416	60 %	0 %	40 %	0 %	478453158
24	NC_020932	AGAGG	2	10	26132	26141	40 %	0 %	60 %	0 %	478453159
25	NC_020932	GGAGA	2	10	27911	27920	40 %	0 %	60 %	0 %	478453160
26	NC_020932	GGATA	2	10	27937	27946	40 %	20 %	40 %	0 %	478453160
27	NC_020932	ATCCG	2	10	28662	28671	20 %	20 %	20 %	40 %	478453162
28	NC_020932	AGGGT	2	10	29180	29189	20 %	20 %	60 %	0 %	478453162
29	NC_020932	CCTAT	2	10	30220	30229	20 %	40 %	0 %	40 %	478453163
30	NC_020932	GAAGG	2	10	31019	31028	40 %	0 %	60 %	0 %	478453164
31	NC_020932	GAGCT	2	10	32059	32068	20 %	20 %	40 %	20 %	478453165
32	NC_020932	AAAGA	2	10	33692	33701	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020932	CTATT	2	10	36733	36742	20 %	60 %	0 %	20 %	478453171
34	NC_020932	TCCTA	2	10	36780	36789	20 %	40 %	0 %	40 %	478453171
35	NC_020932	ACGAT	2	10	38695	38704	40 %	20 %	20 %	20 %	478453172
36	NC_020932	AATTT	2	10	39586	39595	40 %	60 %	0 %	0 %	478453173
37	NC_020932	AGCAA	2	10	42710	42719	60 %	0 %	20 %	20 %	478453175
38	NC_020932	CGATG	2	10	42767	42776	20 %	20 %	40 %	20 %	478453175
39	NC_020932	TGCAA	2	10	42925	42934	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_020932	TTTAT	2	10	44770	44779	20 %	80 %	0 %	0 %	478453178
41	NC_020932	CTTTC	2	10	46866	46875	0 %	60 %	0 %	40 %	478453180
42	NC_020932	AGTTT	2	10	47405	47414	20 %	60 %	20 %	0 %	478453180
43	NC_020932	GAAGA	2	10	48538	48547	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020932	CTATT	2	10	50119	50128	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_020932	CTTTT	2	10	50570	50579	0 %	80 %	0 %	20 %	478453183
46	NC_020932	CCGTA	2	10	54404	54413	20 %	20 %	20 %	40 %	478453186
47	NC_020932	AATTT	2	10	54644	54653	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020932	TTATC	2	10	55807	55816	20 %	60 %	0 %	20 %	478453187
49	NC_020932	GTTGT	2	10	56872	56881	0 %	60 %	40 %	0 %	478453188
50	NC_020932	GAGCA	2	10	60235	60244	40 %	0 %	40 %	20 %	478453190
51	NC_020932	TGTGA	2	10	62684	62693	20 %	40 %	40 %	0 %	478453192
52	NC_020932	AGTGA	2	10	64205	64214	40 %	20 %	40 %	0 %	478453193
53	NC_020932	CCTTC	2	10	64479	64488	0 %	40 %	0 %	60 %	478453193
54	NC_020932	AGGAG	2	10	66707	66716	40 %	0 %	60 %	0 %	478453195
55	NC_020932	GTTAA	2	10	66837	66846	40 %	40 %	20 %	0 %	478453195
56	NC_020932	CAAGC	2	10	69203	69212	40 %	0 %	20 %	40 %	478453197
57	NC_020932	AAAAG	2	10	69451	69460	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020932	GGAGC	2	10	70073	70082	20 %	0 %	60 %	20 %	478453198
59	NC_020932	GCGAT	2	10	70263	70272	20 %	20 %	40 %	20 %	478453198
60	NC_020932	CTCTT	2	10	70617	70626	0 %	60 %	0 %	40 %	478453198
61	NC_020932	AGGGG	2	10	71263	71272	20 %	0 %	80 %	0 %	478453198
62	NC_020932	AAGAA	2	10	71305	71314	80 %	0 %	20 %	0 %	478453198
63	NC_020932	CTTGC	2	10	72394	72403	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
64	NC_020932	ATTGG	2	10	72595	72604	20 %	40 %	40 %	0 %	478453200
65	NC_020932	GAAAA	2	10	73667	73676	80 %	0 %	20 %	0 %	478453200
66	NC_020932	TGGGA	2	10	74084	74093	20 %	20 %	60 %	0 %	478453201
67	NC_020932	TATTT	2	10	76611	76620	20 %	80 %	0 %	0 %	478453202
68	NC_020932	AAAAG	2	10	77144	77153	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020932	ATCAA	2	10	78842	78851	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_020932	TGTCT	2	10	80406	80415	0 %	60 %	20 %	20 %	478453205
71	NC_020932	TTACT	2	10	80913	80922	20 %	60 %	0 %	20 %	478453205
72	NC_020932	AGAAA	2	10	82303	82312	80 %	0 %	20 %	0 %	478453207
73	NC_020932	GGAAG	2	10	82816	82825	40 %	0 %	60 %	0 %	478453207
74	NC_020932	AGCGA	2	10	85282	85291	40 %	0 %	40 %	20 %	478453209
75	NC_020932	TTTGT	2	10	85581	85590	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020932	GATCC	2	10	86367	86376	20 %	20 %	20 %	40 %	478453210
77	NC_020932	AGAGC	2	10	87702	87711	40 %	0 %	40 %	20 %	478453211
78	NC_020932	AATAA	2	10	88580	88589	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020932	TTTTC	2	10	91434	91443	0 %	80 %	0 %	20 %	478453214
80	NC_020932	GGATG	2	10	91694	91703	20 %	20 %	60 %	0 %	478453215
81	NC_020932	CAACA	2	10	93233	93242	60 %	0 %	0 %	40 %	478453216
82	NC_020932	ACAGC	2	10	94278	94287	40 %	0 %	20 %	40 %	478453217
83	NC_020932	CTTTT	2	10	94652	94661	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_020932	GGAAC	2	10	94990	94999	40 %	0 %	40 %	20 %	478453218
85	NC_020932	GGATT	2	10	95890	95899	20 %	40 %	40 %	0 %	478453218
86	NC_020932	CAATC	2	10	96992	97001	40 %	20 %	0 %	40 %	478453220
87	NC_020932	TTTGC	2	10	97126	97135	0 %	60 %	20 %	20 %	478453220
88	NC_020932	ATTCA	2	10	97390	97399	40 %	40 %	0 %	20 %	478453220
89	NC_020932	GATCC	2	10	97649	97658	20 %	20 %	20 %	40 %	478453220
90	NC_020932	GTTTT	2	10	98070	98079	0 %	80 %	20 %	0 %	478453220
91	NC_020932	ACAAA	2	10	98198	98207	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_020932	AAGCT	2	10	99275	99284	40 %	20 %	20 %	20 %	478453221
93	NC_020932	AGGGG	2	10	99634	99643	20 %	0 %	80 %	0 %	478453221
94	NC_020932	ATAGC	2	10	100327	100336	40 %	20 %	20 %	20 %	478453222
95	NC_020932	TTCCC	2	10	100931	100940	0 %	40 %	0 %	60 %	478453223
96	NC_020932	AGCGA	2	10	103255	103264	40 %	0 %	40 %	20 %	478453225
97	NC_020932	TTTCT	2	10	103613	103622	0 %	80 %	0 %	20 %	478453225
98	NC_020932	CTTCT	2	10	103667	103676	0 %	60 %	0 %	40 %	478453225
99	NC_020932	ATCAT	2	10	104819	104828	40 %	40 %	0 %	20 %	478453226
100	NC_020932	GGCAT	2	10	105527	105536	20 %	20 %	40 %	20 %	478453226
101	NC_020932	AAAGC	2	10	109253	109262	60 %	0 %	20 %	20 %	478453229
102	NC_020932	GCATT	2	10	110413	110422	20 %	40 %	20 %	20 %	478453231
103	NC_020932	GCTCT	2	10	114478	114487	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
104	NC_020932	TGTTT	2	10	115102	115111	0 %	80 %	20 %	0 %	478453234
105	NC_020932	CATGT	2	10	115480	115489	20 %	40 %	20 %	20 %	478453234
106	NC_020932	TATCG	2	10	116184	116193	20 %	40 %	20 %	20 %	478453234
107	NC_020932	TTTCT	2	10	116700	116709	0 %	80 %	0 %	20 %	478453235
108	NC_020932	GGAGA	2	10	116896	116905	40 %	0 %	60 %	0 %	478453235
109	NC_020932	AAAGA	2	10	118947	118956	80 %	0 %	20 %	0 %	478453238
110	NC_020932	CCAAT	2	10	121910	121919	40 %	20 %	0 %	40 %	478453241
111	NC_020932	GCTTC	2	10	123011	123020	0 %	40 %	20 %	40 %	478453241
112	NC_020932	TACAA	2	10	126800	126809	60 %	20 %	0 %	20 %	478453245
113	NC_020932	ATCCA	2	10	129207	129216	40 %	20 %	0 %	40 %	478453249
114	NC_020932	GAAGA	2	10	130757	130766	60 %	0 %	40 %	0 %	478453249
115	NC_020932	AAAAG	2	10	132669	132678	80 %	0 %	20 %	0 %	478453250
116	NC_020932	GATTC	2	10	133000	133009	20 %	40 %	20 %	20 %	478453250
117	NC_020932	GGATA	2	10	135618	135627	40 %	20 %	40 %	0 %	478453252
118	NC_020932	ATTGT	2	10	136315	136324	20 %	60 %	20 %	0 %	478453253
119	NC_020932	TTGCA	2	10	137530	137539	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_020932	AAGAG	2	10	138782	138791	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020932	TCCAG	2	10	140487	140496	20 %	20 %	20 %	40 %	478453260
122	NC_020932	GTACA	2	10	141218	141227	40 %	20 %	20 %	20 %	478453261
123	NC_020932	TAGAT	2	10	141591	141600	40 %	40 %	20 %	0 %	478453261
124	NC_020932	AAAAG	2	10	142003	142012	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020932	AAAAC	2	10	142483	142492	80 %	0 %	0 %	20 %	478453262
126	NC_020932	TGCTA	2	10	143569	143578	20 %	40 %	20 %	20 %	478453264
127	NC_020932	GGAGC	2	10	143616	143625	20 %	0 %	60 %	20 %	478453264
128	NC_020932	CTGGG	2	10	145031	145040	0 %	20 %	60 %	20 %	478453266
129	NC_020932	GTTTT	2	10	145778	145787	0 %	80 %	20 %	0 %	478453267
130	NC_020932	GAACC	2	10	149512	149521	40 %	0 %	20 %	40 %	478453268
131	NC_020932	ATTCT	2	10	153009	153018	20 %	60 %	0 %	20 %	478453272
132	NC_020932	CTGTG	2	10	153213	153222	0 %	40 %	40 %	20 %	478453272
133	NC_020932	TTCTT	2	10	155686	155695	0 %	80 %	0 %	20 %	478453275
134	NC_020932	AGGAA	2	10	160245	160254	60 %	0 %	40 %	0 %	478453279
135	NC_020932	CAAAA	2	10	162257	162266	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_020932	AGAGA	2	10	163485	163494	60 %	0 %	40 %	0 %	478453282
137	NC_020932	AGCAA	2	10	163920	163929	60 %	0 %	20 %	20 %	478453282
138	NC_020932	TATGA	2	10	164344	164353	40 %	40 %	20 %	0 %	478453283
139	NC_020932	CAAAA	2	10	167423	167432	80 %	0 %	0 %	20 %	478453284
140	NC_020932	AAGAG	2	10	168256	168265	60 %	0 %	40 %	0 %	478453284
141	NC_020932	GATTG	2	10	168601	168610	20 %	40 %	40 %	0 %	478453284
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152	NC_020932	TGAGT	2	10	182824	182833	20 %	40 %	40 %	0 %	478453295
153	NC_020932	AGGGG	2	10	183021	183030	20 %	0 %	80 %	0 %	478453295
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155	NC_020932	TTGAG	2	10	183571	183580	20 %	40 %	40 %	0 %	478453296
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158	NC_020932	ACGAT	2	10	187622	187631	40 %	20 %	20 %	20 %	478453301
159	NC_020932	CGATA	2	10	188434	188443	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
160	NC_020932	TATGC	2	10	189385	189394	20 %	40 %	20 %	20 %	478453302
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168	NC_020932	CTAAG	2	10	199127	199136	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
169	NC_020932	CAAGA	2	10	199768	199777	60 %	0 %	20 %	20 %	478453314
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172	NC_020932	GGGAA	2	10	202153	202162	40 %	0 %	60 %	0 %	478453316
173	NC_020932	CTCTG	2	10	203567	203576	0 %	40 %	20 %	40 %	478453318
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175	NC_020932	CTTGT	2	10	211130	211139	0 %	60 %	20 %	20 %	478453323
176	NC_020932	TTTCT	2	10	211980	211989	0 %	80 %	0 %	20 %	478453323
177	NC_020932	AAATA	2	10	217200	217209	80 %	20 %	0 %	0 %	478453328
178	NC_020932	ATTTC	2	10	217655	217664	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
179	NC_020932	GAAAC	2	10	218816	218825	60 %	0 %	20 %	20 %	478453330
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181	NC_020932	TATCT	2	10	220996	221005	20 %	60 %	0 %	20 %	478453332
182	NC_020932	TTTTC	2	10	221198	221207	0 %	80 %	0 %	20 %	478453332
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203	NC_020932	GTTTT	2	10	253926	253935	0 %	80 %	20 %	0 %	478453363
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249	NC_020932	CTAAA	2	10	328168	328177	60 %	20 %	0 %	20 %	478453431
250	NC_020932	CAAAA	2	10	328648	328657	80 %	0 %	0 %	20 %	478453431
251	NC_020932	GCAAC	2	10	330348	330357	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
252	NC_020932	CTTGT	2	10	330408	330417	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
253	NC_020932	CCTTT	2	10	330867	330876	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
254	NC_020932	CTAAA	2	10	333970	333979	60 %	20 %	0 %	20 %	478453435
255	NC_020932	TCCAA	2	10	334605	334614	40 %	20 %	0 %	40 %	478453435
256	NC_020932	TCCAT	2	10	334688	334697	20 %	40 %	0 %	40 %	478453435
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259	NC_020932	CATTG	2	10	338883	338892	20 %	40 %	20 %	20 %	478453438
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261	NC_020932	AAAAG	2	10	343833	343842	80 %	0 %	20 %	0 %	478453442
262	NC_020932	ATCTC	2	10	347807	347816	20 %	40 %	0 %	40 %	478453447
263	NC_020932	CCTTC	2	10	350013	350022	0 %	40 %	0 %	60 %	478453447
264	NC_020932	CACGA	2	10	353524	353533	40 %	0 %	20 %	40 %	478453448
265	NC_020932	ATTTA	2	10	354109	354118	40 %	60 %	0 %	0 %	478453448
266	NC_020932	TAGCA	2	10	354355	354364	40 %	20 %	20 %	20 %	478453448
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268	NC_020932	GCTTC	2	10	360730	360739	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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