MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/UCH-2 complete genome

Total Repeats: 318

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020931	GAAGGA	2	12	1357	1368	50 %	0 %	50 %	0 %	478454032
2	NC_020931	AAAGCT	2	12	5538	5549	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478454036
3	NC_020931	CAAAAA	2	12	6849	6860	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_020931	TAGCAA	2	12	11428	11439	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478454042
5	NC_020931	AAAGCT	2	12	11559	11570	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478454042
6	NC_020931	TAGTGA	2	12	12705	12716	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454043
7	NC_020931	ATATAC	2	12	16572	16583	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478454046
8	NC_020931	GTTCCT	2	12	19990	20001	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478454049
9	NC_020931	CTTTTT	2	12	22144	22155	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478454051
10	NC_020931	GTGAGG	2	12	26074	26085	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478454052
11	NC_020931	GGATTT	2	12	36551	36562	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478454064
12	NC_020931	AATTAG	2	12	37971	37982	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478454065
13	NC_020931	TTCCTG	2	12	38270	38281	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478454065
14	NC_020931	TTTTGA	2	12	45507	45518	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478454071
15	NC_020931	TGAACG	2	12	52917	52928	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478454078
16	NC_020931	GTGATT	2	12	52936	52947	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478454078
17	NC_020931	GGTTCA	2	12	55706	55717	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478454080
18	NC_020931	GAAAAG	2	12	56962	56973	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454081
19	NC_020931	AGTTGT	2	12	58167	58178	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478454082
20	NC_020931	AGTTGT	2	12	58311	58322	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478454082
21	NC_020931	TCTTGT	2	12	59220	59231	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478454082
22	NC_020931	TCCTAA	2	12	60033	60044	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478454083
23	NC_020931	AAAAAT	2	12	61528	61539	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020931	GTTCTT	2	12	63947	63958	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478454085
25	NC_020931	CTATTT	2	12	72257	72268	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478454092
26	NC_020931	ACTCTT	2	12	73386	73397	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478454093
27	NC_020931	TTTCTG	2	12	73936	73947	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478454094
28	NC_020931	GATCAT	2	12	74066	74077	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478454094
29	NC_020931	TAGTAC	2	12	77060	77071	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478454095
30	NC_020931	ATCTAG	2	12	77239	77250	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_020931	GGTTTA	2	12	80713	80724	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478454098
32	NC_020931	GTCTGT	2	12	83757	83768	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478454101
33	NC_020931	TTCTGA	2	12	89371	89382	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478454105
34	NC_020931	AAAAGA	2	12	94435	94446	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478454110
35	NC_020931	AGCTGT	2	12	96528	96539	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478454111
36	NC_020931	TCTTTT	2	12	97193	97204	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478454113
37	NC_020931	GGGGCT	2	12	98141	98152	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	478454113
38	NC_020931	TTTGAG	2	12	100341	100352	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478454115
39	NC_020931	TCAGAA	2	12	106982	106993	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478454120
40	NC_020931	CATAAC	2	12	110026	110037	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478454123
41	NC_020931	TGTTCT	2	12	112793	112804	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478454125
42	NC_020931	ACTTCG	2	12	116086	116097	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478454127
43	NC_020931	TTTTAG	2	12	116521	116532	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020931	TTGCCA	2	12	119627	119638	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478454132
45	NC_020931	TAAAAA	2	12	121193	121204	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020931	TTGGTA	2	12	121241	121252	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478454134
47	NC_020931	AGGATC	2	12	121620	121631	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478454134
48	NC_020931	AAGGGT	2	12	123427	123438	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478454135
49	NC_020931	GGGTTT	2	12	124390	124401	0 %	50 %	50 %	0 %	478454136
50	NC_020931	TTGCAT	2	12	124672	124683	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478454136
51	NC_020931	AAGAGA	2	12	125041	125052	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454136
52	NC_020931	TTAAAA	2	12	133976	133987	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478454143
53	NC_020931	AGGTTG	2	12	135218	135229	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	478454144
54	NC_020931	GAGTTA	2	12	140266	140277	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454153
55	NC_020931	TGGAAA	2	12	142819	142830	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478454156
56	NC_020931	TGGAAT	2	12	143694	143705	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454157
57	NC_020931	ATGGTT	2	12	143938	143949	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478454157
58	NC_020931	TGCTCT	2	12	146130	146141	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478454160
59	NC_020931	GAAAGG	2	12	149868	149879	50 %	0 %	50 %	0 %	478454162
60	NC_020931	GCTTTG	2	12	150111	150122	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478454162
61	NC_020931	TGTGCG	2	12	154234	154245	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	478454166
62	NC_020931	CCTCAT	2	12	155532	155543	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478454167
63	NC_020931	TGGAGA	2	12	156990	157001	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478454169
64	NC_020931	CTCCAT	2	12	158359	158370	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478454170
65	NC_020931	TCCTTG	2	12	158955	158966	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478454171
66	NC_020931	AACAGC	2	12	161592	161603	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478454174
67	NC_020931	TAAAAA	2	12	174021	174032	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478454180
68	NC_020931	AAAAAG	2	12	174188	174199	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478454181
69	NC_020931	AGAAAA	2	12	183396	183407	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020931	ATTTGC	2	12	189310	189321	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478454194
71	NC_020931	AAACAT	2	12	190404	190415	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478454196
72	NC_020931	AGCAAC	2	12	190739	190750	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478454196
73	NC_020931	TATGAA	3	18	192333	192350	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020931	TCTGGA	2	12	196010	196021	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478454202
75	NC_020931	CTGGAT	2	12	211601	211612	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478454215
76	NC_020931	GAAATA	2	12	211924	211935	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478454215
77	NC_020931	TTTTAC	2	12	217654	217665	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_020931	GATGCA	2	12	218817	218828	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478454222
79	NC_020931	ACTCCA	2	12	219707	219718	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478454223
80	NC_020931	CTGCTT	2	12	219939	219950	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478454223
81	NC_020931	ATTGCT	2	12	223248	223259	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478454226
82	NC_020931	TCCTAG	2	12	223538	223549	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478454226
83	NC_020931	GCAACG	2	12	224026	224037	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478454227
84	NC_020931	CTTAGC	2	12	226658	226669	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478454229
85	NC_020931	TTCCTT	2	12	233490	233501	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478454234
86	NC_020931	TCTCCT	2	12	236371	236382	0 %	50 %	0 %	50 %	478454235
87	NC_020931	TTTTTA	2	12	252186	252197	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020931	CCTGCA	2	12	252346	252357	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478454254
89	NC_020931	ACCTTT	2	12	257541	257552	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478454259
90	NC_020931	TCATAA	2	12	265387	265398	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478454266
91	NC_020931	AAGTGT	2	12	266113	266124	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454266
92	NC_020931	AGGAGA	2	12	267286	267297	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020931	ATCTAA	2	12	269389	269400	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478454269
94	NC_020931	TGGAAT	2	12	271587	271598	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454271
95	NC_020931	GGAACA	2	12	275474	275485	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	478454273
96	NC_020931	ATATTA	2	12	276182	276193	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020931	CACGCG	2	12	277847	277858	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	478454275
98	NC_020931	TTTCTT	2	12	278026	278037	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478454275
99	NC_020931	CTCCTA	2	12	282188	282199	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478454278
100	NC_020931	GCAATG	2	12	288307	288318	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478454284
101	NC_020931	CGACAT	2	12	288980	288991	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478454285
102	NC_020931	CCCTTA	2	12	290434	290445	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478454287
103	NC_020931	AAAATA	2	12	292532	292543	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478454289
104	NC_020931	ACCACT	2	12	294887	294898	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478454291
105	NC_020931	CATTGC	2	12	298133	298144	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478454294
106	NC_020931	CCAAAA	2	12	299312	299323	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478454295
107	NC_020931	TCTTTT	2	12	301197	301208	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478454297
108	NC_020931	CAAGAC	2	12	302288	302299	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478454298
109	NC_020931	AGCTTA	2	12	303568	303579	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478454300
110	NC_020931	CAAAGA	2	12	308953	308964	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478454305
111	NC_020931	ATGGCT	2	12	309569	309580	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478454306
112	NC_020931	TACAAA	2	12	313759	313770	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478454309
113	NC_020931	TTAATT	2	12	315438	315449	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478454311
114	NC_020931	AAAACA	2	12	318923	318934	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	478454313
115	NC_020931	AAAAAG	2	12	320352	320363	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020931	CAGGAC	2	12	340898	340909	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478454332
117	NC_020931	ATTCAA	2	12	345875	345886	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478454337
118	NC_020931	AGACCG	2	12	345949	345960	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478454337
119	NC_020931	AGAATA	2	12	357832	357843	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020931	TTCTTA	2	12	357852	357863	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478454345
121	NC_020931	CAGCCT	2	12	369929	369940	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478454358
122	NC_020931	ATGCTA	2	12	373846	373857	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478454360
123	NC_020931	CAATAG	2	12	380452	380463	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478454363
124	NC_020931	ACTGAA	2	12	380593	380604	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478454363
125	NC_020931	CTGCAC	2	12	380786	380797	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478454363
126	NC_020931	TCCATA	2	12	391145	391156	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478454372
127	NC_020931	TTAGGT	2	12	392496	392507	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478454374
128	NC_020931	AGGGAA	2	12	393822	393833	50 %	0 %	50 %	0 %	478454375
129	NC_020931	CTGAAG	2	12	394657	394668	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478454376
130	NC_020931	TAATCT	2	12	400077	400088	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	478454379
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132	NC_020931	CTAAAG	2	12	400962	400973	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478454381
133	NC_020931	CCTTTC	2	12	402126	402137	0 %	50 %	0 %	50 %	478454382
134	NC_020931	TTTTAA	2	12	405990	406001	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478454384
135	NC_020931	ACATGC	2	12	411667	411678	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478454392
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138	NC_020931	CCCCCA	2	12	415330	415341	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	478454395
139	NC_020931	TTCCTC	2	12	419395	419406	0 %	50 %	0 %	50 %	478454399
140	NC_020931	CTCTAC	2	12	422649	422660	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478454401
141	NC_020931	ACATCA	2	12	423294	423305	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_020931	CGGAAT	2	12	423556	423567	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478454403
143	NC_020931	TGATAA	2	12	425461	425472	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478454404
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145	NC_020931	TTCTCC	2	12	439870	439881	0 %	50 %	0 %	50 %	478454418
146	NC_020931	ATGAAG	2	12	448921	448932	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478454426
147	NC_020931	TAACTC	2	12	449438	449449	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478454426
148	NC_020931	ATCCGC	2	12	450363	450374	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478454426
149	NC_020931	CTAAAG	2	12	452781	452792	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478454427
150	NC_020931	CCAATA	2	12	457766	457777	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478454431
151	NC_020931	ATCGGC	2	12	463613	463624	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	478454439
152	NC_020931	TATTGG	2	12	464206	464217	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478454439
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156	NC_020931	CCAATC	2	12	485222	485233	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478454448
157	NC_020931	TTCTTT	2	12	489045	489056	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478454455
158	NC_020931	CTGAAG	2	12	492104	492115	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478454457
159	NC_020931	TGAGTA	2	12	492558	492569	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454457
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161	NC_020931	TAACTA	2	12	499528	499539	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
162	NC_020931	AAGAAA	2	12	499541	499552	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
163	NC_020931	GGTAAT	2	12	504343	504354	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454469
164	NC_020931	AGTTTT	2	12	505351	505362	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478454471
165	NC_020931	AGAATA	2	12	505516	505527	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
166	NC_020931	GGTTGT	2	12	507479	507490	0 %	50 %	50 %	0 %	478454473
167	NC_020931	GCTGTT	2	12	509837	509848	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478454475
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169	NC_020931	CTCTAT	2	12	513330	513341	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478454479
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181	NC_020931	CTTCCT	2	12	538835	538846	0 %	50 %	0 %	50 %	478454500
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185	NC_020931	ATTACA	2	12	547442	547453	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478454508
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189	NC_020931	TTTCAA	2	12	557603	557614	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	478454519
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192	NC_020931	AAAAAT	2	12	563232	563243	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
193	NC_020931	TTTTGC	2	12	570100	570111	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478454530
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200	NC_020931	CTGCTC	2	12	597521	597532	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	478454568
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206	NC_020931	TCTTTT	2	12	614394	614405	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
207	NC_020931	ACTGTA	2	12	616086	616097	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478454584
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216	NC_020931	ATCTTG	2	12	639790	639801	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478454607
217	NC_020931	TTAAAT	2	12	642562	642573	50 %	50 %	0 %	0 %	478454609
218	NC_020931	GCTTCT	2	12	646936	646947	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478454613
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222	NC_020931	CATATT	2	12	677903	677914	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	478454637
223	NC_020931	AGCTGG	3	18	684075	684092	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	478454645
224	NC_020931	GCATCA	2	12	685917	685928	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478454646
225	NC_020931	ATCAAT	2	12	690242	690253	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478454650
226	NC_020931	CCGCAA	2	12	695123	695134	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	478454655
227	NC_020931	TGCTTG	2	12	697397	697408	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478454656
228	NC_020931	AAATGC	2	12	701080	701091	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478454657
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230	NC_020931	TCTTGA	2	12	708308	708319	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478454661
231	NC_020931	CAAAGT	2	12	713857	713868	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478454666
232	NC_020931	TATCCA	2	12	718492	718503	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478454671
233	NC_020931	TATTGA	2	12	734384	734395	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	478454680
234	NC_020931	TCTGCA	2	12	742041	742052	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
235	NC_020931	TGTGAT	2	12	742683	742694	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478454687
236	NC_020931	TATTTT	2	12	751518	751529	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
237	NC_020931	GGGAAG	2	12	755640	755651	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478454700
238	NC_020931	GGAAGA	2	12	759305	759316	50 %	0 %	50 %	0 %	478454702
239	NC_020931	ATGCAA	2	12	761617	761628	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478454706
240	NC_020931	GAGAAA	2	12	761846	761857	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454706
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251	NC_020931	GAAATT	2	12	800331	800342	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478454739
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.