MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/Canada2 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 340

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020932	AAGG	2	8	1906	1913	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020932	GGAG	2	8	6903	6910	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020932	TATG	2	8	7552	7559	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020932	ATTT	2	8	7693	7700	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020932	TTTG	2	8	7785	7792	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020932	TATT	2	8	9908	9915	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020932	AGAA	2	8	11802	11809	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020932	AAGG	2	8	14038	14045	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020932	CAAA	2	8	16672	16679	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_020932	GCCA	2	8	21620	21627	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
11	NC_020932	CGCT	2	8	21868	21875	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
12	NC_020932	TTAA	2	8	21889	21896	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020932	GTTA	2	8	21926	21933	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020932	GATC	2	8	21981	21988	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
15	NC_020932	ATTG	2	8	28538	28545	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020932	TGTT	2	8	44345	44352	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020932	AATA	2	8	44583	44590	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020932	AAGT	2	8	48505	48512	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020932	TATT	2	8	52768	52775	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020932	GTTT	2	8	54628	54635	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020932	TGTT	2	8	54636	54643	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020932	TAAT	2	8	54680	54687	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020932	CAGA	2	8	61207	61214	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_020932	ACAA	2	8	67851	67858	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_020932	AAGG	2	8	67949	67956	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020932	GATA	2	8	72418	72425	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020932	TCTA	2	8	77077	77084	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
28	NC_020932	GTTT	2	8	79851	79858	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020932	GGTT	2	8	80206	80213	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020932	GTTT	2	8	88513	88520	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020932	TTTA	2	8	88536	88543	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020932	GTTT	2	8	88548	88555	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020932	GTTT	2	8	88599	88606	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020932	AACA	2	8	88612	88619	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_020932	GAAT	2	8	90866	90873	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020932	AAGT	2	8	90898	90905	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020932	AAAT	2	8	94144	94151	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020932	CATT	2	8	94791	94798	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_020932	TATT	2	8	98175	98182	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020932	GATA	2	8	100064	100071	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020932	AAGA	2	8	107157	107164	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020932	CTGG	2	8	120871	120878	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
43	NC_020932	TTCC	2	8	123068	123075	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
44	NC_020932	GTTT	2	8	135445	135452	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020932	ATCT	2	8	152164	152171	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
46	NC_020932	GCTG	2	8	152203	152210	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
47	NC_020932	TGTT	2	8	157778	157785	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020932	AAAG	2	8	158620	158627	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020932	TTTA	2	8	158629	158636	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020932	TAAT	2	8	158746	158753	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020932	TAAT	2	8	159582	159589	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020932	GCTT	2	8	162227	162234	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
53	NC_020932	CTTC	2	8	166298	166305	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
54	NC_020932	TTAG	2	8	170706	170713	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020932	AAAC	2	8	172453	172460	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
56	NC_020932	GTAT	2	8	173635	173642	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020932	GGAA	2	8	178821	178828	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020932	TTGA	2	8	180007	180014	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020932	TTCC	2	8	181654	181661	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_020932	TCTA	2	8	181722	181729	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
61	NC_020932	AATT	2	8	181856	181863	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020932	AAGA	2	8	183210	183217	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020932	TCGC	2	8	184072	184079	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
64	NC_020932	AAAC	2	8	188516	188523	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_020932	GGAC	2	8	188875	188882	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
66	NC_020932	CTTT	2	8	190087	190094	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
67	NC_020932	ACGA	2	8	198961	198968	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_020932	GAAA	2	8	199247	199254	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020932	TAAA	2	8	200047	200054	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020932	CCTT	2	8	212381	212388	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
71	NC_020932	CTAT	2	8	216107	216114	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
72	NC_020932	GCAA	2	8	216351	216358	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
73	NC_020932	AATT	2	8	217688	217695	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020932	CTTG	2	8	218037	218044	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_020932	AAAC	2	8	221767	221774	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
76	NC_020932	TCCT	2	8	224391	224398	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_020932	AAAT	2	8	240006	240013	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020932	AAGA	2	8	240025	240032	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020932	TTTC	2	8	242626	242633	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
80	NC_020932	TAAA	2	8	243460	243467	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020932	AATA	2	8	247119	247126	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020932	GCAG	2	8	248781	248788	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
83	NC_020932	CCAA	2	8	250712	250719	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
84	NC_020932	AAAC	2	8	251320	251327	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
85	NC_020932	TAAA	2	8	260728	260735	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020932	CAAA	2	8	263663	263670	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
87	NC_020932	ATTT	2	8	270173	270180	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020932	GTTT	2	8	276015	276022	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020932	AAAG	2	8	276050	276057	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020932	TGCC	2	8	276538	276545	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
91	NC_020932	GGGA	2	8	280386	280393	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020932	TAAA	2	8	281528	281535	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020932	GATA	2	8	283189	283196	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020932	AATC	2	8	288314	288321	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_020932	ACAA	2	8	294081	294088	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
96	NC_020932	GCTT	2	8	295411	295418	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
97	NC_020932	CCCT	2	8	295978	295985	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
98	NC_020932	ACTA	2	8	298227	298234	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
99	NC_020932	TAAA	2	8	298450	298457	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020932	TCCA	2	8	301609	301616	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
101	NC_020932	TCCC	2	8	301811	301818	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
102	NC_020932	ATTG	2	8	302995	303002	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020932	AATA	2	8	314384	314391	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020932	TAAA	2	8	314405	314412	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020932	CAGA	2	8	314413	314420	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
106	NC_020932	AATA	2	8	314480	314487	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020932	AATT	2	8	318396	318403	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020932	GCTA	2	8	324782	324789	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
109	NC_020932	TTAA	2	8	330125	330132	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020932	CAGT	2	8	330470	330477	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NC_020932	CAAG	2	8	336659	336666	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
112	NC_020932	CGAT	2	8	344868	344875	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_020932	TTTA	2	8	360165	360172	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020932	CAAA	2	8	360459	360466	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
115	NC_020932	TAGT	2	8	360768	360775	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020932	GCTT	2	8	364821	364828	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_020932	TAAA	2	8	365101	365108	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020932	AAAT	2	8	366020	366027	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020932	ATCT	2	8	366075	366082	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_020932	TAAA	2	8	377854	377861	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020932	TTTA	2	8	387822	387829	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020932	GATT	2	8	388581	388588	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020932	AATT	2	8	388630	388637	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020932	ATAA	2	8	388690	388697	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020932	TTAT	2	8	392023	392030	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_020932	GCAA	2	8	392069	392076	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
127	NC_020932	TCAT	2	8	401366	401373	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_020932	CAAA	2	8	403502	403509	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
129	NC_020932	AGCA	2	8	408646	408653	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
130	NC_020932	ATTT	2	8	412919	412926	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020932	AGAA	2	8	412929	412936	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020932	ATTA	2	8	414718	414725	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_020932	GTAA	2	8	423113	423120	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020932	GAAA	2	8	423162	423169	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
135	NC_020932	TTCT	2	8	424781	424788	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_020932	AACT	2	8	427013	427020	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_020932	CAAA	2	8	427360	427367	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_020932	ACTC	2	8	432051	432058	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
139	NC_020932	AAAC	2	8	437083	437090	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
140	NC_020932	AAAT	2	8	437225	437232	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_020932	TAAC	2	8	439791	439798	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
142	NC_020932	AATT	2	8	444655	444662	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_020932	AAAC	2	8	444668	444675	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
144	NC_020932	CTTC	2	8	444810	444817	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
145	NC_020932	TCTT	2	8	450475	450482	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
146	NC_020932	TAAT	2	8	450488	450495	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_020932	GCAA	2	8	454142	454149	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
148	NC_020932	CTTT	2	8	461691	461698	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
149	NC_020932	TTCT	2	8	463132	463139	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
150	NC_020932	CAAA	2	8	463157	463164	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
151	NC_020932	AGAA	2	8	482187	482194	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
152	NC_020932	AACA	2	8	485784	485791	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
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167	NC_020932	ATTC	2	8	513054	513061	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
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339	NC_020932	TATT	2	8	1038671	1038678	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
340	NC_020932	GGTT	2	8	1038735	1038742	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.